# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 914 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.093 0.036 0.018 0.154 0.017 0.033 0.185 0.092 0.157 0.087 2 R 0.038 0.249 0.126 0.034 0.107 0.053 0.075 0.153 0.057 0.084 0.025 3 S 0.072 0.380 0.236 0.013 0.141 0.006 0.008 0.059 0.016 0.038 0.031 4 A 0.009 0.022 0.005 0.002 0.016 0.003 0.006 0.609 0.298 0.024 0.005 5 T 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.004 0.010 0.807 0.152 0.011 0.002 6 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.879 0.074 0.026 0.003 7 L 0.006 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.878 0.061 0.035 0.004 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.869 0.119 0.005 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.910 0.082 0.002 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.898 0.078 0.011 0.001 11 L 0.011 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.030 0.778 0.120 0.034 0.006 12 N 0.009 0.026 0.010 0.003 0.016 0.006 0.030 0.677 0.156 0.056 0.011 13 A 0.024 0.032 0.020 0.004 0.040 0.009 0.080 0.446 0.136 0.180 0.030 14 V 0.030 0.414 0.159 0.015 0.103 0.021 0.072 0.098 0.044 0.034 0.011 15 D 0.094 0.084 0.102 0.055 0.097 0.043 0.043 0.125 0.079 0.179 0.098 16 E 0.026 0.037 0.020 0.012 0.039 0.015 0.076 0.382 0.238 0.125 0.030 17 S 0.142 0.171 0.060 0.015 0.173 0.017 0.028 0.113 0.063 0.148 0.070 18 A 0.069 0.163 0.050 0.016 0.211 0.045 0.066 0.153 0.081 0.100 0.045 19 R 0.244 0.095 0.012 0.004 0.484 0.006 0.027 0.053 0.025 0.023 0.026 20 I 0.242 0.092 0.009 0.002 0.602 0.004 0.004 0.016 0.005 0.005 0.018 21 E 0.220 0.127 0.011 0.004 0.521 0.008 0.018 0.032 0.007 0.010 0.042 22 A 0.397 0.071 0.010 0.004 0.374 0.004 0.004 0.030 0.015 0.018 0.074 23 K 0.100 0.147 0.049 0.029 0.291 0.054 0.069 0.136 0.046 0.044 0.035 24 R 0.155 0.156 0.060 0.017 0.240 0.014 0.041 0.113 0.072 0.074 0.058 25 A 0.097 0.151 0.082 0.040 0.164 0.039 0.044 0.132 0.089 0.114 0.048 26 S 0.040 0.226 0.115 0.036 0.084 0.037 0.093 0.188 0.094 0.063 0.025 27 D 0.060 0.071 0.075 0.034 0.072 0.033 0.061 0.163 0.085 0.249 0.096 28 M 0.028 0.394 0.149 0.041 0.084 0.027 0.034 0.126 0.054 0.045 0.018 29 G 0.027 0.039 0.028 0.035 0.028 0.027 0.022 0.257 0.145 0.324 0.067 30 K 0.014 0.056 0.027 0.007 0.035 0.008 0.017 0.588 0.190 0.050 0.010 31 S 0.016 0.032 0.012 0.002 0.027 0.006 0.016 0.747 0.092 0.039 0.011 32 V 0.016 0.021 0.006 0.002 0.017 0.002 0.009 0.803 0.086 0.031 0.007 33 M 0.006 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.003 0.877 0.089 0.007 0.002 34 E 0.002 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.006 0.921 0.053 0.003 0.001 35 T 0.007 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.922 0.037 0.006 0.002 36 V 0.016 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.007 0.885 0.060 0.005 0.004 37 I 0.010 0.005 0.001 0.001 0.017 0.003 0.014 0.851 0.090 0.005 0.003 38 A 0.029 0.016 0.003 0.001 0.038 0.004 0.051 0.732 0.105 0.011 0.009 39 F 0.044 0.034 0.018 0.009 0.059 0.023 0.158 0.469 0.101 0.055 0.029 40 A 0.093 0.164 0.048 0.016 0.147 0.022 0.105 0.206 0.082 0.073 0.043 41 N 0.092 0.059 0.045 0.026 0.072 0.024 0.051 0.075 0.060 0.333 0.162 42 E 0.060 0.276 0.290 0.037 0.181 0.020 0.031 0.035 0.023 0.027 0.020 43 P 0.046 0.199 0.098 0.098 0.088 0.086 0.112 0.078 0.081 0.078 0.035 44 G 0.095 0.068 0.139 0.205 0.060 0.050 0.049 0.050 0.049 0.174 0.061 45 L 0.041 0.049 0.120 0.104 0.053 0.062 0.066 0.171 0.158 0.125 0.051 46 D 0.045 0.082 0.109 0.171 0.046 0.117 0.164 0.074 0.076 0.096 0.021 47 G 0.046 0.037 0.040 0.176 0.046 0.063 0.037 0.026 0.051 