# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.072 0.098 0.128 0.154 0.162 0.118 0.073 0.046 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 2 R 0.350 0.186 0.148 0.127 0.092 0.048 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 S 0.392 0.237 0.157 0.109 0.056 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 A 0.158 0.113 0.115 0.168 0.168 0.144 0.063 0.028 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 5 T 0.418 0.277 0.148 0.091 0.041 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.637 0.257 0.081 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.100 0.084 0.116 0.158 0.225 0.175 0.081 0.041 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 8 L 0.039 0.056 0.099 0.187 0.231 0.141 0.139 0.066 0.028 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 9 D 0.659 0.260 0.057 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.423 0.308 0.167 0.054 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.074 0.056 0.104 0.156 0.231 0.166 0.120 0.063 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 12 N 0.148 0.129 0.175 0.151 0.174 0.122 0.065 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.531 0.171 0.124 0.080 0.051 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.292 0.165 0.148 0.162 0.118 0.062 0.027 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 15 D 0.315 0.178 0.151 0.123 0.114 0.054 0.028 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.118 0.087 0.099 0.177 0.190 0.139 0.080 0.058 0.024 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 17 S 0.251 0.178 0.150 0.139 0.117 0.072 0.043 0.020 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 18 A 0.116 0.061 0.093 0.138 0.158 0.144 0.095 0.056 0.049 0.048 0.027 0.009 0.004 0.002 19 R 0.046 0.049 0.068 0.137 0.184 0.132 0.120 0.092 0.076 0.049 0.026 0.014 0.004 0.003 20 I 0.016 0.008 0.011 0.026 0.039 0.082 0.096 0.186 0.148 0.169 0.118 0.060 0.035 0.007 21 E 0.029 0.043 0.055 0.113 0.120 0.099 0.123 0.164 0.102 0.067 0.043 0.028 0.009 0.005 22 A 0.017 0.012 0.018 0.031 0.049 0.099 0.114 0.183 0.145 0.167 0.098 0.044 0.017 0.005 23 K 0.052 0.053 0.081 0.118 0.174 0.138 0.117 0.109 0.072 0.047 0.021 0.012 0.004 0.002 24 R 0.077 0.078 0.116 0.160 0.164 0.126 0.097 0.073 0.051 0.037 0.014 0.005 0.002 0.001 25 A 0.147 0.099 0.129 0.159 0.180 0.125 0.062 0.039 0.037 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 26 S 0.359 0.211 0.153 0.140 0.072 0.031 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.630 0.217 0.082 0.040 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 M 0.313 0.211 0.177 0.140 0.082 0.043 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.333 0.189 0.145 0.114 0.103 0.062 0.030 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.364 0.259 0.165 0.104 0.067 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.238 0.254 0.198 0.142 0.095 0.042 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.014 0.017 0.033 0.090 0.170 0.219 0.198 0.180 0.056 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 33 M 0.015 0.029 0.061 0.149 0.202 0.203 0.188 0.098 0.031 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 34 E 0.257 0.264 0.195 0.101 0.065 0.048 0.034 0.016 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 35 T 0.030 0.043 0.094 0.150 0.170 0.175 0.169 0.075 0.045 0.023 0.013 0.008 0.002 0.002 36 V 0.006 0.006 0.016 0.032 0.067 0.112 0.178 0.269 0.165 0.089 0.033 0.014 0.009 0.003 37 I 0.015 0.014 0.018 0.036 0.071 0.105 0.136 0.153 