# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.018 0.060 0.020 0.040 0.074 0.010 0.687 2 R 0.118 0.021 0.088 0.031 0.048 0.196 0.011 0.486 3 S 0.088 0.025 0.034 0.017 0.030 0.238 0.008 0.560 4 A 0.047 0.022 0.023 0.005 0.023 0.065 0.004 0.811 5 T 0.017 0.022 0.007 0.002 0.008 0.352 0.003 0.588 6 D 0.042 0.043 0.002 0.001 0.002 0.530 0.004 0.376 7 L 0.054 0.704 0.002 0.001 0.003 0.074 0.003 0.159 8 L 0.011 0.893 0.003 0.001 0.005 0.007 0.002 0.078 9 D 0.009 0.903 0.002 0.001 0.003 0.009 0.002 0.071 10 E 0.032 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.026 11 L 0.050 0.920 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.016 12 N 0.074 0.827 0.008 0.005 0.006 0.006 0.026 0.047 13 A 0.215 0.505 0.026 0.011 0.008 0.015 0.059 0.161 14 V 0.266 0.260 0.066 0.013 0.017 0.033 0.063 0.284 15 D 0.085 0.158 0.037 0.025 0.021 0.060 0.040 0.572 16 E 0.046 0.044 0.073 0.017 0.024 0.093 0.019 0.684 17 S 0.052 0.043 0.032 0.031 0.033 0.208 0.021 0.580 18 A 0.229 0.036 0.053 0.062 0.051 0.124 0.034 0.412 19 R 0.100 0.018 0.036 0.043 0.069 0.247 0.008 0.478 20 I 0.064 0.024 0.047 0.209 0.282 0.108 0.005 0.261 21 E 0.032 0.020 0.027 0.311 0.427 0.057 0.002 0.125 22 A 0.010 0.017 0.014 0.215 0.366 0.028 0.002 0.348 23 K 0.015 0.030 0.035 0.294 0.507 0.030 0.002 0.087 24 R 0.014 0.092 0.017 0.269 0.349 0.039 0.004 0.215 25 A 0.043 0.131 0.037 0.122 0.328 0.043 0.011 0.284 26 S 0.071 0.087 0.019 0.044 0.077 0.078 0.018 0.605 27 D 0.133 0.041 0.010 0.014 0.019 0.078 0.025 0.681 28 M 0.168 0.064 0.016 0.009 0.017 0.193 0.017 0.515 29 G 0.069 0.055 0.011 0.005 0.012 0.164 0.016 0.669 30 K 0.077 0.099 0.012 0.005 0.009 0.203 0.008 0.586 31 S 0.053 0.190 0.006 0.004 0.006 0.227 0.006 0.510 32 V 0.080 0.499 0.008 0.006 0.012 0.075 0.006 0.314 33 M 0.028 0.745 0.009 0.008 0.016 0.042 0.004 0.149 34 E 0.015 0.838 0.006 0.007 0.010 0.026 0.004 0.093 35 T 0.008 0.931 0.004 0.004 0.004 0.006 0.002 0.041 36 V 0.005 0.960 0.003 0.003 0.005 0.003 0.002 0.018 37 I 0.004 0.962 0.005 0.004 0.007 0.003 0.002 0.014 38 A 0.004 0.971 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.010 39 F 0.021 0.943 0.003 0.005 0.004 0.002 0.009 0.013 40 A 0.061 0.858 0.013 0.012 0.010 0.003 0.025 0.018 41 N 0.130 0.574 0.030 0.033 0.029 0.013 0.087 0.104 42 E 0.237 0.188 0.067 0.066 0.064 0.047 0.055 0.276 43 P 0.005 0.008 0.003 0.005 0.005 0.011 0.002 0.961 44 G 0.054 0.043 0.032 0.075 0.106 0.124 0.027 0.539 45 L 0.157 0.041 0.073 0.051 0.053 0.130 0.036 0.458 46 D 0.039 0.016 0.031 0.034 0.030 0.137 0.022 0.691 47 G 0.153 0.010 0.091 0.125 0.057 0.111 0.079 0.373 48 G 0.398 0.001 0.162 0.047 0.075 0.198 0.015 0.105 49 Y 0.005 