# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 879 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.238 0.085 0.058 0.090 0.093 0.075 0.130 0.091 0.068 0.043 0.030 2 R 0.248 0.133 0.108 0.169 0.117 0.066 0.074 0.038 0.024 0.014 0.008 3 S 0.092 0.102 0.070 0.122 0.120 0.115 0.144 0.093 0.070 0.048 0.025 4 A 0.083 0.302 0.095 0.175 0.111 0.077 0.074 0.039 0.024 0.014 0.006 5 T 0.189 0.085 0.083 0.163 0.155 0.125 0.114 0.047 0.024 0.011 0.005 6 D 0.488 0.116 0.192 0.117 0.047 0.018 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 7 L 0.009 0.034 0.051 0.112 0.111 0.219 0.249 0.096 0.071 0.039 0.010 8 L 0.002 0.004 0.009 0.012 0.023 0.051 0.157 0.168 0.232 0.219 0.124 9 D 0.029 0.057 0.510 0.208 0.106 0.051 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 10 E 0.016 0.047 0.529 0.220 0.105 0.046 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 11 L 0.004 0.004 0.013 0.013 0.027 0.068 0.166 0.190 0.197 0.197 0.120 12 N 0.066 0.065 0.087 0.116 0.123 0.127 0.196 0.113 0.062 0.034 0.011 13 A 0.032 0.119 0.496 0.182 0.078 0.043 0.028 0.011 0.006 0.004 0.001 14 V 0.111 0.064 0.149 0.141 0.149 0.126 0.150 0.064 0.027 0.013 0.007 15 D 0.629 0.212 0.060 0.051 0.019 0.010 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 16 E 0.032 0.048 0.044 0.080 0.111 0.117 0.205 0.159 0.097 0.063 0.046 17 S 0.288 0.184 0.145 0.138 0.093 0.053 0.049 0.025 0.013 0.008 0.003 18 A 0.243 0.141 0.195 0.181 0.093 0.062 0.050 0.019 0.009 0.004 0.002 19 R 0.128 0.134 0.174 0.220 0.147 0.072 0.070 0.034 0.014 0.006 0.003 20 I 0.014 0.011 0.026 0.035 0.055 0.070 0.166 0.182 0.187 0.153 0.100 21 E 0.017 0.048 0.195 0.196 0.171 0.141 0.116 0.061 0.032 0.017 0.007 22 A 0.025 0.045 0.295 0.175 0.133 0.093 0.108 0.060 0.034 0.022 0.009 23 K 0.016 0.014 0.068 0.065 0.093 0.127 0.221 0.163 0.112 0.081 0.040 24 R 0.084 0.115 0.194 0.206 0.129 0.085 0.093 0.048 0.026 0.014 0.004 25 A 0.028 0.059 0.114 0.116 0.111 0.136 0.205 0.109 0.063 0.042 0.016 26 S 0.210 0.145 0.199 0.164 0.112 0.060 0.059 0.026 0.014 0.007 0.003 27 D 0.551 0.212 0.107 0.075 0.028 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 28 M 0.088 0.204 0.078 0.131 0.120 0.110 0.109 0.067 0.045 0.033 0.015 29 G 0.306 0.221 0.046 0.105 0.085 0.075 0.080 0.044 0.021 0.012 0.004 30 K 0.402 0.124 0.173 0.165 0.066 0.036 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 31 S 0.133 0.168 0.196 0.249 0.125 0.067 0.042 0.013 0.004 0.002 0.001 32 V 0.001 0.002 0.005 0.007 0.015 0.023 0.063 0.105 0.225 0.230 0.324 33 M 0.004 0.008 0.022 0.049 0.114 0.152 0.252 0.173 0.104 0.081 0.041 34 E 0.005 0.031 0.456 0.242 0.124 0.073 0.038 0.014 0.010 0.005 0.002 35 T 0.004 0.007 0.036 0.069 0.108 0.157 