# TARGET T0557 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 106.488 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.411 0.167 0.189 0.105 0.037 0.038 0.025 0.006 0.017 0.006 0.001 2 R 0.606 0.109 0.164 0.052 0.026 0.024 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 3 S 0.714 0.064 0.093 0.035 0.042 0.019 0.003 0.002 0.016 0.011 0.001 4 A 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.973 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.956 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.859 0.005 0.010 0.106 0.002 0.004 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 13 A 0.576 0.038 0.061 0.268 0.009 0.015 0.023 0.004 0.005 0.001 0.001 14 V 0.437 0.122 0.161 0.214 0.029 0.014 0.006 0.002 0.013 0.002 0.001 15 D 0.150 0.068 0.201 0.164 0.068 0.084 0.162 0.034 0.061 0.007 0.001 16 E 0.437 0.126 0.219 0.119 0.024 0.045 0.012 0.002 0.014 0.002 0.001 17 S 0.358 0.165 0.157 0.242 0.052 0.010 0.003 0.005 0.004 0.002 0.001 18 A 0.194 0.330 0.138 0.106 0.171 0.010 0.023 0.007 0.016 0.004 0.001 19 R 0.051 0.641 0.238 0.010 0.038 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 20 I 0.029 0.850 0.062 0.007 0.027 0.010 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 21 E 0.030 0.777 0.117 0.006 0.037 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 A 0.051 0.595 0.258 0.005 0.059 0.021 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 23 K 0.165 0.555 0.168 0.017 0.043 0.026 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 24 R 0.140 0.397 0.303 0.058 0.032 0.031 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 25 A 0.217 0.247 0.305 0.073 0.064 0.032 0.016 0.005 0.032 0.009 0.001 26 S 0.515 0.077 0.192 0.076 0.057 0.013 0.011 0.007 0.007 0.042 0.001 27 D 0.460 0.030 0.070 0.269 0.014 0.045 0.080 0.011 0.017 0.002 0.002 28 M 0.267 0.090 0.193 0.392 0.011 0.012 0.015 0.002 0.017 0.001 0.001 29 G 0.207 0.028 0.244 0.059 0.037 0.010 0.069 0.230 0.004 0.111 0.001 30 K 0.538 0.099 0.186 0.096 0.026 0.015 0.019 0.006 0.007 0.008 0.001 31 S 0.463 0.107 0.260 0.076 0.031 0.028 0.013 0.006 0.011 0.006 0.001 32 V 0.747 0.075 0.056 0.072 0.011 0.021 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 33 M 0.660 0.117 0.128 0.047 0.011 0.023 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 34 E 0.650 0.114 0.106 0.056 0.021 0.032 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 35 T 0.563 0.227 0.093 0.059 0.034 0.014 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 36 V 0.553 0.278 0.084 0.027 0.028 0.015 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 37 I 0.596 0.280 0.046 0.022 0.031 0.012 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 38 A 0.571 0.308 0.057 0.016 0.027 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 39 F 0.565 0.241 0.072 0.058 0.024 0.018 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 40 A 0.343 0.297 0.138 0.139 0.033 0.026 0.007 0.002 0.014 0.001 0.001 41 N 0.173 0.074 0.135 0.395 0.042 0.061 0.067 0.013 0.027 0.013 0.001 42 E 0.027 0.358 0.234 0.002 0.110 0.013 0.028 0.001 0.214 0.012 0.001 43 P 0.212 0.002 0.618 0.020 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 44 G 0.057 0.005 0.036 0.085 0.019 0.011 0.081 0.671 0.009 0.025 0.001 45 L 0.082 0.155 0.504 0.078 0.015 0.107 0.027 0.002 0.026 0.001 0.002 46 D 0.122 0.156 0.394 0.158 0.035 0.018 0.089 0.007 0.015 0.004 0.002 47 G 0.039 0.014 0.066 0.037 0.149 0.001 0.020 0.499 0.001 0.176 0.001 48 G 0.028 0.070 0.485 0.018 0.223 0.005 0.009 0.042 0.003 0.112 0.005 49 Y 0.006 0.598 0.285 0.006 0.083 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 50 L 0.003 0.808 0.152 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 51 L 0.004 0.806 