0.001 0.560 0.164 0.130 0.035 0.001 0.105 50 L 0.001 0.001 0.418 0.258 0.293 0.009 0.001 0.021 51 L 0.001 0.001 0.673 0.103 0.203 0.004 0.001 0.016 52 L 0.001 0.001 0.747 0.116 0.126 0.003 0.001 0.008 53 G 0.001 0.001 0.455 0.140 0.274 0.022 0.001 0.107 54 V 0.002 0.001 0.458 0.095 0.298 0.033 0.001 0.113 55 D 0.001 0.001 0.043 0.058 0.147 0.138 0.001 0.611 56 W 0.008 0.001 0.011 0.018 0.074 0.093 0.002 0.792 57 A 0.050 0.014 0.012 0.045 0.062 0.307 0.009 0.499 58 I 0.234 0.040 0.017 0.047 0.050 0.103 0.023 0.486 59 N 0.101 0.108 0.022 0.049 0.059 0.115 0.017 0.530 60 D 0.131 0.094 0.020 0.034 0.055 0.113 0.025 0.528 61 K 0.136 0.088 0.027 0.035 0.036 0.131 0.028 0.519 62 G 0.089 0.042 0.030 0.032 0.035 0.234 0.046 0.492 63 D 0.256 0.031 0.047 0.032 0.036 0.167 0.036 0.394 64 T 0.061 0.016 0.053 0.040 0.040 0.179 0.013 0.598 65 V 0.057 0.005 0.038 0.031 0.088 0.292 0.010 0.480 66 Y 0.063 0.014 0.074 0.087 0.138 0.224 0.014 0.385 67 R 0.043 0.006 0.141 0.148 0.160 0.090 0.007 0.406 68 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.989 69 V 0.011 0.002 0.232 0.221 0.362 0.032 0.005 0.135 70 G 0.023 0.004 0.043 0.031 0.046 0.036 0.007 0.810 71 L 0.086 0.003 0.362 0.097 0.204 0.040 0.006 0.203 72 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 73 D 0.004 0.001 0.011 0.008 0.031 0.070 0.001 0.874 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 75 D 0.014 0.001 0.002 0.001 0.004 0.656 0.001 0.321 76 K 0.258 0.009 0.001 0.001 0.001 0.542 0.002 0.187 77 V 0.058 0.766 0.002 0.001 0.002 0.047 0.001 0.124 78 Q 0.022 0.839 0.004 0.001 0.004 0.032 0.002 0.096 79 R 0.024 0.868 0.002 0.001 0.001 0.013 0.003 0.088 80 D 0.034 0.897 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.055 81 L 0.020 0.938 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.033 82 A 0.005 0.957 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.027 83 S 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.030 84 Q 0.021 0.942 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 85 C 0.017 0.951 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 86 A 0.020 0.932 0.007 0.002 0.002 0.005 0.008 0.024 87 S 0.114 0.768 0.008 0.003 0.002 0.005 0.041 0.060 88 M 0.473 0.244 0.041 0.005 0.004 0.012 0.092 0.130 89 L 0.152 0.333 0.162 0.024 0.016 0.037 0.046 0.231 90 N 0.055 0.105 0.196 0.038 0.047 0.102 0.036 0.422 91 V 0.019 0.026 0.075 0.023 0.020 0.033 0.006 0.798 92 A 0.031 0.022 0.088 0.031 0.052 0.160 0.014 0.603 93 L 0.077 0.020 0.090 0.032 0.041 0.077 0.022 0.642 94 R 0.048 0.010 0.146 0.083 0.067 0.085 0.011 0.550 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 96 E 0.015 0.001 0.101 0.134 0.321 0.115 0.005 