0.297 0.162 0.085 0.049 0.026 36 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.042 0.073 0.236 0.293 0.335 37 I 0.001 0.001 0.005 0.009 0.021 0.027 0.075 0.130 0.208 0.246 0.277 38 A 0.001 0.001 0.010 0.009 0.019 0.039 0.092 0.138 0.230 0.267 0.195 39 F 0.001 0.003 0.011 0.019 0.034 0.046 0.138 0.195 0.214 0.178 0.160 40 A 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.016 0.044 0.095 0.218 0.263 0.344 41 N 0.005 0.007 0.014 0.034 0.053 0.072 0.145 0.168 0.205 0.153 0.146 42 E 0.023 0.050 0.052 0.113 0.118 0.125 0.170 0.121 0.105 0.070 0.051 43 P 0.102 0.086 0.061 0.144 0.150 0.100 0.128 0.097 0.059 0.036 0.038 44 G 0.382 0.175 0.047 0.099 0.068 0.055 0.067 0.040 0.030 0.021 0.017 45 L 0.099 0.100 0.033 0.115 0.111 0.107 0.138 0.094 0.079 0.060 0.065 46 D 0.358 0.240 0.047 0.111 0.078 0.051 0.050 0.027 0.018 0.012 0.008 47 G 0.175 0.104 0.043 0.140 0.115 0.101 0.119 0.067 0.063 0.041 0.031 48 G 0.040 0.047 0.035 0.076 0.075 0.088 0.152 0.120 0.157 0.128 0.082 49 Y 0.005 0.022 0.019 0.084 0.100 0.142 0.182 0.125 0.152 0.108 0.061 50 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.010 0.018 0.050 0.107 0.224 0.275 0.304 51 L 0.001 0.003 0.006 0.018 0.032 0.041 0.086 0.157 0.196 0.239 0.222 52 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.017 0.053 0.143 0.230 0.277 0.255 53 G 0.004 0.008 0.019 0.046 0.072 0.059 0.119 0.184 0.185 0.168 0.136 54 V 0.002 0.003 0.009 0.016 0.025 0.036 0.100 0.164 0.245 0.217 0.183 55 D 0.063 0.086 0.092 0.189 0.154 0.129 0.129 0.060 0.054 0.029 0.017 56 W 0.037 0.043 0.071 0.131 0.141 0.119 0.192 0.123 0.074 0.040 0.029 57 A 0.136 0.124 0.097 0.158 0.126 0.101 0.112 0.061 0.041 0.029 0.017 58 I 0.110 0.098 0.072 0.129 0.119 0.106 0.159 0.084 0.059 0.038 0.025 59 N 0.253 0.214 0.121 0.155 0.094 0.055 0.046 0.026 0.017 0.013 0.008 60 D 0.172 0.161 0.061 0.122 0.097 0.100 0.118 0.064 0.049 0.037 0.019 61 K 0.389 0.336 0.054 0.110 0.048 0.024 0.016 0.010 0.006 0.004 0.003 62 G 0.464 0.158 0.030 0.094 0.070 0.050 0.053 0.038 0.022 0.013 0.008 63 D 0.400 0.173 0.047 0.142 0.085 0.049 0.038 0.029 0.018 0.012 0.007 64 T 0.053 0.051 0.026 0.080 0.094 0.138 0.175 0.138 0.118 0.082 0.045 65 V 0.046 0.071 0.038 0.175 0.167 0.142 0.143 0.097 0.061 0.036 0.022 66 Y 0.008 0.007 0.009 0.014 0.021 0.044 0.093 0.115 0.225 0.255 0.208 67 R 0.040 0.059 0.041 0.178 0.183 0.150 0.146 0.086 0.061 0.035 0.021 68 P 0.061 0.049 0.033 0.075 0.071 0.082 0.130 0.116 0.146 0.147 0.090 69 V 0.029 0.023 0.011 0.050 0.072 0.122 0.175 0.144 0.164 0.126 0.086 70 G 0.242 0.273 0.048 0.152 0.084 0.056 0.060 0.035 0.026 0.017 0.008 71 L 0.061 0.041 0.020 0.081 0.097 0.127 0.182 0.129 0.115 0.082 0.065 72 P 0.539 0.219 0.040 