# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 874 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.087 0.091 0.129 0.161 0.133 0.097 0.075 0.037 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 2 R 0.302 0.182 0.173 0.135 0.091 0.053 0.030 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 S 0.309 0.168 0.137 0.144 0.111 0.064 0.032 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 4 A 0.297 0.164 0.175 0.116 0.096 0.068 0.045 0.013 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 T 0.275 0.187 0.200 0.136 0.094 0.061 0.028 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.751 0.143 0.067 0.020 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.142 0.180 0.190 0.204 0.151 0.080 0.031 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.038 0.045 0.049 0.138 0.232 0.182 0.150 0.098 0.051 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 9 D 0.418 0.280 0.158 0.063 0.033 0.030 0.011 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.654 0.189 0.075 0.033 0.018 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.058 0.076 0.086 0.197 0.238 0.198 0.088 0.037 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.123 0.092 0.125 0.186 0.224 0.128 0.066 0.033 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.621 0.141 0.117 0.049 0.032 0.018 0.012 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.430 0.151 0.129 0.105 0.091 0.047 0.027 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.402 0.204 0.138 0.087 0.067 0.051 0.030 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.154 0.110 0.106 0.160 0.168 0.140 0.078 0.048 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 17 S 0.273 0.153 0.098 0.126 0.121 0.082 0.076 0.028 0.022 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 18 A 0.117 0.092 0.098 0.126 0.138 0.154 0.099 0.069 0.046 0.032 0.018 0.008 0.003 0.002 19 R 0.052 0.055 0.061 0.112 0.181 0.163 0.117 0.089 0.071 0.051 0.025 0.014 0.005 0.004 20 I 0.015 0.011 0.018 0.025 0.047 0.074 0.099 0.125 0.151 0.162 0.141 0.075 0.045 0.012 21 E 0.027 0.033 0.048 0.082 0.116 0.117 0.141 0.160 0.098 0.070 0.062 0.027 0.010 0.010 22 A 0.015 0.014 0.020 0.032 0.040 0.067 0.087 0.114 0.176 0.161 0.126 0.090 0.047 0.014 23 K 0.045 0.061 0.069 0.134 0.139 0.147 0.137 0.124 0.064 0.037 0.026 0.009 0.004 0.003 24 R 0.099 0.126 0.160 0.170 0.142 0.112 0.069 0.054 0.036 0.016 0.012 0.003 0.001 0.001 25 A 0.135 0.159 0.134 0.199 0.148 0.110 0.052 0.038 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 26 S 0.489 0.183 0.163 0.080 0.038 0.022 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.627 0.164 0.139 0.034 0.017 0.009 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 M 0.426 0.169 0.254 0.074 0.038 0.019 0.012 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.301 0.194 0.208 0.135 0.078 0.040 0.029 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.342 0.244 0.193 0.102 0.054 0.037 0.019 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.200 0.238 0.200 0.142 0.098 0.072 0.026 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.023 0.029 0.036 0.104 0.157 0.187 0.174 0.164 0.068 0.031 0.014 0.007 0.004 0.001 33 M 0.012 0.022 0.033 0.106 0.156 0.177 0.180 0.168 0.076 0.033 0.020 0.010 0.004 0.002 34 E 0.053 0.069 0.081 0.135 0.145 0.139 0.109 0.097 0.081 0.042 0.026 0.014 0.005 0.004 35 T 0.011 0.019 0.026 0.059 0.100 0.124 0.153 0.142 0.129 0.100 0.061 0.044 0.021 0.012 36 V 0.002 0.002 0.005 0.009 0.023 0.054 0.101 0.142 0.160 0.140 0.182 