# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.265 0.172 0.180 0.212 0.044 0.051 0.043 0.004 0.025 0.003 0.001 2 R 0.295 0.229 0.275 0.120 0.031 0.025 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 3 S 0.190 0.108 0.462 0.045 0.056 0.088 0.010 0.001 0.034 0.004 0.001 4 A 0.924 0.005 0.044 0.013 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 T 0.980 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.967 0.003 0.007 0.013 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.972 0.004 0.005 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.991 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.981 0.001 0.003 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.965 0.002 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.910 0.010 0.022 0.050 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 12 N 0.833 0.008 0.030 0.068 0.003 0.014 0.039 0.002 0.003 0.001 0.001 13 A 0.479 0.040 0.055 0.349 0.011 0.017 0.034 0.008 0.005 0.001 0.001 14 V 0.326 0.083 0.210 0.315 0.011 0.015 0.022 0.002 0.014 0.001 0.001 15 D 0.166 0.040 0.162 0.097 0.058 0.056 0.290 0.081 0.025 0.025 0.001 16 E 0.355 0.165 0.248 0.153 0.023 0.030 0.009 0.002 0.011 0.003 0.001 17 S 0.287 0.170 0.276 0.134 0.051 0.039 0.012 0.002 0.023 0.004 0.002 18 A 0.420 0.130 0.174 0.103 0.095 0.023 0.028 0.010 0.008 0.007 0.002 19 R 0.144 0.406 0.196 0.095 0.060 0.033 0.033 0.002 0.027 0.001 0.001 20 I 0.043 0.740 0.146 0.011 0.035 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 21 E 0.066 0.594 0.187 0.012 0.052 0.062 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 22 A 0.095 0.555 0.197 0.024 0.043 0.053 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 23 K 0.209 0.496 0.135 0.041 0.059 0.033 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 24 R 0.103 0.509 0.114 0.061 0.136 0.041 0.013 0.002 0.020 0.001 0.001 25 A 0.215 0.250 0.279 0.082 0.067 0.053 0.018 0.004 0.026 0.005 0.001 26 S 0.472 0.092 0.178 0.128 0.037 0.030 0.030 0.008 0.015 0.009 0.001 27 D 0.265 0.065 0.112 0.286 0.046 0.061 0.099 0.025 0.030 0.010 0.001 28 M 0.398 0.055 0.187 0.271 0.015 0.029 0.028 0.002 0.011 0.003 0.001 29 G 0.606 0.012 0.074 0.045 0.050 0.016 0.051 0.067 0.005 0.073 0.001 30 K 0.907 0.008 0.050 0.024 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.921 0.009 0.020 0.032 0.004 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.942 0.011 0.013 0.023 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 M 0.979 0.004 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.986 0.002 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.982 0.004 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.959 0.011 0.008 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 I 0.911 0.020 0.010 0.036 0.004 0.011 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 38 A 0.728 0.120 0.016 0.094 0.024 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 39 F 0.632 0.124 0.052 0.121 0.018 0.030 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 40 A 0.375 0.199 0.074 0.229 0.058 0.020 0.027 0.002 0.014 0.001 0.001 41 N 0.136 0.055 0.186 0.396 0.027 0.039 0.125 0.012 0.019 0.006 0.001 42 E 0.041 0.261 0.413 0.022 0.065 0.020 0.014 0.003 0.156 0.006 0.001 43 P 0.248 0.005 0.677 0.037 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 44 G 0.126 0.015 0.074 0.041 0.049 0.012 0.045 0.413 0.008 0.217 0.001 45 L 0.311 0.095 0.284 0.239 0.024 0.012 0.014 0.003 0.012 0.005 0.002 46 D 0.068 0.050 0.178 0.430 0.032 0.015 0.180 0.024 0.011 0.012 0.002 47 G 0.027 0.019 0.087 0.042 0.093 0.004 0.114 0.453 0.004 0.155 0.001 48 G 0.029 0.170 0.359 0.032 0.223 0.013 0.026 0.068 0.017 0.063 0.001 49 Y 0.007 0.766 0.152 