# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 879 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.041 0.201 0.166 0.008 0.053 0.031 0.012 0.013 0.008 0.035 0.057 0.190 0.008 0.023 0.062 2 R 0.043 0.074 0.192 0.142 0.009 0.147 0.014 0.013 0.009 0.007 0.034 0.038 0.215 0.004 0.011 0.049 3 S 0.032 0.095 0.071 0.193 0.005 0.139 0.006 0.011 0.006 0.007 0.123 0.073 0.210 0.003 0.005 0.022 4 A 0.009 0.013 0.011 0.012 0.004 0.383 0.007 0.003 0.002 0.002 0.150 0.163 0.234 0.005 0.002 0.003 5 T 0.002 0.010 0.004 0.006 0.001 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.545 0.123 0.284 0.002 0.004 0.002 6 D 0.001 0.008 0.004 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.593 0.346 0.001 0.005 0.005 7 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.950 0.001 0.002 0.006 8 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.962 0.005 0.001 0.002 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.969 0.002 0.005 0.003 10 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.004 0.002 0.027 11 L 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.936 0.013 0.007 0.015 12 N 0.002 0.007 0.031 0.008 0.001 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.846 0.010 0.031 0.045 13 A 0.007 0.011 0.036 0.022 0.010 0.012 0.096 0.001 0.003 0.001 0.006 0.004 0.351 0.270 0.013 0.155 14 V 0.066 0.047 0.159 0.035 0.001 0.020 0.022 0.030 0.002 0.001 0.015 0.016 0.240 0.009 0.287 0.051 15 D 0.021 0.038 0.097 0.032 0.013 0.193 0.058 0.005 0.031 0.028 0.050 0.027 0.213 0.022 0.012 0.160 16 E 0.178 0.097 0.047 0.061 0.006 0.043 0.015 0.022 0.004 0.001 0.277 0.050 0.140 0.015 0.026 0.018 17 S 0.015 0.251 0.152 0.089 0.001 0.062 0.009 0.011 0.024 0.006 0.020 0.237 0.067 0.004 0.017 0.033 18 A 0.056 0.077 0.371 0.238 0.001 0.038 0.006 0.003 0.007 0.001 0.031 0.021 0.095 0.001 0.009 0.045 19 R 0.031 0.066 0.448 0.379 0.001 0.021 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.011 0.016 0.001 0.001 0.017 20 I 0.014 0.013 0.305 0.611 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.001 0.001 0.002 21 E 0.001 0.020 0.067 0.891 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 22 A 0.002 0.004 0.009 0.838 0.005 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 23 K 0.001 0.094 0.026 0.763 0.011 0.050 0.001 0.008 0.002 0.001 0.013 0.009 0.021 0.001 0.001 0.001 24 R 0.003 0.037 0.012 0.709 0.033 0.113 0.004 0.010 0.005 0.003 0.015 0.015 0.035 0.002 0.001 0.003 25 A 0.011 0.080 0.114 0.178 0.120 0.178 0.033 0.045 0.006 0.005 0.058 0.026 0.102 0.021 0.009 0.014 26 S 0.014 0.070 0.032 0.121 0.031 0.268 0.015 0.098 0.011 0.012 0.129 0.051 0.083 0.007 0.043 0.014 27 D 0.021 0.095 0.038 0.030 0.084 0.051 0.113 0.015 0.029 0.022 0.192 0.096 0.070 0.086 0.012 0.046 28 M 0.072 0.043 0.040 0.033 0.003 0.048 0.010 0.111 0.004 0.004 0.098 0.190 0.129 0.004 0.197 0.014 29 G 0.012 0.009 0.033 0.008 0.001 0.098 0.008 0.003 0.027 0.042 0.142 0.127 0.425 0.003 0.006 0.056 30 K 0.060 0.029 0.012 0.018 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.216 0.183 0.454 0.001 0.007 0.004 31 S 0.002 0.007 0.017 0.009 0.001 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 0.375 0.499 0.002 0.001 0.007 32 V 0.002 0.002 0.012 0.006 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.041 0.028 0.894 0.001 0.002 0.003 33 M 