0.083 0.062 0.036 37 I 0.002 0.004 0.005 0.011 0.024 0.049 0.084 0.122 0.178 0.178 0.121 0.103 0.077 0.042 38 A 0.004 0.007 0.008 0.015 0.024 0.042 0.072 0.101 0.149 0.172 0.154 0.124 0.081 0.046 39 F 0.003 0.006 0.010 0.019 0.035 0.059 0.097 0.129 0.147 0.147 0.144 0.108 0.057 0.039 40 A 0.005 0.010 0.017 0.032 0.052 0.087 0.119 0.147 0.165 0.135 0.097 0.066 0.044 0.024 41 N 0.016 0.028 0.035 0.071 0.119 0.138 0.163 0.153 0.114 0.077 0.044 0.023 0.013 0.007 42 E 0.051 0.110 0.125 0.160 0.161 0.133 0.102 0.073 0.046 0.019 0.012 0.003 0.002 0.001 43 P 0.064 0.108 0.126 0.181 0.178 0.153 0.077 0.059 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 44 G 0.168 0.212 0.152 0.158 0.114 0.089 0.056 0.021 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 45 L 0.052 0.096 0.095 0.186 0.194 0.164 0.099 0.064 0.028 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 46 D 0.066 0.138 0.150 0.161 0.146 0.124 0.085 0.059 0.040 0.016 0.012 0.002 0.001 0.001 47 G 0.009 0.021 0.033 0.074 0.120 0.137 0.155 0.171 0.111 0.074 0.045 0.026 0.015 0.010 48 G 0.001 0.002 0.004 0.009 0.022 0.048 0.090 0.138 0.187 0.172 0.120 0.115 0.060 0.030 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.032 0.060 0.143 0.181 0.205 0.176 0.093 0.087 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.078 0.145 0.238 0.272 0.137 0.102 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.063 0.117 0.249 0.196 0.179 0.175 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.069 0.172 0.243 0.251 0.156 0.087 53 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.028 0.064 0.120 0.164 0.186 0.158 0.111 0.151 54 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.030 0.068 0.168 0.237 0.199 0.166 0.080 0.031 55 D 0.004 0.020 0.036 0.074 0.089 0.116 0.170 0.185 0.121 0.074 0.072 0.017 0.008 0.014 56 W 0.011 0.031 0.051 0.094 0.113 0.150 0.114 0.131 0.134 0.074 0.045 0.034 0.012 0.006 57 A 0.095 0.166 0.152 0.161 0.138 0.100 0.086 0.047 0.034 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 58 I 0.142 0.197 0.167 0.201 0.117 0.095 0.037 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.559 0.204 0.095 0.057 0.037 0.019 0.019 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.507 0.210 0.128 0.074 0.039 0.021 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.591 0.164 0.125 0.050 0.030 0.016 0.017 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 G 0.495 0.178 0.132 0.079 0.050 0.026 0.028 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.426 0.199 0.144 0.078 0.056 0.044 0.030 0.007 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 64 T 0.057 0.076 0.103 0.152 0.170 0.167 0.104 0.077 0.039 0.032 0.011 0.008 0.003 0.001 65 V 0.058 0.059 0.071 0.127 0.185 0.139 0.113 0.086 0.074 0.050 0.019 0.013 0.003 0.003 66 Y 0.012 0.010 0.017 0.030 0.051 0.077 0.098 0.125 0.169 0.150 0.121 0.083 0.047 0.010 67 R 0.027 0.027 0.046 0.061 0.098 0.100 0.117 0.152 0.108 0.091 0.108 0.039 0.014 0.012 68 P 0.013 0.015 0.020 0.036 0.053 0.068 0.086 0.115 0.155 0.156 0.108 0.091 0.059 0.025 69 V 0.023 0.026 0.029 0.057 0.071 0.104 0.112 0.158 0.137 0.120 0.075 0.052 0.026 0.010 70 G 0.077 0.098 0.113 0.143 0.141 0.114 0.123 0.082 0.050 0.030 0.020 0.005 0.002 0.002 71 L 0.067 0.085 0.106 0.138 0.155 0.142 0.104 0.087 0.059 0.028 0.018 0.006 0.003 0.002 72 P 0.383 0.204 0.152 0.110 0.068 0.035 0.026 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.331 0.220 0.164 0.111 0.063 0.058 0.028 0.011 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 