# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 879 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.024 0.689 0.003 0.013 0.040 0.001 0.001 0.029 0.100 0.018 0.056 0.023 2 R 0.002 0.025 0.690 0.002 0.015 0.066 0.001 0.001 0.020 0.082 0.042 0.010 0.045 3 S 0.001 0.035 0.487 0.003 0.041 0.124 0.001 0.001 0.013 0.168 0.093 0.017 0.016 4 A 0.001 0.009 0.522 0.001 0.045 0.248 0.001 0.001 0.005 0.113 0.042 0.003 0.012 5 T 0.001 0.001 0.026 0.001 0.055 0.882 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.056 0.901 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.044 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 12 N 0.001 0.001 0.028 0.001 0.033 0.767 0.001 0.001 0.001 0.017 0.148 0.002 0.002 13 A 0.001 0.006 0.094 0.001 0.050 0.378 0.001 0.001 0.002 0.034 0.424 0.003 0.007 14 V 0.001 0.010 0.387 0.001 0.016 0.148 0.001 0.001 0.005 0.205 0.208 0.007 0.012 15 D 0.001 0.004 0.687 0.002 0.013 0.037 0.001 0.001 0.004 0.124 0.114 0.005 0.010 16 E 0.001 0.005 0.159 0.006 0.070 0.116 0.001 0.001 0.004 0.145 0.473 0.012 0.010 17 S 0.002 0.007 0.196 0.013 0.052 0.092 0.001 0.001 0.006 0.172 0.419 0.008 0.031 18 A 0.019 0.012 0.300 0.016 0.034 0.150 0.003 0.002 0.019 0.150 0.076 0.145 0.074 19 R 0.087 0.014 0.179 0.012 0.009 0.095 0.011 0.003 0.037 0.017 0.016 0.066 0.452 20 I 0.223 0.007 0.057 0.040 0.009 0.095 0.016 0.003 0.022 0.008 0.005 0.366 0.149 21 E 0.276 0.004 0.034 0.050 0.008 0.114 0.015 0.002 0.020 0.005 0.008 0.177 0.289 22 A 0.291 0.003 0.034 0.019 0.013 0.160 0.010 0.001 0.008 0.004 0.007 0.093 0.356 23 K 0.199 0.002 0.036 0.046 0.018 0.245 0.008 0.001 0.007 0.007 0.016 0.300 0.116 24 R 0.115 0.004 0.050 0.006 0.032 0.268 0.004 0.001 0.004 0.014 0.053 0.078 0.373 25 A 0.034 0.008 0.132 0.014 0.062 0.425 0.002 0.001 0.004 0.043 0.102 0.087 0.089 26 S 0.006 0.007 0.138 0.004 0.043 0.405 0.001 0.001 0.002 0.108 0.215 0.033 0.039 27 D 0.001 0.011 0.210 0.002 0.036 0.336 0.001 0.001 0.001 0.105 0.267 0.009 0.022 28 M 0.001 0.010 0.274 0.002 0.037 0.354 0.001 0.001 0.001 0.122 0.182 0.009 0.009 29 G 0.001 0.005 0.201 0.001 0.038 0.604 0.001 0.001 0.001 0.059 0.083 0.002 0.006 30 K 0.001 0.004 0.050 0.001 0.045 0.822 0.001 0.001 0.001 0.030 0.041 0.003 0.002 31 S 0.001 0.005 0.050 0.001 0.049 0.811 0.001 0.001 0.002 0.018 0.046 0.002 0.013 32 V 0.001 0.004 0.037 0.002 0.031 0.877 0.001 0.001 0.002 0.014 0.022 0.004 0.007 33 M 0.001 0.001 0.010 0.002 0.014 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.003 34 E 0.002 0.001 0.008 0.003 0.017 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.002 0.002 35 T 0.004 0.001 0.004 0.001 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.006 36 V 0.017 0.001 0.003 0.002 0.006 0.944 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.007 0.008 37 I 0.070 0.001 0.006 0.015 0.013 0.829 0.006 0.006 0.004 0.003 0.016 0.012 0.018 38 A 0.090 0.002 0.010 0.007 0.018 0.751 