# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.028 0.005 0.040 0.035 0.090 0.074 0.003 0.001 0.004 0.628 2 R 0.079 0.047 0.008 0.061 0.042 0.067 0.174 0.002 0.001 0.007 0.513 3 S 0.025 0.021 0.004 0.014 0.009 0.017 0.227 0.002 0.001 0.003 0.677 4 A 0.039 0.033 0.003 0.027 0.006 0.036 0.040 0.001 0.001 0.003 0.812 5 T 0.010 0.050 0.002 0.009 0.003 0.009 0.346 0.001 0.001 0.005 0.565 6 D 0.112 0.086 0.002 0.003 0.001 0.002 0.415 0.001 0.001 0.013 0.365 7 L 0.087 0.748 0.004 0.002 0.001 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.130 8 L 0.013 0.903 0.006 0.003 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.063 9 D 0.008 0.901 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.080 10 E 0.024 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.031 11 L 0.051 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.018 12 N 0.031 0.922 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.023 13 A 0.081 0.771 0.019 0.003 0.003 0.003 0.005 0.053 0.001 0.001 0.063 14 V 0.216 0.529 0.021 0.009 0.003 0.005 0.008 0.088 0.001 0.001 0.121 15 D 0.113 0.281 0.034 0.013 0.011 0.011 0.032 0.060 0.001 0.003 0.441 16 E 0.086 0.089 0.063 0.022 0.012 0.018 0.097 0.017 0.001 0.004 0.594 17 S 0.138 0.075 0.028 0.031 0.020 0.027 0.218 0.008 0.001 0.014 0.440 18 A 0.252 0.066 0.016 0.030 0.035 0.038 0.150 0.004 0.001 0.023 0.384 19 R 0.093 0.052 0.019 0.038 0.030 0.049 0.293 0.003 0.001 0.007 0.415 20 I 0.096 0.081 0.014 0.067 0.131 0.164 0.133 0.002 0.001 0.007 0.305 21 E 0.020 0.081 0.003 0.039 0.166 0.231 0.112 0.001 0.001 0.003 0.342 22 A 0.011 0.113 0.002 0.028 0.167 0.334 0.041 0.001 0.001 0.001 0.302 23 K 0.020 0.178 0.001 0.032 0.197 0.324 0.041 0.001 0.001 0.002 0.202 24 R 0.056 0.219 0.003 0.014 0.085 0.096 0.081 0.006 0.001 0.003 0.437 25 A 0.140 0.353 0.005 0.019 0.073 0.138 0.029 0.007 0.001 0.002 0.234 26 S 0.106 0.170 0.006 0.013 0.022 0.040 0.052 0.011 0.001 0.004 0.576 27 D 0.115 0.091 0.014 0.008 0.009 0.014 0.081 0.011 0.001 0.004 0.651 28 M 0.138 0.107 0.016 0.010 0.006 0.013 0.122 0.007 0.001 0.005 0.576 29 G 0.091 0.150 0.011 0.015 0.006 0.016 0.111 0.004 0.001 0.008 0.589 30 K 0.089 0.197 0.015 0.011 0.004 0.009 0.152 0.002 0.001 0.007 0.513 31 S 0.108 0.286 0.008 0.008 0.005 0.006 0.163 0.003 0.001 0.005 0.407 32 V 0.080 0.638 0.009 0.008 0.006 0.011 0.060 0.003 0.001 0.002 0.184 33 M 0.021 0.773 0.004 0.007 0.006 0.012 0.022 0.002 0.001 0.001 0.151 34 E 0.026 0.797 0.001 0.003 0.007 0.009 0.031 0.003 0.001 0.001 0.122 35 T 0.039 0.861 0.002 0.002 0.002 0.003 0.012 0.005 0.001 0.001 0.075 36 V 0.014 0.947 0.003 0.003 0.004 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 37 I 0.006 0.939 0.005 0.008 0.014 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 38 A 0.009 0.905 0.002 0.014 0.026 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.028 39 F 0.067 0.803 0.002 0.013 0.018 0.017 0.005 0.025 0.001 0.001 0.049 40 A 0.177 0.588 0.008 0.025 0.015 0.020 0.010 0.066 0.001 0.001 0.092 41 N 0.192 0.171 0.093 0.044 0.013 0.030 0.043 0.085 0.001 0.005 0.324 42 E 0.286 0.048 0.213 0.096 0.018 0.023 0.052 0.015 0.001 0.005 0.244 43 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.973 44 G 0.027 0.005 0.006 0.037 0.029 0.059 0.131 0.002 0.001 0.004 0.699 45 L 0.332 0.018 0.006 0.049 0.024 0.043 0.114 0.002 0.001 0.008 0.403 46 D 0.102 0.018 0.002 0.038 0.036 0.050 0.198 0.002 0.001 0.012 0.540 47 G 0.158 0.011 0.005 0.061 0.045 0.052 0.138 0.002 0.001 0.029 0.499 48 G 0.244 0.006 0.009 0.129 0.067 0.080 