P 0.205 0.156 0.165 0.152 0.144 0.075 0.065 0.017 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 75 D 0.573 0.201 0.118 0.052 0.026 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.447 0.277 0.136 0.068 0.034 0.024 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.055 0.051 0.063 0.155 0.232 0.199 0.127 0.063 0.039 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.100 0.144 0.243 0.203 0.149 0.090 0.040 0.013 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.715 0.178 0.064 0.022 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.120 0.229 0.249 0.185 0.111 0.072 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.012 0.013 0.020 0.068 0.150 0.209 0.232 0.181 0.078 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 82 A 0.075 0.179 0.231 0.220 0.149 0.091 0.033 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.664 0.188 0.092 0.030 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.043 0.096 0.126 0.250 0.227 0.155 0.061 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 C 0.020 0.019 0.032 0.078 0.160 0.192 0.227 0.162 0.072 0.019 0.013 0.003 0.003 0.001 86 A 0.196 0.246 0.189 0.166 0.106 0.058 0.022 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.638 0.192 0.082 0.040 0.019 0.018 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 M 0.050 0.080 0.105 0.206 0.222 0.187 0.088 0.034 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 89 L 0.045 0.037 0.054 0.105 0.188 0.189 0.162 0.120 0.053 0.026 0.013 0.005 0.003 0.001 90 N 0.226 0.192 0.140 0.135 0.113 0.085 0.049 0.029 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 91 V 0.098 0.053 0.060 0.103 0.143 0.127 0.117 0.100 0.068 0.058 0.035 0.025 0.010 0.003 92 A 0.041 0.054 0.071 0.115 0.163 0.162 0.130 0.102 0.074 0.040 0.027 0.010 0.005 0.005 93 L 0.018 0.010 0.016 0.025 0.048 0.078 0.108 0.137 0.146 0.175 0.108 0.080 0.041 0.009 94 R 0.047 0.066 0.057 0.101 0.144 0.138 0.135 0.118 0.090 0.042 0.038 0.011 0.005 0.008 95 P 0.011 0.007 0.012 0.017 0.029 0.052 0.075 0.096 0.150 0.192 0.193 0.104 0.047 0.012 96 E 0.031 0.057 0.075 0.131 0.167 0.148 0.141 0.116 0.064 0.031 0.025 0.006 0.003 0.005 97 M 0.023 0.017 0.025 0.038 0.051 0.082 0.079 0.104 0.167 0.157 0.104 0.094 0.049 0.009 98 Q 0.064 0.092 0.100 0.151 0.161 0.138 0.127 0.091 0.043 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 99 L 0.059 0.069 0.100 0.146 0.154 0.141 0.107 0.075 0.075 0.035 0.023 0.011 0.004 0.002 100 E 0.197 0.161 0.173 0.152 0.127 0.082 0.047 0.030 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.276 0.241 0.187 0.124 0.074 0.053 0.022 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.059 0.113 0.105 0.208 0.210 0.152 0.078 0.046 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 103 G 0.280 0.244 0.194 0.131 0.065 0.042 0.026 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 G 0.193 0.205 0.225 0.146 0.086 0.072 0.040 0.015 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 105 K 0.014 0.045 0.074 0.140 0.190 0.177 0.146 0.101 0.064 0.023 0.017 0.006 0.002 0.002 106 T 0.003 0.008 0.014 0.036 0.077 0.110 0.148 0.189 0.166 0.132 0.044 0.043 0.020 0.009 107 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.022 0.060 0.089 0.179 0.189 0.189 0.143 0.069 0.044 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.083 0.147 0.270 0.275 0.135 0.064 109 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.026 0.062 0.131 0.232 0.197 0.158 0.179 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.065 0.145 