# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 874 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.113 0.018 0.012 0.017 0.086 0.238 0.407 2 R 0.034 0.305 0.015 0.025 0.010 0.093 0.135 0.382 3 S 0.029 0.540 0.007 0.003 0.006 0.047 0.033 0.335 4 A 0.025 0.868 0.003 0.002 0.001 0.011 0.035 0.054 5 T 0.052 0.713 0.004 0.003 0.002 0.020 0.120 0.086 6 D 0.022 0.656 0.011 0.006 0.007 0.029 0.125 0.144 7 L 0.043 0.766 0.012 0.002 0.005 0.017 0.060 0.095 8 L 0.091 0.416 0.020 0.013 0.005 0.041 0.283 0.131 9 D 0.046 0.391 0.027 0.013 0.011 0.068 0.110 0.334 10 E 0.187 0.159 0.030 0.005 0.009 0.060 0.060 0.490 11 L 0.259 0.045 0.025 0.013 0.008 0.083 0.143 0.423 12 N 0.080 0.027 0.021 0.007 0.014 0.114 0.026 0.712 13 A 0.020 0.005 0.018 0.003 0.010 0.120 0.029 0.793 14 V 0.033 0.021 0.020 0.020 0.013 0.156 0.049 0.688 15 D 0.373 0.033 0.014 0.006 0.012 0.090 0.067 0.405 16 E 0.056 0.029 0.015 0.010 0.011 0.141 0.036 0.701 17 S 0.039 0.058 0.015 0.009 0.033 0.133 0.038 0.675 18 A 0.010 0.104 0.064 0.085 0.144 0.148 0.101 0.346 19 R 0.014 0.176 0.057 0.167 0.290 0.053 0.099 0.143 20 I 0.008 0.108 0.042 0.262 0.335 0.036 0.070 0.138 21 E 0.006 0.122 0.108 0.333 0.319 0.017 0.049 0.047 22 A 0.018 0.034 0.035 0.314 0.348 0.030 0.078 0.144 23 K 0.020 0.032 0.073 0.397 0.233 0.039 0.086 0.119 24 R 0.208 0.043 0.023 0.057 0.108 0.059 0.036 0.465 25 A 0.187 0.043 0.016 0.034 0.026 0.074 0.070 0.551 26 S 0.144 0.036 0.003 0.008 0.008 0.053 0.020 0.729 27 D 0.151 0.017 0.002 0.002 0.004 0.051 0.028 0.744 28 M 0.020 0.048 0.004 0.005 0.004 0.082 0.019 0.817 29 G 0.144 0.262 0.003 0.004 0.007 0.069 0.027 0.485 30 K 0.080 0.475 0.004 0.008 0.008 0.053 0.063 0.310 31 S 0.018 0.213 0.027 0.010 0.031 0.072 0.396 0.233 32 V 0.005 0.751 0.020 0.017 0.017 0.018 0.109 0.063 33 M 0.012 0.699 0.051 0.014 0.015 0.010 0.166 0.032 34 E 0.002 0.818 0.029 0.052 0.012 0.007 0.054 0.026 35 T 0.018 0.772 0.042 0.012 0.043 0.008 0.067 0.039 36 V 0.029 0.576 0.120 0.057 0.041 0.017 0.114 0.046 37 I 0.078 0.316 0.080 0.048 0.086 0.033 0.250 0.108 38 A 0.097 0.193 0.064 0.083 0.138 0.054 0.105 0.266 39 F 0.057 0.016 0.074 0.069 0.192 0.105 0.068 0.419 40 A 0.008 0.005 0.167 0.079 0.190 0.138 0.048 0.365 41 N 0.049 0.009 0.043 0.031 0.051 0.095 0.029 0.693 42 E 0.220 0.005 0.025 0.021 0.020 0.107 0.112 0.491 43 P 0.034 0.001 0.019 0.009 0.011 0.115 0.041 0.770 44 G 0.073 0.001 0.006 0.002 0.006 0.094 0.023 0.795 45 L 0.051 0.002 0.025 0.007 0.017 0.218 0.031 0.650 46 D 0.004 0.002 0.009 0.009 0.021 0.203 0.011 0.739 47 G 0.001 0.006 0.022 0.061 0.187 0.225 0.055 0.444 48 G 0.001 0.006 0.144 0.269 