# TARGET T0557 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 164 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.854 0.001 0.004 0.069 0.001 0.001 0.003 0.045 0.012 0.005 0.005 2 R 0.001 0.021 0.664 0.001 0.006 0.245 0.001 0.001 0.007 0.024 0.021 0.002 0.010 3 S 0.001 0.011 0.242 0.001 0.006 0.614 0.001 0.001 0.006 0.085 0.023 0.006 0.005 4 A 0.001 0.001 0.027 0.001 0.006 0.941 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.001 0.002 5 T 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 12 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.906 0.001 0.001 0.001 0.007 0.073 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.025 0.001 0.007 0.737 0.001 0.001 0.001 0.027 0.201 0.001 0.001 14 V 0.001 0.002 0.121 0.001 0.009 0.305 0.001 0.001 0.001 0.134 0.425 0.001 0.002 15 D 0.001 0.004 0.347 0.001 0.014 0.050 0.001 0.001 0.001 0.206 0.370 0.002 0.006 16 E 0.001 0.011 0.447 0.002 0.029 0.072 0.001 0.001 0.002 0.284 0.126 0.014 0.012 17 S 0.004 0.015 0.371 0.006 0.023 0.145 0.001 0.001 0.004 0.231 0.107 0.017 0.074 18 A 0.014 0.014 0.382 0.007 0.015 0.189 0.002 0.001 0.009 0.142 0.068 0.104 0.054 19 R 0.050 0.021 0.272 0.012 0.007 0.191 0.009 0.001 0.030 0.086 0.026 0.043 0.252 20 I 0.130 0.016 0.127 0.005 0.011 0.290 0.043 0.006 0.054 0.018 0.010 0.076 0.213 21 E 0.220 0.007 0.106 0.023 0.007 0.188 0.042 0.007 0.087 0.013 0.005 0.180 0.113 22 A 0.192 0.011 0.072 0.010 0.021 0.217 0.032 0.004 0.024 0.007 0.015 0.078 0.318 23 K 0.124 0.014 0.112 0.074 0.063 0.260 0.023 0.002 0.010 0.042 0.034 0.060 0.183 24 R 0.042 0.007 0.106 0.016 0.085 0.383 0.007 0.001 0.004 0.079 0.136 0.064 0.070 25 A 0.012 0.006 0.170 0.002 0.055 0.258 0.002 0.001 0.002 0.111 0.298 0.018 0.066 26 S 0.001 0.004 0.193 0.003 0.021 0.067 0.001 0.001 0.001 0.181 0.511 0.009 0.010 27 D 0.001 0.016 0.277 0.002 0.015 0.035 0.001 0.001 0.001 0.297 0.332 0.006 0.016 28 M 0.001 0.023 0.698 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.001 0.182 0.022 0.017 0.016 29 G 0.001 0.027 0.543 0.001 0.044 0.178 0.001 0.001 0.002 0.082 0.095 0.001 0.026 30 K 0.001 0.003 0.149 0.002 0.104 0.419 0.001 0.001 0.001 0.119 0.194 0.006 0.002 31 S 0.001 0.008 0.147 0.001 0.095 0.512 0.001 0.001 0.001 0.077 0.145 0.002 0.012 32 V 0.002 0.008 0.069 0.001 0.060 0.743 0.001 0.001 0.001 0.041 0.065 0.003 0.008 33 M 0.003 0.005 0.039 0.002 0.030 0.855 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.003 0.007 34 E 0.007 0.005 0.033 0.002 0.028 0.856 0.001 0.001 0.002 0.022 0.030 0.008 0.008 35 T 0.011 0.003 0.037 0.002 0.026 0.835 0.001 0.001 0.002 0.020 0.037 0.004 0.022 36 V 0.015 0.004 0.049 0.006 0.035 0.782 0.002 0.001 0.003 0.027 0.047 0.012 0.020 37 I 0.034 0.005 0.037 0.006 0.054 0.716 0.005 0.001 0.004 0.019 0.063 0.022 0.035 38 A 0.039 0.005 0.038 0.007 0.110 0.630 0.005 0.001 0.004 0.029 0.081 0.014 0.038 39 F 0.092 0.011 0.083 0.006 0.111 0.387 0.008 0.001 0.008 0.046 0.117 0.071 0.059 40 A 0.103 0.028 0.150 0.016 0.107 