0.151 0.130 0.062 0.056 0.034 0.019 38 A 0.018 0.012 0.018 0.031 0.046 0.074 0.087 0.104 0.132 0.150 0.154 0.095 0.050 0.027 39 F 0.017 0.011 0.018 0.037 0.056 0.081 0.089 0.063 0.135 0.128 0.148 0.122 0.047 0.046 40 A 0.017 0.015 0.021 0.044 0.059 0.094 0.137 0.160 0.161 0.103 0.100 0.053 0.022 0.014 41 N 0.019 0.028 0.036 0.063 0.098 0.141 0.126 0.217 0.113 0.071 0.050 0.020 0.013 0.005 42 E 0.086 0.096 0.099 0.145 0.167 0.123 0.083 0.067 0.063 0.036 0.018 0.010 0.004 0.003 43 P 0.080 0.103 0.126 0.213 0.177 0.108 0.076 0.042 0.039 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 44 G 0.168 0.208 0.181 0.156 0.102 0.082 0.048 0.023 0.021 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 45 L 0.054 0.111 0.153 0.194 0.163 0.138 0.087 0.053 0.025 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 46 D 0.100 0.181 0.196 0.143 0.129 0.089 0.071 0.044 0.022 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 47 G 0.012 0.035 0.061 0.098 0.150 0.161 0.142 0.120 0.090 0.067 0.039 0.012 0.010 0.005 48 G 0.001 0.002 0.006 0.019 0.041 0.065 0.129 0.164 0.185 0.148 0.119 0.063 0.036 0.020 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.021 0.045 0.124 0.162 0.216 0.220 0.096 0.066 0.039 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.055 0.132 0.249 0.305 0.124 0.112 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.065 0.140 0.292 0.236 0.143 0.093 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.068 0.138 0.239 0.244 0.162 0.117 53 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.134 0.153 0.206 0.219 0.130 0.083 0.056 54 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 0.034 0.162 0.142 0.212 0.199 0.100 0.079 0.041 55 D 0.005 0.021 0.036 0.065 0.131 0.116 0.130 0.120 0.148 0.105 0.062 0.032 0.009 0.019 56 W 0.011 0.044 0.078 0.124 0.157 0.149 0.149 0.112 0.085 0.052 0.029 0.006 0.002 0.002 57 A 0.096 0.165 0.169 0.151 0.140 0.130 0.065 0.043 0.028 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 58 I 0.192 0.218 0.189 0.182 0.122 0.047 0.022 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.548 0.219 0.103 0.068 0.038 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.605 0.240 0.094 0.040 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.633 0.212 0.096 0.035 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 G 0.555 0.220 0.131 0.044 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.278 0.189 0.154 0.141 0.118 0.057 0.033 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 T 0.182 0.149 0.148 0.124 0.133 0.098 0.072 0.047 0.023 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 65 V 0.023 0.034 0.046 0.086 0.143 0.144 0.134 0.159 0.086 0.076 0.041 0.020 0.007 0.003 66 Y 0.017 0.017 0.025 0.050 0.061 0.091 0.127 0.152 0.134 0.128 0.093 0.070 0.023 0.012 67 R 0.009 0.012 0.023 0.038 0.064 0.086 0.096 0.167 0.150 0.142 0.103 0.067 0.024 0.019 68 P 0.004 0.002 0.004 0.006 0.012 0.025 0.037 0.090 0.122 0.173 0.195 0.196 0.102 0.033 69 V 0.009 0.013 0.021 0.053 0.060 0.090 0.122 0.146 0.131 0.129 0.104 0.071 0.033 0.018 70 G 0.015 0.019 0.023 0.053 0.076 0.112 0.127 0.120 0.158 0.112 0.106 0.053 0.014 0.012 71 L 0.024 0.034 0.050 0.084 0.120 0.173 0.152 0.139 0.107 0.058 0.039 0.012 0.006 0.003 72 P 0.232 0.219 0.162 0.136 0.104 0.054 0.039 0.026 0.015 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 73 D 0.224 0.190 0.226 0.138 0.095 0.061 0.034 0.013 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 74 P 0.290 0.160 0.141 0.132 0.125 