0.434 0.039 0.053 0.056 49 Y 0.001 0.003 0.302 0.305 0.305 0.011 0.050 0.024 50 L 0.001 0.002 0.368 0.389 0.182 0.008 0.031 0.020 51 L 0.001 0.002 0.340 0.293 0.292 0.009 0.031 0.033 52 L 0.002 0.004 0.339 0.339 0.228 0.013 0.035 0.040 53 G 0.023 0.013 0.168 0.175 0.326 0.053 0.061 0.182 54 V 0.041 0.021 0.131 0.169 0.126 0.098 0.061 0.353 55 D 0.106 0.042 0.041 0.045 0.092 0.087 0.087 0.500 56 W 0.088 0.036 0.044 0.038 0.049 0.083 0.083 0.581 57 A 0.191 0.012 0.020 0.029 0.042 0.064 0.070 0.571 58 I 0.074 0.003 0.029 0.031 0.044 0.092 0.078 0.649 59 N 0.079 0.001 0.014 0.017 0.031 0.076 0.024 0.761 60 D 0.433 0.001 0.007 0.008 0.023 0.059 0.036 0.433 61 K 0.014 0.001 0.005 0.011 0.019 0.131 0.008 0.810 62 G 0.005 0.001 0.006 0.015 0.044 0.153 0.010 0.767 63 D 0.007 0.002 0.024 0.196 0.192 0.122 0.048 0.410 64 T 0.009 0.002 0.106 0.181 0.256 0.073 0.043 0.330 65 V 0.004 0.001 0.156 0.306 0.275 0.049 0.031 0.178 66 Y 0.004 0.001 0.094 0.131 0.143 0.066 0.022 0.539 67 R 0.021 0.002 0.175 0.300 0.267 0.037 0.047 0.150 68 P 0.090 0.003 0.056 0.050 0.063 0.090 0.032 0.616 69 V 0.015 0.004 0.155 0.045 0.058 0.096 0.052 0.575 70 G 0.034 0.005 0.034 0.016 0.022 0.102 0.024 0.761 71 L 0.015 0.010 0.045 0.032 0.028 0.129 0.053 0.688 72 P 0.015 0.023 0.020 0.004 0.005 0.075 0.011 0.846 73 D 0.208 0.582 0.004 0.001 0.002 0.017 0.087 0.099 74 P 0.036 0.758 0.003 0.001 0.001 0.018 0.059 0.125 75 D 0.014 0.838 0.004 0.001 0.001 0.006 0.095 0.041 76 K 0.016 0.798 0.006 0.001 0.003 0.010 0.101 0.064 77 V 0.009 0.939 0.003 0.001 0.001 0.003 0.028 0.016 78 Q 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 79 R 0.005 0.628 0.004 0.001 0.001 0.004 0.342 0.016 80 D 0.002 0.910 0.002 0.001 0.001 0.003 0.065 0.017 81 L 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 82 A 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.010 83 S 0.007 0.717 0.004 0.001 0.001 0.007 0.228 0.036 84 Q 0.027 0.614 0.032 0.002 0.001 0.023 0.222 0.079 85 C 0.384 0.274 0.029 0.001 0.001 0.019 0.198 0.093 86 A 0.160 0.077 0.013 0.002 0.001 0.061 0.076 0.610 87 S 0.044 0.024 0.016 0.002 0.003 0.087 0.028 0.796 88 M 0.024 0.010 0.049 0.005 0.008 0.136 0.025 0.742 89 L 0.040 0.011 0.037 0.006 0.006 0.101 0.017 0.781 90 N 0.238 0.017 0.017 0.008 0.007 0.078 0.043 0.592 91 V 0.079 0.005 0.036 0.005 0.009 0.098 0.047 0.721 92 A 0.005 0.002 0.061 0.011 0.019 0.114 0.026 0.762 93 L 0.009 0.004 0.068 0.012 0.023 0.117 0.021 0.747 94 R 0.095 0.022 0.082 0.094 0.071 0.110 0.117 0.409 95 P 0.054 0.010 0.071 0.035 0.097 0.096 0.058 0.579 96 E 0.015 0.009 0.164 0.098 0.207 0.079 0.074 0.354 97 M 0.008 0.003 0.055 0.075 