# TARGET T0557 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.006 0.009 0.042 0.104 0.825 2 R 0.027 0.015 0.017 0.105 0.148 0.688 3 S 0.013 0.015 0.022 0.155 0.190 0.605 4 A 0.011 0.010 0.037 0.446 0.135 0.361 5 T 0.005 0.002 0.037 0.851 0.050 0.054 6 D 0.004 0.001 0.034 0.878 0.046 0.037 7 L 0.001 0.001 0.014 0.967 0.010 0.008 8 L 0.001 0.001 0.007 0.981 0.006 0.004 9 D 0.001 0.001 0.015 0.967 0.011 0.006 10 E 0.001 0.001 0.015 0.947 0.023 0.013 11 L 0.001 0.001 0.015 0.931 0.030 0.023 12 N 0.002 0.003 0.014 0.828 0.056 0.097 13 A 0.002 0.003 0.018 0.350 0.166 0.461 14 V 0.003 0.003 0.016 0.153 0.290 0.534 15 D 0.009 0.007 0.019 0.050 0.425 0.490 16 E 0.026 0.015 0.073 0.180 0.432 0.274 17 S 0.040 0.012 0.064 0.223 0.381 0.280 18 A 0.064 0.007 0.045 0.330 0.317 0.237 19 R 0.155 0.012 0.022 0.316 0.198 0.298 20 I 0.371 0.015 0.016 0.394 0.086 0.118 21 E 0.502 0.007 0.018 0.345 0.055 0.074 22 A 0.553 0.007 0.024 0.271 0.065 0.080 23 K 0.510 0.011 0.034 0.243 0.102 0.101 24 R 0.374 0.019 0.039 0.232 0.158 0.177 25 A 0.104 0.013 0.068 0.235 0.347 0.233 26 S 0.044 0.010 0.097 0.164 0.449 0.236 27 D 0.021 0.011 0.075 0.152 0.463 0.279 28 M 0.010 0.010 0.058 0.250 0.417 0.255 29 G 0.010 0.007 0.048 0.295 0.281 0.359 30 K 0.015 0.006 0.098 0.508 0.197 0.176 31 S 0.019 0.007 0.104 0.650 0.108 0.113 32 V 0.047 0.010 0.132 0.641 0.080 0.090 33 M 0.074 0.007 0.074 0.654 0.083 0.108 34 E 0.144 0.003 0.046 0.586 0.122 0.098 35 T 0.270 0.003 0.021 0.582 0.073 0.050 36 V 0.387 0.003 0.010 0.551 0.030 0.018 37 I 0.499 0.002 0.012 0.447 0.022 0.018 38 A 0.490 0.001 0.022 0.455 0.017 0.015 39 F 0.466 0.004 0.018 0.456 0.024 0.032 40 A 0.464 0.013 0.020 0.201 0.080 0.222 41 N 0.223 0.040 0.019 0.096 0.250 0.371 42 E 0.104 0.055 0.024 0.024 0.490 0.302 43 P 0.043 0.019 0.075 0.018 0.709 0.136 44 G 0.036 0.009 0.197 0.010 0.629 0.119 45 L 0.034 0.014 0.148 0.009 0.686 0.109 46 D 0.087 0.020 0.097 0.007 0.627 0.162 47 G 0.206 0.022 0.015 0.003 0.489 0.266 48 G 0.388 0.012 0.003 0.001 0.329 0.267 49 Y 0.894 0.003 0.001 0.001 0.030 0.073 50 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 51 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 54 V 0.863 0.002 0.001 0.001 0.012 0.122 55 D 0.614 0.008 0.001 0.002 0.130 0.245 56 W 0.213 0.016 0.036 0.025 0.531 0.179 57 A 0.082 0.007 0.083 0.022 0.716 0.089 58 I 0.054 0.029 0.100 0.023 0.753 0.042 59 N 0.038 0.020 0.097 0.014 0.760 0.070 60 D 0.048 0.017 0.126 0.014 0.697 0.098 61 K 0.040 0.010 0.079 0.013 0.737 0.121 62 G 0.088 0.008 0.027 0.003 0.580 0.294 63 D 0.255 0.018 0.005 0.001 0.217 0.504 64 T 0.641 0.027 0.003 0.001 0.084 0.244 65 V 0.835 0.020 0.001 0.001 0.031 0.113 66 Y 0.897 0.012 0.002 0.001 0.020 0.068 67 R 0.799 0.010 0.003 0.001 0.051 0.137 68 P 0.727 0.009 0.005 0.002 0.103 0.155 69 V 0.505 0.016 0.010 0.003 0.201 0.265 70 G 0.235 0.014 0.010 0.005 0.425 0.311 71 L 0.099 0.021 0.008 0.007 0.426 0.438 72 P 0.033 0.030 0.006 0.010 0.336 0.584 73 D 0.009 0.016 0.007 0.023 0.401 0.544 74 P 0.001 0.001 0.077 