0.076 0.035 0.018 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 75 D 0.576 0.257 0.095 0.044 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.595 0.229 0.112 0.034 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.102 0.081 0.118 0.174 0.230 0.156 0.079 0.038 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.202 0.180 0.183 0.174 0.141 0.063 0.033 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.711 0.193 0.056 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.247 0.249 0.201 0.146 0.094 0.037 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.013 0.012 0.028 0.081 0.175 0.251 0.184 0.148 0.079 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 82 A 0.089 0.138 0.171 0.241 0.192 0.094 0.043 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 83 S 0.704 0.200 0.065 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.093 0.122 0.168 0.197 0.204 0.109 0.063 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 C 0.017 0.018 0.043 0.086 0.170 0.210 0.218 0.151 0.059 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 86 A 0.233 0.213 0.180 0.159 0.112 0.057 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.572 0.197 0.111 0.060 0.030 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 M 0.102 0.102 0.131 0.181 0.215 0.117 0.072 0.039 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 89 L 0.043 0.046 0.076 0.122 0.160 0.186 0.153 0.128 0.042 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 90 N 0.197 0.159 0.147 0.131 0.130 0.087 0.064 0.038 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 91 V 0.062 0.037 0.061 0.111 0.139 0.142 0.116 0.084 0.080 0.087 0.050 0.019 0.010 0.004 92 A 0.041 0.056 0.067 0.115 0.160 0.131 0.128 0.101 0.093 0.051 0.026 0.017 0.007 0.006 93 L 0.013 0.007 0.013 0.025 0.039 0.077 0.101 0.140 0.134 0.185 0.124 0.074 0.050 0.020 94 R 0.014 0.023 0.038 0.082 0.138 0.115 0.145 0.125 0.106 0.083 0.057 0.037 0.018 0.017 95 P 0.009 0.003 0.005 0.010 0.015 0.040 0.053 0.054 0.099 0.195 0.222 0.162 0.090 0.043 96 E 0.017 0.021 0.036 0.085 0.125 0.098 0.145 0.148 0.133 0.081 0.051 0.035 0.013 0.013 97 M 0.007 0.005 0.006 0.012 0.019 0.049 0.067 0.151 0.139 0.185 0.182 0.103 0.062 0.013 98 Q 0.028 0.044 0.059 0.120 0.148 0.141 0.142 0.137 0.086 0.048 0.024 0.014 0.005 0.003 99 L 0.040 0.054 0.071 0.107 0.136 0.125 0.121 0.121 0.096 0.073 0.038 0.012 0.004 0.002 100 E 0.103 0.095 0.138 0.158 0.176 0.145 0.074 0.055 0.032 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 101 Q 0.173 0.197 0.183 0.187 0.126 0.057 0.032 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 102 V 0.076 0.086 0.105 0.195 0.195 0.152 0.080 0.051 0.038 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 103 G 0.223 0.310 0.206 0.137 0.060 0.029 0.019 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 104 G 0.217 0.264 0.222 0.105 0.075 0.056 0.030 0.015 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 105 K 0.013 0.036 0.059 0.126 0.216 0.179 0.143 0.082 0.065 0.040 0.026 0.008 0.005 0.003 106 T 0.003 0.007 0.014 0.032 0.061 0.096 0.156 0.194 0.154 0.112 0.107 0.035 0.019 0.011 107 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.023 0.041 0.116 0.157 0.189 0.194 0.134 0.090 0.041 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.041 0.084 0.161 0.232 0.271 0.122 0.071 109 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.050 0.096 0.188 0.245 0.212 0.116 0.077 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.031 0.075 0.138 0.229 