0.185 0.078 0.039 0.556 98 Q 0.006 0.004 0.086 0.353 0.391 0.024 0.040 0.096 99 L 0.014 0.001 0.028 0.168 0.310 0.055 0.026 0.397 100 E 0.005 0.001 0.080 0.309 0.264 0.045 0.054 0.242 101 Q 0.159 0.001 0.022 0.071 0.097 0.072 0.035 0.544 102 V 0.435 0.001 0.013 0.025 0.055 0.052 0.037 0.383 103 G 0.003 0.001 0.004 0.005 0.009 0.110 0.004 0.866 104 G 0.004 0.001 0.005 0.049 0.083 0.129 0.017 0.713 105 K 0.003 0.001 0.050 0.176 0.309 0.110 0.042 0.309 106 T 0.002 0.001 0.152 0.294 0.347 0.043 0.045 0.116 107 L 0.001 0.001 0.098 0.270 0.371 0.048 0.033 0.180 108 L 0.001 0.001 0.447 0.280 0.229 0.006 0.024 0.012 109 V 0.001 0.001 0.214 0.350 0.316 0.013 0.024 0.082 110 V 0.001 0.001 0.482 0.290 0.177 0.008 0.018 0.024 111 Y 0.004 0.001 0.334 0.154 0.319 0.033 0.024 0.131 112 V 0.019 0.002 0.179 0.178 0.191 0.094 0.040 0.297 113 P 0.182 0.008 0.065 0.038 0.075 0.106 0.058 0.468 114 E 0.115 0.005 0.015 0.018 0.029 0.128 0.048 0.642 115 A 0.017 0.006 0.023 0.015 0.021 0.117 0.040 0.761 116 D 0.351 0.009 0.017 0.020 0.029 0.068 0.089 0.418 117 V 0.263 0.006 0.011 0.017 0.020 0.084 0.065 0.534 118 T 0.009 0.002 0.020 0.014 0.039 0.135 0.019 0.762 119 H 0.007 0.003 0.007 0.027 0.074 0.124 0.022 0.738 120 K 0.008 0.009 0.032 0.291 0.245 0.102 0.067 0.246 121 P 0.013 0.008 0.023 0.108 0.179 0.076 0.030 0.563 122 I 0.014 0.012 0.077 0.273 0.356 0.036 0.078 0.153 123 Y 0.012 0.002 0.080 0.232 0.364 0.053 0.038 0.221 124 K 0.009 0.001 0.097 0.283 0.299 0.045 0.042 0.224 125 K 0.282 0.002 0.023 0.073 0.099 0.042 0.049 0.428 126 A 0.323 0.002 0.013 0.025 0.048 0.054 0.034 0.501 127 T 0.003 0.001 0.009 0.013 0.027 0.117 0.009 0.822 128 G 0.005 0.001 0.002 0.018 0.018 0.098 0.008 0.851 129 L 0.271 0.002 0.012 0.088 0.080 0.087 0.057 0.402 130 P 0.070 0.001 0.014 0.016 0.037 0.101 0.015 0.747 131 G 0.003 0.001 0.010 0.037 0.086 0.163 0.022 0.678 132 G 0.001 0.001 0.029 0.241 0.458 0.054 0.023 0.192 133 A 0.002 0.001 0.054 0.343 0.527 0.013 0.011 0.050 134 Y 0.002 0.001 0.071 0.505 0.270 0.024 0.031 0.096 135 R 0.005 0.001 0.088 0.298 0.415 0.028 0.026 0.140 136 R 0.054 0.002 0.063 0.216 0.333 0.054 0.040 0.237 137 I 0.018 0.001 0.028 0.087 0.110 0.115 0.030 0.611 138 G 0.055 0.006 0.014 0.041 0.066 0.115 0.036 0.666 139 S 0.277 0.014 0.008 0.037 0.041 0.090 0.066 0.466 140 S 0.044 0.009 0.010 0.034 0.041 0.107 0.028 0.727 141 D 0.061 0.015 0.016 0.044 0.098 0.100 0.051 0.615 142 Q 0.052 0.013 0.023 0.139 0.176 0.086 0.088 0.422 143 R 0.024 0.009 0.033 0.143 0.210 0.085 0.034 0.462 144 C 0.027 0.007 0.029 0.094 0.204 0.085 0.035 0.520 145 V 0.040 0.010 0.039 0.171 0.181 0.089 0.053 0.419