# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 879 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.188 0.052 0.014 0.198 0.016 0.042 0.187 0.078 0.081 0.054 2 R 0.110 0.157 0.055 0.013 0.170 0.018 0.040 0.206 0.065 0.087 0.080 3 S 0.045 0.273 0.128 0.015 0.114 0.025 0.039 0.172 0.061 0.091 0.037 4 A 0.113 0.272 0.061 0.006 0.178 0.005 0.008 0.211 0.047 0.072 0.028 5 T 0.003 0.009 0.003 0.001 0.006 0.002 0.002 0.685 0.274 0.013 0.003 6 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.904 0.074 0.006 0.001 7 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.907 0.049 0.031 0.001 8 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.068 0.009 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.914 0.075 0.002 0.001 10 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.885 0.071 0.019 0.001 11 L 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.013 0.800 0.132 0.032 0.002 12 N 0.007 0.015 0.006 0.003 0.012 0.008 0.059 0.676 0.181 0.027 0.005 13 A 0.021 0.016 0.009 0.006 0.019 0.013 0.124 0.402 0.116 0.253 0.021 14 V 0.024 0.534 0.101 0.011 0.161 0.011 0.030 0.060 0.029 0.030 0.010 15 D 0.164 0.063 0.066 0.051 0.111 0.030 0.029 0.108 0.078 0.167 0.132 16 E 0.054 0.071 0.037 0.016 0.085 0.026 0.102 0.271 0.214 0.095 0.029 17 S 0.130 0.076 0.035 0.025 0.138 0.040 0.041 0.145 0.098 0.192 0.081 18 A 0.059 0.189 0.044 0.034 0.149 0.056 0.095 0.184 0.096 0.064 0.031 19 R 0.316 0.050 0.011 0.005 0.384 0.008 0.013 0.050 0.020 0.072 0.071 20 I 0.155 0.196 0.007 0.002 0.605 0.003 0.003 0.014 0.004 0.002 0.009 21 E 0.303 0.087 0.026 0.003 0.478 0.006 0.013 0.030 0.005 0.005 0.044 22 A 0.322 0.142 0.019 0.005 0.390 0.004 0.006 0.037 0.011 0.012 0.050 23 K 0.130 0.177 0.056 0.017 0.274 0.032 0.053 0.137 0.043 0.027 0.054 24 R 0.146 0.189 0.078 0.007 0.212 0.011 0.034 0.154 0.056 0.042 0.070 25 A 0.075 0.169 0.059 0.025 0.113 0.026 0.046 0.206 0.127 0.100 0.052 26 S 0.030 0.145 0.092 0.040 0.062 0.042 0.093 0.261 0.132 0.074 0.029 27 D 0.044 0.081 0.061 0.033 0.048 0.035 0.070 0.209 0.107 0.248 0.062 28 M 0.024 0.461 0.147 0.027 0.075 0.014 0.026 0.096 0.036 0.074 0.020 29 G 0.055 0.083 0.029 0.016 0.075 0.012 0.012 0.357 0.194 0.120 0.048 30 K 0.006 0.035 0.012 0.004 0.018 0.011 0.018 0.665 0.209 0.018 0.005 31 S 0.009 0.014 0.005 0.001 0.011 0.003 0.017 0.818 0.082 0.035 0.005 32 V 0.010 0.006 0.002 0.001 0.010 0.002 0.003 0.791 0.135 0.036 0.005 33 M 0.005 0.006 0.003 0.002 0.006 0.004 0.005 0.876 0.085 0.005 0.002 34 E 0.004 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.011 0.890 0.068 0.010 0.002 35 T 0.016 0.007 0.003 0.002 0.021 0.001 0.029 0.879 0.032 0.009 0.002 36 V 0.108 0.016 0.002 0.003 0.069 0.002 0.020 0.719 0.040 0.013 0.008 37 I 0.049 0.035 0.007 0.005 0.103 0.006 0.030 0.677 0.070 0.008 0.011 38 A 0.081 0.042 0.011 0.007 0.115 0.005 0.044 0.584 0.073 0.022 0.016 39 F 0.112 0.038 0.011 0.011 0.089 0.013 0.105 0.405 0.114 0.071 0.030 40 A 0.065 0.159 0.050 0.015 0.222 0.024 0.087 0.175 0.089 0.067 0.048 41 N 0.117 0.114 0.077 0.019 0.196 0.022 0.038 0.102 0.075 0.144 0.098 42 E 0.104 0.162 0.092 0.019 0.253 0.016 0.026 0.117 0.113 0.053 0.045 43 P 0.040 0.152 0.055 0.028 0.092 0.030 0.069 0.180 0.244 0.091 0.018 44 G 0.103 0.039 0.052 0.047 0.063 0.024 0.029 0.097 0.092 0.333 0.122 45 L 0.112 0.089 0.078 0.056 0.142 0.063 0.048 0.137 0.090 0.130 0.053 46 D 0.044 0.104 0.112 0.176 0.054 0.119 0.158 0.097 0.052 0.056 0.027 47 G 0.039 0.019 0.041 0.132 0.018 0.066 0.038 0.030 0.040 0.448 0.129 48 G 0.074 0.382 0.056 0.015 0.355 0.017 