# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 874 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.496 0.205 0.156 0.085 0.043 0.014 0.001 2 R 0.549 0.220 0.134 0.068 0.022 0.006 0.001 3 S 0.583 0.204 0.130 0.060 0.018 0.006 0.001 4 A 0.627 0.220 0.101 0.035 0.014 0.004 0.001 5 T 0.451 0.252 0.158 0.103 0.028 0.007 0.001 6 D 0.655 0.214 0.093 0.027 0.008 0.002 0.001 7 L 0.217 0.272 0.237 0.174 0.081 0.017 0.001 8 L 0.090 0.084 0.131 0.266 0.295 0.128 0.007 9 D 0.362 0.304 0.215 0.089 0.024 0.005 0.001 10 E 0.332 0.382 0.170 0.084 0.026 0.006 0.001 11 L 0.126 0.130 0.191 0.276 0.210 0.064 0.003 12 N 0.227 0.233 0.226 0.191 0.092 0.028 0.002 13 A 0.468 0.344 0.122 0.050 0.014 0.003 0.001 14 V 0.332 0.262 0.173 0.160 0.061 0.011 0.001 15 D 0.566 0.272 0.115 0.032 0.010 0.003 0.001 16 E 0.156 0.166 0.214 0.284 0.144 0.034 0.002 17 S 0.440 0.303 0.164 0.064 0.021 0.007 0.001 18 A 0.246 0.328 0.171 0.153 0.073 0.026 0.003 19 R 0.103 0.164 0.297 0.235 0.138 0.055 0.009 20 I 0.025 0.055 0.112 0.225 0.292 0.256 0.034 21 E 0.042 0.123 0.245 0.262 0.213 0.101 0.014 22 A 0.022 0.038 0.068 0.131 0.299 0.389 0.054 23 K 0.046 0.116 0.192 0.278 0.246 0.109 0.012 24 R 0.093 0.240 0.251 0.238 0.126 0.049 0.004 25 A 0.155 0.200 0.233 0.256 0.121 0.034 0.001 26 S 0.556 0.246 0.138 0.047 0.010 0.003 0.001 27 D 0.695 0.219 0.067 0.015 0.003 0.001 0.001 28 M 0.411 0.254 0.191 0.097 0.040 0.007 0.001 29 G 0.409 0.310 0.185 0.078 0.014 0.004 0.001 30 K 0.587 0.275 0.106 0.025 0.006 0.001 0.001 31 S 0.135 0.372 0.242 0.179 0.062 0.009 0.001 32 V 0.007 0.019 0.052 0.170 0.461 0.270 0.021 33 M 0.009 0.064 0.175 0.317 0.279 0.136 0.021 34 E 0.014 0.126 0.274 0.314 0.190 0.068 0.013 35 T 0.001 0.018 0.069 0.199 0.402 0.244 0.067 36 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.056 0.482 0.454 37 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.042 0.309 0.638 38 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.192 0.783 39 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.219 0.744 40 A 0.001 0.002 0.004 0.015 0.057 0.253 0.668 41 N 0.003 0.008 0.016 0.045 0.147 0.386 0.396 42 E 0.028 0.070 0.123 0.217 0.230 0.227 0.105 43 P 0.137 0.187 0.164 0.184 0.149 0.132 0.046 44 G 0.168 0.197 0.177 0.167 0.146 0.108 0.037 45 L 0.113 0.150 0.160 0.213 0.201 0.124 0.039 46 D 0.146 0.234 0.203 0.189 0.116 0.075 0.037 47 G 0.041 0.094 0.144 0.197 0.235 0.206 0.083 48 G 0.006 0.020 0.047 0.119 0.296 0.367 0.144 49 Y 0.002 0.006 0.021 0.062 0.178 0.363 0.368 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.259 0.729 51 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.180 0.784 52 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.166 0.818 53 G 0.001 0.003 0.012 0.043 0.134 0.387 0.420 54 V 0.001 0.002 0.006 0.034 0.192 0.580 0.187 55 D 0.012 0.117 0.280 0.285 0.182 0.108 0.015 56 W 0.025 0.093 0.173 0.284 0.298 0.121 0.005 57 A 0.164 0.408 0.191 0.174 0.052 0.011 0.001 58 I 0.408 0.310 0.144 0.107 0.026 0.004 0.001 59 N 0.680 0.206 0.094 0.016 0.004 0.001 0.001 60 D 0.308 0.295 0.216 0.147 0.030 0.003 0.001 61 K 0.703 0.207 0.074 0.014 0.002 0.001 0.001 62 G 0.578 0.289 0.093 0.030 0.008 0.001 0.001 63 D 0.461 0.323 0.144 0.055 0.013 0.003 0.001 64 T 0.093 0.190 0.195 0.272 0.201 0.046 0.002 65 V 0.100 0.228 0.258 0.258 0.116 0.036 0.004 66 Y 0.023 0.039 0.087 0.181 0.377 0.258 0.035 67 R 0.056 0.152 0.224 0.244 0.186 0.115 0.022 68 P 0.047 0.087 0.145 0.207 0.261 0.215 0.038 69 V 0.064 0.110 0.163 0.252 0.240 0.148 0.023 70 G 0.130 0.322 0.249 0.167 0.088 0.040 0.004 71 L 0.093 0.151 0.205 0.280 