# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 874 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.152 0.126 0.008 0.034 0.034 0.056 0.103 0.004 0.001 0.004 0.479 2 R 0.071 0.104 0.005 0.026 0.021 0.043 0.064 0.004 0.001 0.002 0.661 3 S 0.079 0.123 0.006 0.029 0.014 0.027 0.129 0.004 0.001 0.003 0.586 4 A 0.101 0.151 0.005 0.013 0.008 0.016 0.151 0.004 0.001 0.003 0.550 5 T 0.099 0.174 0.008 0.012 0.007 0.017 0.104 0.003 0.001 0.003 0.574 6 D 0.036 0.183 0.006 0.006 0.002 0.006 0.189 0.002 0.001 0.003 0.568 7 L 0.107 0.392 0.005 0.005 0.002 0.003 0.223 0.003 0.001 0.002 0.258 8 L 0.051 0.808 0.005 0.003 0.001 0.003 0.019 0.004 0.001 0.001 0.105 9 D 0.011 0.889 0.003 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.079 10 E 0.027 0.863 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.089 11 L 0.099 0.849 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.031 12 N 0.049 0.873 0.006 0.003 0.003 0.005 0.003 0.024 0.001 0.001 0.034 13 A 0.091 0.682 0.034 0.003 0.004 0.007 0.007 0.069 0.001 0.001 0.103 14 V 0.293 0.425 0.029 0.009 0.007 0.014 0.015 0.072 0.001 0.002 0.134 15 D 0.102 0.123 0.042 0.009 0.012 0.011 0.059 0.031 0.001 0.003 0.607 16 E 0.073 0.051 0.076 0.008 0.011 0.018 0.102 0.006 0.001 0.005 0.650 17 S 0.038 0.019 0.024 0.022 0.013 0.016 0.305 0.001 0.001 0.019 0.543 18 A 0.373 0.028 0.016 0.013 0.045 0.027 0.093 0.002 0.001 0.012 0.391 19 R 0.038 0.046 0.008 0.041 0.045 0.053 0.254 0.001 0.001 0.004 0.510 20 I 0.032 0.028 0.010 0.126 0.219 0.260 0.123 0.001 0.001 0.003 0.199 21 E 0.005 0.052 0.001 0.081 0.315 0.309 0.080 0.001 0.001 0.001 0.155 22 A 0.003 0.024 0.001 0.056 0.289 0.427 0.024 0.001 0.001 0.001 0.176 23 K 0.007 0.053 0.001 0.054 0.257 0.501 0.024 0.001 0.001 0.001 0.101 24 R 0.018 0.122 0.003 0.023 0.198 0.387 0.045 0.002 0.001 0.002 0.202 25 A 0.059 0.167 0.005 0.024 0.132 0.359 0.037 0.006 0.001 0.003 0.206 26 S 0.155 0.128 0.010 0.017 0.076 0.167 0.063 0.014 0.001 0.005 0.368 27 D 0.119 0.077 0.011 0.008 0.015 0.023 0.071 0.008 0.001 0.004 0.665 28 M 0.123 0.075 0.025 0.005 0.010 0.018 0.158 0.004 0.001 0.007 0.574 29 G 0.068 0.053 0.007 0.003 0.005 0.011 0.211 0.002 0.001 0.006 0.633 30 K 0.085 0.072 0.008 0.002 0.004 0.012 0.106 0.001 0.001 0.005 0.706 31 S 0.053 0.096 0.004 0.003 0.002 0.003 0.172 0.001 0.001 0.001 0.666 32 V 0.096 0.475 0.005 0.002 0.002 0.003 0.083 0.002 0.001 0.001 0.330 33 M 0.024 0.764 0.003 0.004 0.003 0.006 0.037 0.002 0.001 0.001 0.156 34 E 0.010 0.839 0.002 0.002 0.003 0.005 0.021 0.003 0.001 0.001 0.114 35 T 0.014 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.060 36 V 0.010 0.957 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 37 I 0.004 0.971 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 38 A 0.011 0.929 0.004 0.006 0.007 0.009 0.002 0.013 0.001 0.001 0.019 39 F 0.034 0.894 0.009 0.008 0.003 0.006 0.002 0.023 0.001 0.001 0.022 40 A 0.064 0.810 0.012 0.011 0.007 0.013 0.005 0.038 0.001 0.001 0.041 41 N 0.244 0.257 0.065 0.028 0.016 0.048 0.026 0.120 0.001 0.003 0.193 42 E 0.245 0.111 0.148 0.030 0.023 0.026 0.054 0.048 0.001 0.005 0.310 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.992 44 G 0.032 0.002 0.007 0.015 0.014 0.037 0.150 0.001 0.001 0.003 0.739 45 L 0.580 0.012 0.014 0.022 0.014 0.013 0.081 0.002 0.001 0.016 0.245 46 D 0.072 0.015 0.004 0.049 0.027 0.024 0.174 0.001 0.001 0.006 0.627 47 G 0.099 0.004 0.013 0.066 0.049 0.071 0.212 0.001 0.001 0.056 0.429 48 G 0.249 0.002 0.009 0.170 0.063 0.100 0.195 0.001 0.001 