# TARGET T0557 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.027 0.726 0.002 0.010 0.048 0.001 0.001 0.004 0.102 0.030 0.017 0.030 2 R 0.001 0.022 0.802 0.001 0.010 0.042 0.001 0.001 0.003 0.058 0.036 0.008 0.018 3 S 0.001 0.016 0.642 0.001 0.018 0.059 0.001 0.001 0.001 0.173 0.075 0.006 0.008 4 A 0.001 0.004 0.718 0.001 0.012 0.130 0.001 0.001 0.001 0.092 0.036 0.001 0.006 5 T 0.001 0.001 0.020 0.001 0.030 0.916 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.025 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.051 0.850 0.001 0.001 0.001 0.008 0.078 0.001 0.001 12 N 0.001 0.007 0.037 0.001 0.030 0.613 0.001 0.001 0.001 0.032 0.278 0.001 0.001 13 A 0.001 0.006 0.190 0.001 0.030 0.242 0.001 0.001 0.001 0.112 0.415 0.001 0.001 14 V 0.001 0.006 0.437 0.001 0.010 0.031 0.001 0.001 0.001 0.449 0.065 0.001 0.001 15 D 0.001 0.006 0.733 0.001 0.031 0.022 0.001 0.001 0.001 0.076 0.129 0.001 0.002 16 E 0.001 0.011 0.297 0.001 0.159 0.090 0.001 0.001 0.002 0.157 0.276 0.001 0.005 17 S 0.001 0.006 0.252 0.005 0.132 0.146 0.001 0.001 0.003 0.211 0.235 0.004 0.006 18 A 0.001 0.008 0.216 0.005 0.075 0.301 0.001 0.001 0.006 0.233 0.125 0.016 0.012 19 R 0.019 0.021 0.182 0.006 0.022 0.487 0.005 0.005 0.023 0.060 0.063 0.024 0.083 20 I 0.069 0.020 0.089 0.006 0.017 0.538 0.016 0.010 0.026 0.022 0.027 0.061 0.101 21 E 0.227 0.007 0.058 0.019 0.010 0.391 0.027 0.009 0.020 0.016 0.022 0.099 0.096 22 A 0.288 0.005 0.071 0.008 0.011 0.295 0.026 0.006 0.012 0.013 0.016 0.110 0.139 23 K 0.320 0.007 0.058 0.003 0.010 0.224 0.020 0.002 0.008 0.017 0.025 0.151 0.154 24 R 0.158 0.012 0.206 0.012 0.018 0.239 0.011 0.001 0.005 0.040 0.054 0.091 0.152 25 A 0.041 0.015 0.382 0.005 0.035 0.184 0.003 0.001 0.002 0.074 0.096 0.048 0.114 26 S 0.003 0.005 0.298 0.004 0.056 0.172 0.001 0.001 0.001 0.097 0.332 0.014 0.017 27 D 0.001 0.006 0.299 0.001 0.056 0.168 0.001 0.001 0.001 0.147 0.312 0.005 0.007 28 M 0.001 0.006 0.368 0.001 0.045 0.179 0.001 0.001 0.001 0.176 0.218 0.003 0.004 29 G 0.001 0.003 0.280 0.001 0.051 0.260 0.001 0.001 0.001 0.161 0.238 0.002 0.003 30 K 0.001 0.003 0.196 0.001 0.054 0.456 0.001 0.001 0.001 0.155 0.127 0.003 0.003 31 S 0.001 0.012 0.173 0.001 0.032 0.650 0.001 0.001 0.005 0.041 0.064 0.005 0.016 32 V 0.002 0.011 0.062 0.001 0.024 0.818 0.001 0.001 0.005 0.020 0.041 0.005 0.010 33 M 0.002 0.003 0.050 0.002 0.015 0.891 0.001 0.001 0.003 0.011 0.012 0.004 0.006 34 E 0.005 0.001 0.023 0.002 0.009 0.915 0.001 0.001 0.004 0.016 0.008 0.009 0.006 35 T 0.009 0.001 0.012 0.001 0.003 0.930 0.002 0.001 0.005 0.008 0.006 0.005 0.017 36 V 0.010 0.001 0.010 0.001 0.002 0.951 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.004 0.006 37 I 0.028 0.001 0.013 0.002 0.003 0.895 0.007 0.003 0.008 0.006 0.010 0.015 0.009 38 A 0.052 0.001 0.019 0.002 0.006 0.828 0.008 0.003 0.003 0.017 0.033 0.006 0.022 