0.213 0.055 0.003 72 P 0.439 0.353 0.119 0.071 0.014 0.004 0.001 73 D 0.456 0.307 0.139 0.068 0.026 0.004 0.001 74 P 0.365 0.268 0.216 0.114 0.032 0.005 0.001 75 D 0.599 0.271 0.094 0.030 0.005 0.001 0.001 76 K 0.354 0.421 0.156 0.052 0.015 0.003 0.001 77 V 0.043 0.090 0.169 0.314 0.297 0.086 0.002 78 Q 0.104 0.255 0.326 0.229 0.069 0.016 0.001 79 R 0.259 0.451 0.170 0.089 0.027 0.004 0.001 80 D 0.059 0.227 0.323 0.261 0.111 0.018 0.001 81 L 0.006 0.010 0.026 0.111 0.467 0.356 0.023 82 A 0.032 0.157 0.343 0.331 0.110 0.025 0.002 83 S 0.215 0.432 0.233 0.083 0.028 0.008 0.001 84 Q 0.042 0.165 0.291 0.302 0.154 0.041 0.003 85 C 0.018 0.032 0.053 0.162 0.378 0.317 0.039 86 A 0.089 0.255 0.301 0.235 0.094 0.023 0.002 87 S 0.255 0.409 0.184 0.103 0.036 0.012 0.001 88 M 0.062 0.152 0.253 0.270 0.183 0.074 0.007 89 L 0.030 0.051 0.083 0.205 0.343 0.246 0.043 90 N 0.119 0.293 0.269 0.201 0.081 0.031 0.006 91 V 0.077 0.150 0.150 0.236 0.236 0.131 0.019 92 A 0.084 0.188 0.264 0.231 0.138 0.080 0.015 93 L 0.031 0.051 0.076 0.178 0.313 0.284 0.066 94 R 0.106 0.244 0.247 0.220 0.111 0.057 0.015 95 P 0.064 0.110 0.119 0.207 0.262 0.201 0.037 96 E 0.127 0.270 0.269 0.212 0.082 0.033 0.007 97 M 0.055 0.059 0.090 0.197 0.324 0.237 0.039 98 Q 0.117 0.256 0.254 0.218 0.108 0.043 0.004 99 L 0.128 0.186 0.207 0.225 0.174 0.075 0.005 100 E 0.209 0.271 0.225 0.199 0.073 0.021 0.001 101 Q 0.349 0.357 0.178 0.079 0.028 0.007 0.001 102 V 0.159 0.159 0.218 0.303 0.138 0.022 0.001 103 G 0.641 0.238 0.093 0.023 0.004 0.001 0.001 104 G 0.526 0.305 0.129 0.030 0.008 0.002 0.001 105 K 0.138 0.273 0.254 0.203 0.103 0.028 0.002 106 T 0.023 0.122 0.217 0.312 0.238 0.082 0.006 107 L 0.003 0.010 0.043 0.095 0.256 0.484 0.110 108 L 0.001 0.002 0.004 0.015 0.077 0.582 0.319 109 V 0.001 0.005 0.024 0.082 0.184 0.302 0.402 110 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.031 0.314 0.645 111 Y 0.002 0.014 0.070 0.238 0.298 0.252 0.126 112 V 0.002 0.003 0.012 0.047 0.266 0.505 0.165 113 P 0.024 0.129 0.261 0.289 0.192 0.093 0.012 114 E 0.204 0.378 0.236 0.113 0.044 0.023 0.003 115 A 0.053 0.105 0.167 0.304 0.267 0.099 0.007 116 D 0.280 0.331 0.200 0.122 0.044 0.020 0.003 117 V 0.192 0.311 0.195 0.169 0.094 0.034 0.004 118 T 0.176 0.224 0.243 0.186 0.103 0.056 0.010 119 H 0.053 0.125 0.175 0.233 0.235 0.145 0.033 120 K 0.031 0.078 0.176 0.242 0.250 0.162 0.062 121 P 0.013 0.028 0.058 0.097 0.216 0.415 0.174 122 I 0.010 0.028 0.077 0.161 0.296 0.354 0.074 123 Y 0.013 0.032 0.074 0.159 0.362 0.300 0.061 124 K 0.049 0.143 0.227 0.252 0.203 0.109 0.019 125 K 0.126 0.219 0.235 0.230 0.137 0.050 0.005 126 A 0.283 0.261 0.215 0.166 0.057 0.017 0.001 127 T 0.748 0.159 0.071 0.017 0.004 0.001 0.001 128 G 0.594 0.259 0.100 0.033 0.012 0.003 0.001 129 L 0.326 0.325 0.175 0.119 0.041 0.014 0.001 130 P 0.380 0.281 0.194 0.087 0.043 0.013 0.002 131 G 0.264 0.385 0.141 0.146 0.047 0.014 0.002 132 G 0.038 0.096 0.178 0.265 0.295 0.113 0.014 133 A 0.013 0.028 0.095 0.187 0.324 0.298 0.055 134 Y 0.008 0.017 0.046 0.100 0.269 0.417 0.142 135 R 0.021 0.074 0.166 0.207 0.261 0.213 0.058 136 R 0.019 0.046 0.091 0.174 0.302 0.307 0.060 137 I 0.043 0.100 0.184 0.263 0.246 0.143 0.021 138 G 0.178 0.251 0.244 0.188 0.098 0.036 0.004 139 S 0.512 0.263 0.138 0.060 0.021 0.005 0.001 140 S 0.607 0.236 0.094 0.046 0.013 0.004 0.001 141 D 0.647 0.225 0.095 0.024 0.007 0.002 0.001 142 Q 0.431 0.251 0.166 0.105 0.039 0.007 0.001 143 R 0.442 0.323 0.122 0.082 0.024 0.006 0.001 144 C 0.237 0.170 0.178 0.194 0.156 0.060 0.003 145 V 0.300 0.197 0.198 0.171 0.094 0.036 0.004