# TARGET T0557 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 164 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.005 0.004 0.087 0.180 0.710 2 R 0.033 0.032 0.004 0.244 0.079 0.606 3 S 0.033 0.030 0.006 0.542 0.046 0.343 4 A 0.009 0.002 0.006 0.901 0.017 0.065 5 T 0.003 0.001 0.003 0.971 0.008 0.014 6 D 0.002 0.001 0.004 0.973 0.010 0.010 7 L 0.002 0.001 0.002 0.976 0.011 0.008 8 L 0.003 0.001 0.001 0.980 0.011 0.005 9 D 0.003 0.001 0.001 0.976 0.014 0.006 10 E 0.001 0.001 0.001 0.976 0.013 0.008 11 L 0.001 0.001 0.003 0.957 0.021 0.018 12 N 0.001 0.001 0.007 0.915 0.042 0.035 13 A 0.003 0.002 0.010 0.696 0.145 0.143 14 V 0.005 0.002 0.015 0.236 0.284 0.458 15 D 0.012 0.005 0.013 0.041 0.411 0.518 16 E 0.067 0.019 0.025 0.026 0.495 0.369 17 S 0.125 0.012 0.016 0.009 0.422 0.416 18 A 0.428 0.019 0.008 0.003 0.246 0.296 19 R 0.701 0.004 0.002 0.002 0.071 0.218 20 I 0.907 0.004 0.001 0.003 0.016 0.069 21 E 0.946 0.004 0.001 0.003 0.010 0.036 22 A 0.922 0.004 0.002 0.007 0.022 0.043 23 K 0.819 0.006 0.005 0.008 0.070 0.092 24 R 0.489 0.010 0.019 0.015 0.273 0.194 25 A 0.120 0.011 0.026 0.016 0.536 0.291 26 S 0.022 0.005 0.020 0.010 0.701 0.241 27 D 0.011 0.008 0.022 0.010 0.684 0.265 28 M 0.020 0.029 0.016 0.021 0.487 0.427 29 G 0.015 0.012 0.025 0.128 0.309 0.511 30 K 0.006 0.002 0.081 0.708 0.104 0.099 31 S 0.023 0.007 0.086 0.744 0.075 0.065 32 V 0.015 0.002 0.039 0.917 0.015 0.010 33 M 0.017 0.001 0.014 0.949 0.011 0.009 34 E 0.023 0.001 0.007 0.946 0.013 0.010 35 T 0.028 0.001 0.004 0.944 0.012 0.012 36 V 0.023 0.001 0.003 0.950 0.012 0.011 37 I 0.021 0.002 0.006 0.939 0.017 0.015 38 A 0.048 0.002 0.013 0.838 0.041 0.060 39 F 0.103 0.028 0.019 0.680 0.068 0.103 40 A 0.080 0.079 0.019 0.560 0.062 0.200 41 N 0.023 0.025 0.018 0.100 0.292 0.543 42 E 0.006 0.010 0.065 0.029 0.757 0.133 43 P 0.003 0.002 0.072 0.010 0.858 0.054 44 G 0.004 0.008 0.044 0.007 0.893 0.044 45 L 0.037 0.056 0.020 0.005 0.637 0.245 46 D 0.096 0.044 0.008 0.001 0.251 0.600 47 G 0.263 0.022 0.011 0.001 0.285 0.418 48 G 0.619 0.009 0.006 0.002 0.130 0.235 49 Y 0.938 0.011 0.001 0.001 0.014 0.036 50 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 51 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 52 L 0.946 0.001 0.001 0.001 0.016 0.036 53 G 0.874 0.002 0.001 0.001 0.048 0.073 54 V 0.840 0.018 0.003 0.003 0.063 0.072 55 D 0.824 0.026 0.006 0.004 0.097 0.042 56 W 0.515 0.017 0.042 0.013 0.367 0.045 57 A 0.103 0.005 0.050 0.016 0.771 0.054 58 I 0.037 0.005 0.046 0.015 0.843 0.053 59 N 0.096 0.009 0.020 0.011 0.647 0.217 60 D 0.421 0.021 0.009 0.005 0.205 0.339 61 K 0.808 0.021 0.003 0.002 0.049 0.117 62 G 0.787 0.019 0.003 0.003 0.049 0.140 63 D 0.721 0.021 0.005 0.006 0.082 0.165 64 T 0.663 0.008 0.007 0.008 0.088 0.226 65 V 0.559 0.011 0.010 0.012 0.158 0.250 66 Y 0.359 0.024 0.016 0.017 0.227 0.358 67 R 0.163 0.016 0.021 0.023 0.290 0.487 68 P 0.072 0.014 0.049 0.043 0.392 0.430 69 V 0.024 0.013 0.036 0.059 0.409 0.459 70 G 0.016 0.007 0.032 0.094 0.376 0.476 71 L 0.011 0.005 0.077 0.375 0.341 0.192 72 P 0.010 0.006 0.073 0.525 