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.929 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.978 0.001 0.002 0.002 35 T 0.002 0.003 0.026 0.059 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.865 0.002 0.001 0.017 36 V 0.005 0.003 0.123 0.082 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.765 0.001 0.002 0.003 37 I 0.001 0.007 0.034 0.264 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.655 0.004 0.001 0.008 38 A 0.002 0.016 0.021 0.420 0.021 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.448 0.018 0.004 0.010 39 F 0.002 0.040 0.083 0.372 0.104 0.040 0.038 0.022 0.003 0.002 0.009 0.006 0.119 0.119 0.012 0.029 40 A 0.013 0.054 0.116 0.219 0.036 0.151 0.029 0.107 0.009 0.007 0.021 0.010 0.065 0.019 0.102 0.042 41 N 0.032 0.202 0.079 0.182 0.015 0.128 0.013 0.026 0.076 0.027 0.042 0.016 0.032 0.003 0.016 0.110 42 E 0.138 0.156 0.063 0.074 0.147 0.075 0.121 0.011 0.019 0.019 0.067 0.032 0.021 0.038 0.006 0.015 43 P 0.028 0.069 0.162 0.080 0.061 0.143 0.021 0.218 0.002 0.005 0.073 0.036 0.028 0.010 0.059 0.005 44 G 0.013 0.065 0.051 0.043 0.042 0.164 0.018 0.028 0.100 0.057 0.196 0.105 0.032 0.008 0.011 0.067 45 L 0.091 0.040 0.018 0.014 0.153 0.029 0.144 0.016 0.016 0.008 0.197 0.148 0.030 0.070 0.013 0.012 46 D 0.015 0.108 0.108 0.029 0.019 0.021 0.040 0.359 0.018 0.009 0.026 0.044 0.017 0.015 0.159 0.012 47 G 0.026 0.114 0.183 0.132 0.001 0.004 0.003 0.020 0.338 0.014 0.008 0.006 0.004 0.001 0.009 0.138 48 G 0.480 0.005 0.245 0.248 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 49 Y 0.028 0.004 0.646 0.312 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.004 0.022 0.957 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.002 0.002 0.267 0.701 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.033 0.004 0.724 0.003 0.013 0.001 0.215 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 53 G 0.001 0.015 0.013 0.624 0.016 0.033 0.001 0.001 0.238 0.037 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 54 V 0.463 0.026 0.046 0.316 0.036 0.074 0.001 0.008 0.001 0.002 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 55 D 0.001 0.129 0.052 0.119 0.021 0.581 0.002 0.025 0.004 0.005 0.027 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 56 W 0.004 0.085 0.008 0.352 0.020 0.063 0.004 0.019 0.008 0.003 0.378 0.034 0.014 0.002 0.003 0.002 57 A 0.014 0.089 0.057 0.097 0.030 0.052 0.040 0.019 0.019 0.012 0.064 0.388 0.065 0.019 0.021 0.015 58 I 0.020 0.082 0.156 0.166 0.016 0.033 0.040 0.038 0.014 0.005 0.041 0.044 0.213 0.009 0.049 0.074 59 N 0.044 0.032 0.116 0.057 0.043 0.222 0.046 0.018 0.029 0.030 0.041 0.064 0.177 0.013 0.017 0.054 60 D 0.016 0.017 0.014 0.005 0.234 0.017 0.182 0.009 0.003 0.002 0.133 0.012 0.029 0.315 0.004 0.007 61 K 0.007 0.037 0.016 0.013 0.003 0.005 0.005 0.398 0.005 0.001 0.013 0.032 0.008 0.004 0.451 0.005 62 G 0.014 0.012 0.069 0.014 0.002 0.009 0.025 0.004 0.311 0.180 0.013 0.016 0.029 0.007 0.015 0.280 63 D 0.757 0.052 0.083 0.045 0.001 0.004 0.002 0.005 0.008 0.001 0.005 0.005 0.008 0.001 0.008 0.018 64 T 0.064 0.050 0.525 0.236 0.001 0.080 0.002 0.002 0.010 0.003 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.014 65 V 0.020 0.085 0.396 0.487 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.003 0.006 0.040 0.933 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.001 