# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 874 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.198 0.263 0.256 0.102 0.091 0.030 0.026 0.006 0.021 0.005 0.001 2 R 0.274 0.173 0.323 0.094 0.034 0.042 0.031 0.004 0.018 0.004 0.003 3 S 0.399 0.124 0.250 0.087 0.059 0.036 0.013 0.005 0.018 0.007 0.001 4 A 0.581 0.057 0.186 0.086 0.019 0.048 0.006 0.001 0.012 0.003 0.001 5 T 0.969 0.004 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.971 0.007 0.008 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.946 0.004 0.006 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.992 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.968 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.920 0.002 0.009 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.886 0.020 0.024 0.035 0.002 0.004 0.024 0.002 0.004 0.001 0.001 13 A 0.695 0.035 0.047 0.150 0.015 0.013 0.034 0.003 0.005 0.001 0.001 14 V 0.394 0.101 0.170 0.291 0.014 0.010 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 15 D 0.159 0.061 0.189 0.110 0.041 0.106 0.221 0.070 0.024 0.018 0.003 16 E 0.258 0.235 0.253 0.155 0.031 0.031 0.020 0.002 0.012 0.002 0.001 17 S 0.213 0.195 0.304 0.143 0.029 0.059 0.022 0.007 0.022 0.004 0.001 18 A 0.381 0.201 0.177 0.153 0.041 0.018 0.014 0.002 0.012 0.001 0.001 19 R 0.158 0.417 0.176 0.083 0.064 0.031 0.055 0.005 0.011 0.001 0.001 20 I 0.040 0.719 0.156 0.008 0.046 0.016 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 21 E 0.065 0.455 0.353 0.019 0.021 0.060 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 22 A 0.133 0.392 0.225 0.059 0.079 0.073 0.008 0.002 0.027 0.002 0.001 23 K 0.333 0.316 0.180 0.037 0.078 0.025 0.008 0.002 0.017 0.003 0.001 24 R 0.333 0.310 0.184 0.078 0.029 0.030 0.009 0.001 0.027 0.001 0.001 25 A 0.385 0.162 0.208 0.109 0.042 0.037 0.021 0.004 0.027 0.004 0.002 26 S 0.494 0.090 0.164 0.154 0.040 0.010 0.020 0.008 0.008 0.010 0.002 27 D 0.411 0.073 0.126 0.223 0.024 0.041 0.061 0.014 0.017 0.007 0.002 28 M 0.243 0.114 0.313 0.179 0.040 0.024 0.033 0.003 0.045 0.005 0.001 29 G 0.665 0.008 0.173 0.033 0.014 0.011 0.017 0.019 0.005 0.052 0.004 30 K 0.876 0.013 0.053 0.043 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.892 0.017 0.042 0.030 0.006 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 32 V 0.974 0.003 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 M 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.990 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.981 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.865 0.044 0.018 0.039 0.022 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 39 F 0.635 0.072 0.032 0.217 0.014 0.010 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 40 A 0.357 0.144 0.111 0.236 0.066 0.020 0.030 0.003 0.029 0.002 0.001 41 N 0.166 0.056 0.129 0.435 0.039 0.057 0.077 0.012 0.017 0.009 0.003 42 E 0.150 0.230 0.272 0.058 0.048 0.022 0.057 0.004 0.147 0.008 0.002 43 P 0.367 0.037 0.447 0.058 0.008 0.017 0.022 0.001 0.008 0.008 0.027 44 G 0.054 0.013 0.106 0.053 0.087 0.019 0.055 0.358 0.014 0.237 0.004 45 L 0.345 0.069 0.350 0.162 0.014 0.009 0.010 0.004 0.016 0.010 0.010 46 D 0.089 0.056 0.098 0.403 0.039 0.013 0.223 0.034 0.020 0.019 0.007 47 G 0.007 0.011 0.044 0.021 0.166 0.002 0.150 0.421 0.004 0.173 0.001 48 G 0.025 0.113 0.258 0.031 0.314 0.013 0.042 0.137 0.007 0.054 0.007 49 Y 0.002 0.701 0.223 0.003 0.048 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 50 L 0.007 0.693 0.222 0.002 0.009 0.055 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 