0.005 0.005 0.008 0.005 0.063 0.019 0.017 39 F 0.056 0.003 0.030 0.009 0.034 0.658 0.004 0.003 0.008 0.024 0.126 0.007 0.039 40 A 0.053 0.010 0.168 0.005 0.037 0.255 0.003 0.002 0.015 0.076 0.226 0.112 0.039 41 N 0.015 0.021 0.189 0.004 0.025 0.057 0.002 0.002 0.009 0.281 0.278 0.019 0.098 42 E 0.001 0.009 0.522 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.003 0.365 0.061 0.019 0.007 43 P 0.001 0.009 0.193 0.001 0.053 0.017 0.001 0.001 0.002 0.178 0.534 0.003 0.009 44 G 0.001 0.012 0.196 0.002 0.082 0.009 0.001 0.001 0.001 0.161 0.524 0.005 0.006 45 L 0.001 0.004 0.136 0.006 0.095 0.006 0.001 0.001 0.001 0.322 0.419 0.004 0.006 46 D 0.003 0.009 0.117 0.019 0.040 0.003 0.001 0.001 0.002 0.261 0.522 0.010 0.014 47 G 0.027 0.015 0.205 0.051 0.013 0.003 0.005 0.003 0.012 0.406 0.169 0.042 0.048 48 G 0.176 0.012 0.146 0.050 0.002 0.002 0.052 0.027 0.069 0.147 0.024 0.147 0.146 49 Y 0.368 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.232 0.172 0.045 0.004 0.001 0.044 0.110 50 L 0.309 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.344 0.266 0.027 0.001 0.001 0.033 0.014 51 L 0.364 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.267 0.275 0.046 0.001 0.001 0.019 0.023 52 L 0.380 0.001 0.010 0.048 0.001 0.001 0.216 0.136 0.102 0.002 0.001 0.045 0.056 53 G 0.222 0.004 0.069 0.026 0.002 0.002 0.066 0.032 0.270 0.021 0.011 0.155 0.121 54 V 0.146 0.016 0.211 0.017 0.018 0.010 0.020 0.008 0.084 0.048 0.035 0.030 0.357 55 D 0.048 0.013 0.265 0.023 0.040 0.021 0.006 0.002 0.060 0.076 0.037 0.342 0.066 56 W 0.025 0.021 0.216 0.007 0.100 0.069 0.002 0.002 0.012 0.147 0.175 0.028 0.196 57 A 0.022 0.036 0.319 0.011 0.139 0.072 0.002 0.001 0.004 0.116 0.185 0.053 0.039 58 I 0.011 0.023 0.307 0.006 0.088 0.057 0.001 0.001 0.003 0.155 0.250 0.035 0.063 59 N 0.005 0.027 0.279 0.004 0.056 0.030 0.001 0.001 0.001 0.146 0.398 0.018 0.037 60 D 0.002 0.013 0.217 0.007 0.049 0.024 0.001 0.001 0.001 0.160 0.498 0.016 0.015 61 K 0.001 0.005 0.105 0.009 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.153 0.664 0.005 0.012 62 G 0.001 0.007 0.115 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.350 0.477 0.018 0.008 63 D 0.011 0.030 0.537 0.015 0.008 0.003 0.003 0.002 0.015 0.188 0.069 0.052 0.069 64 T 0.071 0.036 0.314 0.042 0.008 0.005 0.024 0.012 0.068 0.072 0.023 0.122 0.204 65 V 0.090 0.018 0.067 0.031 0.003 0.003 0.078 0.033 0.231 0.020 0.009 0.323 0.094 66 Y 0.107 0.021 0.081 0.039 0.004 0.002 0.088 0.053 0.087 0.009 0.004 0.022 0.483 67 R 0.028 0.004 0.053 0.020 0.001 0.001 0.011 0.011 0.080 0.012 0.001 0.767 0.011 68 P 0.016 0.010 0.116 0.004 0.004 0.002 0.021 0.023 0.131 0.023 0.010 0.007 0.634 69 V 0.008 0.017 0.323 0.032 0.020 0.005 0.013 0.029 0.092 0.161 0.109 0.176 0.015 70 G 0.003 0.016 0.406 0.004 0.013 0.002 0.002 0.005 0.054 0.296 0.118 0.014 0.067 71 L 0.001 0.034 0.523 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.013 