0.017 0.018 0.015 0.029 0.022 49 Y 0.290 0.067 0.004 0.001 0.592 0.002 0.004 0.006 0.003 0.008 0.023 50 L 0.147 0.088 0.005 0.001 0.743 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 51 L 0.485 0.031 0.003 0.001 0.437 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.033 52 L 0.138 0.125 0.058 0.070 0.312 0.107 0.044 0.015 0.011 0.039 0.080 53 G 0.213 0.101 0.084 0.107 0.224 0.024 0.009 0.010 0.011 0.079 0.138 54 V 0.081 0.230 0.058 0.041 0.203 0.064 0.056 0.063 0.059 0.095 0.049 55 D 0.131 0.230 0.160 0.037 0.281 0.016 0.011 0.032 0.025 0.026 0.052 56 W 0.055 0.048 0.016 0.012 0.064 0.020 0.041 0.341 0.313 0.067 0.024 57 A 0.043 0.070 0.048 0.020 0.079 0.035 0.085 0.315 0.140 0.137 0.029 58 I 0.102 0.122 0.032 0.019 0.180 0.019 0.041 0.254 0.077 0.114 0.038 59 N 0.069 0.090 0.162 0.084 0.077 0.043 0.052 0.207 0.069 0.090 0.058 60 D 0.031 0.062 0.078 0.095 0.048 0.080 0.080 0.352 0.092 0.058 0.024 61 K 0.032 0.328 0.164 0.124 0.051 0.055 0.063 0.056 0.043 0.060 0.025 62 G 0.025 0.046 0.105 0.227 0.023 0.059 0.029 0.024 0.029 0.306 0.127 63 D 0.220 0.144 0.071 0.029 0.223 0.023 0.038 0.031 0.033 0.112 0.076 64 T 0.224 0.187 0.020 0.007 0.434 0.018 0.014 0.009 0.012 0.030 0.045 65 V 0.129 0.197 0.028 0.003 0.608 0.006 0.006 0.003 0.003 0.003 0.015 66 Y 0.383 0.077 0.011 0.003 0.452 0.003 0.003 0.004 0.003 0.012 0.048 67 R 0.110 0.279 0.063 0.003 0.494 0.004 0.005 0.004 0.002 0.003 0.034 68 P 0.362 0.096 0.027 0.007 0.335 0.013 0.012 0.010 0.009 0.022 0.108 69 V 0.067 0.252 0.100 0.129 0.165 0.077 0.070 0.026 0.031 0.052 0.031 70 G 0.061 0.060 0.126 0.318 0.071 0.068 0.029 0.021 0.029 0.137 0.082 71 L 0.103 0.307 0.086 0.013 0.275 0.009 0.021 0.062 0.040 0.046 0.037 72 P 0.046 0.232 0.099 0.039 0.118 0.081 0.074 0.084 0.051 0.115 0.061 73 D 0.125 0.310 0.167 0.003 0.322 0.001 0.002 0.016 0.006 0.008 0.040 74 P 0.004 0.018 0.005 0.001 0.006 0.002 0.004 0.586 0.350 0.022 0.003 75 D 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.884 0.084 0.009 0.001 76 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.901 0.071 0.012 0.002 77 V 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.927 0.047 0.014 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.048 0.002 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.981 0.012 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.012 0.003 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.042 0.005 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.015 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.979 0.011 0.002 0.001 85 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.830 0.142 0.018 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.759 0.203 0.013 0.001 87 S 0.004 0.020 0.012 0.002 0.012 0.010 0.116 0.533 0.158 0.129 0.003 88 M 0.065 0.108 0.042 0.005 0.097 0.011 0.107 0.199 0.148 0.184 0.033 89 L 0.121 0.181 0.056 0.024 0.166 0.026 0.059 0.066 0.077 0.160 0.064 90 N 0.168 0.206 0.132 0.033 0.238 0.016 0.027 0.041 0.039 0.046 0.054 91 V 0.118 0.173 0.053 0.017 0.234 0.030 0.071 0.089 0.112 0.065 0.039 92 A 0.127 0.210 0.074 0.017 0.290 0.022 0.074 0.052 0.044 0.048 0.042 93 L 0.165 0.219 0.069 0.021 0.267 0.018 0.037 0.029 0.031 0.072 0.072 94 R 0.149 0.262 0.076 0.010 0.433 0.006 0.006 0.008 0.008 0.009 0.034 95 P 0.151 0.233 0.041 0.017 0.369 0.031 0.055 0.030 0.033 0.016 0.023 96 E 0.327 0.075 0.018 0.006 0.407 0.012 0.033 0.012 0.010 0.035 0.064 97 M 0.263 0.103 0.004 0.001 0.596 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.020 98 Q 0.182 0.117 0.014 0.002 0.647 0.006 