51 L 0.015 0.748 0.140 0.004 0.020 0.056 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 52 L 0.017 0.639 0.206 0.016 0.068 0.025 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 53 G 0.014 0.103 0.198 0.012 0.362 0.111 0.049 0.070 0.019 0.057 0.004 54 V 0.037 0.650 0.202 0.019 0.042 0.025 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 55 D 0.145 0.224 0.341 0.067 0.059 0.109 0.014 0.003 0.027 0.007 0.005 56 W 0.351 0.262 0.150 0.116 0.065 0.021 0.008 0.001 0.024 0.002 0.001 57 A 0.388 0.193 0.187 0.093 0.039 0.042 0.022 0.003 0.026 0.003 0.003 58 I 0.402 0.179 0.170 0.149 0.034 0.022 0.015 0.001 0.024 0.001 0.002 59 N 0.325 0.108 0.222 0.132 0.072 0.024 0.041 0.024 0.023 0.024 0.004 60 D 0.404 0.090 0.105 0.261 0.028 0.032 0.030 0.013 0.024 0.011 0.003 61 K 0.058 0.043 0.052 0.628 0.009 0.006 0.190 0.003 0.009 0.001 0.001 62 G 0.004 0.002 0.008 0.003 0.030 0.001 0.106 0.718 0.001 0.126 0.001 63 D 0.048 0.192 0.386 0.202 0.032 0.029 0.090 0.008 0.009 0.002 0.003 64 T 0.010 0.457 0.439 0.026 0.029 0.027 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 65 V 0.069 0.551 0.252 0.054 0.022 0.033 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 66 Y 0.011 0.705 0.154 0.018 0.051 0.035 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 67 R 0.005 0.590 0.220 0.001 0.087 0.020 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 68 P 0.042 0.017 0.802 0.005 0.007 0.084 0.002 0.001 0.006 0.005 0.029 69 V 0.067 0.424 0.308 0.079 0.029 0.024 0.024 0.001 0.041 0.001 0.002 70 G 0.007 0.019 0.120 0.015 0.094 0.047 0.087 0.339 0.007 0.260 0.003 71 L 0.017 0.361 0.483 0.011 0.047 0.026 0.006 0.001 0.043 0.004 0.002 72 P 0.118 0.019 0.698 0.035 0.008 0.046 0.002 0.001 0.003 0.008 0.063 73 D 0.007 0.092 0.436 0.005 0.060 0.054 0.003 0.001 0.339 0.004 0.001 74 P 0.929 0.001 0.053 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 75 D 0.856 0.010 0.012 0.110 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 76 K 0.903 0.009 0.018 0.058 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.942 0.005 0.008 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.993 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 C 0.977 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.982 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.702 0.003 0.003 0.277 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 88 M 0.377 0.021 0.050 0.469 0.005 0.013 0.052 0.007 0.006 0.001 0.001 89 L 0.309 0.141 0.180 0.257 0.011 0.030 0.048 0.002 0.021 0.001 0.001 90 N 0.110 0.150 0.459 0.058 0.014 0.083 0.073 0.002 0.045 0.004 0.002 91 V 0.327 0.071 0.443 0.082 0.012 0.039 0.005 0.002 0.011 0.002 0.005 92 A 0.172 0.187 0.389 0.066 0.037 0.053 0.045 0.005 0.037 0.004 0.004 93 L 0.096 0.208 0.537 0.052 0.018 0.052 0.013 0.001 0.020 0.001 0.003 94 R 0.007 0.339 0.378 0.002 0.040 0.023 0.005 0.001 0.204 0.003 0.001 95 P 0.035 0.004 0.882 0.005 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 96 E 0.063 0.506 0.195 0.057 0.081 0.037 0.028 0.010 0.022 0.001 0.001 97 M 0.003 0.572 0.334 0.005 0.045 0.025 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 98 Q 0.014 0.615 0.242 0.009 0.034 0.067 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 99 L 0.011 0.659 0.215 0.010 0.037 0.046 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 100 E 0.031 0.788 0.094 0.007 0.033 0.027 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 101 Q 0.032 0.480 0.342 0.017 0.049 0.045 0.005 0.001 0.028 0.001 0.002 102 V 0.029 0.701 