0.114 0.001 0.005 0.039 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 52 L 0.010 0.635 0.200 0.009 0.015 0.055 0.004 0.001 0.072 0.001 0.001 53 G 0.009 0.064 0.151 0.010 0.458 0.019 0.073 0.126 0.006 0.083 0.001 54 V 0.060 0.632 0.211 0.026 0.044 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 55 D 0.214 0.174 0.369 0.089 0.038 0.075 0.007 0.001 0.024 0.007 0.001 56 W 0.535 0.146 0.130 0.102 0.044 0.018 0.008 0.002 0.012 0.003 0.001 57 A 0.345 0.169 0.192 0.181 0.028 0.024 0.017 0.008 0.033 0.003 0.002 58 I 0.280 0.140 0.199 0.240 0.029 0.028 0.042 0.008 0.029 0.004 0.002 59 N 0.125 0.044 0.131 0.158 0.047 0.035 0.327 0.081 0.020 0.032 0.001 60 D 0.184 0.133 0.267 0.191 0.036 0.069 0.068 0.021 0.022 0.006 0.001 61 K 0.147 0.286 0.248 0.238 0.038 0.013 0.011 0.002 0.016 0.001 0.001 62 G 0.056 0.028 0.154 0.021 0.179 0.004 0.022 0.163 0.003 0.370 0.001 63 D 0.120 0.272 0.414 0.061 0.061 0.037 0.006 0.002 0.022 0.002 0.002 64 T 0.264 0.275 0.249 0.117 0.043 0.024 0.006 0.004 0.015 0.003 0.001 65 V 0.159 0.368 0.174 0.089 0.152 0.016 0.011 0.006 0.019 0.006 0.001 66 Y 0.122 0.341 0.345 0.064 0.032 0.055 0.006 0.002 0.029 0.002 0.003 67 R 0.050 0.435 0.312 0.005 0.044 0.018 0.008 0.001 0.125 0.002 0.001 68 P 0.190 0.017 0.652 0.015 0.001 0.072 0.002 0.001 0.005 0.001 0.046 69 V 0.233 0.151 0.323 0.213 0.023 0.015 0.022 0.004 0.014 0.002 0.001 70 G 0.047 0.009 0.054 0.056 0.042 0.011 0.206 0.449 0.004 0.120 0.001 71 L 0.021 0.290 0.581 0.005 0.026 0.014 0.005 0.001 0.056 0.001 0.001 72 P 0.096 0.011 0.780 0.024 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 73 D 0.004 0.177 0.536 0.002 0.029 0.075 0.003 0.001 0.173 0.001 0.001 74 P 0.935 0.002 0.040 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 75 D 0.852 0.005 0.030 0.094 0.002 0.008 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 76 K 0.949 0.001 0.004 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.971 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.969 0.002 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.973 0.003 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.940 0.005 0.011 0.029 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 81 L 0.944 0.002 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.955 0.003 0.007 0.029 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.875 0.007 0.015 0.090 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.885 0.008 0.024 0.060 0.003 0.004 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 85 C 0.755 0.027 0.034 0.160 0.004 0.009 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 86 A 0.764 0.043 0.056 0.063 0.011 0.014 0.033 0.005 0.008 0.003 0.001 87 S 0.670 0.066 0.055 0.159 0.025 0.008 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 88 M 0.403 0.189 0.087 0.208 0.041 0.020 0.021 0.004 0.024 0.001 0.001 89 L 0.118 0.453 0.256 0.074 0.031 0.033 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 90 N 0.070 0.345 0.202 0.041 0.033 0.107 0.070 0.002 0.127 0.002 0.001 91 V 0.119 0.331 0.427 0.019 0.021 0.035 0.006 0.001 0.040 0.001 0.001 92 A 0.132 0.093 0.681 0.015 0.003 0.057 0.003 0.001 0.012 0.001 0.004 93 L 0.129 0.245 0.475 0.047 0.015 0.059 0.005 0.001 0.019 0.001 0.003 94 R 0.023 0.291 0.368 0.002 0.036 0.017 0.014 0.001 0.243 0.003 0.001 95 P 0.196 0.005 0.704 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 96 E 0.148 0.191 0.299 0.184 0.065 0.058 0.016 0.012 0.023 0.002 0.003 97 M 0.016 0.557 0.320 0.020 0.054 0.015 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 98 Q 0.009 0.639 0.228 0.008 0.039 0.043 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 99 L 0.010 0.655 0.261 0.003 0.023 0.032 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 