0.376 0.102 48 G 0.078 0.243 0.073 0.066 0.184 0.037 0.073 0.032 0.042 0.112 0.059 49 Y 0.194 0.062 0.004 0.001 0.723 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 50 L 0.199 0.069 0.003 0.001 0.707 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 51 L 0.477 0.038 0.005 0.002 0.356 0.005 0.005 0.003 0.002 0.005 0.102 52 L 0.118 0.325 0.121 0.036 0.246 0.028 0.019 0.008 0.005 0.036 0.058 53 G 0.215 0.204 0.118 0.032 0.297 0.006 0.006 0.008 0.005 0.032 0.077 54 V 0.099 0.259 0.082 0.032 0.218 0.025 0.027 0.073 0.090 0.044 0.051 55 D 0.126 0.179 0.079 0.035 0.221 0.048 0.064 0.091 0.065 0.052 0.040 56 W 0.073 0.082 0.045 0.023 0.109 0.025 0.053 0.226 0.184 0.128 0.053 57 A 0.077 0.143 0.107 0.024 0.168 0.019 0.040 0.214 0.093 0.079 0.037 58 I 0.085 0.224 0.065 0.024 0.184 0.030 0.053 0.152 0.077 0.071 0.035 59 N 0.095 0.137 0.180 0.073 0.087 0.043 0.058 0.109 0.066 0.097 0.055 60 D 0.039 0.057 0.126 0.070 0.062 0.070 0.107 0.216 0.109 0.101 0.044 61 K 0.040 0.227 0.093 0.120 0.066 0.063 0.152 0.079 0.067 0.069 0.024 62 G 0.034 0.040 0.048 0.111 0.034 0.042 0.020 0.024 0.031 0.452 0.165 63 D 0.084 0.345 0.061 0.009 0.407 0.005 0.014 0.016 0.013 0.022 0.023 64 T 0.343 0.067 0.007 0.001 0.546 0.003 0.003 0.005 0.004 0.004 0.017 65 V 0.162 0.206 0.042 0.020 0.410 0.033 0.028 0.020 0.013 0.015 0.053 66 Y 0.315 0.105 0.039 0.015 0.296 0.013 0.016 0.018 0.015 0.061 0.108 67 R 0.055 0.302 0.267 0.048 0.141 0.024 0.028 0.039 0.030 0.041 0.024 68 P 0.150 0.146 0.109 0.047 0.228 0.024 0.033 0.051 0.045 0.073 0.096 69 V 0.025 0.392 0.147 0.057 0.086 0.034 0.070 0.054 0.082 0.039 0.014 70 G 0.050 0.084 0.144 0.138 0.066 0.035 0.026 0.047 0.046 0.227 0.137 71 L 0.082 0.374 0.140 0.018 0.183 0.007 0.015 0.055 0.040 0.054 0.032 72 P 0.039 0.247 0.136 0.036 0.095 0.092 0.073 0.094 0.051 0.092 0.045 73 D 0.108 0.367 0.239 0.008 0.220 0.002 0.002 0.018 0.006 0.013 0.016 74 P 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.660 0.310 0.009 0.001 75 D 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.008 0.843 0.118 0.013 0.001 76 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.914 0.046 0.025 0.002 77 V 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.929 0.039 0.014 0.003 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.062 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.031 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.975 0.016 0.003 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.044 0.005 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.064 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.037 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.941 0.038 0.006 0.001 85 C 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.816 0.142 0.026 0.003 86 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.787 0.177 0.010 0.001 87 S 0.004 0.014 0.008 0.002 0.010 0.005 0.090 0.599 0.161 0.100 0.006 88 M 0.044 0.042 0.023 0.003 0.058 0.006 0.065 0.368 0.134 0.215 0.043 89 L 0.050 0.338 0.085 0.014 0.138 0.019 0.041 0.082 0.071 0.118 0.045 90 N 0.104 0.172 0.130 0.031 0.161 0.021 0.026 0.080 0.069 0.113 0.093 91 V 0.035 0.392 0.137 0.017 0.136 0.014 0.036 0.080 0.090 0.045 0.018 92 A 0.154 0.225 0.083 0.013 0.273 0.013 0.035 0.062 0.047 0.048 0.047 93 L 0.083 0.266 0.110 0.016 0.228 0.022 0.032 0.052 0.071 0.077 0.041 94 R 0.250 0.249 0.103 0.010 0.303 0.005 0.008 0.014 0.011 0.014 0.033 95 P 0.067 0.339 0.081 0.012 0.283 0.044 0.039 0.051 0.046 0.019 0.020 96 E 0.281 0.114 0.017 0.007 0.447 0.008 0.039 0.016 0.012 0.018 0.042 97 M 0.349 0.102 0.012 0.003 0.470 0.004 