0.012 0.111 0.842 0.016 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 P 0.001 0.003 0.002 0.214 0.713 0.059 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 V 0.001 0.079 0.007 0.368 0.006 0.025 0.001 0.489 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 70 G 0.003 0.034 0.012 0.390 0.006 0.032 0.001 0.003 0.270 0.212 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.014 71 L 0.516 0.027 0.030 0.121 0.026 0.211 0.003 0.005 0.002 0.001 0.029 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 72 P 0.005 0.304 0.183 0.342 0.002 0.048 0.001 0.027 0.003 0.002 0.039 0.031 0.008 0.001 0.002 0.003 73 D 0.006 0.012 0.006 0.036 0.005 0.799 0.002 0.001 0.003 0.010 0.022 0.064 0.032 0.001 0.001 0.001 74 P 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.895 0.018 0.050 0.001 0.001 0.001 75 D 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.890 0.048 0.001 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.116 0.846 0.001 0.003 0.005 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.968 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 85 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.010 0.002 0.002 86 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.056 0.012 0.007 87 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.817 0.020 0.084 0.062 88 M 0.009 0.006 0.038 0.003 0.001 0.001 0.073 0.001 0.006 0.001 0.003 0.003 0.192 0.196 0.018 0.450 89 L 0.124 0.016 0.274 0.020 0.001 0.002 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.137 0.005 0.332 0.055 90 N 0.014 0.030 0.438 0.058 0.004 0.057 0.016 0.001 0.012 0.007 0.002 0.001 0.041 0.005 0.002 0.311 91 V 0.331 0.057 0.078 0.290 0.004 0.124 0.005 0.008 0.002 0.001 0.049 0.006 0.034 0.002 0.004 0.006 92 A 0.005 0.378 0.197 0.351 0.005 0.021 0.004 0.003 0.006 0.001 0.003 0.016 0.004 0.001 0.001 0.005 93 L 0.011 0.020 0.075 0.868 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 94 R 0.003 0.040 0.241 0.680 0.003 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 95 P 0.012 0.010 0.021 0.913 0.001 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.001 0.085 0.034 0.875 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.002 0.002 0.012 0.968 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 Q 0.001 0.045 0.057 0.882 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.001 0.002 0.002 0.961 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.043 0.047 0.864 0.019 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.001 0.001 0.032 0.930 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.004 0.002 0.004 0.857 0.005 0.012 0.097 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 103 G 0.001 0.009 0.002 0.007 0.003 0.004 0.001 0.772 0.039 0.078 0.005 0.003 0.001 0.001 0.074 0.002 104 G 0.024 0.024 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.790 0.038 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.091 105 K 0.922 0.013 0.041 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.012 0.021 0.878 0.086 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.003 0.007 0.088 0.893 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.001 0.010 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Y 0.001 0.002 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.006 0.001 0.867 0.019 