0.156 0.012 0.002 0.009 0.076 0.187 0.025 0.129 41 N 0.024 0.036 0.356 0.007 0.051 0.030 0.003 0.001 0.008 0.227 0.113 0.058 0.088 42 E 0.001 0.009 0.518 0.003 0.028 0.007 0.001 0.001 0.002 0.337 0.056 0.009 0.030 43 P 0.001 0.001 0.060 0.003 0.060 0.010 0.001 0.001 0.001 0.252 0.607 0.003 0.002 44 G 0.001 0.011 0.101 0.002 0.063 0.005 0.001 0.001 0.001 0.196 0.607 0.002 0.010 45 L 0.001 0.023 0.643 0.002 0.054 0.006 0.001 0.001 0.007 0.155 0.065 0.010 0.033 46 D 0.003 0.038 0.244 0.028 0.062 0.008 0.002 0.001 0.005 0.216 0.346 0.019 0.029 47 G 0.006 0.014 0.268 0.039 0.039 0.003 0.001 0.001 0.010 0.266 0.289 0.018 0.046 48 G 0.024 0.005 0.555 0.040 0.006 0.002 0.008 0.014 0.033 0.150 0.039 0.042 0.082 49 Y 0.340 0.010 0.101 0.004 0.001 0.002 0.098 0.066 0.089 0.020 0.004 0.076 0.188 50 L 0.638 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.103 0.061 0.032 0.001 0.001 0.082 0.065 51 L 0.707 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.111 0.057 0.025 0.001 0.001 0.020 0.059 52 L 0.711 0.001 0.013 0.016 0.001 0.001 0.075 0.025 0.023 0.001 0.001 0.091 0.042 53 G 0.620 0.001 0.037 0.003 0.001 0.001 0.031 0.012 0.023 0.007 0.002 0.095 0.167 54 V 0.408 0.013 0.106 0.016 0.009 0.006 0.029 0.007 0.016 0.021 0.011 0.055 0.303 55 D 0.215 0.024 0.198 0.013 0.025 0.012 0.013 0.005 0.013 0.074 0.025 0.177 0.204 56 W 0.029 0.010 0.149 0.041 0.117 0.039 0.003 0.001 0.005 0.161 0.283 0.024 0.137 57 A 0.010 0.006 0.125 0.010 0.095 0.050 0.002 0.001 0.001 0.168 0.413 0.075 0.042 58 I 0.005 0.015 0.097 0.012 0.043 0.016 0.001 0.001 0.002 0.202 0.554 0.013 0.042 59 N 0.006 0.005 0.229 0.030 0.020 0.009 0.001 0.001 0.004 0.281 0.345 0.043 0.026 60 D 0.068 0.033 0.276 0.016 0.008 0.011 0.026 0.009 0.031 0.075 0.023 0.035 0.390 61 K 0.159 0.046 0.087 0.029 0.003 0.006 0.064 0.017 0.054 0.019 0.006 0.374 0.137 62 G 0.139 0.017 0.104 0.060 0.004 0.007 0.076 0.023 0.069 0.018 0.008 0.083 0.393 63 D 0.113 0.017 0.188 0.043 0.009 0.007 0.064 0.021 0.095 0.031 0.014 0.228 0.171 64 T 0.059 0.018 0.228 0.056 0.024 0.014 0.036 0.018 0.085 0.095 0.056 0.093 0.220 65 V 0.034 0.028 0.339 0.021 0.035 0.016 0.013 0.007 0.086 0.140 0.073 0.099 0.110 66 Y 0.016 0.025 0.433 0.009 0.040 0.019 0.006 0.003 0.052 0.135 0.090 0.052 0.119 67 R 0.007 0.034 0.378 0.009 0.046 0.032 0.003 0.002 0.033 0.219 0.158 0.031 0.050 68 P 0.002 0.014 0.364 0.003 0.062 0.060 0.001 0.001 0.010 0.233 0.221 0.012 0.019 69 V 0.001 0.014 0.358 0.002 0.059 0.102 0.001 0.001 0.003 0.231 0.209 0.008 0.011 70 G 0.001 0.011 0.412 0.001 0.052 0.148 0.001 0.001 0.003 0.208 0.141 0.006 0.014 71 L 0.001 0.008 0.220 0.001 0.077 0.438 0.001 0.001 0.002 0.104 0.132 0.005 0.011 72 P 0.002 0.011 0.202 0.001 0.050 0.538 0.001 0.001 0.002 0.078 0.097 0.007 0.009 73 D 0.002 0.009 0.225 0.001 0.031 0.575 0.001 0.001 0.003 0.083 0.048 0.010 0.014 74 P 0.001 0.002 0.071 0.001 0.017 0.856 0.001 0.001 0.001 0.013 0.032 0.001 0.004 75 D 0.001 0.002 0.046 0.001 0.014 0.900 