0.291 0.089 0.013 0.015 72 P 0.001 0.044 0.554 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.007 0.285 0.080 0.007 0.008 73 D 0.001 0.027 0.702 0.001 0.009 0.032 0.001 0.001 0.002 0.195 0.020 0.002 0.009 74 P 0.001 0.002 0.041 0.001 0.051 0.800 0.001 0.001 0.001 0.025 0.079 0.001 0.001 75 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.028 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.029 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 85 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 0.912 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.070 0.697 0.001 0.001 0.001 0.010 0.217 0.001 0.001 88 M 0.001 0.001 0.032 0.001 0.050 0.443 0.001 0.001 0.002 0.044 0.425 0.001 0.001 89 L 0.002 0.007 0.287 0.004 0.048 0.216 0.001 0.001 0.017 0.149 0.250 0.005 0.012 90 N 0.002 0.009 0.620 0.008 0.015 0.058 0.001 0.001 0.045 0.136 0.056 0.039 0.009 91 V 0.005 0.019 0.398 0.012 0.027 0.060 0.004 0.006 0.116 0.147 0.109 0.012 0.083 92 A 0.004 0.013 0.446 0.020 0.011 0.021 0.004 0.008 0.201 0.150 0.041 0.065 0.017 93 L 0.006 0.011 0.368 0.013 0.010 0.009 0.010 0.012 0.300 0.068 0.029 0.010 0.154 94 R 0.004 0.006 0.434 0.037 0.002 0.001 0.004 0.011 0.243 0.076 0.006 0.160 0.014 95 P 0.015 0.006 0.180 0.011 0.003 0.002 0.021 0.028 0.372 0.024 0.006 0.017 0.315 96 E 0.033 0.009 0.135 0.071 0.004 0.002 0.018 0.038 0.333 0.028 0.005 0.282 0.042 97 M 0.096 0.003 0.037 0.022 0.003 0.001 0.055 0.024 0.242 0.005 0.002 0.026 0.483 98 Q 0.125 0.002 0.027 0.067 0.002 0.001 0.017 0.007 0.091 0.005 0.002 0.617 0.037 99 L 0.162 0.002 0.018 0.008 0.001 0.001 0.014 0.002 0.015 0.002 0.001 0.019 0.756 100 E 0.097 0.002 0.015 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.002 0.001 0.829 0.028 101 Q 0.061 0.006 0.028 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.002 0.001 0.015 0.871 102 V 0.014 0.002 0.151 0.047 0.006 0.001 0.002 0.001 0.006 0.039 0.061 0.616 0.054 103 G 0.001 0.001 0.025 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.801 0.012 0.036 104 G 0.001 0.001 0.051 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.431 0.472 0.020 0.008 105 K 0.048 0.012 0.370 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.170 0.012 0.235 0.111 106 T 0.172 0.004 0.045 0.006 0.001 0.001 0.056 0.004 0.029 0.006 0.002 0.048 0.628 107 L 0.382 0.001 0.006 0.075 0.001 0.001 0.320 0.057 0.031 0.001 0.001 0.077 0.049 108 L 0.460 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.274 0.125 0.024 0.001 0.001 0.077 0.016 109 V 0.499 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.255 0.174 0.016 0.001 0.001 0.013 0.036 110 V 0.258 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.504 0.148 0.066 0.001 0.001 0.016 0.007 111 Y 0.376 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.302 0.143 0.075 0.002 0.001 0.013 0.069 112 V 0.066 0.006 0.437 0.004 0.001 0.001 0.015 0.011 0.162 0.026 0.002 0.219 