0.738 0.110 0.072 75 D 0.001 0.001 0.057 0.860 0.059 0.022 76 K 0.001 0.001 0.038 0.934 0.021 0.005 77 V 0.001 0.001 0.009 0.968 0.011 0.010 78 Q 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 79 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 80 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 81 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 85 C 0.001 0.001 0.004 0.982 0.006 0.007 86 A 0.001 0.001 0.015 0.943 0.028 0.012 87 S 0.001 0.001 0.016 0.914 0.045 0.023 88 M 0.003 0.003 0.024 0.606 0.179 0.184 89 L 0.008 0.015 0.022 0.397 0.231 0.328 90 N 0.018 0.011 0.015 0.058 0.292 0.606 91 V 0.014 0.003 0.036 0.023 0.321 0.603 92 A 0.059 0.010 0.054 0.011 0.350 0.515 93 L 0.161 0.043 0.022 0.010 0.247 0.517 94 R 0.167 0.013 0.006 0.004 0.196 0.614 95 P 0.421 0.003 0.004 0.001 0.123 0.449 96 E 0.808 0.003 0.001 0.001 0.038 0.149 97 M 0.924 0.003 0.001 0.001 0.014 0.058 98 Q 0.939 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 99 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 100 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 101 Q 0.986 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 102 V 0.663 0.002 0.001 0.001 0.332 0.002 103 G 0.050 0.001 0.001 0.001 0.944 0.004 104 G 0.028 0.001 0.001 0.001 0.963 0.007 105 K 0.660 0.017 0.001 0.001 0.274 0.049 106 T 0.956 0.003 0.001 0.001 0.006 0.035 107 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 108 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 109 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 Y 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 112 V 0.758 0.003 0.001 0.001 0.031 0.208 113 P 0.404 0.008 0.002 0.001 0.172 0.413 114 E 0.151 0.019 0.012 0.002 0.411 0.405 115 A 0.073 0.046 0.014 0.003 0.503 0.361 116 D 0.027 0.014 0.013 0.002 0.873 0.071 117 V 0.012 0.003 0.100 0.007 0.818 0.060 118 T 0.016 0.005 0.083 0.014 0.799 0.082 119 H 0.096 0.022 0.037 0.010 0.632 0.202 120 K 0.245 0.011 0.004 0.008 0.130 0.601 121 P 0.622 0.016 0.005 0.014 0.082 0.262 122 I 0.821 0.018 0.005 0.017 0.037 0.102 123 Y 0.844 0.014 0.002 0.016 0.035 0.090 124 K 0.687 0.016 0.008 0.020 0.091 0.178 125 K 0.388 0.021 0.039 0.021 0.265 0.266 126 A 0.196 0.024 0.084 0.038 0.429 0.230 127 T 0.087 0.019 0.079 0.033 0.511 0.270 128 G 0.050 0.012 0.011 0.002 0.351 0.573 129 L 0.141 0.047 0.009 0.002 0.483 0.316 130 P 0.148 0.032 0.009 0.001 0.491 0.319 131 G 0.121 0.014 0.013 0.002 0.599 0.251 132 G 0.320 0.007 0.005 0.001 0.355 0.312 133 A 0.671 0.008 0.003 0.001 0.074 0.242 134 Y 0.920 0.006 0.001 0.001 0.021 0.051 135 R 0.949 0.007 0.001 0.001 0.009 0.034 136 R 0.924 0.005 0.001 0.001 0.039 0.030 137 I 0.760 0.010 0.001 0.002 0.121 0.106 138 G 0.215 0.009 0.005 0.003 0.601 0.166 139 S 0.105 0.022 0.012 0.003 0.781 0.077 140 S 0.073 0.015 0.031 0.009 0.704 0.167 141 D 0.072 0.010 0.056 0.010 0.680 0.171 142 Q 0.149 0.021 0.042 0.010 0.418 0.361 143 R 0.156 0.034 0.019 0.013 0.168 0.611 144 C 0.138 0.060 0.014 0.012 0.106 0.669 145 V 0.046 0.013 0.002 0.003 0.062 0.874