# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.397 0.271 0.177 0.096 0.049 0.009 0.001 2 R 0.505 0.288 0.133 0.058 0.014 0.002 0.001 3 S 0.552 0.280 0.119 0.039 0.009 0.002 0.001 4 A 0.328 0.227 0.236 0.162 0.040 0.006 0.001 5 T 0.630 0.302 0.055 0.010 0.002 0.001 0.001 6 D 0.295 0.479 0.156 0.062 0.007 0.001 0.001 7 L 0.024 0.066 0.163 0.309 0.347 0.090 0.002 8 L 0.029 0.087 0.197 0.398 0.223 0.064 0.001 9 D 0.358 0.466 0.130 0.034 0.011 0.002 0.001 10 E 0.136 0.354 0.258 0.197 0.049 0.006 0.001 11 L 0.027 0.070 0.169 0.257 0.342 0.131 0.004 12 N 0.096 0.189 0.298 0.282 0.111 0.023 0.001 13 A 0.438 0.336 0.157 0.050 0.015 0.004 0.001 14 V 0.298 0.224 0.218 0.185 0.063 0.011 0.001 15 D 0.601 0.310 0.060 0.019 0.008 0.002 0.001 16 E 0.185 0.207 0.222 0.227 0.118 0.038 0.003 17 S 0.338 0.257 0.197 0.115 0.072 0.020 0.002 18 A 0.313 0.329 0.200 0.110 0.035 0.012 0.001 19 R 0.148 0.233 0.243 0.190 0.129 0.049 0.008 20 I 0.018 0.036 0.070 0.151 0.331 0.339 0.054 21 E 0.021 0.097 0.173 0.238 0.278 0.175 0.019 22 A 0.011 0.037 0.082 0.152 0.292 0.369 0.056 23 K 0.013 0.054 0.168 0.277 0.310 0.164 0.012 24 R 0.090 0.224 0.307 0.250 0.104 0.023 0.001 25 A 0.142 0.247 0.301 0.215 0.081 0.014 0.001 26 S 0.546 0.338 0.082 0.026 0.008 0.001 0.001 27 D 0.674 0.287 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 28 M 0.330 0.319 0.218 0.105 0.025 0.003 0.001 29 G 0.262 0.310 0.263 0.130 0.031 0.004 0.001 30 K 0.485 0.381 0.099 0.027 0.006 0.001 0.001 31 S 0.140 0.353 0.306 0.156 0.040 0.004 0.001 32 V 0.009 0.036 0.073 0.183 0.396 0.278 0.025 33 M 0.005 0.036 0.117 0.307 0.314 0.204 0.017 34 E 0.016 0.098 0.241 0.312 0.201 0.118 0.014 35 T 0.003 0.016 0.076 0.191 0.353 0.288 0.074 36 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.388 0.566 37 I 0.001 0.001 0.004 0.013 0.055 0.269 0.656 38 A 0.001 0.003 0.007 0.018 0.052 0.218 0.702 39 F 0.001 0.002 0.005 0.014 0.065 0.288 0.625 40 A 0.001 0.003 0.004 0.011 0.056 0.334 0.591 41 N 0.007 0.024 0.039 0.080 0.206 0.351 0.294 42 E 0.048 0.101 0.110 0.181 0.216 0.244 0.101 43 P 0.077 0.135 0.201 0.224 0.183 0.148 0.033 44 G 0.123 0.166 0.209 0.231 0.150 0.101 0.020 45 L 0.165 0.157 0.187 0.183 0.183 0.103 0.023 46 D 0.293 0.270 0.175 0.134 0.074 0.041 0.013 47 G 0.211 0.272 0.197 0.145 0.097 0.057 0.021 48 G 0.023 0.046 0.078 0.179 0.324 0.273 0.077 49 Y 0.010 0.041 0.100 0.177 0.291 0.284 0.096 50 L 0.002 0.004 0.009 0.031 0.084 0.400 0.469 51 L 0.002 0.004 0.014 0.048 0.114 0.338 0.481 52 L 0.001 0.002 0.005 0.016 0.073 0.352 0.551 53 G 0.003 0.011 0.031 0.067 0.151 0.333 0.403 54 V 0.002 0.009 0.017 0.046 0.169 0.501 0.255 55 D 0.046 0.162 0.209 0.238 0.225 0.105 0.015 56 W 0.040 0.099 0.214 0.288 0.239 0.112 0.007 57 A 0.136 0.223 0.282 0.209 0.113 0.036 0.001 58 I 0.297 0.258 0.221 0.147 0.064 0.013 0.001 59 N 0.639 0.268 0.061 0.023 0.008 0.001 0.001 60 D 0.736 0.193 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 61 K 0.780 0.164 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 62 G 0.825 0.155 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 63 D 0.650 0.237 0.079 0.028 0.006 0.001 0.001 64 T 0.621 0.288 0.067 0.019 0.004 0.001 0.001 65 V 0.309 0.331 0.208 0.108 0.036 0.008 0.001 66 Y 0.133 0.185 0.248 0.248 0.147 0.038 0.003 67 R 0.067 0.185 0.245 0.254 0.169 0.074 0.006 68 P 0.043 0.070 0.119 0.199 0.284 0.250 0.033 69 V 0.050 0.138 0.229 0.264 0.199 0.109 0.011 70 G 0.054 0.118 0.172 0.229 0.263 0.148 0.016 71 L 0.046 0.092 0.192 0.278 0.265 0.118 0.010 72 P 0.326 0.364 0.176 0.090 