0.001 0.001 0.001 0.013 0.019 0.003 0.001 76 K 0.001 0.002 0.022 0.001 0.011 0.938 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.002 77 V 0.001 0.001 0.012 0.001 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.941 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.015 0.001 0.010 0.911 0.001 0.001 0.001 0.009 0.050 0.001 0.001 81 L 0.001 0.002 0.028 0.001 0.009 0.879 0.001 0.001 0.001 0.018 0.059 0.001 0.001 82 A 0.001 0.002 0.042 0.001 0.012 0.809 0.001 0.001 0.001 0.024 0.105 0.001 0.002 83 S 0.001 0.003 0.091 0.001 0.020 0.655 0.001 0.001 0.002 0.097 0.127 0.002 0.002 84 Q 0.001 0.003 0.132 0.001 0.041 0.605 0.001 0.001 0.002 0.066 0.144 0.001 0.004 85 C 0.002 0.009 0.128 0.001 0.064 0.591 0.001 0.002 0.006 0.066 0.117 0.005 0.007 86 A 0.002 0.008 0.144 0.003 0.094 0.544 0.001 0.001 0.008 0.060 0.117 0.006 0.013 87 S 0.004 0.009 0.142 0.005 0.091 0.455 0.002 0.001 0.011 0.092 0.161 0.013 0.014 88 M 0.012 0.014 0.186 0.003 0.058 0.306 0.005 0.002 0.014 0.105 0.243 0.018 0.034 89 L 0.008 0.026 0.367 0.006 0.026 0.168 0.008 0.002 0.027 0.178 0.116 0.020 0.050 90 N 0.002 0.013 0.615 0.005 0.010 0.045 0.002 0.001 0.017 0.200 0.032 0.033 0.026 91 V 0.001 0.016 0.563 0.009 0.028 0.059 0.002 0.001 0.019 0.171 0.070 0.024 0.039 92 A 0.001 0.012 0.785 0.005 0.024 0.020 0.001 0.001 0.007 0.054 0.056 0.006 0.029 93 L 0.001 0.066 0.582 0.008 0.037 0.032 0.001 0.001 0.023 0.148 0.062 0.017 0.021 94 R 0.001 0.010 0.670 0.006 0.020 0.012 0.001 0.001 0.010 0.206 0.026 0.017 0.023 95 P 0.002 0.006 0.466 0.028 0.051 0.021 0.001 0.001 0.012 0.181 0.170 0.011 0.050 96 E 0.008 0.009 0.347 0.053 0.051 0.019 0.003 0.001 0.014 0.159 0.199 0.061 0.076 97 M 0.061 0.012 0.324 0.010 0.011 0.011 0.013 0.001 0.027 0.066 0.014 0.083 0.368 98 Q 0.037 0.005 0.146 0.008 0.002 0.004 0.012 0.001 0.067 0.030 0.003 0.595 0.091 99 L 0.027 0.009 0.124 0.015 0.002 0.003 0.012 0.001 0.050 0.006 0.001 0.019 0.730 100 E 0.035 0.007 0.072 0.095 0.002 0.002 0.013 0.001 0.027 0.005 0.001 0.685 0.056 101 Q 0.040 0.007 0.097 0.012 0.003 0.001 0.008 0.001 0.009 0.013 0.005 0.033 0.772 102 V 0.028 0.020 0.218 0.031 0.008 0.003 0.005 0.001 0.004 0.061 0.033 0.329 0.259 103 G 0.002 0.003 0.120 0.052 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.274 0.436 0.055 0.045 104 G 0.001 0.001 0.061 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.522 0.005 0.018 105 K 0.035 0.004 0.152 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.084 0.023 0.530 0.155 106 T 0.227 0.004 0.043 0.007 0.001 0.001 0.054 0.001 0.012 0.006 0.001 0.046 0.598 107 L 0.587 0.001 0.012 0.033 0.001 0.001 0.136 0.006 0.014 0.002 0.001 0.154 0.055 108 L 0.618 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.216 0.006 0.019 0.001 0.001 0.065 0.067 109 V 0.637 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.225 0.008 0.012 0.001 0.001 0.019 0.085 110 V 0.652 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.152 0.008 0.032 0.001 0.001 0.102 0.033 