0.005 0.052 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 50 L 0.007 0.696 0.236 0.004 0.018 0.024 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 51 L 0.015 0.614 0.294 0.009 0.021 0.022 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 52 L 0.027 0.571 0.257 0.023 0.065 0.023 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 53 G 0.040 0.153 0.236 0.010 0.313 0.036 0.027 0.081 0.024 0.078 0.001 54 V 0.123 0.436 0.305 0.030 0.058 0.026 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 55 D 0.158 0.151 0.376 0.078 0.062 0.086 0.025 0.007 0.049 0.006 0.002 56 W 0.394 0.169 0.209 0.096 0.064 0.032 0.011 0.005 0.015 0.003 0.001 57 A 0.472 0.154 0.177 0.103 0.035 0.029 0.008 0.002 0.017 0.002 0.001 58 I 0.494 0.138 0.148 0.147 0.022 0.024 0.009 0.002 0.013 0.001 0.001 59 N 0.435 0.057 0.122 0.198 0.027 0.025 0.076 0.028 0.020 0.011 0.001 60 D 0.307 0.090 0.138 0.299 0.026 0.026 0.068 0.020 0.019 0.008 0.001 61 K 0.177 0.068 0.182 0.337 0.025 0.024 0.147 0.017 0.016 0.007 0.001 62 G 0.058 0.014 0.052 0.036 0.055 0.008 0.129 0.455 0.006 0.185 0.001 63 D 0.152 0.113 0.333 0.212 0.046 0.036 0.061 0.014 0.020 0.011 0.001 64 T 0.109 0.268 0.286 0.130 0.061 0.048 0.036 0.017 0.028 0.014 0.003 65 V 0.194 0.349 0.255 0.112 0.042 0.018 0.013 0.002 0.010 0.002 0.003 66 Y 0.047 0.342 0.170 0.115 0.149 0.066 0.043 0.017 0.041 0.006 0.002 67 R 0.004 0.533 0.328 0.002 0.040 0.007 0.003 0.001 0.080 0.001 0.001 68 P 0.027 0.016 0.886 0.005 0.002 0.029 0.001 0.001 0.009 0.001 0.025 69 V 0.053 0.575 0.235 0.047 0.070 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 70 G 0.023 0.053 0.193 0.021 0.179 0.062 0.040 0.263 0.021 0.145 0.001 71 L 0.011 0.562 0.301 0.005 0.075 0.009 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 72 P 0.079 0.019 0.769 0.023 0.004 0.055 0.002 0.001 0.008 0.001 0.039 73 D 0.017 0.116 0.579 0.018 0.043 0.051 0.007 0.001 0.164 0.003 0.001 74 P 0.883 0.001 0.080 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 75 D 0.916 0.006 0.011 0.055 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.924 0.006 0.010 0.049 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.966 0.007 0.010 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.992 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.992 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.979 0.001 0.002 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.986 0.002 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.982 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 C 0.962 0.004 0.007 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 86 A 0.942 0.002 0.010 0.037 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.722 0.008 0.013 0.221 0.004 0.005 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 88 M 0.427 0.038 0.083 0.363 0.011 0.011 0.048 0.010 0.006 0.001 0.001 89 L 0.284 0.150 0.323 0.164 0.009 0.019 0.032 0.002 0.016 0.001 0.001 90 N 0.125 0.160 0.409 0.080 0.029 0.070 0.062 0.005 0.056 0.002 0.002 91 V 0.146 0.170 0.550 0.045 0.022 0.029 0.006 0.002 0.024 0.001 0.003 92 A 0.162 0.110 0.588 0.036 0.014 0.046 0.008 0.002 0.024 0.001 0.009 93 L 0.126 0.210 0.471 0.066 0.021 0.051 0.008 0.002 0.032 0.001 0.011 94 R 0.017 0.261 0.551 0.006 0.042 0.013 0.004 0.001 0.102 0.002 0.002 95 P 0.034 0.018 0.898 0.007 0.005 0.012 0.002 0.001 0.004 0.001 0.021 96 E 0.027 0.529 0.340 0.022 0.037 0.017 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 97 M 0.006 0.668 0.247 0.008 0.048 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 98 Q 0.006 0.771 0.145 0.005 0.052 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 99 L 0.011 0.675 0.216 0.006 0.049 0.024 