0.036 0.007 0.001 73 D 0.389 0.316 0.174 0.086 0.028 0.007 0.001 74 P 0.373 0.256 0.184 0.129 0.048 0.009 0.001 75 D 0.589 0.310 0.074 0.020 0.006 0.001 0.001 76 K 0.334 0.408 0.175 0.068 0.013 0.002 0.001 77 V 0.066 0.106 0.224 0.303 0.246 0.052 0.002 78 Q 0.088 0.231 0.307 0.257 0.094 0.022 0.001 79 R 0.371 0.414 0.147 0.049 0.015 0.003 0.001 80 D 0.058 0.209 0.338 0.294 0.089 0.013 0.001 81 L 0.013 0.028 0.049 0.121 0.408 0.350 0.031 82 A 0.019 0.112 0.267 0.395 0.158 0.047 0.002 83 S 0.190 0.421 0.234 0.108 0.037 0.011 0.001 84 Q 0.026 0.098 0.259 0.384 0.183 0.046 0.003 85 C 0.016 0.028 0.051 0.117 0.381 0.369 0.038 86 A 0.071 0.214 0.336 0.269 0.085 0.024 0.002 87 S 0.375 0.389 0.142 0.065 0.022 0.007 0.001 88 M 0.115 0.192 0.247 0.272 0.126 0.044 0.004 89 L 0.071 0.081 0.131 0.225 0.311 0.163 0.018 90 N 0.211 0.352 0.227 0.123 0.057 0.026 0.004 91 V 0.147 0.177 0.186 0.216 0.174 0.087 0.014 92 A 0.142 0.235 0.225 0.193 0.127 0.065 0.014 93 L 0.047 0.068 0.104 0.199 0.279 0.245 0.059 94 R 0.083 0.185 0.226 0.227 0.159 0.097 0.023 95 P 0.056 0.077 0.114 0.208 0.262 0.232 0.051 96 E 0.093 0.248 0.244 0.202 0.138 0.063 0.011 97 M 0.040 0.056 0.098 0.216 0.294 0.251 0.046 98 Q 0.080 0.205 0.237 0.234 0.173 0.066 0.005 99 L 0.117 0.222 0.261 0.220 0.127 0.050 0.003 100 E 0.115 0.197 0.262 0.245 0.146 0.033 0.001 101 Q 0.294 0.403 0.181 0.087 0.030 0.006 0.001 102 V 0.112 0.132 0.269 0.308 0.152 0.026 0.001 103 G 0.576 0.334 0.065 0.019 0.006 0.001 0.001 104 G 0.482 0.382 0.093 0.032 0.009 0.002 0.001 105 K 0.082 0.218 0.282 0.286 0.107 0.023 0.001 106 T 0.010 0.070 0.229 0.378 0.220 0.089 0.004 107 L 0.004 0.013 0.053 0.113 0.279 0.412 0.127 108 L 0.001 0.002 0.007 0.023 0.138 0.540 0.290 109 V 0.002 0.014 0.061 0.203 0.270 0.314 0.137 110 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.062 0.514 0.410 111 Y 0.002 0.019 0.082 0.201 0.318 0.290 0.088 112 V 0.004 0.016 0.038 0.127 0.314 0.418 0.083 113 P 0.055 0.227 0.263 0.211 0.184 0.056 0.003 114 E 0.160 0.279 0.240 0.195 0.087 0.037 0.002 115 A 0.155 0.185 0.232 0.221 0.161 0.043 0.003 116 D 0.385 0.318 0.163 0.090 0.032 0.011 0.001 117 V 0.266 0.223 0.219 0.165 0.089 0.033 0.004 118 T 0.304 0.283 0.199 0.130 0.058 0.022 0.003 119 H 0.204 0.235 0.197 0.173 0.126 0.055 0.009 120 K 0.059 0.125 0.166 0.226 0.242 0.153 0.030 121 P 0.032 0.051 0.065 0.128 0.271 0.362 0.091 122 I 0.020 0.050 0.092 0.169 0.275 0.320 0.074 123 Y 0.021 0.058 0.109 0.160 0.273 0.310 0.069 124 K 0.036 0.099 0.186 0.260 0.266 0.136 0.017 125 K 0.132 0.235 0.261 0.224 0.108 0.037 0.002 126 A 0.358 0.264 0.203 0.116 0.045 0.013 0.001 127 T 0.632 0.239 0.086 0.032 0.008 0.002 0.001 128 G 0.542 0.280 0.111 0.051 0.013 0.003 0.001 129 L 0.260 0.252 0.231 0.169 0.072 0.016 0.001 130 P 0.356 0.363 0.155 0.083 0.034 0.008 0.001 131 G 0.278 0.386 0.171 0.098 0.050 0.016 0.001 132 G 0.045 0.142 0.214 0.313 0.208 0.072 0.007 133 A 0.013 0.055 0.134 0.251 0.296 0.226 0.026 134 Y 0.009 0.027 0.050 0.111 0.263 0.442 0.097 135 R 0.013 0.060 0.145 0.275 0.274 0.206 0.027 136 R 0.020 0.056 0.125 0.236 0.294 0.240 0.029 137 I 0.049 0.120 0.220 0.270 0.215 0.117 0.009 138 G 0.216 0.239 0.227 0.185 0.103 0.029 0.002 139 S 0.568 0.285 0.091 0.039 0.013 0.003 0.001 140 S 0.714 0.214 0.046 0.018 0.007 0.002 0.001 141 D 0.685 0.213 0.062 0.028 0.009 0.002 0.001 142 Q 0.597 0.235 0.107 0.043 0.015 0.003 0.001 143 R 0.580 0.275 0.096 0.035 0.011 0.003 0.001 144 C 0.293 0.173 0.196 0.186 0.104 0.043 0.005 145 V 0.351 0.177 0.169 0.148 0.095 0.052 0.007