0.003 0.006 0.006 0.008 0.037 98 Q 0.143 0.190 0.019 0.005 0.584 0.010 0.015 0.006 0.003 0.004 0.020 99 L 0.405 0.063 0.005 0.001 0.461 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.055 100 E 0.118 0.250 0.056 0.013 0.468 0.020 0.019 0.010 0.005 0.011 0.031 101 Q 0.509 0.080 0.036 0.010 0.265 0.006 0.013 0.009 0.006 0.009 0.057 102 V 0.059 0.058 0.081 0.347 0.053 0.211 0.062 0.032 0.034 0.027 0.036 103 G 0.005 0.026 0.041 0.692 0.005 0.117 0.088 0.012 0.010 0.004 0.002 104 G 0.021 0.003 0.008 0.054 0.009 0.009 0.005 0.006 0.018 0.709 0.157 105 K 0.038 0.592 0.082 0.006 0.215 0.009 0.016 0.006 0.009 0.016 0.010 106 T 0.269 0.044 0.003 0.001 0.652 0.005 0.016 0.001 0.001 0.002 0.007 107 L 0.299 0.034 0.001 0.002 0.648 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 108 L 0.221 0.038 0.002 0.001 0.722 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 109 V 0.240 0.026 0.001 0.001 0.727 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 110 V 0.207 0.065 0.002 0.001 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 111 Y 0.314 0.069 0.008 0.003 0.370 0.002 0.004 0.001 0.001 0.017 0.210 112 V 0.068 0.443 0.200 0.020 0.222 0.009 0.005 0.001 0.002 0.010 0.019 113 P 0.086 0.397 0.180 0.013 0.292 0.006 0.005 0.004 0.004 0.004 0.008 114 E 0.080 0.080 0.031 0.018 0.073 0.030 0.088 0.179 0.302 0.076 0.044 115 A 0.044 0.204 0.106 0.042 0.088 0.050 0.074 0.158 0.100 0.104 0.029 116 D 0.111 0.163 0.064 0.020 0.235 0.015 0.023 0.140 0.082 0.088 0.059 117 V 0.067 0.062 0.029 0.013 0.098 0.024 0.047 0.321 0.219 0.083 0.036 118 T 0.078 0.120 0.042 0.025 0.133 0.035 0.101 0.253 0.097 0.081 0.036 119 H 0.111 0.115 0.065 0.034 0.164 0.024 0.044 0.081 0.064 0.213 0.084 120 K 0.069 0.396 0.207 0.021 0.188 0.012 0.014 0.036 0.018 0.018 0.021 121 P 0.202 0.190 0.037 0.010 0.344 0.012 0.023 0.061 0.037 0.031 0.053 122 I 0.182 0.168 0.033 0.010 0.356 0.013 0.029 0.077 0.044 0.034 0.053 123 Y 0.229 0.150 0.038 0.010 0.363 0.015 0.020 0.060 0.025 0.029 0.062 124 K 0.115 0.215 0.078 0.023 0.261 0.035 0.046 0.107 0.048 0.039 0.033 125 K 0.106 0.107 0.114 0.042 0.110 0.034 0.066 0.172 0.098 0.091 0.060 126 A 0.047 0.109 0.111 0.070 0.090 0.068 0.099 0.156 0.109 0.102 0.040 127 T 0.035 0.303 0.152 0.098 0.091 0.042 0.054 0.046 0.045 0.108 0.026 128 G 0.080 0.072 0.105 0.102 0.074 0.032 0.026 0.033 0.039 0.312 0.123 129 L 0.041 0.236 0.491 0.052 0.102 0.017 0.013 0.012 0.010 0.014 0.012 130 P 0.037 0.054 0.054 0.176 0.033 0.139 0.238 0.096 0.114 0.035 0.025 131 G 0.026 0.036 0.060 0.401 0.022 0.056 0.030 0.021 0.043 0.244 0.061 132 G 0.068 0.257 0.109 0.073 0.174 0.031 0.039 0.026 0.034 0.132 0.057 133 A 0.254 0.094 0.012 0.002 0.581 0.002 0.004 0.005 0.005 0.008 0.032 134 Y 0.257 0.133 0.009 0.002 0.553 0.003 0.004 0.004 0.003 0.004 0.027 135 R 0.254 0.135 0.029 0.006 0.492 0.011 0.010 0.006 0.003 0.006 0.047 136 R 0.308 0.133 0.089 0.027 0.285 0.015 0.013 0.011 0.006 0.018 0.096 137 I 0.079 0.185 0.078 0.122 0.130 0.084 0.121 0.050 0.037 0.067 0.048 138 G 0.038 0.093 0.182 0.369 0.048 0.054 0.022 0.021 0.018 0.117 0.038 139 S 0.071 0.138 0.122 0.097 0.162 0.035 0.027 0.094 0.101 0.103 0.049 140 S 0.043 0.100 0.059 0.033 0.070 0.061 0.088 0.216 0.182 0.115 0.032 141 D 0.097 0.114 0.064 0.025 0.139 0.018 0.033 0.120 0.090 0.212 0.089 142 Q 0.118 0.237 0.070 0.011 0.261 0.015 0.024 0.105 0.073 0.048 0.037 143 R 0.129 0.185 0.048 0.013 0.246 0.029 0.059 0.127 0.064 0.052 0.048 144 C 0.268 0.115 0.029 0.013 0.294 0.013 0.024 0.069 0.038 0.064 0.073 145 V 0.131 0.224 0.076 0.027 0.308 0.028 0.029 0.073 0.029 0.037 0.038