0.309 97 M 0.133 0.003 0.074 0.102 0.198 0.090 0.004 0.396 98 Q 0.014 0.002 0.127 0.446 0.348 0.019 0.002 0.044 99 L 0.003 0.001 0.013 0.074 0.123 0.015 0.001 0.771 100 E 0.005 0.001 0.140 0.331 0.440 0.014 0.001 0.068 101 Q 0.007 0.002 0.027 0.232 0.231 0.047 0.002 0.451 102 V 0.011 0.004 0.050 0.239 0.475 0.034 0.004 0.183 103 G 0.008 0.002 0.017 0.058 0.101 0.089 0.006 0.719 104 G 0.062 0.003 0.022 0.068 0.065 0.109 0.075 0.596 105 K 0.404 0.001 0.035 0.063 0.044 0.194 0.025 0.235 106 T 0.030 0.001 0.096 0.228 0.194 0.147 0.006 0.298 107 L 0.007 0.001 0.088 0.288 0.565 0.028 0.001 0.022 108 L 0.001 0.001 0.317 0.370 0.305 0.003 0.001 0.004 109 V 0.001 0.001 0.202 0.322 0.435 0.003 0.001 0.039 110 V 0.001 0.001 0.586 0.176 0.235 0.001 0.001 0.002 111 Y 0.001 0.001 0.391 0.162 0.341 0.006 0.001 0.099 112 V 0.001 0.001 0.470 0.146 0.288 0.010 0.001 0.086 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 114 E 0.001 0.001 0.009 0.008 0.065 0.043 0.001 0.875 115 A 0.097 0.001 0.006 0.006 0.012 0.108 0.004 0.767 116 D 0.314 0.003 0.006 0.013 0.011 0.103 0.011 0.538 117 V 0.156 0.009 0.020 0.021 0.018 0.058 0.007 0.712 118 T 0.077 0.027 0.043 0.041 0.073 0.221 0.015 0.502 119 H 0.155 0.042 0.047 0.056 0.085 0.089 0.054 0.472 120 K 0.176 0.015 0.080 0.098 0.108 0.124 0.011 0.388 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 122 I 0.010 0.002 0.083 0.207 0.476 0.060 0.002 0.159 123 Y 0.048 0.007 0.072 0.217 0.275 0.038 0.003 0.340 124 K 0.019 0.007 0.060 0.276 0.430 0.025 0.002 0.180 125 K 0.027 0.012 0.061 0.190 0.335 0.058 0.003 0.314 126 A 0.033 0.020 0.033 0.067 0.125 0.104 0.008 0.610 127 T 0.067 0.022 0.015 0.049 0.058 0.127 0.031 0.632 128 G 0.390 0.011 0.011 0.021 0.020 0.034 0.164 0.349 129 L 0.388 0.006 0.073 0.041 0.061 0.227 0.016 0.188 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 131 G 0.012 0.002 0.029 0.091 0.238 0.109 0.007 0.512 132 G 0.406 0.001 0.047 0.042 0.047 0.074 0.012 0.371 133 A 0.088 0.002 0.128 0.188 0.218 0.072 0.002 0.302 134 Y 0.014 0.001 0.084 0.265 0.396 0.028 0.001 0.212 135 R 0.005 0.002 0.123 0.277 0.404 0.023 0.001 0.164 136 R 0.004 0.004 0.109 0.325 0.415 0.031 0.002 0.113 137 I 0.005 0.007 0.067 0.200 0.323 0.039 0.002 0.358 138 G 0.016 0.010 0.071 0.139 0.285 0.077 0.009 0.394 139 S 0.069 0.005 0.035 0.038 0.071 0.125 0.010 0.647 140 S 0.047 0.005 0.019 0.025 0.035 0.156 0.009 0.704 141 D 0.121 0.008 0.014 0.019 0.042 0.284 0.014 0.498 142 Q 0.120 0.025 0.054 0.040 0.052 0.183 0.015 0.511 143 R 0.041 0.035 0.038 0.036 0.051 0.292 0.011 0.497 144 C 0.093 0.036 0.069 0.048 0.096 0.182 0.015 0.461 145 V 0.063 0.073 0.059 0.078 0.129 0.103 0.007 0.488