0.204 0.002 0.001 0.009 0.250 49 Y 0.053 0.004 0.008 0.298 0.135 0.158 0.130 0.001 0.001 0.006 0.208 50 L 0.003 0.001 0.001 0.509 0.206 0.239 0.013 0.001 0.001 0.001 0.026 51 L 0.002 0.002 0.001 0.613 0.100 0.216 0.008 0.001 0.001 0.001 0.059 52 L 0.001 0.003 0.001 0.712 0.093 0.159 0.006 0.001 0.001 0.004 0.021 53 G 0.003 0.011 0.001 0.373 0.106 0.205 0.076 0.001 0.001 0.005 0.219 54 V 0.004 0.016 0.002 0.236 0.109 0.242 0.072 0.001 0.001 0.004 0.315 55 D 0.003 0.007 0.001 0.035 0.031 0.097 0.146 0.001 0.001 0.003 0.676 56 W 0.024 0.017 0.001 0.013 0.017 0.032 0.208 0.001 0.001 0.005 0.684 57 A 0.091 0.238 0.002 0.014 0.051 0.056 0.065 0.003 0.001 0.007 0.474 58 I 0.188 0.254 0.004 0.009 0.022 0.042 0.037 0.009 0.001 0.004 0.432 59 N 0.252 0.345 0.008 0.013 0.035 0.037 0.038 0.014 0.001 0.005 0.253 60 D 0.279 0.147 0.007 0.009 0.013 0.016 0.035 0.033 0.001 0.006 0.456 61 K 0.168 0.057 0.016 0.009 0.008 0.011 0.083 0.023 0.001 0.005 0.621 62 G 0.195 0.035 0.033 0.023 0.018 0.028 0.137 0.019 0.001 0.018 0.494 63 D 0.243 0.012 0.033 0.020 0.014 0.020 0.137 0.003 0.001 0.005 0.513 64 T 0.051 0.004 0.006 0.025 0.022 0.023 0.148 0.002 0.001 0.005 0.715 65 V 0.061 0.004 0.003 0.058 0.058 0.103 0.143 0.001 0.001 0.004 0.565 66 Y 0.032 0.006 0.002 0.065 0.066 0.171 0.130 0.001 0.001 0.005 0.521 67 R 0.053 0.003 0.001 0.138 0.282 0.276 0.052 0.001 0.001 0.002 0.192 68 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.972 69 V 0.004 0.001 0.001 0.077 0.252 0.611 0.009 0.001 0.001 0.001 0.045 70 G 0.014 0.003 0.001 0.046 0.054 0.082 0.049 0.001 0.001 0.006 0.744 71 L 0.158 0.003 0.006 0.080 0.136 0.182 0.040 0.001 0.001 0.003 0.390 72 P 0.017 0.001 0.001 0.007 0.011 0.026 0.065 0.001 0.001 0.001 0.873 73 D 0.005 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.270 0.001 0.001 0.001 0.702 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.995 75 D 0.008 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.506 0.001 0.001 0.010 0.462 76 K 0.275 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.460 0.001 0.001 0.024 0.211 77 V 0.102 0.653 0.003 0.003 0.002 0.005 0.039 0.001 0.001 0.002 0.190 78 Q 0.017 0.810 0.005 0.005 0.002 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.129 79 R 0.009 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.077 80 D 0.016 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.049 81 L 0.013 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 82 A 0.003 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 S 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.029 84 Q 0.030 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.030 85 C 0.015 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 86 A 0.012 0.953 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.023 87 S 0.036 0.893 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.043 88 M 0.226 0.654 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.052 89 L 0.106 0.694 0.052 0.006 0.004 0.003 0.015 0.034 0.001 0.001 0.086 90 N 0.113 0.304 0.071 0.022 0.014 0.011 0.045 0.039 0.001 0.003 0.376 91 V 0.052 0.069 0.011 0.016 0.008 0.009 0.023 0.014 0.001 0.001 0.796 92 A 0.089 0.044 0.012 0.063 0.042 0.058 0.132 0.008 0.001 0.005 0.548 93 L 0.102 0.021 0.016 0.052 0.025 0.041 0.101 0.004 0.001 0.005 0.633 94 R 0.119 0.014 0.007 0.229 0.115 0.110 0.085 0.001 0.001 0.005 0.315 95 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.982 96 E 0.007 0.002 0.001 0.165 0.200 0.346 0.056 0.001 0.001 0.002 0.222 97 M 0.097 0.005 0.002 0.087 