# TARGET T0557 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.243 0.076 0.043 0.072 0.055 0.066 0.101 0.091 0.105 0.087 0.061 2 R 0.189 0.111 0.080 0.123 0.108 0.097 0.139 0.074 0.045 0.024 0.010 3 S 0.186 0.214 0.116 0.119 0.106 0.085 0.075 0.043 0.029 0.019 0.009 4 A 0.087 0.304 0.095 0.168 0.106 0.081 0.068 0.038 0.027 0.018 0.007 5 T 0.211 0.073 0.099 0.172 0.170 0.124 0.093 0.030 0.020 0.007 0.002 6 D 0.637 0.112 0.180 0.055 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.006 0.020 0.062 0.134 0.141 0.231 0.251 0.096 0.038 0.015 0.004 8 L 0.004 0.006 0.050 0.021 0.036 0.082 0.220 0.200 0.188 0.124 0.068 9 D 0.011 0.029 0.704 0.160 0.059 0.024 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 10 E 0.016 0.050 0.625 0.196 0.074 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 11 L 0.005 0.005 0.039 0.017 0.025 0.058 0.200 0.174 0.211 0.165 0.101 12 N 0.012 0.016 0.102 0.075 0.107 0.171 0.293 0.124 0.063 0.027 0.009 13 A 0.016 0.067 0.748 0.102 0.040 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 14 V 0.083 0.133 0.236 0.183 0.146 0.100 0.079 0.024 0.011 0.005 0.001 15 D 0.615 0.189 0.099 0.045 0.022 0.012 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 16 E 0.086 0.057 0.101 0.099 0.102 0.129 0.193 0.096 0.067 0.044 0.024 17 S 0.197 0.149 0.233 0.125 0.085 0.067 0.083 0.033 0.018 0.008 0.003 18 A 0.169 0.145 0.254 0.224 0.104 0.053 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 19 R 0.108 0.149 0.243 0.195 0.118 0.090 0.058 0.020 0.010 0.005 0.002 20 I 0.020 0.020 0.107 0.072 0.085 0.118 0.200 0.139 0.126 0.079 0.034 21 E 0.047 0.058 0.259 0.151 0.123 0.112 0.148 0.058 0.027 0.012 0.005 22 A 0.008 0.038 0.290 0.208 0.158 0.101 0.091 0.051 0.030 0.018 0.007 23 K 0.021 0.028 0.138 0.076 0.102 0.120 0.183 0.129 0.104 0.066 0.033 24 R 0.038 0.084 0.320 0.222 0.155 0.081 0.061 0.019 0.011 0.005 0.002 25 A 0.038 0.065 0.209 0.102 0.103 0.103 0.175 0.089 0.062 0.039 0.016 26 S 0.159 0.136 0.142 0.197 0.125 0.083 0.084 0.035 0.022 0.011 0.006 27 D 0.661 0.157 0.095 0.044 0.020 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 28 M 0.052 0.110 0.053 0.106 0.101 0.124 0.177 0.098 0.080 0.062 0.037 29 G 0.221 0.205 0.062 0.137 0.122 0.095 0.077 0.035 0.025 0.013 0.009 30 K 0.433 0.191 0.091 0.154 0.076 0.034 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 31 S 0.149 0.182 0.137 0.230 0.148 0.088 0.047 0.011 0.005 0.002 0.001 32 V 0.002 0.004 0.004 0.017 0.027 0.052 0.148 0.191 0.237 0.192 0.126 33 M 0.003 0.006 0.010 0.038 0.101 0.171 0.302 0.173 0.109 0.056 0.029 34 E 0.017 0.055 0.304 0.233 0.155 0.099 0.076 0.032 0.018 0.008 0.004 35 T 0.002 0.004 0.008 0.044 0.075 0.142 0.288 0.191 0.120 0.081 0.043 