0.195 0.293 0.200 0.084 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.022 0.063 0.128 0.149 0.203 0.155 0.121 0.071 0.073 112 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 0.062 0.097 0.165 0.170 0.264 0.111 0.053 0.038 113 P 0.007 0.027 0.042 0.088 0.116 0.146 0.129 0.159 0.115 0.078 0.050 0.021 0.013 0.009 114 E 0.057 0.122 0.164 0.172 0.128 0.118 0.074 0.058 0.058 0.023 0.017 0.006 0.002 0.002 115 A 0.075 0.118 0.129 0.172 0.187 0.133 0.076 0.055 0.033 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 116 D 0.279 0.213 0.207 0.108 0.071 0.051 0.035 0.014 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 117 V 0.232 0.186 0.148 0.144 0.109 0.080 0.053 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 118 T 0.325 0.209 0.137 0.099 0.072 0.061 0.050 0.016 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 119 H 0.098 0.112 0.121 0.140 0.150 0.153 0.087 0.057 0.040 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 120 K 0.052 0.058 0.072 0.107 0.163 0.148 0.115 0.106 0.075 0.050 0.031 0.013 0.005 0.004 121 P 0.022 0.020 0.032 0.054 0.093 0.102 0.120 0.152 0.129 0.117 0.079 0.046 0.024 0.010 122 I 0.016 0.015 0.023 0.040 0.059 0.086 0.109 0.148 0.153 0.133 0.102 0.071 0.032 0.013 123 Y 0.027 0.032 0.046 0.062 0.082 0.105 0.120 0.133 0.133 0.103 0.083 0.045 0.018 0.011 124 K 0.062 0.073 0.088 0.124 0.120 0.122 0.115 0.114 0.068 0.045 0.042 0.013 0.007 0.005 125 K 0.081 0.122 0.116 0.215 0.150 0.115 0.073 0.063 0.030 0.017 0.009 0.004 0.002 0.002 126 A 0.229 0.189 0.162 0.149 0.107 0.068 0.044 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 127 T 0.485 0.189 0.181 0.064 0.031 0.020 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 G 0.569 0.194 0.076 0.064 0.036 0.021 0.028 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.179 0.173 0.164 0.152 0.115 0.104 0.063 0.026 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 130 P 0.202 0.145 0.217 0.127 0.116 0.071 0.049 0.026 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 131 G 0.132 0.109 0.112 0.132 0.129 0.113 0.090 0.059 0.057 0.036 0.019 0.008 0.003 0.001 132 G 0.045 0.047 0.066 0.104 0.141 0.134 0.125 0.118 0.077 0.056 0.050 0.023 0.010 0.005 133 A 0.015 0.014 0.023 0.041 0.072 0.085 0.104 0.155 0.137 0.135 0.086 0.077 0.042 0.016 134 Y 0.013 0.011 0.015 0.029 0.043 0.069 0.094 0.136 0.171 0.162 0.103 0.096 0.043 0.015 135 R 0.034 0.031 0.040 0.061 0.081 0.096 0.138 0.139 0.116 0.100 0.099 0.040 0.015 0.011 136 R 0.042 0.049 0.064 0.091 0.128 0.118 0.125 0.117 0.093 0.066 0.064 0.022 0.012 0.009 137 I 0.054 0.066 0.069 0.131 0.167 0.142 0.106 0.109 0.067 0.044 0.022 0.012 0.008 0.004 138 G 0.146 0.151 0.127 0.170 0.140 0.103 0.069 0.047 0.024 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 139 S 0.414 0.190 0.140 0.084 0.058 0.044 0.038 0.013 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 140 S 0.483 0.164 0.153 0.071 0.044 0.033 0.029 0.007 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 141 D 0.303 0.175 0.153 0.127 0.091 0.069 0.044 0.016 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 142 Q 0.155 0.120 0.107 0.144 0.150 0.127 0.090 0.052 0.027 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 143 R 0.166 0.106 0.120 0.140 0.155 0.110 0.074 0.058 0.035 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 144 C 0.078 0.036 0.045 0.072 0.109 0.117 0.125 0.137 0.100 0.073 0.049 0.035 0.018 0.005 145 V 0.100 0.059 0.070 0.098 0.124 0.122 0.105 0.102 0.082 0.057 0.039 0.028 0.010 0.004