# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 874 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.137 0.063 0.029 0.056 0.084 0.012 0.523 2 R 0.082 0.109 0.030 0.017 0.030 0.167 0.011 0.554 3 S 0.091 0.135 0.028 0.012 0.024 0.163 0.011 0.537 4 A 0.122 0.163 0.021 0.003 0.009 0.218 0.016 0.448 5 T 0.116 0.218 0.010 0.002 0.003 0.094 0.011 0.546 6 D 0.025 0.239 0.008 0.001 0.002 0.173 0.005 0.547 7 L 0.056 0.294 0.003 0.001 0.001 0.408 0.007 0.232 8 L 0.058 0.816 0.005 0.001 0.001 0.018 0.004 0.097 9 D 0.016 0.919 0.005 0.001 0.001 0.017 0.002 0.040 10 E 0.017 0.939 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.032 11 L 0.065 0.898 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.022 12 N 0.022 0.938 0.004 0.001 0.001 0.006 0.009 0.020 13 A 0.077 0.790 0.013 0.003 0.003 0.008 0.043 0.064 14 V 0.221 0.523 0.050 0.004 0.002 0.012 0.059 0.129 15 D 0.099 0.326 0.062 0.022 0.009 0.041 0.043 0.398 16 E 0.094 0.235 0.091 0.026 0.023 0.088 0.034 0.409 17 S 0.130 0.170 0.071 0.028 0.024 0.141 0.046 0.390 18 A 0.240 0.097 0.054 0.063 0.046 0.080 0.034 0.385 19 R 0.084 0.090 0.083 0.052 0.064 0.214 0.016 0.397 20 I 0.042 0.061 0.070 0.269 0.243 0.035 0.006 0.275 21 E 0.015 0.093 0.061 0.244 0.333 0.088 0.003 0.163 22 A 0.016 0.053 0.020 0.115 0.232 0.036 0.002 0.524 23 K 0.023 0.120 0.041 0.172 0.448 0.035 0.004 0.157 24 R 0.060 0.136 0.022 0.114 0.207 0.061 0.008 0.393 25 A 0.074 0.243 0.022 0.062 0.174 0.046 0.018 0.361 26 S 0.159 0.173 0.014 0.022 0.057 0.060 0.034 0.481 27 D 0.158 0.073 0.009 0.011 0.019 0.082 0.038 0.610 28 M 0.209 0.080 0.020 0.009 0.014 0.137 0.048 0.483 29 G 0.117 0.038 0.010 0.004 0.006 0.116 0.018 0.691 30 K 0.082 0.065 0.017 0.007 0.008 0.119 0.010 0.693 31 S 0.089 0.085 0.017 0.004 0.006 0.165 0.007 0.627 32 V 0.083 0.247 0.024 0.008 0.018 0.090 0.005 0.525 33 M 0.030 0.514 0.019 0.010 0.027 0.099 0.004 0.297 34 E 0.036 0.622 0.012 0.015 0.022 0.074 0.004 0.215 35 T 0.014 0.830 0.014 0.003 0.006 0.017 0.002 0.113 36 V 0.007 0.933 0.016 0.004 0.007 0.006 0.002 0.026 37 I 0.008 0.923 0.014 0.011 0.020 0.003 0.002 0.019 38 A 0.011 0.942 0.019 0.007 0.011 0.001 0.003 0.007 39 F 0.035 0.869 0.016 0.009 0.016 0.002 0.023 0.030 40 A 0.081 0.718 0.040 0.018 0.024 0.011 0.048 0.059 41 N 0.104 0.281 0.121 0.058 0.072 0.034 0.111 0.219 42 E 0.189 0.069 0.142 0.074 0.045 0.115 0.062 0.303 43 P 0.011 0.007 0.017 0.011 0.009 0.058 0.005 0.883 44 G 0.061 0.012 0.025 0.015 0.029 0.185 0.019 0.654 45 L 0.258 0.022 0.064 0.029 0.027 0.192 0.024 0.384 46 D 0.038 0.005 0.011 0.008 0.010 0.081 0.007 0.839 47 G 0.118 0.006 0.038 0.020 0.035 0.199 0.029 0.556 48 G 0.412 0.005 0.125 0.068 0.064 0.113 