0.049 113 P 0.006 0.005 0.598 0.009 0.008 0.003 0.002 0.002 0.058 0.171 0.078 0.006 0.053 114 E 0.002 0.016 0.330 0.004 0.113 0.010 0.001 0.001 0.007 0.218 0.283 0.008 0.008 115 A 0.003 0.017 0.345 0.003 0.102 0.007 0.001 0.001 0.004 0.306 0.186 0.013 0.013 116 D 0.004 0.021 0.607 0.001 0.088 0.010 0.001 0.001 0.002 0.155 0.074 0.010 0.027 117 V 0.002 0.015 0.191 0.003 0.161 0.049 0.001 0.001 0.001 0.092 0.469 0.004 0.011 118 T 0.002 0.015 0.149 0.007 0.070 0.021 0.001 0.001 0.001 0.134 0.570 0.021 0.010 119 H 0.006 0.021 0.384 0.008 0.021 0.011 0.001 0.001 0.004 0.273 0.167 0.021 0.084 120 K 0.011 0.020 0.598 0.010 0.004 0.006 0.001 0.001 0.007 0.146 0.027 0.123 0.046 121 P 0.044 0.021 0.438 0.014 0.011 0.015 0.005 0.001 0.016 0.040 0.028 0.076 0.292 122 I 0.152 0.016 0.160 0.027 0.018 0.023 0.015 0.003 0.026 0.018 0.014 0.296 0.233 123 Y 0.336 0.011 0.052 0.022 0.014 0.016 0.025 0.003 0.022 0.006 0.005 0.209 0.279 124 K 0.276 0.018 0.069 0.019 0.016 0.015 0.019 0.003 0.018 0.008 0.011 0.209 0.319 125 K 0.119 0.017 0.192 0.021 0.021 0.015 0.008 0.002 0.017 0.037 0.058 0.208 0.286 126 A 0.033 0.008 0.239 0.015 0.029 0.011 0.002 0.001 0.005 0.130 0.296 0.093 0.138 127 T 0.006 0.010 0.147 0.005 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.147 0.541 0.049 0.053 128 G 0.004 0.028 0.178 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.390 0.315 0.033 0.036 129 L 0.003 0.027 0.565 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.249 0.051 0.042 0.048 130 P 0.003 0.014 0.160 0.015 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.164 0.535 0.012 0.061 131 G 0.005 0.008 0.089 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.269 0.515 0.049 0.016 132 G 0.100 0.018 0.290 0.040 0.010 0.004 0.006 0.001 0.005 0.120 0.031 0.108 0.268 133 A 0.350 0.007 0.047 0.009 0.002 0.003 0.025 0.002 0.010 0.009 0.003 0.305 0.227 134 Y 0.515 0.004 0.017 0.008 0.001 0.002 0.050 0.005 0.007 0.002 0.001 0.100 0.287 135 R 0.493 0.003 0.017 0.017 0.001 0.003 0.033 0.004 0.009 0.001 0.001 0.331 0.086 136 R 0.388 0.004 0.033 0.017 0.002 0.004 0.035 0.004 0.018 0.005 0.004 0.170 0.316 137 I 0.159 0.009 0.134 0.036 0.010 0.008 0.017 0.003 0.018 0.037 0.056 0.202 0.310 138 G 0.043 0.009 0.175 0.024 0.009 0.005 0.004 0.001 0.009 0.202 0.219 0.155 0.145 139 S 0.022 0.014 0.256 0.012 0.022 0.009 0.002 0.001 0.003 0.245 0.197 0.053 0.163 140 S 0.014 0.021 0.185 0.017 0.050 0.022 0.002 0.001 0.003 0.246 0.287 0.101 0.052 141 D 0.015 0.033 0.365 0.009 0.064 0.029 0.002 0.001 0.004 0.152 0.169 0.018 0.139 142 Q 0.023 0.020 0.412 0.024 0.075 0.051 0.004 0.001 0.008 0.141 0.068 0.129 0.045 143 R 0.032 0.032 0.365 0.012 0.047 0.049 0.008 0.001 0.015 0.113 0.108 0.084 0.133 144 C 0.026 0.066 0.515 0.012 0.031 0.024 0.005 0.002 0.015 0.084 0.067 0.046 0.108 145 V 0.007 0.017 0.777 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.015 0.058 0.004 0.078 0.031