0.117 0.190 0.054 0.001 0.001 0.005 0.444 98 Q 0.016 0.003 0.001 0.135 0.418 0.374 0.015 0.001 0.001 0.002 0.036 99 L 0.004 0.004 0.001 0.040 0.194 0.281 0.041 0.001 0.001 0.001 0.435 100 E 0.006 0.001 0.001 0.062 0.317 0.577 0.007 0.001 0.001 0.001 0.029 101 Q 0.005 0.002 0.001 0.015 0.163 0.152 0.056 0.001 0.001 0.001 0.605 102 V 0.005 0.002 0.001 0.026 0.273 0.543 0.017 0.001 0.001 0.001 0.132 103 G 0.005 0.001 0.001 0.014 0.051 0.094 0.092 0.001 0.001 0.003 0.740 104 G 0.063 0.001 0.001 0.018 0.028 0.040 0.089 0.001 0.001 0.014 0.745 105 K 0.314 0.001 0.003 0.030 0.044 0.054 0.131 0.001 0.001 0.006 0.417 106 T 0.024 0.001 0.001 0.055 0.057 0.051 0.159 0.001 0.001 0.001 0.651 107 L 0.017 0.001 0.001 0.162 0.220 0.375 0.033 0.001 0.001 0.001 0.191 108 L 0.003 0.001 0.001 0.617 0.171 0.186 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 109 V 0.001 0.001 0.001 0.529 0.154 0.244 0.008 0.001 0.001 0.001 0.063 110 V 0.001 0.001 0.001 0.870 0.048 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.672 0.057 0.120 0.025 0.001 0.001 0.003 0.122 112 V 0.002 0.001 0.001 0.629 0.071 0.122 0.040 0.001 0.001 0.006 0.128 113 P 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.010 0.058 0.001 0.001 0.001 0.906 114 E 0.004 0.001 0.001 0.019 0.008 0.025 0.087 0.001 0.001 0.001 0.855 115 A 0.041 0.002 0.001 0.015 0.012 0.023 0.136 0.001 0.001 0.005 0.765 116 D 0.094 0.005 0.001 0.010 0.016 0.025 0.106 0.001 0.001 0.007 0.736 117 V 0.119 0.018 0.001 0.016 0.037 0.052 0.086 0.001 0.001 0.010 0.659 118 T 0.109 0.042 0.003 0.015 0.056 0.086 0.215 0.001 0.001 0.008 0.465 119 H 0.221 0.031 0.003 0.013 0.042 0.086 0.107 0.003 0.001 0.020 0.474 120 K 0.160 0.025 0.011 0.024 0.101 0.099 0.083 0.003 0.001 0.004 0.491 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.984 122 I 0.012 0.005 0.001 0.043 0.238 0.463 0.031 0.001 0.001 0.001 0.206 123 Y 0.028 0.026 0.001 0.047 0.336 0.352 0.030 0.001 0.001 0.002 0.177 124 K 0.025 0.029 0.001 0.038 0.275 0.413 0.031 0.001 0.001 0.001 0.186 125 K 0.028 0.047 0.001 0.040 0.272 0.304 0.052 0.001 0.001 0.001 0.254 126 A 0.025 0.049 0.001 0.017 0.160 0.207 0.099 0.002 0.001 0.002 0.439 127 T 0.128 0.040 0.003 0.014 0.057 0.111 0.212 0.005 0.001 0.014 0.415 128 G 0.355 0.013 0.009 0.013 0.015 0.026 0.051 0.007 0.001 0.043 0.469 129 L 0.207 0.005 0.060 0.014 0.022 0.020 0.277 0.002 0.001 0.004 0.389 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.988 131 G 0.012 0.002 0.001 0.022 0.143 0.344 0.059 0.001 0.001 0.003 0.415 132 G 0.393 0.003 0.002 0.036 0.066 0.094 0.052 0.001 0.001 0.005 0.349 133 A 0.041 0.003 0.001 0.058 0.300 0.317 0.067 0.001 0.001 0.002 0.211 134 Y 0.014 0.003 0.001 0.083 0.251 0.476 0.034 0.001 0.001 0.002 0.137 135 R 0.007 0.004 0.001 0.101 0.311 0.460 0.019 0.001 0.001 0.001 0.096 136 R 0.005 0.008 0.001 0.070 0.406 0.321 0.049 0.001 0.001 0.002 0.138 137 I 0.007 0.008 0.001 0.042 0.216 0.414 0.034 0.001 0.001 0.002 0.275 138 G 0.021 0.006 0.002 0.043 0.124 0.261 0.095 0.002 0.001 0.006 0.441 139 S 0.091 0.002 0.003 0.018 0.031 0.056 0.111 0.001 0.001 0.003 0.683 140 S 0.021 0.002 0.001 0.012 0.020 0.035 0.110 0.001 0.001 0.005 0.793 141 D 0.072 0.004 0.003 0.021 0.024 0.050 0.270 0.001 0.001 0.009 0.545 142 Q 0.266 0.012 0.003 0.040 0.038 0.062 0.154 0.001 0.001 0.028 0.395 143 R 0.036 0.013 0.003 0.024 0.022 0.031 0.287 0.001 0.001 0.008 0.576 144 C 0.088 0.034 0.006 0.055 0.072 0.149 0.176 0.002 0.001 0.009 0.409 145 V 0.078 0.061 0.003 0.066 0.108 0.195 0.073 0.002 0.001 0.005 0.407