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.083 0.215 0.342 0.333 37 I 0.001 0.001 0.005 0.009 0.016 0.046 0.179 0.188 0.217 0.187 0.152 38 A 0.001 0.002 0.053 0.020 0.016 0.031 0.093 0.138 0.209 0.246 0.193 39 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.025 0.145 0.211 0.241 0.222 0.138 40 A 0.002 0.003 0.005 0.009 0.010 0.021 0.086 0.141 0.243 0.255 0.227 41 N 0.002 0.005 0.006 0.021 0.036 0.056 0.120 0.155 0.218 0.203 0.177 42 E 0.017 0.040 0.023 0.114 0.157 0.171 0.190 0.137 0.091 0.040 0.019 43 P 0.172 0.097 0.040 0.105 0.106 0.111 0.132 0.089 0.067 0.053 0.028 44 G 0.328 0.160 0.058 0.173 0.090 0.067 0.054 0.027 0.019 0.012 0.011 45 L 0.037 0.026 0.014 0.043 0.045 0.073 0.131 0.123 0.153 0.150 0.205 46 D 0.323 0.289 0.123 0.152 0.051 0.028 0.018 0.007 0.005 0.003 0.002 47 G 0.151 0.143 0.073 0.209 0.163 0.105 0.084 0.035 0.021 0.011 0.005 48 G 0.001 0.004 0.004 0.019 0.041 0.057 0.151 0.197 0.211 0.167 0.148 49 Y 0.001 0.003 0.007 0.063 0.170 0.268 0.257 0.122 0.061 0.030 0.018 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.125 0.231 0.294 0.307 51 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.069 0.163 0.215 0.269 0.264 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.088 0.246 0.332 0.305 53 G 0.001 0.002 0.001 0.016 0.021 0.038 0.121 0.167 0.221 0.228 0.185 54 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.050 0.117 0.202 0.307 0.303 55 D 0.009 0.039 0.032 0.178 0.283 0.208 0.152 0.063 0.026 0.008 0.003 56 W 0.016 0.029 0.013 0.068 0.091 0.109 0.195 0.182 0.130 0.101 0.066 57 A 0.157 0.214 0.120 0.247 0.147 0.056 0.033 0.011 0.007 0.004 0.003 58 I 0.041 0.060 0.023 0.091 0.084 0.101 0.175 0.124 0.114 0.102 0.086 59 N 0.281 0.149 0.067 0.190 0.127 0.077 0.052 0.022 0.017 0.010 0.007 60 D 0.106 0.079 0.048 0.088 0.078 0.103 0.167 0.100 0.086 0.074 0.072 61 K 0.351 0.253 0.073 0.137 0.070 0.038 0.036 0.016 0.013 0.009 0.005 62 G 0.715 0.090 0.021 0.046 0.035 0.032 0.022 0.012 0.011 0.008 0.006 63 D 0.188 0.226 0.067 0.207 0.116 0.062 0.057 0.028 0.021 0.016 0.012 64 T 0.039 0.047 0.038 0.109 0.131 0.155 0.169 0.110 0.098 0.066 0.038 65 V 0.067 0.103 0.060 0.266 0.223 0.123 0.089 0.038 0.020 0.008 0.003 66 Y 0.005 0.005 0.005 0.015 0.028 0.050 0.132 0.179 0.218 0.197 0.167 67 R 0.052 0.110 0.099 0.253 0.194 0.110 0.089 0.045 0.028 0.013 0.007 68 P 0.032 0.023 0.012 0.046 0.066 0.099 0.212 0.172 0.161 0.112 0.065 69 V 0.021 0.027 0.015 0.056 0.086 0.099 0.217 0.166 0.138 0.107 0.068 70 G 0.269 0.248 0.069 0.170 0.101 0.055 0.049 0.018 0.012 0.007 0.003 71 L 0.018 0.015 0.010 0.058 0.078 0.099 0.202 0.172 0.163 0.115 0.072 72 P 0.473 0.236 0.068 0.098 0.053 0.028 0.021 0.010 0.006 0.003 0.002 73 D 0.079 0.317 0.079 0.199 