# TARGET T0557 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 164 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.687 0.196 0.079 0.029 0.007 0.002 0.001 2 R 0.571 0.213 0.108 0.065 0.032 0.010 0.001 3 S 0.343 0.190 0.126 0.141 0.125 0.065 0.010 4 A 0.391 0.201 0.153 0.126 0.080 0.042 0.007 5 T 0.486 0.273 0.134 0.074 0.024 0.007 0.001 6 D 0.351 0.296 0.177 0.104 0.054 0.016 0.002 7 L 0.285 0.130 0.136 0.194 0.175 0.074 0.005 8 L 0.313 0.223 0.173 0.176 0.091 0.023 0.001 9 D 0.447 0.350 0.131 0.054 0.015 0.003 0.001 10 E 0.354 0.271 0.186 0.129 0.049 0.010 0.001 11 L 0.238 0.178 0.183 0.210 0.143 0.044 0.003 12 N 0.436 0.232 0.160 0.108 0.051 0.012 0.001 13 A 0.643 0.223 0.080 0.040 0.011 0.002 0.001 14 V 0.575 0.251 0.105 0.051 0.014 0.003 0.001 15 D 0.474 0.248 0.142 0.082 0.038 0.013 0.002 16 E 0.293 0.194 0.177 0.182 0.112 0.038 0.005 17 S 0.429 0.252 0.144 0.099 0.052 0.020 0.003 18 A 0.264 0.240 0.211 0.172 0.082 0.028 0.003 19 R 0.157 0.223 0.220 0.193 0.132 0.065 0.010 20 I 0.029 0.054 0.103 0.217 0.329 0.234 0.034 21 E 0.072 0.121 0.171 0.228 0.249 0.147 0.013 22 A 0.047 0.070 0.124 0.248 0.288 0.206 0.016 23 K 0.084 0.149 0.224 0.268 0.199 0.071 0.004 24 R 0.247 0.224 0.226 0.176 0.098 0.027 0.002 25 A 0.541 0.211 0.116 0.084 0.037 0.011 0.001 26 S 0.681 0.192 0.076 0.038 0.011 0.002 0.001 27 D 0.753 0.188 0.044 0.012 0.003 0.001 0.001 28 M 0.379 0.263 0.189 0.126 0.037 0.005 0.001 29 G 0.439 0.299 0.148 0.081 0.027 0.005 0.001 30 K 0.451 0.340 0.139 0.055 0.014 0.002 0.001 31 S 0.212 0.312 0.263 0.155 0.049 0.008 0.001 32 V 0.029 0.074 0.118 0.257 0.340 0.168 0.015 33 M 0.018 0.080 0.150 0.294 0.307 0.138 0.013 34 E 0.028 0.122 0.188 0.277 0.247 0.126 0.013 35 T 0.015 0.040 0.072 0.161 0.287 0.340 0.086 36 V 0.008 0.013 0.022 0.062 0.150 0.389 0.356 37 I 0.012 0.036 0.078 0.193 0.197 0.285 0.199 38 A 0.006 0.015 0.025 0.068 0.170 0.423 0.294 39 F 0.006 0.014 0.032 0.090 0.207 0.410 0.242 40 A 0.008 0.031 0.068 0.182 0.264 0.319 0.128 41 N 0.027 0.067 0.096 0.165 0.300 0.261 0.084 42 E 0.024 0.089 0.155 0.306 0.284 0.124 0.018 43 P 0.208 0.437 0.224 0.100 0.025 0.006 0.001 44 G 0.407 0.324 0.176 0.073 0.018 0.003 0.001 45 L 0.213 0.222 0.192 0.188 0.137 0.045 0.002 46 D 0.196 0.296 0.266 0.171 0.056 0.013 0.001 47 G 0.183 0.206 0.142 0.194 0.144 0.105 0.025 48 