0.022 0.191 49 Y 0.028 0.004 0.276 0.202 0.169 0.143 0.004 0.175 50 L 0.006 0.001 0.263 0.256 0.340 0.027 0.001 0.106 51 L 0.002 0.001 0.526 0.163 0.254 0.011 0.001 0.042 52 L 0.002 0.001 0.494 0.212 0.239 0.012 0.001 0.040 53 G 0.001 0.001 0.455 0.114 0.299 0.014 0.001 0.116 54 V 0.004 0.001 0.309 0.181 0.360 0.043 0.001 0.100 55 D 0.002 0.001 0.044 0.101 0.218 0.035 0.001 0.598 56 W 0.008 0.001 0.029 0.097 0.307 0.077 0.002 0.479 57 A 0.035 0.010 0.015 0.081 0.195 0.247 0.007 0.410 58 I 0.147 0.034 0.009 0.090 0.211 0.051 0.019 0.439 59 N 0.119 0.071 0.011 0.065 0.107 0.084 0.025 0.517 60 D 0.162 0.074 0.017 0.077 0.094 0.089 0.053 0.434 61 K 0.143 0.018 0.011 0.019 0.020 0.067 0.042 0.680 62 G 0.072 0.012 0.023 0.025 0.026 0.228 0.035 0.581 63 D 0.324 0.004 0.021 0.026 0.027 0.280 0.034 0.283 64 T 0.066 0.004 0.091 0.121 0.105 0.092 0.004 0.517 65 V 0.010 0.001 0.080 0.156 0.233 0.105 0.001 0.414 66 Y 0.007 0.001 0.098 0.093 0.203 0.016 0.001 0.583 67 R 0.005 0.001 0.290 0.195 0.318 0.057 0.001 0.135 68 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 69 V 0.008 0.001 0.250 0.142 0.331 0.101 0.001 0.168 70 G 0.011 0.001 0.024 0.011 0.022 0.019 0.001 0.911 71 L 0.044 0.001 0.133 0.089 0.153 0.097 0.003 0.481 72 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 73 D 0.036 0.001 0.012 0.012 0.031 0.174 0.003 0.731 74 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 75 D 0.014 0.006 0.002 0.001 0.003 0.526 0.002 0.447 76 K 0.219 0.021 0.001 0.001 0.001 0.307 0.004 0.447 77 V 0.072 0.484 0.007 0.001 0.002 0.181 0.004 0.249 78 Q 0.035 0.778 0.005 0.001 0.002 0.053 0.002 0.124 79 R 0.020 0.915 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.051 80 D 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 81 L 0.012 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 82 A 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.020 83 S 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.018 84 Q 0.014 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 85 C 0.008 0.980 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 86 A 0.018 0.955 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 87 S 0.039 0.919 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.015 88 M 0.436 0.310 0.008 0.001 0.001 0.002 0.181 0.061 89 L 0.185 0.389 0.201 0.016 0.006 0.016 0.052 0.135 90 N 0.036 0.086 0.185 0.060 0.033 0.085 0.016 0.498 91 V 0.031 0.020 0.030 0.021 0.017 0.011 0.003 0.867 92 A 0.061 0.026 0.095 0.038 0.041 0.082 0.007 0.650 93 L 0.058 0.014 0.090 0.043 0.060 0.044 0.005 0.687 94 R 0.044 0.010 0.155 0.070 0.114 0.100 0.005 0.502 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 96 E 0.019 0.002 0.064 