0.140 0.088 0.059 0.021 0.011 0.005 0.002 74 P 0.211 0.114 0.037 0.106 0.118 0.129 0.119 0.073 0.051 0.028 0.014 75 D 0.570 0.232 0.068 0.079 0.032 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.289 0.212 0.150 0.222 0.078 0.028 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 77 V 0.006 0.008 0.006 0.016 0.024 0.073 0.204 0.199 0.189 0.172 0.102 78 Q 0.003 0.010 0.054 0.116 0.184 0.266 0.249 0.077 0.028 0.010 0.003 79 R 0.024 0.066 0.666 0.175 0.046 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.011 0.030 0.125 0.234 0.237 0.205 0.119 0.028 0.008 0.003 0.001 81 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 0.040 0.097 0.243 0.343 0.265 82 A 0.001 0.001 0.028 0.078 0.224 0.324 0.259 0.057 0.020 0.006 0.002 83 S 0.008 0.020 0.867 0.084 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.002 0.009 0.023 0.071 0.253 0.464 0.118 0.040 0.016 0.005 85 C 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.036 0.099 0.227 0.305 0.320 86 A 0.003 0.020 0.219 0.198 0.278 0.159 0.087 0.023 0.009 0.003 0.001 87 S 0.083 0.078 0.703 0.101 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 M 0.009 0.019 0.024 0.049 0.091 0.178 0.345 0.143 0.085 0.041 0.016 89 L 0.013 0.009 0.006 0.017 0.024 0.054 0.153 0.169 0.198 0.168 0.189 90 N 0.374 0.281 0.175 0.114 0.038 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.011 0.014 0.016 0.045 0.068 0.132 0.255 0.182 0.146 0.092 0.040 92 A 0.265 0.260 0.087 0.204 0.103 0.043 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 93 L 0.003 0.002 0.001 0.006 0.010 0.021 0.079 0.121 0.222 0.244 0.290 94 R 0.030 0.153 0.130 0.323 0.193 0.098 0.048 0.014 0.007 0.003 0.002 95 P 0.007 0.007 0.003 0.013 0.018 0.038 0.116 0.166 0.228 0.230 0.175 96 E 0.158 0.194 0.100 0.276 0.147 0.069 0.037 0.011 0.006 0.003 0.002 97 M 0.006 0.006 0.004 0.013 0.020 0.036 0.112 0.156 0.252 0.222 0.172 98 Q 0.099 0.202 0.123 0.290 0.145 0.065 0.043 0.015 0.010 0.005 0.004 99 L 0.026 0.041 0.033 0.113 0.127 0.127 0.192 0.129 0.102 0.070 0.039 100 E 0.050 0.080 0.071 0.187 0.176 0.150 0.133 0.067 0.046 0.025 0.015 101 Q 0.095 0.138 0.090 0.256 0.161 0.117 0.080 0.033 0.017 0.008 0.006 102 V 0.010 0.014 0.014 0.029 0.043 0.074 0.163 0.153 0.177 0.158 0.164 103 G 0.358 0.259 0.087 0.156 0.067 0.037 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 104 G 0.799 0.123 0.023 0.040 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.003 0.013 0.012 0.063 0.087 0.123 0.204 0.177 0.169 0.101 0.048 106 T 0.012 0.080 0.057 0.322 0.273 0.172 0.067 0.011 0.004 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.063 0.163 0.244 0.273 0.232 108 L 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 0.087 0.262 0.274 0.180 0.102 0.051 