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 100 E 0.011 0.836 0.084 0.004 0.049 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 101 Q 0.033 0.502 0.296 0.014 0.048 0.059 0.005 0.001 0.039 0.002 0.001 102 V 0.032 0.670 0.175 0.032 0.047 0.012 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 103 G 0.042 0.022 0.173 0.095 0.078 0.017 0.281 0.184 0.009 0.100 0.001 104 G 0.005 0.008 0.025 0.018 0.056 0.004 0.151 0.618 0.004 0.112 0.001 105 K 0.011 0.339 0.524 0.038 0.041 0.009 0.016 0.004 0.014 0.003 0.001 106 T 0.005 0.648 0.270 0.010 0.036 0.013 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 107 L 0.002 0.768 0.185 0.002 0.032 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 L 0.003 0.751 0.191 0.003 0.025 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 109 V 0.002 0.826 0.134 0.002 0.017 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 110 V 0.001 0.872 0.080 0.001 0.029 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 111 Y 0.007 0.494 0.352 0.006 0.029 0.068 0.003 0.001 0.039 0.001 0.003 112 V 0.003 0.455 0.346 0.002 0.033 0.018 0.001 0.001 0.141 0.001 0.001 113 P 0.016 0.009 0.918 0.002 0.003 0.026 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 114 E 0.520 0.038 0.301 0.064 0.018 0.028 0.006 0.004 0.005 0.002 0.012 115 A 0.379 0.109 0.177 0.148 0.087 0.023 0.022 0.017 0.022 0.015 0.001 116 D 0.372 0.087 0.192 0.202 0.031 0.046 0.044 0.005 0.015 0.003 0.003 117 V 0.456 0.165 0.134 0.161 0.022 0.024 0.015 0.004 0.016 0.002 0.002 118 T 0.355 0.174 0.138 0.251 0.029 0.019 0.018 0.002 0.010 0.002 0.001 119 H 0.111 0.144 0.158 0.304 0.052 0.062 0.113 0.014 0.035 0.004 0.003 120 K 0.008 0.424 0.376 0.002 0.047 0.006 0.004 0.001 0.131 0.001 0.001 121 P 0.056 0.005 0.888 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 122 I 0.090 0.636 0.171 0.027 0.047 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 123 Y 0.087 0.495 0.244 0.023 0.074 0.041 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 124 K 0.127 0.499 0.211 0.043 0.052 0.046 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 125 K 0.250 0.234 0.285 0.072 0.059 0.043 0.017 0.003 0.030 0.007 0.001 126 A 0.472 0.160 0.136 0.138 0.042 0.014 0.010 0.007 0.016 0.005 0.001 127 T 0.130 0.086 0.177 0.414 0.026 0.019 0.123 0.005 0.016 0.003 0.002 128 G 0.013 0.003 0.020 0.013 0.019 0.007 0.072 0.691 0.003 0.158 0.001 129 L 0.005 0.275 0.528 0.003 0.030 0.005 0.002 0.001 0.151 0.002 0.001 130 P 0.045 0.001 0.832 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 131 G 0.038 0.020 0.109 0.043 0.070 0.006 0.078 0.578 0.006 0.053 0.001 132 G 0.051 0.090 0.353 0.051 0.236 0.022 0.022 0.097 0.016 0.062 0.001 133 A 0.021 0.728 0.149 0.017 0.067 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 134 Y 0.015 0.744 0.136 0.007 0.059 0.027 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 135 R 0.017 0.797 0.112 0.005 0.041 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 136 R 0.035 0.602 0.193 0.018 0.043 0.061 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 137 I 0.049 0.441 0.270 0.094 0.066 0.031 0.011 0.001 0.038 0.001 0.001 138 G 0.019 0.014 0.053 0.012 0.123 0.014 0.084 0.325 0.007 0.348 0.001 139 S 0.192 0.149 0.329 0.143 0.091 0.037 0.020 0.006 0.016 0.017 0.001 140 S 0.273 0.163 0.145 0.153 0.119 0.027 0.045 0.024 0.011 0.040 0.001 141 D 0.121 0.153 0.175 0.267 0.071 0.059 0.099 0.014 0.033 0.006 0.002 142 Q 0.190 0.281 0.342 0.068 0.044 0.023 0.017 0.004 0.025 0.003 0.002 143 R 0.280 0.176 0.384 0.059 0.021 0.047 0.009 0.002 0.018 0.001 0.004 144 C 0.177 0.319 0.282 0.082 0.049 0.049 0.010 0.002 0.026 0.002 0.001 145 V 0.182 0.417 0.216 0.059 0.064 0.028 0.009 0.001 0.021 0.002 0.001