0.047 0.165 49 Y 0.031 0.001 0.002 0.395 0.114 0.117 0.173 0.001 0.001 0.002 0.164 50 L 0.001 0.001 0.001 0.416 0.178 0.241 0.025 0.001 0.001 0.001 0.137 51 L 0.001 0.001 0.001 0.494 0.146 0.254 0.016 0.001 0.001 0.001 0.089 52 L 0.001 0.001 0.001 0.519 0.147 0.198 0.023 0.001 0.001 0.001 0.110 53 G 0.002 0.001 0.001 0.384 0.137 0.197 0.055 0.001 0.001 0.001 0.223 54 V 0.003 0.001 0.001 0.276 0.141 0.182 0.123 0.001 0.001 0.002 0.272 55 D 0.002 0.001 0.001 0.068 0.061 0.096 0.143 0.001 0.001 0.002 0.625 56 W 0.008 0.003 0.001 0.034 0.042 0.094 0.131 0.001 0.001 0.005 0.683 57 A 0.016 0.008 0.001 0.029 0.038 0.062 0.263 0.001 0.001 0.011 0.571 58 I 0.074 0.018 0.003 0.016 0.041 0.069 0.094 0.002 0.001 0.014 0.668 59 N 0.071 0.055 0.008 0.033 0.097 0.123 0.136 0.005 0.001 0.012 0.460 60 D 0.053 0.030 0.004 0.022 0.052 0.053 0.101 0.005 0.001 0.008 0.673 61 K 0.105 0.041 0.014 0.024 0.046 0.060 0.118 0.004 0.001 0.035 0.552 62 G 0.176 0.010 0.009 0.018 0.034 0.042 0.277 0.002 0.001 0.063 0.369 63 D 0.252 0.005 0.023 0.023 0.034 0.030 0.172 0.001 0.001 0.026 0.433 64 T 0.096 0.004 0.014 0.054 0.133 0.142 0.089 0.001 0.001 0.006 0.462 65 V 0.009 0.001 0.002 0.121 0.142 0.185 0.126 0.001 0.001 0.002 0.413 66 Y 0.008 0.001 0.002 0.084 0.132 0.331 0.033 0.001 0.001 0.002 0.407 67 R 0.008 0.001 0.001 0.126 0.289 0.330 0.044 0.001 0.001 0.001 0.200 68 P 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.917 69 V 0.011 0.002 0.001 0.124 0.175 0.363 0.059 0.001 0.001 0.002 0.263 70 G 0.057 0.002 0.001 0.041 0.030 0.067 0.101 0.001 0.001 0.012 0.688 71 L 0.128 0.005 0.006 0.055 0.058 0.067 0.059 0.001 0.001 0.005 0.617 72 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.982 73 D 0.014 0.001 0.001 0.007 0.014 0.016 0.142 0.001 0.001 0.001 0.806 74 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 75 D 0.007 0.004 0.001 0.002 0.002 0.008 0.522 0.001 0.001 0.001 0.454 76 K 0.254 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.265 0.001 0.001 0.008 0.443 77 V 0.041 0.662 0.002 0.001 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 0.001 0.190 78 Q 0.012 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.084 79 R 0.009 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.082 80 D 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.028 81 L 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 82 A 0.004 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 83 S 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.028 84 Q 0.021 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.022 85 C 0.011 0.967 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 86 A 0.010 0.956 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.014 87 S 0.065 0.834 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.054 88 M 0.267 0.590 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 0.062 89 L 0.171 0.520 0.093 0.008 0.004 0.006 0.017 0.050 0.001 0.001 0.128 90 N 0.069 0.148 0.058 0.023 0.026 0.024 0.071 0.032 0.001 0.003 0.548 91 V 0.048 0.052 0.016 0.015 0.014 0.018 0.018 0.007 0.001 0.002 0.808 92 A 0.047 0.049 0.023 0.049 0.038 0.061 0.156 0.006 0.001 0.011 0.560 93 L 0.173 0.020 0.030 0.033 0.030 0.053 0.127 0.005 0.001 0.017 0.512 94 R 0.074 0.030 0.019 0.084 0.120 0.097 0.120 0.003 0.001 0.010 0.443 95 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.972 96 E 0.014 0.002 0.002 0.093 0.131 0.252 0.108 0.001 0.001 0.003 0.395 97 M 0.102 0.005 0.004 0.080 0.138 0.178 0.085 0.001 0.001 0.014 0.394 98 Q 0.016 0.006 0.001 