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 P 0.001 0.044 0.001 0.260 0.034 0.629 0.001 0.014 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.001 0.360 0.001 0.384 0.007 0.045 0.001 0.018 0.007 0.001 0.155 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.012 0.190 0.069 0.343 0.021 0.080 0.005 0.013 0.014 0.016 0.025 0.201 0.005 0.001 0.004 0.003 116 D 0.022 0.026 0.094 0.043 0.029 0.564 0.011 0.009 0.005 0.004 0.087 0.028 0.058 0.003 0.004 0.014 117 V 0.016 0.101 0.034 0.057 0.020 0.037 0.015 0.019 0.009 0.002 0.532 0.085 0.033 0.021 0.006 0.013 118 T 0.016 0.200 0.095 0.088 0.002 0.034 0.013 0.045 0.017 0.005 0.016 0.279 0.033 0.007 0.128 0.023 119 H 0.015 0.079 0.356 0.152 0.001 0.008 0.006 0.003 0.035 0.002 0.006 0.005 0.029 0.001 0.007 0.297 120 K 0.224 0.013 0.444 0.271 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.013 121 P 0.018 0.013 0.562 0.277 0.005 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 122 I 0.002 0.037 0.019 0.878 0.007 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.001 0.042 0.017 0.886 0.009 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 124 K 0.004 0.016 0.058 0.780 0.021 0.078 0.002 0.010 0.002 0.001 0.010 0.005 0.011 0.001 0.001 0.002 125 K 0.007 0.049 0.043 0.412 0.078 0.277 0.005 0.022 0.014 0.005 0.041 0.021 0.020 0.002 0.002 0.004 126 A 0.005 0.069 0.014 0.089 0.448 0.053 0.080 0.021 0.007 0.006 0.077 0.020 0.009 0.095 0.003 0.003 127 T 0.004 0.048 0.029 0.067 0.016 0.017 0.005 0.491 0.005 0.004 0.014 0.012 0.011 0.003 0.269 0.005 128 G 0.009 0.029 0.091 0.071 0.010 0.012 0.003 0.005 0.249 0.063 0.007 0.006 0.008 0.001 0.003 0.433 129 L 0.556 0.009 0.043 0.016 0.159 0.022 0.103 0.003 0.007 0.006 0.019 0.010 0.009 0.025 0.002 0.010 130 P 0.006 0.043 0.141 0.029 0.046 0.076 0.021 0.553 0.002 0.002 0.018 0.008 0.006 0.007 0.039 0.002 131 G 0.005 0.301 0.018 0.240 0.001 0.007 0.001 0.039 0.307 0.026 0.009 0.008 0.002 0.001 0.006 0.031 132 G 0.548 0.016 0.047 0.282 0.001 0.017 0.001 0.001 0.059 0.005 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.007 133 A 0.036 0.012 0.799 0.145 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.008 0.047 0.933 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 R 0.001 0.004 0.016 0.970 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.001 0.005 0.005 0.436 0.468 0.071 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 137 I 0.002 0.060 0.011 0.377 0.017 0.136 0.001 0.362 0.002 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 138 G 0.003 0.126 0.008 0.234 0.023 0.113 0.002 0.010 0.154 0.243 0.041 0.026 0.003 0.001 0.001 0.011 139 S 0.239 0.116 0.017 0.072 0.018 0.288 0.004 0.022 0.007 0.004 0.118 0.066 0.021 0.001 0.005 0.003 140 S 0.013 0.195 0.115 0.110 0.007 0.058 0.005 0.029 0.015 0.007 0.274 0.110 0.039 0.004 0.007 0.012 141 D 0.045 0.152 0.108 0.108 0.005 0.095 0.017 0.007 0.021 0.005 0.038 0.275 0.072 0.008 0.017 0.025 142 Q 0.028 0.038 0.270 0.134 0.005 0.030 0.027 0.008 0.005 0.001 0.119 0.037 0.231 0.006 0.021 0.039 143 R 0.021 0.085 0.242 0.250 0.008 0.056 0.019 0.009 0.008 0.004 0.016 0.090 0.123 0.009 0.010 0.048 144 C 0.027 0.037 0.160 0.257 0.046 0.098 0.057 0.009 0.008 0.004 0.025 0.020 0.181 0.025 0.010 0.034 145 V 0.019 0.107 0.154 0.324 0.025 0.064 0.023 0.054 0.007 0.004 0.042 0.023 0.097 0.009 0.023 0.025