0.129 0.034 0.024 0.012 0.011 0.001 0.059 0.001 0.001 103 G 0.006 0.028 0.129 0.027 0.079 0.010 0.456 0.112 0.012 0.134 0.006 104 G 0.001 0.002 0.006 0.001 0.025 0.001 0.065 0.806 0.001 0.094 0.001 105 K 0.002 0.421 0.479 0.012 0.061 0.014 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 106 T 0.002 0.628 0.286 0.017 0.029 0.028 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 107 L 0.001 0.815 0.087 0.002 0.081 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 108 L 0.001 0.775 0.062 0.001 0.146 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 109 V 0.001 0.824 0.101 0.001 0.054 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 110 V 0.001 0.886 0.053 0.001 0.025 0.025 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 111 Y 0.001 0.708 0.196 0.002 0.032 0.045 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 112 V 0.002 0.370 0.343 0.001 0.014 0.061 0.002 0.001 0.207 0.001 0.001 113 P 0.020 0.004 0.910 0.002 0.006 0.021 0.001 0.001 0.007 0.008 0.021 114 E 0.403 0.021 0.400 0.108 0.011 0.018 0.011 0.004 0.006 0.005 0.014 115 A 0.193 0.179 0.296 0.126 0.115 0.023 0.017 0.012 0.030 0.007 0.001 116 D 0.107 0.094 0.554 0.055 0.028 0.086 0.010 0.002 0.051 0.006 0.007 117 V 0.800 0.029 0.095 0.054 0.004 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 118 T 0.401 0.091 0.069 0.378 0.011 0.012 0.024 0.003 0.009 0.001 0.001 119 H 0.074 0.117 0.130 0.377 0.064 0.033 0.156 0.026 0.021 0.002 0.001 120 K 0.008 0.398 0.376 0.002 0.088 0.006 0.005 0.001 0.115 0.003 0.001 121 P 0.031 0.003 0.855 0.003 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 122 I 0.052 0.578 0.192 0.046 0.087 0.019 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 123 Y 0.043 0.561 0.261 0.016 0.039 0.037 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 124 K 0.129 0.490 0.231 0.034 0.029 0.051 0.004 0.001 0.028 0.001 0.002 125 K 0.244 0.232 0.326 0.060 0.046 0.034 0.020 0.003 0.024 0.006 0.005 126 A 0.552 0.147 0.128 0.070 0.027 0.013 0.013 0.004 0.037 0.006 0.003 127 T 0.132 0.081 0.163 0.473 0.013 0.011 0.101 0.002 0.016 0.001 0.006 128 G 0.005 0.002 0.014 0.006 0.024 0.003 0.056 0.720 0.001 0.167 0.001 129 L 0.014 0.209 0.625 0.011 0.030 0.012 0.003 0.001 0.086 0.008 0.001 130 P 0.062 0.011 0.764 0.030 0.003 0.023 0.003 0.001 0.004 0.006 0.093 131 G 0.018 0.019 0.083 0.041 0.110 0.010 0.079 0.515 0.006 0.117 0.001 132 G 0.038 0.095 0.280 0.039 0.275 0.012 0.023 0.137 0.008 0.091 0.003 133 A 0.034 0.541 0.253 0.026 0.114 0.014 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 134 Y 0.010 0.685 0.163 0.010 0.093 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 135 R 0.012 0.784 0.127 0.006 0.040 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 136 R 0.018 0.678 0.178 0.007 0.053 0.026 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 137 I 0.052 0.397 0.393 0.053 0.024 0.030 0.015 0.001 0.032 0.001 0.004 138 G 0.044 0.035 0.087 0.023 0.168 0.020 0.062 0.246 0.009 0.304 0.002 139 S 0.186 0.210 0.236 0.182 0.061 0.024 0.054 0.012 0.021 0.010 0.004 140 S 0.241 0.197 0.210 0.158 0.098 0.022 0.032 0.014 0.016 0.011 0.003 141 D 0.146 0.147 0.151 0.329 0.061 0.051 0.081 0.014 0.015 0.003 0.002 142 Q 0.098 0.437 0.285 0.070 0.047 0.027 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 143 R 0.193 0.331 0.286 0.095 0.020 0.039 0.016 0.001 0.015 0.001 0.002 144 C 0.094 0.426 0.215 0.068 0.116 0.035 0.015 0.003 0.025 0.002 0.001 145 V 0.088 0.493 0.248 0.033 0.066 0.034 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001