# TARGET T0557 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.002 0.015 0.007 0.007 0.963 2 R 0.017 0.021 0.011 0.080 0.015 0.034 0.822 3 S 0.029 0.029 0.028 0.136 0.158 0.073 0.548 4 A 0.020 0.003 0.036 0.180 0.088 0.057 0.616 5 T 0.003 0.002 0.076 0.844 0.015 0.023 0.036 6 D 0.002 0.001 0.077 0.841 0.013 0.039 0.028 7 L 0.001 0.002 0.038 0.908 0.006 0.024 0.021 8 L 0.001 0.001 0.019 0.966 0.002 0.006 0.006 9 D 0.001 0.001 0.051 0.912 0.004 0.024 0.008 10 E 0.002 0.001 0.049 0.864 0.004 0.072 0.009 11 L 0.006 0.007 0.062 0.748 0.018 0.123 0.035 12 N 0.006 0.004 0.049 0.517 0.031 0.288 0.105 13 A 0.018 0.004 0.032 0.283 0.130 0.276 0.257 14 V 0.021 0.013 0.021 0.227 0.249 0.172 0.297 15 D 0.044 0.005 0.035 0.106 0.144 0.226 0.441 16 E 0.123 0.025 0.031 0.167 0.155 0.054 0.445 17 S 0.095 0.016 0.053 0.286 0.090 0.054 0.408 18 A 0.094 0.005 0.063 0.497 0.137 0.076 0.128 19 R 0.172 0.008 0.036 0.585 0.022 0.068 0.109 20 I 0.309 0.008 0.015 0.590 0.013 0.027 0.039 21 E 0.348 0.004 0.011 0.537 0.012 0.020 0.068 22 A 0.453 0.005 0.023 0.368 0.029 0.030 0.092 23 K 0.298 0.013 0.026 0.524 0.036 0.030 0.072 24 R 0.190 0.013 0.031 0.541 0.040 0.075 0.109 25 A 0.063 0.004 0.026 0.506 0.049 0.140 0.212 26 S 0.012 0.002 0.020 0.381 0.084 0.304 0.196 27 D 0.004 0.003 0.031 0.110 0.077 0.358 0.417 28 M 0.006 0.011 0.052 0.117 0.165 0.160 0.490 29 G 0.007 0.006 0.071 0.156 0.075 0.126 0.558 30 K 0.006 0.003 0.096 0.507 0.103 0.146 0.139 31 S 0.009 0.009 0.043 0.754 0.034 0.070 0.082 32 V 0.011 0.005 0.019 0.897 0.009 0.024 0.034 33 M 0.008 0.001 0.010 0.934 0.008 0.014 0.026 34 E 0.015 0.001 0.014 0.933 0.014 0.010 0.014 35 T 0.033 0.001 0.014 0.930 0.004 0.011 0.007 36 V 0.090 0.003 0.007 0.875 0.003 0.014 0.007 37 I 0.141 0.002 0.007 0.817 0.005 0.019 0.010 38 A 0.176 0.002 0.016 0.722 0.008 0.049 0.028 39 F 0.181 0.013 0.033 0.476 0.044 0.136 0.117 40 A 0.109 0.017 0.062 0.237 0.147 0.185 0.243 41 N 0.117 0.031 0.041 0.175 0.153 0.125 0.359 42 E 0.027 0.008 0.021 0.033 0.129 0.030 0.751 43 P 0.013 0.005 0.069 0.054 0.108 0.597 0.155 44 G 0.006 0.006 0.051 0.014 0.074 0.745 0.104 45 L 0.035 0.013 0.024 0.003 0.231 0.080 0.613 46 D 0.039 0.004 0.009 0.002 0.189 0.128 0.629 47 G 0.254 0.006 0.008 0.001 0.330 0.116 0.285 48 G 0.820 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.160 49 Y 0.985 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 50 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 51 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 52 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 53 G 0.871 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.111 54 V 0.615 0.005 0.001 0.001 0.043 0.007 0.327 55 D 0.340 0.010 0.007 0.004 0.138 0.030 0.472 56 W 0.218 0.019 0.069 0.030 0.122 0.218 0.325 57 A 0.228 0.022 0.072 0.029 0.110 0.192 0.346 58 I 0.170 0.035 0.106 0.030 0.144 0.206 0.308 59 N 0.140 0.010 0.074 0.025 0.091 0.387 0.273 60 D 0.162 0.016 0.060 0.017 0.204 0.328 0.214 61 K 0.130 0.018 0.041 0.007 0.197 0.434 0.173 62 G 0.109 0.006 0.022 0.003 0.322 0.269 0.269 63 D 0.234 0.012 0.019 0.003 0.135 0.070 0.528 64 T 0.652 0.044 0.012 0.003 0.045 0.015 0.229 65 V 0.834 0.014 0.003 0.002 0.018 0.005 0.125 66 Y 0.884 0.012 0.001 0.001 0.009 0.003 0.089 67 R 0.829 0.018 0.002 0.002 0.013 0.006 0.130 68 P 0.631 0.016 0.007 0.003 0.030 0.034 0.278 69 V 0.385 0.025 0.013 0.003 0.159 0.116 0.299 70 G 0.227 0.019 0.018 0.002 0.250 0.122 0.361 71 L 0.084 0.024 0.009 0.002 0.260 0.044 0.576 72 P 0.045 0.060 0.005 0.005 0.289 0.055 0.541 73 D 0.008 0.010 0.003 0.004 