39 F 0.098 0.003 0.022 0.001 0.009 0.654 0.010 0.009 0.010 0.007 0.126 0.038 0.014 40 A 0.073 0.023 0.067 0.001 0.011 0.409 0.013 0.006 0.009 0.047 0.279 0.012 0.049 41 N 0.012 0.032 0.366 0.004 0.014 0.163 0.002 0.001 0.009 0.155 0.191 0.020 0.030 42 E 0.001 0.010 0.432 0.004 0.032 0.038 0.001 0.001 0.003 0.292 0.158 0.018 0.010 43 P 0.001 0.005 0.118 0.001 0.075 0.016 0.001 0.001 0.001 0.114 0.663 0.001 0.005 44 G 0.001 0.018 0.151 0.002 0.155 0.016 0.001 0.001 0.002 0.174 0.469 0.004 0.007 45 L 0.002 0.042 0.321 0.003 0.110 0.014 0.001 0.001 0.003 0.288 0.190 0.012 0.013 46 D 0.001 0.012 0.274 0.017 0.034 0.004 0.001 0.001 0.003 0.256 0.387 0.004 0.008 47 G 0.005 0.007 0.262 0.044 0.015 0.001 0.003 0.002 0.009 0.273 0.350 0.014 0.017 48 G 0.043 0.007 0.483 0.022 0.002 0.001 0.033 0.015 0.110 0.160 0.012 0.067 0.046 49 Y 0.058 0.003 0.061 0.003 0.001 0.001 0.156 0.229 0.396 0.009 0.001 0.026 0.058 50 L 0.098 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.249 0.510 0.104 0.001 0.001 0.016 0.007 51 L 0.099 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.273 0.567 0.046 0.001 0.001 0.004 0.006 52 L 0.065 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.203 0.661 0.050 0.001 0.001 0.009 0.004 53 G 0.168 0.001 0.059 0.005 0.001 0.001 0.172 0.324 0.187 0.005 0.001 0.038 0.040 54 V 0.190 0.006 0.295 0.029 0.002 0.001 0.052 0.058 0.116 0.025 0.005 0.064 0.159 55 D 0.063 0.007 0.487 0.041 0.009 0.001 0.009 0.008 0.064 0.082 0.022 0.085 0.120 56 W 0.020 0.009 0.389 0.024 0.050 0.005 0.003 0.002 0.042 0.213 0.079 0.042 0.122 57 A 0.020 0.022 0.295 0.014 0.080 0.018 0.003 0.001 0.014 0.251 0.120 0.067 0.096 58 I 0.017 0.073 0.248 0.008 0.075 0.034 0.003 0.001 0.010 0.206 0.110 0.093 0.121 59 N 0.009 0.026 0.274 0.006 0.065 0.028 0.001 0.001 0.003 0.098 0.324 0.037 0.128 60 D 0.007 0.009 0.141 0.004 0.036 0.013 0.001 0.001 0.001 0.157 0.566 0.030 0.035 61 K 0.003 0.007 0.087 0.004 0.030 0.009 0.001 0.001 0.001 0.148 0.680 0.017 0.013 62 G 0.002 0.006 0.263 0.005 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.402 0.264 0.022 0.018 63 D 0.006 0.007 0.649 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.176 0.045 0.020 0.067 64 T 0.041 0.032 0.358 0.010 0.002 0.001 0.018 0.001 0.034 0.078 0.003 0.209 0.214 65 V 0.065 0.030 0.205 0.045 0.001 0.001 0.052 0.007 0.159 0.030 0.002 0.178 0.226 66 Y 0.066 0.054 0.107 0.009 0.001 0.001 0.121 0.019 0.258 0.004 0.001 0.069 0.291 67 R 0.030 0.010 0.121 0.043 0.001 0.001 0.048 0.023 0.394 0.016 0.004 0.262 0.045 68 P 0.029 0.013 0.311 0.011 0.002 0.001 0.043 0.013 0.249 0.026 0.011 0.023 0.269 69 V 0.010 0.033 0.410 0.016 0.010 0.003 0.017 0.015 0.144 0.097 0.062 0.138 0.045 70 G 0.002 0.014 0.462 0.013 0.010 0.002 0.003 0.001 0.045 0.256 0.122 0.010 0.060 71 L 0.001 0.011 0.641 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.307 0.019 0.008 