This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA R A 3 3 NATAA S A 4 4 NATAA A A 5 5 NATAA T A 6 6 NATAA D A 7 7 NATAA L A 8 8 NATAA L A 9 9 NATAA D A 10 10 NATAA E A 11 11 NATAA L A 12 12 NATAA N A 13 13 NATAA A A 14 14 NATAA V A 15 15 NATAA D A 16 16 NATAA E A 17 17 NATAA S A 18 18 NATAA A A 19 19 NATAA R A 20 20 NATAA I A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA A A 23 23 NATAA K A 24 24 NATAA R A 25 25 NATAA A A 26 26 NATAA S A 27 27 NATAA D A 28 28 NATAA M A 29 29 NATAA G A 30 30 NATAA K A 31 31 NATAA S A 32 32 NATAA V A 33 33 NATAA M A 34 34 NATAA E A 35 35 NATAA T A 36 36 NATAA V A 37 37 NATAA I A 38 38 NATAA A A 39 39 NATAA F A 40 40 NATAA A A 41 41 NATAA N A 42 42 NATAA E A 43 43 NATRO P A 44 44 NATAA G A 45 45 NATAA L A 46 46 NATAA D A 47 47 NATAA G A 48 48 NATAA G A 49 49 NATAA Y A 50 50 NATAA L A 51 51 NATAA L A 52 52 NATAA L A 53 53 NATAA G A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA D A 56 56 NATAA W A 57 57 NATAA A A 58 58 NATAA I A 59 59 NATAA N A 60 60 NATAA D A 61 61 NATAA K A 62 62 NATAA G A 63 63 NATAA D A 64 64 NATAA T A 65 65 NATAA V A 66 66 NATAA Y A 67 67 NATAA R A 68 68 NATRO P A 69 69 NATAA V A 70 70 NATAA G A 71 71 NATAA L A 72 72 NATRO P A 73 73 NATAA D A 74 74 NATRO P A 75 75 NATAA D A 76 76 NATAA K A 77 77 NATAA V A 78 78 NATAA Q A 79 79 NATAA R A 80 80 NATAA D A 81 81 NATAA L A 82 82 NATAA A A 83 83 NATAA S A 84 84 NATAA Q A 85 85 NATRO C A 86 86 NATAA A A 87 87 NATAA S A 88 88 NATAA M A 89 89 NATAA L A 90 90 NATAA N A 91 91 NATAA V A 92 92 NATAA A A 93 93 NATAA L A 94 94 NATAA R A 95 95 NATRO P A 96 96 NATAA E A 97 97 NATAA M A 98 98 NATAA Q A 99 99 NATAA L A 100 100 NATAA E A 101 101 NATAA Q A 102 102 NATAA V A 103 103 NATAA G A 104 104 NATAA G A 105 105 NATAA K A 106 106 NATAA T A 107 107 NATAA L A 108 108 NATAA L A 109 109 NATAA V A 110 110 NATAA V A 111 111 NATAA Y A 112 112 NATAA V A 113 113 NATRO P A 114 114 NATAA E A 115 115 NATAA A A 116 116 NATAA D A 117 117 NATAA V A 118 118 NATAA T A 119 119 NATAA H A 120 120 NATAA K A 121 121 NATRO P A 122 122 NATAA I A 123 123 NATAA Y A 124 124 NATAA K A 125 125 NATAA K A 126 126 NATAA A A 127 127 NATAA T A 128 128 NATAA G A 129 129 NATAA L A 130 130 NATRO P A 131 131 NATAA G A 132 132 NATAA G A 133 133 NATAA A A 134 134 NATAA Y A 135 135 NATAA R A 136 136 NATAA R A 137 137 NATAA I A 138 138 NATAA G A 139 139 NATAA S A 140 140 NATAA S A 141 141 NATAA D A 142 142 NATAA Q A 143 143 NATAA R A 144 144 NATRO C A 145 145 NATAA V