0.006 0.003 0.002 0.001 0.020 99 L 0.381 0.071 0.013 0.001 0.460 0.002 0.002 0.003 0.003 0.005 0.059 100 E 0.183 0.177 0.018 0.003 0.561 0.005 0.007 0.007 0.004 0.006 0.029 101 Q 0.458 0.083 0.037 0.003 0.306 0.005 0.007 0.006 0.005 0.008 0.081 102 V 0.065 0.057 0.046 0.238 0.074 0.267 0.058 0.049 0.043 0.064 0.039 103 G 0.002 0.026 0.059 0.635 0.005 0.120 0.120 0.013 0.010 0.007 0.003 104 G 0.015 0.008 0.014 0.063 0.006 0.024 0.013 0.008 0.022 0.710 0.119 105 K 0.067 0.508 0.037 0.010 0.283 0.014 0.020 0.003 0.006 0.026 0.026 106 T 0.293 0.070 0.003 0.001 0.592 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.025 107 L 0.181 0.043 0.001 0.001 0.770 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 108 L 0.146 0.018 0.001 0.001 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.338 0.015 0.001 0.001 0.635 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 110 V 0.231 0.057 0.004 0.001 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 111 Y 0.325 0.106 0.016 0.001 0.481 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.067 112 V 0.114 0.412 0.177 0.004 0.202 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.078 113 P 0.025 0.571 0.281 0.010 0.086 0.004 0.006 0.004 0.004 0.002 0.009 114 E 0.046 0.089 0.040 0.020 0.046 0.044 0.180 0.212 0.213 0.086 0.024 115 A 0.027 0.223 0.152 0.038 0.086 0.031 0.069 0.087 0.128 0.135 0.024 116 D 0.159 0.229 0.104 0.020 0.265 0.010 0.016 0.071 0.052 0.039 0.034 117 V 0.034 0.053 0.029 0.019 0.056 0.038 0.049 0.298 0.332 0.069 0.023 118 T 0.043 0.108 0.045 0.031 0.076 0.050 0.154 0.197 0.127 0.145 0.025 119 H 0.149 0.125 0.073 0.051 0.156 0.023 0.032 0.061 0.047 0.205 0.077 120 K 0.067 0.332 0.208 0.053 0.195 0.020 0.024 0.038 0.023 0.018 0.023 121 P 0.223 0.192 0.055 0.007 0.359 0.008 0.015 0.049 0.030 0.021 0.041 122 I 0.161 0.275 0.027 0.003 0.404 0.007 0.022 0.046 0.016 0.012 0.027 123 Y 0.176 0.207 0.059 0.004 0.403 0.006 0.012 0.046 0.012 0.017 0.060 124 K 0.130 0.224 0.051 0.011 0.317 0.012 0.023 0.116 0.040 0.030 0.047 125 K 0.096 0.110 0.148 0.025 0.110 0.029 0.057 0.236 0.085 0.045 0.058 126 A 0.027 0.125 0.055 0.043 0.056 0.076 0.099 0.323 0.118 0.056 0.024 127 T 0.016 0.463 0.152 0.099 0.054 0.027 0.052 0.033 0.030 0.057 0.018 128 G 0.031 0.031 0.047 0.126 0.021 0.010 0.007 0.014 0.023 0.514 0.178 129 L 0.030 0.311 0.462 0.057 0.083 0.008 0.007 0.012 0.010 0.009 0.011 130 P 0.030 0.106 0.064 0.075 0.047 0.129 0.317 0.123 0.065 0.027 0.016 131 G 0.026 0.048 0.106 0.234 0.026 0.104 0.123 0.053 0.050 0.192 0.038 132 G 0.142 0.181 0.157 0.053 0.191 0.017 0.011 0.029 0.030 0.131 0.057 133 A 0.138 0.200 0.041 0.004 0.482 0.011 0.023 0.035 0.021 0.016 0.029 134 Y 0.260 0.126 0.020 0.002 0.514 0.002 0.003 0.010 0.005 0.010 0.048 135 R 0.188 0.229 0.042 0.006 0.416 0.008 0.014 0.021 0.009 0.013 0.053 136 R 0.274 0.132 0.094 0.013 0.321 0.014 0.012 0.015 0.010 0.017 0.099 137 I 0.073 0.174 0.077 0.109 0.109 0.110 0.085 0.066 0.049 0.106 0.042 138 G 0.026 0.052 0.120 0.414 0.034 0.069 0.029 0.030 0.033 0.145 0.049 139 S 0.079 0.120 0.085 0.070 0.110 0.043 0.046 0.114 0.123 0.162 0.047 140 S 0.038 0.121 0.079 0.052 0.071 0.061 0.082 0.140 0.156 0.157 0.042 141 D 0.156 0.105 0.047 0.022 0.195 0.019 0.029 0.090 0.090 0.162 0.086 142 Q 0.121 0.206 0.041 0.013 0.273 0.018 0.031 0.113 0.091 0.061 0.032 143 R 0.148 0.124 0.052 0.020 0.232 0.028 0.042 0.149 0.074 0.078 0.053 144 C 0.199 0.129 0.036 0.015 0.285 0.015 0.026 0.104 0.056 0.078 0.058 145 V 0.124 0.207 0.071 0.025 0.267 0.027 0.039 0.099 0.047 0.048 0.047