0.004 72 P 0.001 0.028 0.573 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.334 0.051 0.002 0.004 73 D 0.001 0.017 0.749 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.216 0.008 0.001 0.002 74 P 0.001 0.001 0.026 0.001 0.053 0.848 0.001 0.001 0.001 0.011 0.061 0.001 0.001 75 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 85 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.929 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.757 0.001 0.001 0.001 0.007 0.211 0.001 0.001 88 M 0.001 0.001 0.030 0.001 0.066 0.501 0.001 0.001 0.001 0.026 0.373 0.001 0.001 89 L 0.001 0.018 0.399 0.001 0.028 0.132 0.001 0.001 0.009 0.253 0.152 0.002 0.005 90 N 0.001 0.012 0.634 0.011 0.028 0.018 0.001 0.001 0.008 0.182 0.094 0.007 0.006 91 V 0.001 0.013 0.510 0.020 0.041 0.011 0.001 0.001 0.042 0.266 0.056 0.010 0.028 92 A 0.002 0.014 0.538 0.024 0.038 0.004 0.002 0.001 0.057 0.157 0.095 0.031 0.036 93 L 0.004 0.035 0.476 0.016 0.010 0.002 0.011 0.004 0.231 0.061 0.013 0.028 0.110 94 R 0.005 0.015 0.431 0.015 0.004 0.001 0.006 0.008 0.267 0.058 0.007 0.133 0.050 95 P 0.019 0.008 0.294 0.041 0.006 0.002 0.015 0.007 0.229 0.038 0.008 0.029 0.306 96 E 0.039 0.006 0.112 0.105 0.010 0.003 0.028 0.008 0.246 0.035 0.011 0.314 0.083 97 M 0.080 0.003 0.081 0.014 0.005 0.001 0.037 0.009 0.119 0.009 0.003 0.067 0.571 98 Q 0.106 0.003 0.045 0.018 0.001 0.001 0.016 0.002 0.048 0.005 0.001 0.673 0.080 99 L 0.075 0.004 0.026 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.040 0.002 0.001 0.021 0.802 100 E 0.068 0.002 0.047 0.178 0.001 0.001 0.010 0.001 0.036 0.009 0.004 0.589 0.054 101 Q 0.061 0.007 0.057 0.003 0.002 0.001 0.011 0.001 0.024 0.014 0.011 0.015 0.794 102 V 0.049 0.027 0.062 0.010 0.005 0.001 0.013 0.001 0.010 0.047 0.102 0.523 0.149 103 G 0.001 0.001 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.866 0.016 0.010 104 G 0.001 0.001 0.060 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.387 0.531 0.002 0.008 105 K 0.034 0.002 0.153 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.079 0.010 0.671 0.042 106 T 0.121 0.005 0.096 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.015 0.019 0.001 0.011 0.668 107 L 0.380 0.001 0.024 0.026 0.001 0.001 0.236 0.010 0.010 0.001 0.001 0.283 0.029 108 L 0.581 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.335 0.009 0.004 0.001 0.001 0.021 0.043 109 V 0.568 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.348 0.026 0.013 0.001 0.001 0.024 0.015 110 V 0.364 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.486 0.039 0.035 0.001 0.001 0.042 0.023 111 Y 0.257 0.001 0.062 0.004 0.001 0.001 0.257 0.051 0.188 0.004 0.001 0.043 0.133 112 V 0.073 0.005 0.391 0.016 0.001 0.001 0.027 0.008 0.102 0.040 0.001 0.257 0.080 113 P 0.002 0.010 0.775 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.038 0.005 0.008 0.103 114 E 0.001 