G 0.023 0.112 0.174 0.250 0.268 0.131 0.043 49 Y 0.010 0.034 0.091 0.175 0.283 0.279 0.128 50 L 0.001 0.003 0.012 0.040 0.116 0.499 0.330 51 L 0.002 0.004 0.021 0.090 0.201 0.435 0.247 52 L 0.001 0.001 0.004 0.011 0.083 0.568 0.332 53 G 0.001 0.008 0.073 0.305 0.375 0.211 0.028 54 V 0.002 0.014 0.039 0.127 0.387 0.404 0.028 55 D 0.086 0.374 0.306 0.185 0.042 0.006 0.001 56 W 0.133 0.232 0.282 0.246 0.095 0.012 0.001 57 A 0.689 0.233 0.058 0.016 0.004 0.001 0.001 58 I 0.713 0.198 0.062 0.022 0.005 0.001 0.001 59 N 0.690 0.201 0.075 0.026 0.006 0.001 0.001 60 D 0.159 0.262 0.263 0.207 0.089 0.018 0.001 61 K 0.068 0.128 0.216 0.299 0.209 0.073 0.006 62 G 0.104 0.179 0.219 0.228 0.175 0.088 0.008 63 D 0.045 0.052 0.098 0.227 0.306 0.236 0.035 64 T 0.128 0.200 0.210 0.209 0.165 0.079 0.009 65 V 0.103 0.197 0.235 0.233 0.152 0.071 0.008 66 Y 0.121 0.150 0.168 0.231 0.212 0.108 0.009 67 R 0.292 0.295 0.203 0.133 0.059 0.017 0.001 68 P 0.473 0.255 0.142 0.088 0.033 0.009 0.001 69 V 0.617 0.208 0.088 0.055 0.024 0.007 0.001 70 G 0.625 0.224 0.092 0.041 0.014 0.004 0.001 71 L 0.548 0.243 0.112 0.066 0.024 0.006 0.001 72 P 0.581 0.245 0.095 0.051 0.021 0.007 0.001 73 D 0.341 0.275 0.196 0.123 0.051 0.012 0.001 74 P 0.239 0.250 0.207 0.178 0.097 0.028 0.002 75 D 0.253 0.264 0.214 0.162 0.080 0.025 0.002 76 K 0.382 0.325 0.167 0.083 0.032 0.010 0.001 77 V 0.087 0.128 0.165 0.247 0.250 0.111 0.011 78 Q 0.057 0.094 0.154 0.245 0.272 0.158 0.020 79 R 0.221 0.283 0.202 0.153 0.089 0.045 0.008 80 D 0.162 0.233 0.208 0.183 0.125 0.075 0.014 81 L 0.057 0.065 0.105 0.206 0.281 0.234 0.051 82 A 0.120 0.146 0.177 0.211 0.188 0.128 0.030 83 S 0.306 0.264 0.163 0.126 0.084 0.046 0.010 84 Q 0.218 0.235 0.195 0.166 0.111 0.062 0.014 85 C 0.120 0.135 0.157 0.223 0.207 0.133 0.025 86 A 0.158 0.183 0.193 0.202 0.162 0.087 0.015 87 S 0.302 0.257 0.177 0.138 0.084 0.036 0.006 88 M 0.253 0.245 0.198 0.161 0.092 0.043 0.007 89 L 0.115 0.099 0.126 0.222 0.257 0.157 0.024 90 N 0.237 0.270 0.222 0.151 0.079 0.034 0.006 91 V 0.207 0.159 0.157 0.197 0.162 0.099 0.019 92 A 0.198 0.197 0.175 0.181 0.140 0.089 0.019 93 L 0.107 0.115 0.151 0.217 0.228 0.152 0.030 94 R 0.151 0.231 0.225 0.201 0.122 0.058 0.012 95 P 0.214 0.206 0.171 0.187 0.138 0.071 0.014 96 E 0.207 0.264 0.224 0.167 0.089 0.042 0.007 97 M 0.071 0.094 0.148 