0.085 0.050 0.024 0.020 0.011 0.006 0.004 0.002 73 D 0.135 0.287 0.042 0.155 0.105 0.087 0.084 0.047 0.029 0.019 0.010 74 P 0.171 0.110 0.027 0.089 0.106 0.113 0.146 0.091 0.070 0.047 0.029 75 D 0.686 0.108 0.053 0.080 0.033 0.017 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 76 K 0.100 0.129 0.145 0.278 0.156 0.097 0.057 0.021 0.009 0.005 0.002 77 V 0.004 0.010 0.011 0.019 0.035 0.057 0.140 0.175 0.209 0.212 0.129 78 Q 0.006 0.017 0.047 0.112 0.177 0.239 0.227 0.097 0.046 0.026 0.006 79 R 0.025 0.031 0.707 0.147 0.051 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 80 D 0.014 0.033 0.115 0.215 0.196 0.196 0.158 0.050 0.015 0.007 0.003 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.069 0.224 0.320 0.350 82 A 0.009 0.015 0.083 0.133 0.242 0.216 0.193 0.065 0.026 0.013 0.004 83 S 0.015 0.025 0.822 0.098 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.007 0.008 0.024 0.044 0.079 0.245 0.363 0.123 0.063 0.030 0.013 85 C 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.042 0.093 0.232 0.300 0.312 86 A 0.012 0.022 0.139 0.168 0.231 0.178 0.139 0.059 0.028 0.017 0.007 87 S 0.046 0.082 0.575 0.175 0.068 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 88 M 0.027 0.031 0.031 0.073 0.102 0.149 0.240 0.156 0.090 0.060 0.041 89 L 0.019 0.014 0.007 0.013 0.021 0.042 0.116 0.142 0.219 0.227 0.180 90 N 0.136 0.214 0.159 0.264 0.134 0.048 0.022 0.011 0.006 0.003 0.002 91 V 0.086 0.044 0.060 0.075 0.086 0.112 0.182 0.127 0.103 0.076 0.049 92 A 0.188 0.191 0.046 0.189 0.135 0.089 0.074 0.040 0.024 0.013 0.010 93 L 0.011 0.009 0.007 0.013 0.022 0.041 0.101 0.143 0.222 0.204 0.227 94 R 0.074 0.151 0.073 0.260 0.212 0.100 0.062 0.033 0.018 0.010 0.008 95 P 0.032 0.015 0.017 0.026 0.036 0.047 0.123 0.148 0.211 0.171 0.173 96 E 0.194 0.209 0.067 0.267 0.144 0.054 0.034 0.015 0.008 0.004 0.003 97 M 0.011 0.006 0.009 0.014 0.023 0.026 0.068 0.111 0.201 0.216 0.315 98 Q 0.064 0.141 0.082 0.268 0.218 0.098 0.062 0.035 0.017 0.010 0.006 99 L 0.048 0.056 0.058 0.131 0.128 0.124 0.163 0.112 0.087 0.062 0.030 100 E 0.116 0.061 0.059 0.124 0.121 0.134 0.155 0.096 0.067 0.044 0.024 101 Q 0.114 0.205 0.110 0.237 0.124 0.071 0.071 0.032 0.020 0.010 0.005 102 V 0.042 0.053 0.036 0.047 0.057 0.090 0.147 0.112 0.144 0.154 0.118 103 G 0.322 0.329 0.066 0.152 0.072 0.027 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 104 G 0.553 0.145 0.043 0.098 0.051 0.034 0.032 0.020 0.013 0.008 0.004 105 K 0.077 0.069 0.041 0.127 0.131 0.139 0.148 0.100 0.078 0.057 0.032 106 T 0.029 0.120 0.063 0.214 0.169 0.159 0.125 0.063 0.033 0.017 0.008 107 L 0.002 0.004 0.009 0.016 0.029 0.064 0.102 0.139 0.208 0.229 0.199 108 L 0.004 0.007 0.014 0.023 0.036 0.066 