# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 874 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.058 0.002 0.019 0.019 0.024 0.085 0.008 0.002 0.220 0.485 2 R 0.042 0.180 0.005 0.020 0.023 0.019 0.087 0.006 0.003 0.134 0.480 3 S 0.029 0.429 0.003 0.010 0.014 0.011 0.060 0.005 0.002 0.043 0.395 4 A 0.036 0.825 0.001 0.002 0.003 0.004 0.016 0.005 0.001 0.018 0.090 5 T 0.052 0.728 0.002 0.003 0.003 0.004 0.016 0.006 0.001 0.072 0.114 6 D 0.017 0.815 0.004 0.002 0.002 0.002 0.014 0.003 0.003 0.061 0.076 7 L 0.020 0.901 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.020 0.041 8 L 0.122 0.250 0.009 0.005 0.004 0.005 0.024 0.019 0.007 0.418 0.136 9 D 0.071 0.568 0.028 0.006 0.005 0.006 0.033 0.006 0.013 0.107 0.157 10 E 0.134 0.371 0.013 0.007 0.006 0.007 0.047 0.009 0.006 0.067 0.333 11 L 0.171 0.158 0.023 0.013 0.009 0.015 0.055 0.025 0.010 0.094 0.427 12 N 0.113 0.051 0.004 0.015 0.008 0.015 0.111 0.006 0.004 0.051 0.623 13 A 0.023 0.027 0.005 0.017 0.011 0.014 0.130 0.003 0.002 0.054 0.716 14 V 0.042 0.024 0.007 0.015 0.010 0.008 0.167 0.005 0.003 0.082 0.637 15 D 0.373 0.042 0.008 0.016 0.007 0.011 0.071 0.011 0.005 0.075 0.381 16 E 0.092 0.025 0.001 0.010 0.006 0.006 0.071 0.003 0.001 0.020 0.766 17 S 0.015 0.049 0.001 0.020 0.011 0.023 0.093 0.001 0.001 0.032 0.755 18 A 0.016 0.113 0.002 0.058 0.052 0.090 0.115 0.003 0.001 0.053 0.499 19 R 0.021 0.159 0.002 0.047 0.111 0.245 0.070 0.006 0.001 0.050 0.289 20 I 0.030 0.277 0.002 0.030 0.148 0.131 0.039 0.006 0.001 0.037 0.300 21 E 0.033 0.378 0.002 0.039 0.161 0.153 0.025 0.004 0.001 0.040 0.163 22 A 0.055 0.134 0.003 0.038 0.106 0.233 0.050 0.005 0.002 0.135 0.239 23 K 0.056 0.162 0.008 0.031 0.102 0.132 0.071 0.005 0.003 0.097 0.332 24 R 0.093 0.203 0.006 0.013 0.054 0.070 0.056 0.008 0.003 0.052 0.441 25 A 0.207 0.159 0.005 0.010 0.027 0.037 0.045 0.014 0.004 0.063 0.428 26 S 0.131 0.119 0.003 0.011 0.018 0.022 0.081 0.006 0.002 0.055 0.552 27 D 0.065 0.093 0.001 0.006 0.005 0.009 0.128 0.004 0.001 0.095 0.593 28 M 0.045 0.280 0.002 0.005 0.005 0.004 0.075 0.005 0.001 0.075 0.503 29 G 0.032 0.776 0.001 0.002 0.002 0.002 0.015 0.003 0.001 0.016 0.152 30 K 0.029 0.722 0.001 0.002 0.003 0.004 0.012 0.003 0.001 0.064 0.160 31 S 0.019 0.154 0.002 0.003 0.003 0.005 0.025 0.004 0.001 0.683 0.102 32 V 0.014 0.843 0.011 0.003 0.002 0.002 0.013 0.002 0.004 0.071 0.035 33 M 0.036 0.836 0.004 0.004 0.003 0.003 0.007 0.003 0.002 0.044 0.059 34 E 0.011 0.800 0.007 0.006 0.007 0.010 0.011 0.003 0.002 0.063 0.080 35 T 0.014 0.632 0.011 0.010 0.014 0.025 0.051 0.004 0.004 0.108 0.127 36 V 0.053 0.473 0.036 0.026 0.022 0.034 0.058 0.012 