0.251 0.272 0.146 0.018 98 Q 0.124 0.237 0.233 0.208 0.135 0.054 0.010 99 L 0.092 0.136 0.168 0.217 0.225 0.141 0.020 100 E 0.133 0.229 0.238 0.249 0.113 0.035 0.003 101 Q 0.315 0.360 0.183 0.096 0.036 0.009 0.001 102 V 0.243 0.211 0.199 0.203 0.111 0.031 0.002 103 G 0.437 0.252 0.147 0.101 0.047 0.015 0.001 104 G 0.369 0.349 0.172 0.083 0.024 0.004 0.001 105 K 0.066 0.235 0.263 0.261 0.136 0.037 0.002 106 T 0.020 0.157 0.267 0.332 0.175 0.045 0.004 107 L 0.003 0.015 0.048 0.143 0.310 0.402 0.078 108 L 0.001 0.003 0.009 0.037 0.138 0.574 0.238 109 V 0.002 0.010 0.055 0.190 0.286 0.357 0.100 110 V 0.001 0.002 0.005 0.019 0.121 0.541 0.312 111 Y 0.002 0.033 0.179 0.376 0.275 0.118 0.019 112 V 0.002 0.015 0.050 0.180 0.411 0.308 0.033 113 P 0.039 0.224 0.289 0.267 0.139 0.039 0.003 114 E 0.177 0.300 0.248 0.178 0.073 0.022 0.001 115 A 0.151 0.209 0.219 0.223 0.146 0.050 0.002 116 D 0.358 0.336 0.168 0.096 0.034 0.007 0.001 117 V 0.448 0.246 0.170 0.093 0.034 0.008 0.001 118 T 0.509 0.291 0.122 0.058 0.016 0.004 0.001 119 H 0.285 0.326 0.197 0.115 0.057 0.018 0.002 120 K 0.058 0.160 0.230 0.256 0.196 0.090 0.010 121 P 0.056 0.076 0.130 0.229 0.242 0.236 0.032 122 I 0.035 0.055 0.089 0.190 0.278 0.303 0.049 123 Y 0.021 0.052 0.118 0.240 0.319 0.227 0.024 124 K 0.019 0.046 0.086 0.217 0.378 0.233 0.020 125 K 0.089 0.223 0.292 0.264 0.107 0.022 0.002 126 A 0.278 0.323 0.201 0.136 0.048 0.012 0.001 127 T 0.482 0.329 0.120 0.046 0.016 0.005 0.001 128 G 0.393 0.271 0.161 0.111 0.049 0.014 0.001 129 L 0.203 0.216 0.249 0.201 0.101 0.028 0.002 130 P 0.237 0.262 0.227 0.173 0.082 0.019 0.001 131 G 0.204 0.293 0.221 0.167 0.089 0.024 0.002 132 G 0.080 0.151 0.202 0.270 0.197 0.090 0.010 133 A 0.026 0.036 0.068 0.176 0.292 0.319 0.083 134 Y 0.023 0.027 0.050 0.114 0.218 0.384 0.184 135 R 0.057 0.068 0.098 0.155 0.233 0.268 0.120 136 R 0.081 0.125 0.158 0.212 0.209 0.152 0.063 137 I 0.129 0.152 0.174 0.196 0.172 0.131 0.045 138 G 0.239 0.211 0.184 0.189 0.114 0.053 0.012 139 S 0.384 0.266 0.169 0.098 0.054 0.022 0.006 140 S 0.410 0.213 0.159 0.119 0.068 0.027 0.004 141 D 0.382 0.219 0.147 0.121 0.082 0.043 0.005 142 Q 0.326 0.186 0.174 0.161 0.096 0.049 0.007 143 R 0.450 0.270 0.142 0.087 0.039 0.011 0.001 144 C 0.351 0.189 0.173 0.165 0.095 0.025 0.002 145 V 0.656 0.224 0.077 0.031 0.009 0.002 0.001