0.234 0.152 73 D 0.014 0.006 0.068 0.625 0.161 0.125 74 P 0.008 0.003 0.026 0.862 0.044 0.058 75 D 0.007 0.002 0.016 0.911 0.027 0.037 76 K 0.003 0.001 0.016 0.948 0.016 0.016 77 V 0.002 0.001 0.010 0.967 0.010 0.010 78 Q 0.001 0.001 0.008 0.964 0.014 0.011 79 R 0.001 0.001 0.006 0.955 0.018 0.019 80 D 0.001 0.001 0.006 0.930 0.026 0.037 81 L 0.002 0.002 0.005 0.911 0.031 0.048 82 A 0.003 0.002 0.012 0.876 0.051 0.055 83 S 0.006 0.002 0.019 0.761 0.102 0.110 84 Q 0.010 0.003 0.039 0.646 0.146 0.157 85 C 0.016 0.010 0.046 0.653 0.140 0.136 86 A 0.027 0.010 0.093 0.543 0.186 0.140 87 S 0.034 0.006 0.109 0.516 0.186 0.149 88 M 0.090 0.012 0.070 0.359 0.232 0.238 89 L 0.090 0.023 0.039 0.194 0.245 0.408 90 N 0.079 0.010 0.016 0.039 0.249 0.607 91 V 0.090 0.009 0.018 0.017 0.197 0.669 92 A 0.126 0.031 0.009 0.010 0.172 0.653 93 L 0.129 0.023 0.006 0.006 0.144 0.692 94 R 0.202 0.025 0.013 0.006 0.299 0.454 95 P 0.300 0.008 0.018 0.005 0.313 0.356 96 E 0.549 0.008 0.016 0.003 0.251 0.174 97 M 0.817 0.003 0.005 0.002 0.090 0.083 98 Q 0.931 0.003 0.002 0.001 0.023 0.040 99 L 0.961 0.003 0.002 0.001 0.013 0.021 100 E 0.963 0.001 0.002 0.001 0.017 0.016 101 Q 0.937 0.003 0.002 0.001 0.032 0.026 102 V 0.695 0.007 0.007 0.002 0.250 0.038 103 G 0.071 0.004 0.026 0.008 0.851 0.040 104 G 0.036 0.004 0.043 0.007 0.858 0.053 105 K 0.357 0.005 0.007 0.003 0.440 0.188 106 T 0.925 0.002 0.001 0.001 0.017 0.055 107 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 108 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 110 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 111 Y 0.931 0.001 0.001 0.001 0.007 0.061 112 V 0.485 0.013 0.001 0.001 0.065 0.436 113 P 0.114 0.010 0.004 0.001 0.249 0.621 114 E 0.017 0.011 0.082 0.006 0.498 0.386 115 A 0.018 0.030 0.063 0.006 0.563 0.320 116 D 0.022 0.020 0.043 0.005 0.806 0.104 117 V 0.015 0.005 0.150 0.012 0.689 0.129 118 T 0.018 0.006 0.118 0.010 0.729 0.118 119 H 0.087 0.008 0.162 0.011 0.540 0.193 120 K 0.350 0.007 0.011 0.005 0.229 0.397 121 P 0.390 0.006 0.008 0.004 0.122 0.469 122 I 0.932 0.006 0.001 0.001 0.017 0.042 123 Y 0.967 0.005 0.001 0.001 0.008 0.019 124 K 0.917 0.006 0.002 0.001 0.022 0.052 125 K 0.762 0.004 0.005 0.002 0.086 0.141 126 A 0.349 0.015 0.013 0.006 0.316 0.301 127 T 0.126 0.019 0.014 0.008 0.469 0.365 128 G 0.106 0.026 0.014 0.005 0.525 0.324 129 L 0.099 0.030 0.020 0.009 0.631 0.211 130 P 0.178 0.032 0.026 0.008 0.559 0.197 131 G 0.209 0.018 0.013 0.004 0.577 0.179 132 G 0.328 0.004 0.005 0.002 0.345 0.315 133 A 0.837 0.013 0.002 0.002 0.048 0.099 134 Y 0.933 0.008 0.002 0.002 0.018 0.038 135 R 0.949 0.004 0.001 0.002 0.015 0.029 136 R 0.927 0.008 0.002 0.002 0.025 0.037 137 I 0.714 0.014 0.003 0.003 0.100 0.166 138 G 0.106 0.013 0.008 0.007 0.697 0.170 139 S 0.010 0.003 0.018 0.011 0.891 0.068 140 S 0.016 0.010 0.044 0.015 0.838 0.077 141 D 0.071 0.042 0.057 0.023 0.673 0.135 142 Q 0.221 0.038 0.041 0.026 0.241 0.434 143 R 0.223 0.079 0.019 0.025 0.117 0.538 144 C 0.115 0.063 0.013 0.033 0.101 0.676 145 V 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 0.980