0.014 0.461 0.006 0.112 0.007 0.001 0.001 0.005 0.130 0.251 0.004 0.009 115 A 0.001 0.009 0.254 0.004 0.189 0.009 0.001 0.001 0.001 0.208 0.317 0.004 0.005 116 D 0.001 0.004 0.564 0.001 0.208 0.007 0.001 0.001 0.001 0.144 0.067 0.002 0.004 117 V 0.001 0.008 0.149 0.002 0.297 0.018 0.001 0.001 0.001 0.133 0.380 0.003 0.009 118 T 0.001 0.009 0.152 0.006 0.117 0.017 0.001 0.001 0.001 0.194 0.473 0.018 0.012 119 H 0.004 0.017 0.399 0.009 0.049 0.014 0.001 0.001 0.004 0.342 0.103 0.010 0.048 120 K 0.004 0.011 0.522 0.008 0.003 0.006 0.001 0.001 0.013 0.203 0.008 0.188 0.034 121 P 0.029 0.019 0.357 0.018 0.004 0.005 0.006 0.001 0.013 0.023 0.012 0.017 0.497 122 I 0.180 0.011 0.063 0.014 0.003 0.004 0.023 0.005 0.037 0.008 0.005 0.591 0.057 123 Y 0.258 0.010 0.036 0.003 0.003 0.003 0.027 0.002 0.023 0.005 0.004 0.045 0.582 124 K 0.359 0.011 0.073 0.026 0.006 0.005 0.034 0.002 0.017 0.010 0.012 0.309 0.136 125 K 0.163 0.017 0.163 0.013 0.013 0.004 0.008 0.001 0.011 0.042 0.038 0.160 0.369 126 A 0.027 0.009 0.263 0.017 0.044 0.005 0.002 0.001 0.006 0.122 0.232 0.070 0.203 127 T 0.005 0.006 0.119 0.009 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.151 0.599 0.052 0.024 128 G 0.003 0.008 0.170 0.005 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.340 0.422 0.010 0.023 129 L 0.001 0.013 0.426 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.437 0.040 0.060 0.014 130 P 0.001 0.010 0.107 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.647 0.007 0.039 131 G 0.007 0.003 0.104 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.683 0.017 0.019 132 G 0.208 0.015 0.271 0.021 0.005 0.001 0.010 0.001 0.004 0.056 0.031 0.181 0.197 133 A 0.390 0.007 0.058 0.004 0.001 0.001 0.025 0.001 0.006 0.005 0.001 0.137 0.366 134 Y 0.605 0.002 0.012 0.021 0.001 0.001 0.029 0.001 0.003 0.002 0.001 0.164 0.161 135 R 0.490 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.005 0.001 0.001 0.383 0.085 136 R 0.313 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.034 0.001 0.011 0.002 0.001 0.052 0.568 137 I 0.271 0.010 0.061 0.039 0.001 0.001 0.036 0.001 0.007 0.013 0.019 0.386 0.155 138 G 0.076 0.007 0.175 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.152 0.176 0.092 0.302 139 S 0.014 0.005 0.223 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.259 0.355 0.030 0.088 140 S 0.008 0.006 0.076 0.004 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.223 0.550 0.078 0.020 141 D 0.035 0.010 0.225 0.007 0.033 0.008 0.005 0.001 0.004 0.197 0.201 0.031 0.242 142 Q 0.076 0.035 0.165 0.005 0.014 0.007 0.008 0.001 0.003 0.094 0.021 0.478 0.093 143 R 0.018 0.057 0.339 0.009 0.005 0.006 0.007 0.001 0.005 0.022 0.007 0.027 0.497 144 C 0.007 0.023 0.750 0.044 0.004 0.004 0.003 0.001 0.003 0.019 0.011 0.043 0.088 145 V 0.002 0.012 0.872 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 0.004 0.046 0.036