0.010 0.179 0.097 37 I 0.130 0.132 0.064 0.070 0.049 0.044 0.089 0.034 0.021 0.174 0.193 38 A 0.117 0.046 0.010 0.071 0.039 0.059 0.059 0.017 0.006 0.067 0.509 39 F 0.077 0.006 0.005 0.148 0.037 0.045 0.084 0.010 0.005 0.093 0.491 40 A 0.008 0.002 0.005 0.083 0.022 0.029 0.200 0.003 0.002 0.024 0.622 41 N 0.090 0.006 0.003 0.028 0.014 0.021 0.074 0.016 0.003 0.021 0.725 42 E 0.589 0.004 0.001 0.012 0.010 0.008 0.063 0.017 0.001 0.022 0.275 43 P 0.045 0.002 0.002 0.009 0.005 0.006 0.112 0.002 0.001 0.016 0.799 44 G 0.141 0.003 0.002 0.013 0.005 0.011 0.118 0.004 0.001 0.031 0.670 45 L 0.054 0.002 0.001 0.015 0.011 0.019 0.187 0.002 0.001 0.049 0.660 46 D 0.004 0.001 0.001 0.054 0.026 0.035 0.304 0.001 0.001 0.069 0.507 47 G 0.001 0.001 0.001 0.244 0.092 0.171 0.121 0.001 0.001 0.112 0.257 48 G 0.001 0.001 0.001 0.378 0.111 0.186 0.055 0.001 0.001 0.194 0.075 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.711 0.089 0.086 0.011 0.001 0.001 0.080 0.022 50 L 0.001 0.001 0.001 0.738 0.075 0.124 0.006 0.001 0.001 0.045 0.012 51 L 0.002 0.001 0.001 0.696 0.112 0.106 0.011 0.001 0.001 0.043 0.029 52 L 0.004 0.004 0.001 0.601 0.135 0.114 0.020 0.001 0.001 0.025 0.095 53 G 0.010 0.016 0.001 0.314 0.087 0.159 0.095 0.001 0.001 0.051 0.266 54 V 0.019 0.038 0.003 0.121 0.076 0.081 0.122 0.003 0.001 0.061 0.475 55 D 0.141 0.074 0.004 0.075 0.070 0.090 0.107 0.010 0.001 0.123 0.303 56 W 0.123 0.052 0.004 0.057 0.044 0.058 0.085 0.007 0.001 0.061 0.508 57 A 0.091 0.035 0.003 0.051 0.037 0.059 0.087 0.005 0.001 0.056 0.575 58 I 0.148 0.010 0.005 0.029 0.032 0.076 0.095 0.006 0.002 0.074 0.522 59 N 0.152 0.003 0.003 0.009 0.018 0.021 0.084 0.003 0.001 0.042 0.665 60 D 0.214 0.001 0.001 0.005 0.012 0.019 0.076 0.001 0.001 0.026 0.646 61 K 0.010 0.001 0.001 0.003 0.008 0.012 0.088 0.001 0.001 0.010 0.869 62 G 0.003 0.001 0.001 0.010 0.030 0.060 0.175 0.001 0.001 0.012 0.709 63 D 0.004 0.001 0.001 0.021 0.099 0.358 0.078 0.001 0.001 0.020 0.420 64 T 0.003 0.001 0.001 0.069 0.207 0.288 0.072 0.001 0.001 0.025 0.335 65 V 0.001 0.001 0.001 0.122 0.191 0.293 0.057 0.001 0.001 0.018 0.316 66 Y 0.003 0.001 0.001 0.107 0.185 0.227 0.106 0.001 0.001 0.051 0.320 67 R 0.051 0.005 0.001 0.156 0.151 0.358 0.051 0.001 0.001 0.048 0.178 68 P 0.039 0.005 0.001 0.093 0.084 0.171 0.074 0.001 0.001 0.061 0.472 69 V 0.020 0.006 0.001 0.125 0.086 0.157 0.108 0.001 0.001 0.038 0.458 70 G 0.032 0.007 0.001 0.114 0.030 0.078 0.071 0.002 0.001 0.041 0.624 71 L 0.028 0.012 0.001 0.076 0.033 0.031 0.192 0.002 0.001 0.046 0.579 72 P 0.011 0.046 0.001 0.012 0.008 0.007 0.133 0.002 0.001 0.021 0.759 73 D 0.177 0.586 0.001 0.005 0.003 