111 Y 0.375 0.001 0.038 0.002 0.001 0.001 0.137 0.017 0.176 0.007 0.001 0.051 0.196 112 V 0.108 0.007 0.270 0.009 0.001 0.001 0.034 0.004 0.118 0.042 0.003 0.269 0.134 113 P 0.015 0.009 0.522 0.022 0.007 0.001 0.004 0.001 0.050 0.144 0.037 0.023 0.164 114 E 0.002 0.047 0.551 0.009 0.027 0.001 0.001 0.001 0.011 0.218 0.101 0.007 0.025 115 A 0.001 0.060 0.532 0.001 0.036 0.003 0.001 0.001 0.003 0.254 0.070 0.025 0.015 116 D 0.001 0.022 0.691 0.001 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.185 0.037 0.002 0.016 117 V 0.001 0.003 0.096 0.001 0.347 0.012 0.001 0.001 0.001 0.115 0.423 0.001 0.002 118 T 0.001 0.007 0.068 0.002 0.231 0.010 0.001 0.001 0.001 0.120 0.552 0.002 0.007 119 H 0.002 0.018 0.362 0.009 0.135 0.010 0.001 0.001 0.001 0.252 0.139 0.018 0.052 120 K 0.008 0.038 0.512 0.008 0.006 0.005 0.001 0.001 0.007 0.153 0.017 0.146 0.097 121 P 0.012 0.018 0.602 0.028 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.016 0.005 0.038 0.259 122 I 0.188 0.014 0.185 0.033 0.002 0.003 0.016 0.006 0.052 0.016 0.006 0.262 0.216 123 Y 0.341 0.010 0.075 0.004 0.002 0.002 0.017 0.027 0.060 0.011 0.002 0.224 0.224 124 K 0.345 0.012 0.072 0.007 0.004 0.004 0.027 0.044 0.060 0.011 0.003 0.074 0.336 125 K 0.143 0.012 0.216 0.051 0.005 0.007 0.012 0.025 0.069 0.034 0.018 0.217 0.191 126 A 0.033 0.007 0.221 0.049 0.021 0.016 0.002 0.003 0.017 0.238 0.187 0.067 0.138 127 T 0.005 0.013 0.206 0.019 0.042 0.019 0.001 0.001 0.004 0.346 0.294 0.022 0.029 128 G 0.004 0.020 0.273 0.005 0.063 0.013 0.001 0.004 0.007 0.277 0.273 0.023 0.036 129 L 0.005 0.045 0.365 0.004 0.075 0.015 0.003 0.043 0.020 0.171 0.150 0.028 0.075 130 P 0.010 0.053 0.243 0.019 0.100 0.016 0.005 0.040 0.015 0.196 0.209 0.034 0.062 131 G 0.016 0.024 0.191 0.041 0.048 0.009 0.003 0.009 0.011 0.272 0.305 0.036 0.035 132 G 0.033 0.016 0.358 0.071 0.014 0.006 0.004 0.008 0.036 0.183 0.108 0.050 0.112 133 A 0.070 0.018 0.338 0.016 0.003 0.004 0.016 0.019 0.086 0.070 0.009 0.107 0.244 134 Y 0.189 0.026 0.084 0.012 0.001 0.004 0.043 0.059 0.106 0.020 0.005 0.265 0.185 135 R 0.203 0.035 0.085 0.013 0.003 0.005 0.083 0.081 0.119 0.017 0.006 0.119 0.231 136 R 0.077 0.021 0.298 0.010 0.002 0.005 0.038 0.039 0.199 0.019 0.009 0.128 0.154 137 I 0.027 0.030 0.239 0.021 0.010 0.010 0.015 0.018 0.094 0.144 0.191 0.057 0.145 138 G 0.002 0.011 0.206 0.006 0.028 0.008 0.001 0.001 0.007 0.244 0.453 0.013 0.018 139 S 0.002 0.012 0.297 0.005 0.037 0.019 0.001 0.001 0.002 0.331 0.273 0.005 0.018 140 S 0.005 0.027 0.278 0.001 0.039 0.038 0.001 0.001 0.002 0.270 0.256 0.051 0.030 141 D 0.009 0.022 0.356 0.003 0.038 0.063 0.001 0.001 0.002 0.273 0.132 0.016 0.085 142 Q 0.017 0.025 0.351 0.008 0.037 0.107 0.002 0.001 0.002 0.242 0.090 0.066 0.051 143 R 0.016 0.046 0.328 0.002 0.031 0.119 0.005 0.001 0.004 0.135 0.118 0.065 0.130 144 C 0.003 0.025 0.752 0.001 0.010 0.042 0.002 0.001 0.004 0.022 0.038 0.024 0.076 145 V 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006