# TARGET T0557 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 164 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.004 0.005 0.037 0.025 0.010 0.911 2 R 0.056 0.025 0.011 0.209 0.038 0.043 0.619 3 S 0.021 0.008 0.024 0.658 0.060 0.052 0.176 4 A 0.008 0.002 0.016 0.862 0.025 0.027 0.061 5 T 0.008 0.001 0.007 0.918 0.017 0.015 0.035 6 D 0.005 0.001 0.003 0.948 0.012 0.009 0.022 7 L 0.002 0.001 0.001 0.970 0.007 0.007 0.012 8 L 0.002 0.001 0.001 0.980 0.004 0.006 0.007 9 D 0.002 0.001 0.001 0.981 0.004 0.006 0.006 10 E 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.010 0.008 11 L 0.001 0.001 0.003 0.964 0.005 0.019 0.009 12 N 0.001 0.001 0.005 0.927 0.007 0.050 0.009 13 A 0.001 0.001 0.007 0.717 0.015 0.244 0.016 14 V 0.001 0.001 0.006 0.322 0.082 0.512 0.075 15 D 0.004 0.004 0.009 0.073 0.261 0.216 0.433 16 E 0.014 0.011 0.031 0.055 0.279 0.152 0.458 17 S 0.066 0.017 0.066 0.095 0.195 0.160 0.400 18 A 0.139 0.017 0.053 0.138 0.188 0.070 0.395 19 R 0.255 0.021 0.024 0.189 0.090 0.032 0.389 20 I 0.342 0.013 0.029 0.344 0.054 0.042 0.175 21 E 0.429 0.016 0.026 0.303 0.036 0.037 0.152 22 A 0.390 0.015 0.039 0.280 0.034 0.032 0.212 23 K 0.311 0.018 0.056 0.335 0.055 0.050 0.174 24 R 0.182 0.025 0.064 0.371 0.102 0.103 0.153 25 A 0.087 0.014 0.078 0.223 0.129 0.176 0.294 26 S 0.019 0.004 0.062 0.089 0.167 0.526 0.134 27 D 0.013 0.007 0.058 0.040 0.219 0.470 0.193 28 M 0.031 0.018 0.014 0.033 0.311 0.040 0.553 29 G 0.022 0.011 0.034 0.038 0.104 0.075 0.716 30 K 0.009 0.005 0.213 0.172 0.121 0.391 0.089 31 S 0.024 0.012 0.263 0.130 0.103 0.336 0.131 32 V 0.050 0.008 0.282 0.391 0.054 0.114 0.101 33 M 0.216 0.025 0.099 0.345 0.042 0.095 0.177 34 E 0.157 0.010 0.093 0.424 0.085 0.068 0.164 35 T 0.323 0.013 0.039 0.434 0.038 0.063 0.090 36 V 0.292 0.008 0.033 0.494 0.032 0.057 0.082 37 I 0.321 0.005 0.024 0.495 0.031 0.052 0.072 38 A 0.319 0.005 0.027 0.511 0.024 0.054 0.060 39 F 0.416 0.023 0.034 0.314 0.031 0.106 0.077 40 A 0.249 0.024 0.035 0.204 0.093 0.180 0.215 41 N 0.185 0.032 0.040 0.073 0.225 0.131 0.313 42 E 0.105 0.012 0.037 0.012 0.174 0.079 0.581 43 P 0.021 0.010 0.095 0.005 0.117 0.661 0.091 44 G 0.010 0.017 0.065 0.003 0.149 0.637 0.119 45 L 0.015 0.014 0.133 0.002 0.169 0.144 0.523 46 D 0.011 0.006 0.060 0.004 0.261 0.572 0.086 47 G 0.053 0.017 0.058 0.003 0.192 0.567 0.110 48 G 0.267 0.025 0.010 0.002 0.113 0.025 0.558 49 Y 0.803 0.015 0.002 0.001 0.043 0.010 0.127 50 L 0.959 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.026 51 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 52 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 53 G 0.945 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.044 54 V 0.866 0.007 0.001 0.001 0.018 0.002 0.105 55 D 0.708 0.014 0.003 0.002 0.023 0.010 0.240 56 W 0.338 0.018 0.032 0.010 0.090 0.270 0.242 57 A 0.089 0.008 0.038 0.007 0.207 0.563 0.089 58 I 0.026 0.003 0.022 0.004 0.345 0.541 0.058 59 N 0.092 0.005 0.014 0.002 0.298 0.337 0.251 60 D 0.659 0.044 0.003 0.001 0.040 0.018 0.235 61 K 0.835 0.023 0.001 0.001 0.015 0.005 0.119 62 G 0.816 0.012 0.003 0.002 0.029 0.009 0.129 63 D 0.679 0.019 0.006 0.004 0.041 0.013 0.238 64 T 0.535 0.020 0.012 0.007 0.083 0.033 0.309 65 V 0.403 0.023 0.021 0.014 0.130 0.071 0.338 66 Y 0.221 0.035 0.027 0.022 0.126 0.068 0.501 67 R 0.107 0.025 0.032 0.033 0.186 0.087 0.529 68 P 0.052 0.013 0.051 0.069 0.221 0.201 0.393 69 V 0.019 0.010 0.053 0.102 0.235 0.157 0.423 70 G 0.014 0.010 0.037 0.130 0.185 0.093 0.532 71 L 0.012 0.006 0.054 0.434 0.116 0.144 0.233 72 P 0.012 0.007 0.054 0.526 0.084 0.138 0.179 73 D 0.010 0.007 