109 V 0.001 0.006 0.006 0.052 0.078 0.095 0.185 0.191 0.176 0.115 0.097 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.061 0.188 0.351 0.377 111 Y 0.009 0.043 0.020 0.275 0.317 0.142 0.123 0.044 0.020 0.005 0.002 112 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.051 0.129 0.266 0.308 0.226 113 P 0.054 0.179 0.085 0.344 0.197 0.086 0.039 0.011 0.004 0.001 0.001 114 E 0.215 0.214 0.060 0.223 0.134 0.078 0.050 0.017 0.007 0.002 0.001 115 A 0.129 0.063 0.017 0.072 0.071 0.078 0.119 0.123 0.141 0.114 0.075 116 D 0.253 0.342 0.075 0.176 0.080 0.037 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 117 V 0.168 0.070 0.025 0.078 0.083 0.095 0.155 0.117 0.095 0.071 0.044 118 T 0.279 0.221 0.055 0.163 0.105 0.063 0.053 0.027 0.018 0.010 0.006 119 H 0.116 0.085 0.025 0.136 0.121 0.116 0.158 0.099 0.074 0.049 0.021 120 K 0.054 0.135 0.042 0.237 0.182 0.143 0.105 0.045 0.030 0.018 0.008 121 P 0.003 0.003 0.003 0.012 0.020 0.038 0.103 0.168 0.263 0.239 0.148 122 I 0.004 0.012 0.009 0.072 0.107 0.128 0.230 0.186 0.144 0.071 0.036 123 Y 0.004 0.016 0.019 0.066 0.082 0.099 0.179 0.184 0.183 0.116 0.053 124 K 0.008 0.017 0.012 0.094 0.147 0.178 0.208 0.161 0.109 0.048 0.018 125 K 0.025 0.058 0.033 0.189 0.207 0.176 0.156 0.089 0.043 0.017 0.006 126 A 0.082 0.124 0.092 0.184 0.134 0.106 0.126 0.070 0.043 0.027 0.013 127 T 0.255 0.238 0.077 0.202 0.092 0.055 0.044 0.019 0.010 0.005 0.002 128 G 0.687 0.139 0.025 0.058 0.035 0.021 0.015 0.008 0.006 0.004 0.002 129 L 0.117 0.156 0.046 0.127 0.098 0.089 0.126 0.089 0.071 0.051 0.029 130 P 0.273 0.198 0.055 0.143 0.108 0.080 0.071 0.030 0.022 0.013 0.007 131 G 0.151 0.129 0.048 0.175 0.149 0.131 0.100 0.054 0.035 0.018 0.009 132 G 0.034 0.075 0.036 0.147 0.160 0.158 0.165 0.101 0.063 0.040 0.022 133 A 0.007 0.015 0.017 0.066 0.100 0.124 0.191 0.160 0.151 0.105 0.063 134 Y 0.003 0.006 0.005 0.029 0.056 0.092 0.198 0.210 0.192 0.140 0.068 135 R 0.011 0.036 0.035 0.144 0.173 0.136 0.180 0.131 0.084 0.047 0.025 136 R 0.007 0.009 0.007 0.028 0.040 0.057 0.146 0.175 0.205 0.189 0.137 137 I 0.038 0.068 0.038 0.149 0.152 0.136 0.171 0.104 0.077 0.046 0.022 138 G 0.198 0.149 0.046 0.145 0.114 0.096 0.107 0.061 0.044 0.028 0.013 139 S 0.271 0.155 0.064 0.122 0.087 0.067 0.083 0.053 0.042 0.034 0.022 140 S 0.317 0.192 0.077 0.126 0.085 0.058 0.065 0.032 0.023 0.015 0.009 141 D 0.305 0.227 0.073 0.166 0.099 0.055 0.037 0.017 0.010 0.006 0.003 142 Q 0.127 0.121 0.067 0.166 0.147 0.119 0.114 0.065 0.041 0.022 0.010 143 R 0.200 0.159 0.105 0.209 0.135 0.086 0.061 0.023 0.014 0.006 0.003 144 C 0.032 0.029 0.024 0.054 0.065 0.084 0.161 0.163 0.173 0.136 0.078 145 V 0.084 0.097 0.047 0.130 0.127 0.109 0.126 0.101 0.086 0.058 0.036