0.103 0.400 0.328 0.037 0.001 0.001 0.002 0.106 99 L 0.003 0.001 0.001 0.063 0.148 0.435 0.014 0.001 0.001 0.001 0.333 100 E 0.004 0.001 0.001 0.056 0.466 0.424 0.009 0.001 0.001 0.001 0.037 101 Q 0.001 0.001 0.001 0.014 0.126 0.415 0.011 0.001 0.001 0.001 0.432 102 V 0.002 0.001 0.001 0.027 0.250 0.670 0.012 0.001 0.001 0.001 0.037 103 G 0.009 0.001 0.001 0.017 0.018 0.068 0.116 0.001 0.001 0.002 0.770 104 G 0.034 0.001 0.001 0.029 0.005 0.008 0.148 0.001 0.001 0.011 0.765 105 K 0.911 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.020 0.001 0.001 0.005 0.053 106 T 0.031 0.001 0.001 0.094 0.036 0.025 0.371 0.001 0.001 0.001 0.442 107 L 0.005 0.001 0.001 0.055 0.188 0.507 0.041 0.001 0.001 0.001 0.203 108 L 0.001 0.001 0.001 0.364 0.181 0.402 0.017 0.001 0.001 0.001 0.035 109 V 0.001 0.001 0.001 0.249 0.191 0.381 0.019 0.001 0.001 0.001 0.158 110 V 0.001 0.001 0.001 0.477 0.269 0.197 0.010 0.001 0.001 0.001 0.047 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.414 0.110 0.221 0.040 0.001 0.001 0.001 0.213 112 V 0.001 0.001 0.001 0.219 0.247 0.248 0.082 0.001 0.001 0.002 0.202 113 P 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.041 0.021 0.001 0.001 0.001 0.895 114 E 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.052 0.046 0.001 0.001 0.001 0.872 115 A 0.059 0.002 0.001 0.026 0.018 0.051 0.209 0.001 0.001 0.024 0.611 116 D 0.106 0.003 0.001 0.018 0.012 0.018 0.093 0.001 0.001 0.011 0.738 117 V 0.108 0.013 0.004 0.015 0.020 0.028 0.078 0.001 0.001 0.007 0.727 118 T 0.036 0.008 0.004 0.019 0.019 0.032 0.364 0.001 0.001 0.019 0.498 119 H 0.361 0.005 0.011 0.013 0.019 0.024 0.083 0.002 0.001 0.032 0.450 120 K 0.086 0.005 0.006 0.026 0.041 0.020 0.123 0.001 0.001 0.003 0.688 121 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.986 122 I 0.012 0.002 0.001 0.080 0.227 0.407 0.053 0.001 0.001 0.001 0.216 123 Y 0.014 0.004 0.001 0.084 0.122 0.191 0.076 0.001 0.001 0.004 0.504 124 K 0.012 0.008 0.001 0.077 0.218 0.363 0.042 0.001 0.001 0.002 0.277 125 K 0.008 0.004 0.002 0.092 0.174 0.379 0.039 0.001 0.001 0.002 0.298 126 A 0.019 0.008 0.001 0.078 0.177 0.292 0.076 0.001 0.001 0.006 0.343 127 T 0.048 0.009 0.003 0.041 0.050 0.104 0.110 0.001 0.001 0.014 0.619 128 G 0.203 0.004 0.020 0.028 0.031 0.083 0.123 0.003 0.001 0.044 0.460 129 L 0.248 0.005 0.031 0.017 0.047 0.021 0.258 0.001 0.001 0.011 0.360 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 131 G 0.007 0.001 0.001 0.026 0.120 0.273 0.098 0.001 0.001 0.002 0.473 132 G 0.342 0.002 0.001 0.019 0.063 0.082 0.090 0.001 0.001 0.017 0.383 133 A 0.046 0.004 0.001 0.078 0.258 0.368 0.069 0.001 0.001 0.002 0.173 134 Y 0.006 0.002 0.001 0.056 0.284 0.514 0.026 0.001 0.001 0.001 0.110 135 R 0.002 0.002 0.001 0.073 0.398 0.447 0.009 0.001 0.001 0.001 0.067 136 R 0.002 0.002 0.001 0.055 0.276 0.514 0.011 0.001 0.001 0.001 0.140 137 I 0.005 0.003 0.001 0.063 0.251 0.533 0.024 0.001 0.001 0.002 0.116 138 G 0.013 0.002 0.001 0.053 0.142 0.334 0.107 0.001 0.001 0.004 0.344 139 S 0.026 0.001 0.003 0.037 0.041 0.060 0.080 0.001 0.001 0.005 0.746 140 S 0.047 0.002 0.002 0.022 0.034 0.048 0.142 0.001 0.001 0.006 0.698 141 D 0.028 0.001 0.001 0.020 0.009 0.012 0.244 0.001 0.001 0.009 0.677 142 Q 0.330 0.007 0.008 0.031 0.061 0.095 0.097 0.001 0.001 0.027 0.343 143 R 0.035 0.007 0.002 0.046 0.059 0.083 0.328 0.001 0.001 0.006 0.435 144 C 0.051 0.007 0.003 0.038 0.106 0.214 0.080 0.001 0.001 0.003 0.498 145 V 0.031 0.014 0.002 0.093 0.132 0.320 0.044 0.001 0.001 0.002 0.361