0.070 0.205 0.158 0.003 0.480 97 M 0.201 0.003 0.067 0.143 0.158 0.043 0.004 0.382 98 Q 0.025 0.005 0.095 0.326 0.391 0.042 0.002 0.114 99 L 0.010 0.002 0.052 0.149 0.181 0.019 0.001 0.585 100 E 0.005 0.002 0.048 0.405 0.447 0.014 0.001 0.079 101 Q 0.010 0.002 0.017 0.115 0.219 0.032 0.002 0.604 102 V 0.014 0.006 0.032 0.311 0.419 0.039 0.003 0.177 103 G 0.008 0.001 0.006 0.013 0.029 0.022 0.001 0.920 104 G 0.024 0.001 0.008 0.022 0.030 0.114 0.007 0.794 105 K 0.576 0.001 0.021 0.021 0.027 0.136 0.032 0.186 106 T 0.103 0.001 0.090 0.096 0.079 0.235 0.006 0.390 107 L 0.009 0.001 0.281 0.143 0.266 0.037 0.001 0.263 108 L 0.005 0.001 0.577 0.168 0.194 0.023 0.001 0.033 109 V 0.001 0.001 0.644 0.105 0.141 0.004 0.001 0.105 110 V 0.001 0.001 0.909 0.035 0.046 0.004 0.001 0.006 111 Y 0.001 0.001 0.726 0.044 0.082 0.007 0.001 0.141 112 V 0.001 0.001 0.708 0.046 0.111 0.026 0.001 0.108 113 P 0.001 0.001 0.033 0.007 0.022 0.013 0.001 0.925 114 E 0.005 0.001 0.033 0.019 0.076 0.063 0.001 0.802 115 A 0.045 0.001 0.015 0.009 0.024 0.114 0.004 0.788 116 D 0.172 0.001 0.006 0.015 0.023 0.060 0.012 0.711 117 V 0.085 0.006 0.013 0.013 0.018 0.060 0.006 0.799 118 T 0.075 0.017 0.019 0.037 0.051 0.349 0.015 0.437 119 H 0.328 0.020 0.024 0.021 0.063 0.059 0.046 0.439 120 K 0.164 0.013 0.088 0.120 0.129 0.130 0.010 0.346 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 122 I 0.006 0.001 0.016 0.234 0.473 0.048 0.001 0.222 123 Y 0.075 0.006 0.032 0.244 0.344 0.035 0.001 0.262 124 K 0.023 0.011 0.020 0.258 0.469 0.025 0.002 0.194 125 K 0.018 0.013 0.018 0.264 0.436 0.034 0.003 0.214 126 A 0.042 0.029 0.023 0.188 0.240 0.109 0.011 0.357 127 T 0.064 0.017 0.012 0.074 0.076 0.127 0.041 0.588 128 G 0.235 0.010 0.016 0.020 0.035 0.088 0.130 0.466 129 L 0.225 0.004 0.040 0.036 0.037 0.304 0.019 0.335 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 131 G 0.010 0.001 0.019 0.051 0.234 0.122 0.003 0.562 132 G 0.635 0.001 0.025 0.035 0.042 0.081 0.005 0.177 133 A 0.050 0.002 0.117 0.284 0.270 0.061 0.002 0.214 134 Y 0.003 0.001 0.068 0.377 0.445 0.018 0.001 0.087 135 R 0.003 0.001 0.072 0.426 0.419 0.011 0.001 0.069 136 R 0.002 0.002 0.056 0.275 0.488 0.026 0.001 0.150 137 I 0.006 0.003 0.049 0.228 0.515 0.038 0.002 0.159 138 G 0.022 0.005 0.032 0.148 0.315 0.093 0.007 0.377 139 S 0.038 0.005 0.020 0.079 0.128 0.118 0.009 0.603 140 S 0.038 0.007 0.020 0.030 0.060 0.143 0.011 0.692 141 D 0.086 0.013 0.019 0.039 0.062 0.298 0.019 0.465 142 Q 0.177 0.024 0.032 0.052 0.062 0.199 0.016 0.438 143 R 0.066 0.035 0.037 0.068 0.096 0.321 0.008 0.369 144 C 0.074 0.054 0.081 0.108 0.218 0.072 0.008 0.385 145 V 0.039 0.057 0.119 0.150 0.257 0.065 0.005 0.308