0.161 0.172 0.220 0.188 0.109 109 V 0.008 0.021 0.041 0.154 0.160 0.132 0.159 0.113 0.098 0.071 0.043 110 V 0.002 0.001 0.005 0.004 0.008 0.018 0.045 0.084 0.205 0.280 0.349 111 Y 0.020 0.043 0.029 0.169 0.200 0.139 0.178 0.113 0.062 0.029 0.018 112 V 0.002 0.003 0.006 0.006 0.011 0.015 0.046 0.094 0.188 0.248 0.381 113 P 0.105 0.149 0.085 0.240 0.201 0.092 0.064 0.031 0.018 0.009 0.007 114 E 0.458 0.237 0.057 0.120 0.050 0.028 0.025 0.011 0.007 0.004 0.002 115 A 0.142 0.060 0.023 0.076 0.089 0.083 0.122 0.112 0.108 0.084 0.101 116 D 0.273 0.283 0.059 0.151 0.090 0.050 0.043 0.024 0.014 0.009 0.005 117 V 0.067 0.095 0.065 0.144 0.135 0.140 0.131 0.083 0.064 0.045 0.031 118 T 0.229 0.154 0.069 0.155 0.120 0.080 0.079 0.052 0.032 0.019 0.011 119 H 0.086 0.064 0.040 0.125 0.105 0.107 0.149 0.116 0.102 0.071 0.034 120 K 0.028 0.054 0.048 0.136 0.139 0.151 0.151 0.104 0.092 0.061 0.036 121 P 0.019 0.023 0.030 0.062 0.077 0.094 0.145 0.147 0.161 0.142 0.101 122 I 0.007 0.009 0.019 0.040 0.060 0.103 0.173 0.167 0.176 0.154 0.090 123 Y 0.017 0.021 0.040 0.078 0.086 0.108 0.173 0.139 0.150 0.127 0.060 124 K 0.018 0.019 0.034 0.074 0.087 0.136 0.196 0.134 0.139 0.109 0.053 125 K 0.064 0.086 0.072 0.146 0.120 0.126 0.152 0.089 0.071 0.050 0.025 126 A 0.102 0.145 0.053 0.128 0.106 0.115 0.136 0.083 0.061 0.047 0.025 127 T 0.420 0.193 0.046 0.116 0.079 0.043 0.041 0.027 0.016 0.010 0.008 128 G 0.666 0.131 0.025 0.061 0.036 0.021 0.022 0.016 0.010 0.007 0.005 129 L 0.085 0.108 0.026 0.082 0.085 0.105 0.122 0.099 0.107 0.098 0.083 130 P 0.160 0.187 0.034 0.134 0.137 0.102 0.097 0.067 0.040 0.025 0.017 131 G 0.334 0.110 0.037 0.116 0.095 0.083 0.085 0.060 0.039 0.024 0.016 132 G 0.108 0.086 0.042 0.139 0.124 0.111 0.144 0.096 0.075 0.047 0.028 133 A 0.021 0.031 0.018 0.076 0.085 0.100 0.141 0.128 0.169 0.135 0.096 134 Y 0.009 0.012 0.012 0.037 0.055 0.088 0.138 0.145 0.192 0.170 0.142 135 R 0.031 0.046 0.062 0.138 0.151 0.130 0.148 0.105 0.087 0.063 0.039 136 R 0.012 0.014 0.021 0.048 0.066 0.090 0.158 0.163 0.170 0.154 0.104 137 I 0.033 0.047 0.032 0.092 0.099 0.121 0.176 0.128 0.126 0.094 0.052 138 G 0.249 0.164 0.070 0.137 0.095 0.073 0.090 0.049 0.038 0.023 0.013 139 S 0.356 0.265 0.072 0.133 0.068 0.039 0.031 0.016 0.011 0.007 0.004 140 S 0.457 0.232 0.034 0.093 0.056 0.036 0.038 0.024 0.015 0.010 0.006 141 D 0.510 0.218 0.034 0.092 0.050 0.031 0.026 0.018 0.011 0.007 0.004 142 Q 0.258 0.157 0.074 0.160 0.114 0.084 0.068 0.042 0.023 0.013 0.008 143 R 0.196 0.206 0.097 0.164 0.111 0.081 0.068 0.039 0.020 0.011 0.006 144 C 0.072 0.076 0.044 0.100 0.110 0.120 0.173 0.128 0.092 0.052 0.034 145 V 0.324 0.149 0.074 0.126 0.092 0.055 0.069 0.050 0.032 0.018 0.012