0.003 0.020 0.009 0.001 0.041 0.155 74 P 0.078 0.742 0.001 0.004 0.002 0.001 0.018 0.004 0.001 0.030 0.119 75 D 0.016 0.833 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.052 0.077 76 K 0.015 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.057 0.041 77 V 0.009 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.017 78 Q 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 79 R 0.015 0.372 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.525 0.066 80 D 0.005 0.853 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.113 0.015 81 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 82 A 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 83 S 0.021 0.477 0.009 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 0.007 0.395 0.069 84 Q 0.045 0.378 0.103 0.004 0.002 0.002 0.040 0.006 0.045 0.307 0.068 85 C 0.305 0.285 0.089 0.006 0.002 0.002 0.035 0.018 0.048 0.065 0.145 86 A 0.318 0.038 0.015 0.007 0.003 0.005 0.047 0.021 0.011 0.044 0.493 87 S 0.059 0.016 0.003 0.011 0.005 0.011 0.089 0.004 0.003 0.033 0.767 88 M 0.023 0.007 0.003 0.020 0.008 0.014 0.149 0.002 0.002 0.038 0.733 89 L 0.023 0.006 0.005 0.033 0.017 0.022 0.191 0.004 0.001 0.033 0.663 90 N 0.087 0.003 0.001 0.023 0.014 0.028 0.106 0.006 0.001 0.043 0.687 91 V 0.043 0.003 0.001 0.066 0.033 0.032 0.102 0.001 0.001 0.036 0.685 92 A 0.004 0.001 0.001 0.086 0.019 0.036 0.113 0.001 0.001 0.023 0.718 93 L 0.007 0.005 0.001 0.084 0.035 0.056 0.136 0.001 0.001 0.034 0.642 94 R 0.067 0.005 0.001 0.072 0.048 0.096 0.107 0.003 0.001 0.090 0.511 95 P 0.024 0.010 0.001 0.093 0.054 0.050 0.100 0.001 0.001 0.031 0.635 96 E 0.012 0.011 0.001 0.173 0.059 0.160 0.088 0.001 0.001 0.032 0.464 97 M 0.007 0.009 0.001 0.131 0.119 0.189 0.097 0.001 0.001 0.039 0.407 98 Q 0.016 0.006 0.001 0.207 0.156 0.386 0.040 0.002 0.001 0.023 0.164 99 L 0.008 0.002 0.001 0.135 0.211 0.284 0.048 0.001 0.001 0.022 0.287 100 E 0.010 0.001 0.002 0.103 0.242 0.348 0.060 0.001 0.001 0.016 0.217 101 Q 0.197 0.001 0.001 0.028 0.057 0.191 0.077 0.003 0.001 0.029 0.415 102 V 0.499 0.001 0.001 0.011 0.023 0.039 0.034 0.001 0.001 0.013 0.380 103 G 0.006 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.093 0.001 0.001 0.006 0.877 104 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.075 0.127 0.001 0.001 0.018 0.746 105 K 0.001 0.001 0.001 0.028 0.059 0.144 0.309 0.001 0.001 0.048 0.411 106 T 0.001 0.001 0.001 0.140 0.227 0.463 0.031 0.001 0.001 0.040 0.099 107 L 0.001 0.001 0.001 0.209 0.196 0.355 0.019 0.001 0.001 0.115 0.106 108 L 0.001 0.001 0.001 0.568 0.157 0.226 0.003 0.001 0.001 0.031 0.016 109 V 0.001 0.001 0.001 0.438 0.111 0.315 0.008 0.001 