100 E 0.029 0.757 0.092 0.017 0.045 0.024 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 101 Q 0.013 0.337 0.583 0.003 0.024 0.032 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 102 V 0.095 0.531 0.098 0.082 0.024 0.037 0.009 0.001 0.120 0.001 0.001 103 G 0.013 0.024 0.093 0.029 0.077 0.003 0.492 0.042 0.011 0.217 0.001 104 G 0.005 0.002 0.016 0.012 0.022 0.001 0.063 0.790 0.001 0.089 0.001 105 K 0.014 0.404 0.497 0.013 0.052 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 106 T 0.016 0.303 0.590 0.015 0.006 0.052 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 107 L 0.001 0.838 0.126 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 108 L 0.002 0.801 0.155 0.002 0.007 0.017 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 109 V 0.001 0.864 0.109 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 110 V 0.001 0.907 0.051 0.001 0.013 0.011 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 111 Y 0.001 0.517 0.400 0.001 0.002 0.059 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 112 V 0.001 0.480 0.260 0.001 0.005 0.072 0.002 0.001 0.179 0.001 0.001 113 P 0.009 0.022 0.919 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 114 E 0.296 0.071 0.426 0.119 0.008 0.047 0.005 0.002 0.009 0.001 0.016 115 A 0.165 0.178 0.313 0.051 0.209 0.015 0.013 0.012 0.012 0.032 0.001 116 D 0.039 0.081 0.647 0.034 0.037 0.107 0.008 0.002 0.040 0.002 0.003 117 V 0.799 0.037 0.042 0.088 0.007 0.010 0.007 0.004 0.005 0.001 0.001 118 T 0.550 0.071 0.060 0.283 0.008 0.011 0.007 0.003 0.005 0.001 0.001 119 H 0.155 0.164 0.144 0.348 0.020 0.040 0.055 0.004 0.068 0.001 0.001 120 K 0.019 0.307 0.422 0.002 0.020 0.022 0.024 0.001 0.182 0.001 0.001 121 P 0.046 0.007 0.872 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 122 I 0.070 0.561 0.245 0.031 0.044 0.030 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 123 Y 0.021 0.583 0.283 0.007 0.035 0.046 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 124 K 0.068 0.602 0.178 0.059 0.028 0.033 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 125 K 0.030 0.355 0.353 0.023 0.157 0.028 0.020 0.005 0.025 0.004 0.001 126 A 0.216 0.249 0.216 0.076 0.077 0.055 0.036 0.034 0.030 0.011 0.002 127 T 0.100 0.330 0.148 0.320 0.038 0.012 0.019 0.002 0.030 0.002 0.001 128 G 0.019 0.004 0.072 0.011 0.036 0.002 0.032 0.162 0.001 0.661 0.001 129 L 0.031 0.288 0.585 0.002 0.018 0.012 0.003 0.001 0.058 0.001 0.002 130 P 0.046 0.002 0.871 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 131 G 0.037 0.025 0.174 0.039 0.106 0.002 0.101 0.449 0.002 0.063 0.001 132 G 0.052 0.024 0.101 0.018 0.189 0.002 0.041 0.273 0.001 0.299 0.001 133 A 0.036 0.414 0.337 0.050 0.139 0.015 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 134 Y 0.009 0.690 0.105 0.012 0.157 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 135 R 0.005 0.852 0.079 0.003 0.040 0.009 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 136 R 0.014 0.511 0.360 0.002 0.010 0.075 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 137 I 0.058 0.539 0.200 0.075 0.039 0.036 0.005 0.001 0.047 0.001 0.001 138 G 0.016 0.086 0.167 0.012 0.466 0.006 0.034 0.086 0.009 0.119 0.001 139 S 0.201 0.173 0.341 0.111 0.118 0.015 0.006 0.009 0.007 0.019 0.001 140 S 0.238 0.151 0.146 0.145 0.186 0.008 0.015 0.024 0.007 0.078 0.001 141 D 0.154 0.179 0.226 0.201 0.067 0.076 0.034 0.004 0.052 0.003 0.002 142 Q 0.224 0.368 0.209 0.051 0.039 0.034 0.017 0.002 0.054 0.001 0.001 143 R 0.312 0.122 0.416 0.048 0.005 0.069 0.006 0.001 0.017 0.001 0.004 144 C 0.270 0.206 0.231 0.145 0.042 0.052 0.016 0.005 0.028 0.002 0.002 145 V 0.244 0.277 0.184 0.123 0.098 0.025 0.015 0.005 0.018 0.009 0.001