0.219 0.011 0.745 74 P 0.001 0.001 0.066 0.758 0.013 0.097 0.064 75 D 0.001 0.001 0.029 0.930 0.005 0.028 0.007 76 K 0.001 0.001 0.033 0.943 0.002 0.011 0.010 77 V 0.001 0.001 0.007 0.971 0.002 0.011 0.007 78 Q 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.011 0.003 79 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 81 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.002 85 C 0.001 0.001 0.007 0.939 0.007 0.037 0.009 86 A 0.002 0.002 0.022 0.858 0.011 0.089 0.016 87 S 0.001 0.001 0.024 0.650 0.010 0.304 0.010 88 M 0.003 0.002 0.039 0.391 0.033 0.460 0.074 89 L 0.018 0.019 0.029 0.131 0.195 0.192 0.416 90 N 0.042 0.012 0.015 0.022 0.138 0.080 0.690 91 V 0.067 0.011 0.024 0.035 0.151 0.027 0.685 92 A 0.164 0.015 0.016 0.017 0.072 0.039 0.676 93 L 0.210 0.067 0.010 0.018 0.066 0.023 0.605 94 R 0.152 0.010 0.003 0.003 0.033 0.007 0.792 95 P 0.229 0.005 0.013 0.004 0.158 0.072 0.520 96 E 0.728 0.007 0.008 0.002 0.060 0.055 0.140 97 M 0.896 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.090 98 Q 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 99 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 100 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 101 Q 0.902 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.088 102 V 0.749 0.012 0.007 0.001 0.028 0.032 0.171 103 G 0.115 0.002 0.006 0.001 0.129 0.666 0.082 104 G 0.037 0.001 0.003 0.001 0.170 0.734 0.057 105 K 0.398 0.004 0.001 0.001 0.122 0.017 0.457 106 T 0.946 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.034 107 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 108 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 109 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 110 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 111 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 112 V 0.907 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.084 113 P 0.572 0.004 0.001 0.001 0.060 0.006 0.357 114 E 0.210 0.011 0.020 0.002 0.197 0.059 0.502 115 A 0.071 0.021 0.060 0.007 0.373 0.103 0.366 116 D 0.043 0.010 0.065 0.008 0.172 0.098 0.603 117 V 0.037 0.015 0.167 0.030 0.113 0.313 0.325 118 T 0.077 0.012 0.064 0.020 0.153 0.462 0.212 119 H 0.126 0.006 0.020 0.010 0.427 0.142 0.269 120 K 0.406 0.009 0.002 0.005 0.126 0.007 0.445 121 P 0.708 0.012 0.002 0.006 0.018 0.004 0.250 122 I 0.925 0.015 0.002 0.005 0.009 0.003 0.042 123 Y 0.945 0.006 0.001 0.005 0.007 0.002 0.033 124 K 0.876 0.008 0.004 0.006 0.023 0.007 0.076 125 K 0.638 0.011 0.018 0.010 0.081 0.035 0.207 126 A 0.354 0.015 0.048 0.012 0.166 0.119 0.284 127 T 0.116 0.013 0.049 0.008 0.088 0.623 0.103 128 G 0.041 0.004 0.035 0.004 0.175 0.524 0.217 129 L 0.141 0.032 0.021 0.003 0.203 0.051 0.549 130 P 0.142 0.042 0.056 0.005 0.158 0.433 0.164 131 G 0.074 0.003 0.035 0.001 0.199 0.582 0.106 132 G 0.434 0.011 0.025 0.001 0.117 0.059 0.353 133 A 0.775 0.017 0.007 0.001 0.029 0.008 0.163 134 Y 0.931 0.006 0.002 0.001 0.008 0.003 0.048 135 R 0.961 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.029 136 R 0.959 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 0.025 137 I 0.828 0.013 0.001 0.004 0.019 0.022 0.114 138 G 0.385 0.008 0.004 0.003 0.176 0.183 0.240 139 S 0.127 0.014 0.016 0.004 0.200 0.458 0.181 140 S 0.066 0.009 0.025 0.005 0.243 0.530 0.123 141 D 0.112 0.011 0.045 0.011 0.301 0.213 0.307 142 Q 0.219 0.037 0.046 0.014 0.308 0.036 0.341 143 R 0.237 0.033 0.040 0.010 0.140 0.060 0.480 144 C 0.174 0.049 0.010 0.007 0.031 0.015 0.714 145 V 0.031 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.955