0.001 0.096 0.032 110 V 0.001 0.001 0.001 0.377 0.226 0.278 0.010 0.001 0.001 0.069 0.040 111 Y 0.002 0.001 0.001 0.229 0.165 0.310 0.076 0.001 0.001 0.048 0.169 112 V 0.032 0.005 0.001 0.134 0.115 0.240 0.086 0.001 0.001 0.095 0.292 113 P 0.136 0.006 0.001 0.080 0.030 0.047 0.141 0.001 0.001 0.045 0.513 114 E 0.024 0.006 0.001 0.027 0.013 0.022 0.166 0.001 0.001 0.040 0.703 115 A 0.023 0.005 0.001 0.007 0.008 0.014 0.187 0.001 0.001 0.029 0.727 116 D 0.517 0.018 0.001 0.008 0.011 0.020 0.049 0.005 0.001 0.035 0.335 117 V 0.179 0.004 0.001 0.008 0.014 0.017 0.075 0.002 0.001 0.022 0.679 118 T 0.011 0.005 0.001 0.010 0.018 0.035 0.111 0.001 0.001 0.013 0.796 119 H 0.015 0.023 0.001 0.012 0.040 0.051 0.120 0.001 0.001 0.019 0.720 120 K 0.052 0.051 0.001 0.030 0.175 0.192 0.113 0.004 0.001 0.053 0.329 121 P 0.026 0.035 0.001 0.031 0.125 0.250 0.079 0.003 0.001 0.039 0.411 122 I 0.032 0.041 0.001 0.074 0.195 0.267 0.056 0.002 0.001 0.037 0.295 123 Y 0.018 0.015 0.001 0.117 0.161 0.213 0.082 0.002 0.001 0.087 0.303 124 K 0.052 0.010 0.008 0.088 0.119 0.229 0.102 0.005 0.002 0.088 0.297 125 K 0.420 0.005 0.001 0.025 0.038 0.058 0.037 0.008 0.001 0.017 0.390 126 A 0.263 0.001 0.001 0.032 0.022 0.030 0.070 0.002 0.001 0.024 0.554 127 T 0.003 0.001 0.001 0.011 0.007 0.015 0.210 0.001 0.001 0.011 0.743 128 G 0.032 0.002 0.001 0.011 0.010 0.019 0.124 0.001 0.001 0.025 0.775 129 L 0.514 0.002 0.001 0.005 0.011 0.012 0.053 0.003 0.001 0.029 0.371 130 P 0.021 0.001 0.001 0.004 0.009 0.011 0.100 0.001 0.001 0.015 0.838 131 G 0.005 0.003 0.001 0.025 0.043 0.115 0.122 0.001 0.001 0.021 0.665 132 G 0.004 0.003 0.001 0.033 0.168 0.435 0.068 0.001 0.001 0.029 0.260 133 A 0.002 0.002 0.001 0.031 0.357 0.492 0.019 0.001 0.001 0.013 0.085 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.023 0.332 0.559 0.014 0.001 0.001 0.011 0.058 135 R 0.004 0.003 0.001 0.035 0.392 0.448 0.018 0.001 0.001 0.020 0.078 136 R 0.013 0.003 0.001 0.057 0.264 0.441 0.032 0.001 0.001 0.045 0.143 137 I 0.014 0.005 0.001 0.038 0.192 0.287 0.080 0.001 0.001 0.038 0.345 138 G 0.048 0.013 0.001 0.022 0.103 0.210 0.093 0.002 0.001 0.033 0.473 139 S 0.163 0.018 0.001 0.027 0.089 0.159 0.093 0.003 0.001 0.054 0.393 140 S 0.038 0.018 0.001 0.022 0.061 0.105 0.123 0.002 0.001 0.028 0.602 141 D 0.063 0.020 0.001 0.020 0.061 0.131 0.100 0.003 0.001 0.040 0.561 142 Q 0.051 0.009 0.001 0.023 0.096 0.113 0.107 0.002 0.001 0.046 0.553 143 R 0.019 0.007 0.001 0.025 0.098 0.158 0.104 0.001 0.001 0.033 0.555 144 C 0.016 0.006 0.001 0.022 0.103 0.164 0.103 0.001 0.001 0.034 0.549 145 V 0.024 0.011 0.001 0.047 0.172 0.187 0.106 0.002 0.001 0.038 0.412