0.274 0.154 0.087 111 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.024 0.062 0.179 0.204 0.195 0.149 0.084 0.037 0.039 112 V 0.001 0.002 0.004 0.007 0.018 0.043 0.067 0.175 0.173 0.183 0.181 0.078 0.043 0.025 113 P 0.015 0.034 0.059 0.077 0.125 0.150 0.144 0.131 0.101 0.076 0.044 0.023 0.011 0.011 114 E 0.042 0.080 0.109 0.135 0.193 0.119 0.102 0.077 0.071 0.043 0.017 0.007 0.003 0.003 115 A 0.051 0.053 0.074 0.116 0.156 0.184 0.133 0.094 0.068 0.042 0.017 0.006 0.003 0.001 116 D 0.176 0.198 0.161 0.162 0.118 0.068 0.053 0.032 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 117 V 0.184 0.120 0.144 0.133 0.135 0.103 0.074 0.047 0.028 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 118 T 0.207 0.138 0.142 0.125 0.132 0.094 0.063 0.041 0.026 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 119 H 0.128 0.093 0.101 0.121 0.136 0.105 0.092 0.082 0.053 0.045 0.026 0.011 0.005 0.002 120 K 0.067 0.058 0.070 0.102 0.121 0.116 0.115 0.126 0.088 0.069 0.037 0.020 0.007 0.004 121 P 0.034 0.024 0.030 0.050 0.074 0.104 0.107 0.165 0.131 0.119 0.084 0.048 0.022 0.008 122 I 0.023 0.023 0.028 0.059 0.080 0.103 0.122 0.158 0.128 0.115 0.080 0.052 0.022 0.009 123 Y 0.030 0.032 0.045 0.076 0.092 0.121 0.133 0.134 0.119 0.093 0.071 0.036 0.012 0.006 124 K 0.071 0.070 0.094 0.115 0.126 0.138 0.113 0.095 0.074 0.045 0.036 0.015 0.005 0.003 125 K 0.145 0.121 0.128 0.139 0.141 0.113 0.073 0.055 0.042 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 126 A 0.231 0.156 0.139 0.154 0.136 0.074 0.042 0.028 0.023 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 127 T 0.382 0.216 0.155 0.117 0.064 0.030 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 G 0.475 0.203 0.142 0.075 0.047 0.028 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.306 0.180 0.165 0.125 0.106 0.055 0.031 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 130 P 0.301 0.194 0.142 0.114 0.104 0.063 0.037 0.022 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 131 G 0.148 0.117 0.122 0.138 0.153 0.108 0.082 0.050 0.033 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 132 G 0.059 0.048 0.060 0.095 0.118 0.127 0.126 0.132 0.089 0.067 0.047 0.020 0.008 0.004 133 A 0.016 0.014 0.019 0.039 0.064 0.102 0.104 0.149 0.135 0.127 0.115 0.072 0.031 0.013 134 Y 0.013 0.013 0.017 0.036 0.045 0.072 0.106 0.139 0.143 0.136 0.131 0.101 0.035 0.013 135 R 0.024 0.030 0.038 0.061 0.069 0.092 0.111 0.169 0.141 0.101 0.097 0.044 0.017 0.007 136 R 0.028 0.036 0.052 0.073 0.097 0.127 0.125 0.140 0.119 0.083 0.067 0.033 0.012 0.006 137 I 0.037 0.041 0.060 0.089 0.137 0.142 0.123 0.135 0.107 0.076 0.031 0.015 0.006 0.003 138 G 0.137 0.124 0.139 0.154 0.155 0.101 0.066 0.046 0.038 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 139 S 0.302 0.174 0.161 0.127 0.096 0.056 0.033 0.020 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 140 S 0.313 0.180 0.147 0.121 0.099 0.061 0.033 0.021 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 141 D 0.262 0.185 0.146 0.136 0.118 0.066 0.039 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 142 Q 0.204 0.123 0.115 0.137 0.143 0.106 0.073 0.048 0.025 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 143 R 0.197 0.126 0.125 0.138 0.145 0.103 0.070 0.047 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 144 C 0.091 0.044 0.056 0.088 0.126 0.146 0.134 0.113 0.080 0.059 0.033 0.019 0.009 0.003 145 V 0.088 0.059 0.074 0.119 0.135 0.156 0.137 0.087 0.060 0.038 0.024 0.015 0.006 0.002