0.038 0.643 0.070 0.058 0.172 74 P 0.006 0.002 0.015 0.856 0.026 0.024 0.071 75 D 0.004 0.001 0.008 0.922 0.014 0.017 0.034 76 K 0.002 0.001 0.006 0.945 0.009 0.016 0.021 77 V 0.002 0.001 0.003 0.958 0.008 0.014 0.015 78 Q 0.002 0.001 0.002 0.969 0.006 0.013 0.009 79 R 0.001 0.001 0.002 0.957 0.007 0.022 0.010 80 D 0.001 0.001 0.003 0.944 0.008 0.029 0.015 81 L 0.001 0.002 0.007 0.900 0.013 0.051 0.026 82 A 0.002 0.002 0.014 0.776 0.019 0.157 0.030 83 S 0.003 0.002 0.021 0.591 0.039 0.280 0.065 84 Q 0.005 0.004 0.039 0.527 0.101 0.166 0.159 85 C 0.009 0.008 0.089 0.465 0.091 0.131 0.208 86 A 0.015 0.007 0.161 0.406 0.088 0.177 0.145 87 S 0.025 0.008 0.141 0.317 0.120 0.261 0.128 88 M 0.044 0.011 0.069 0.219 0.147 0.328 0.181 89 L 0.078 0.023 0.023 0.112 0.200 0.115 0.450 90 N 0.061 0.020 0.013 0.020 0.138 0.039 0.710 91 V 0.084 0.014 0.062 0.030 0.139 0.122 0.550 92 A 0.122 0.011 0.062 0.018 0.120 0.147 0.519 93 L 0.149 0.051 0.050 0.014 0.124 0.041 0.570 94 R 0.168 0.023 0.027 0.005 0.108 0.026 0.643 95 P 0.203 0.010 0.035 0.004 0.152 0.109 0.486 96 E 0.400 0.005 0.019 0.001 0.197 0.080 0.298 97 M 0.714 0.012 0.004 0.001 0.035 0.006 0.228 98 Q 0.936 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.052 99 L 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 100 E 0.970 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 101 Q 0.856 0.006 0.002 0.001 0.005 0.003 0.127 102 V 0.640 0.005 0.017 0.001 0.052 0.140 0.145 103 G 0.013 0.001 0.012 0.001 0.049 0.920 0.005 104 G 0.009 0.001 0.006 0.001 0.130 0.842 0.012 105 K 0.460 0.006 0.001 0.001 0.061 0.023 0.449 106 T 0.899 0.008 0.001 0.001 0.010 0.002 0.080 107 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 108 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 109 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 110 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 111 Y 0.894 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.096 112 V 0.693 0.013 0.001 0.001 0.035 0.003 0.254 113 P 0.254 0.021 0.007 0.001 0.128 0.029 0.560 114 E 0.081 0.010 0.019 0.002 0.220 0.142 0.526 115 A 0.045 0.036 0.012 0.002 0.214 0.043 0.648 116 D 0.023 0.032 0.020 0.003 0.187 0.030 0.705 117 V 0.009 0.009 0.265 0.014 0.134 0.347 0.222 118 T 0.010 0.008 0.209 0.012 0.137 0.431 0.193 119 H 0.025 0.022 0.089 0.015 0.381 0.127 0.340 120 K 0.040 0.008 0.006 0.008 0.566 0.021 0.351 121 P 0.186 0.026 0.005 0.006 0.101 0.026 0.650 122 I 0.723 0.049 0.004 0.007 0.026 0.009 0.181 123 Y 0.827 0.037 0.003 0.005 0.015 0.006 0.106 124 K 0.648 0.030 0.008 0.008 0.028 0.020 0.258 125 K 0.398 0.017 0.014 0.009 0.118 0.114 0.330 126 A 0.211 0.020 0.023 0.011 0.275 0.203 0.257 127 T 0.099 0.019 0.026 0.008 0.378 0.215 0.254 128 G 0.079 0.018 0.042 0.009 0.349 0.213 0.290 129 L 0.077 0.032 0.058 0.008 0.204 0.164 0.457 130 P 0.081 0.032 0.070 0.008 0.266 0.366 0.177 131 G 0.077 0.009 0.052 0.006 0.231 0.494 0.131 132 G 0.188 0.013 0.037 0.006 0.180 0.168 0.408 133 A 0.593 0.017 0.012 0.004 0.068 0.024 0.282 134 Y 0.860 0.021 0.005 0.004 0.018 0.007 0.085 135 R 0.896 0.015 0.003 0.006 0.011 0.003 0.065 136 R 0.814 0.030 0.003 0.006 0.014 0.005 0.127 137 I 0.458 0.012 0.009 0.012 0.068 0.067 0.374 138 G 0.130 0.014 0.012 0.010 0.282 0.329 0.222 139 S 0.039 0.006 0.023 0.010 0.388 0.334 0.200 140 S 0.044 0.009 0.024 0.011 0.450 0.203 0.258 141 D 0.077 0.023 0.024 0.014 0.240 0.088 0.534 142 Q 0.218 0.067 0.030 0.035 0.208 0.056 0.386 143 R 0.270 0.054 0.022 0.047 0.087 0.061 0.458 144 C 0.086 0.027 0.011 0.023 0.032 0.039 0.782 145 V 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.985