# TARGET T0557 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.305 0.137 0.186 0.189 0.053 0.033 0.049 0.018 0.018 0.011 0.001 2 R 0.264 0.231 0.190 0.130 0.040 0.064 0.037 0.004 0.034 0.004 0.001 3 S 0.196 0.189 0.339 0.105 0.084 0.037 0.016 0.005 0.018 0.009 0.001 4 A 0.172 0.119 0.402 0.048 0.047 0.128 0.011 0.003 0.059 0.010 0.002 5 T 0.951 0.005 0.010 0.027 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.929 0.003 0.009 0.040 0.001 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 7 L 0.952 0.002 0.004 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 L 0.981 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.959 0.002 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.892 0.007 0.015 0.081 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.784 0.027 0.033 0.121 0.006 0.008 0.011 0.003 0.006 0.001 0.001 13 A 0.430 0.055 0.080 0.330 0.014 0.021 0.048 0.009 0.008 0.004 0.001 14 V 0.223 0.243 0.297 0.138 0.040 0.020 0.007 0.002 0.028 0.002 0.001 15 D 0.115 0.070 0.304 0.113 0.058 0.120 0.142 0.026 0.043 0.009 0.002 16 E 0.330 0.183 0.218 0.150 0.040 0.042 0.014 0.003 0.016 0.003 0.001 17 S 0.299 0.197 0.218 0.144 0.099 0.013 0.005 0.010 0.007 0.007 0.001 18 A 0.398 0.205 0.127 0.122 0.097 0.012 0.018 0.007 0.011 0.003 0.001 19 R 0.155 0.550 0.197 0.027 0.041 0.018 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 20 I 0.112 0.725 0.092 0.013 0.023 0.015 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 21 E 0.152 0.619 0.155 0.011 0.031 0.017 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 22 A 0.190 0.469 0.243 0.011 0.051 0.022 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 23 K 0.383 0.365 0.142 0.033 0.033 0.020 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 24 R 0.323 0.346 0.180 0.067 0.033 0.020 0.005 0.002 0.022 0.002 0.001 25 A 0.362 0.218 0.203 0.105 0.038 0.032 0.010 0.003 0.022 0.005 0.001 26 S 0.625 0.099 0.123 0.068 0.035 0.010 0.012 0.003 0.009 0.016 0.001 27 D 0.469 0.023 0.070 0.215 0.011 0.053 0.125 0.009 0.021 0.002 0.002 28 M 0.402 0.047 0.128 0.362 0.007 0.012 0.024 0.003 0.013 0.002 0.001 29 G 0.374 0.020 0.106 0.075 0.020 0.008 0.116 0.176 0.003 0.100 0.001 30 K 0.703 0.039 0.091 0.101 0.010 0.016 0.026 0.006 0.004 0.004 0.001 31 S 0.653 0.069 0.152 0.062 0.017 0.022 0.009 0.004 0.010 0.003 0.001 32 V 0.953 0.009 0.012 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 M 0.967 0.004 0.012 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.974 0.005 0.005 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.946 0.018 0.011 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.914 0.050 0.015 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 I 0.940 0.034 0.008 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 A 0.906 0.053 0.014 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 F 0.782 0.056 0.029 0.105 0.007 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 40 A 0.480 0.123 0.128 0.205 0.018 0.021 0.009 0.003 0.012 0.001 0.001 41 N 0.180 0.041 0.120 0.367 0.035 0.067 0.128 0.023 0.025 0.013 0.001 42 E 0.039 0.272 0.343 0.007 0.092 0.023 0.036 0.003 0.170 0.014 0.001 43 P 0.210 0.008 0.647 0.032 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 44 G 0.148 0.031 0.117 0.088 0.066 0.019 0.087 0.360 0.010 0.073 0.001 45 L 0.195 0.134 0.176 0.210 0.028 0.095 0.109 0.008 0.040 0.004 0.002 46 D 0.125 0.105 0.239 0.303 0.040 0.017 0.134 0.010 0.020 0.004 0.002 47 G 0.019 0.006 0.046 0.024 0.081 0.001 0.032 0.597 0.001 0.194 0.001 48 G 0.018 0.072 0.479 0.018 0.232 0.005 0.009 0.045 0.002 0.116 0.005 49 Y 0.003 0.681 0.203 0.004 0.092 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 50 L 0.002 0.801 0.158 0.001 0.012 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 51 L 0.002 0.815 0.111 0.001 0.005 0.040 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 52 L 0.006 0.760 0.106 0.005 0.016 0.042 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 53 G 0.008 0.105 0.199 0.010 0.524 0.027 0.037 0.034 0.008 0.048 0.001 54 V 0.090 0.617 0.165 0.040 0.054 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 55 D 0.325 0.082 0.189 0.247 0.048 0.058 0.016 0.003 0.018 0.013 0.001 56 W 0.363 0.182 0.151 0.124 0.121 0.013 0.014 0.007 0.016 0.008 0.001 57 A 0.254 0.200 0.273 0.150 0.039 0.026 0.009 0.011 0.028 0.005 0.005 58 I 0.213 0.202 0.339 0.075 0.037 0.043 0.034 0.009 0.041 0.006 0.002 59 N 0.281 0.126 0.241 0.169 0.031 0.056 0.049 0.009 0.028 0.009 0.001 60 D 0.155 0.073 0.113 0.316 0.018 0.131 0.102 0.009 0.078 0.003 0.002 61 K 0.129 0.055 0.124 0.517 0.012 0.019 0.117 0.005 0.019 0.002 0.001 62 G 0.030 0.009 0.056 0.030 0.063 0.002 0.059 0.476 0.001 0.274 0.001 63 D 0.097 0.237 0.307 0.238 0.043 0.032 0.016 0.003 0.023 0.002 0.001 64 T 0.023 0.471 0.356 0.024 0.089 0.015 0.006 0.002 0.012 0.002 0.001 65 V 0.013 0.684 0.214 0.022 0.022 0.028 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 66 Y 0.006 0.552 0.342 0.006 0.063 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 67 R 0.001 0.763 0.083 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.130 0.001 0.001 68 P 0.010 0.013 0.929 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 69 V 0.072 0.347 0.299 0.113 0.046 0.037 0.029 0.002 0.053 0.001 0.001 70 G 0.012 0.010 0.051 0.016 0.100 0.005 0.082 0.369 0.001 0.353 0.001 71 L 0.023 0.416 0.424 0.005 0.060 0.010 0.003 0.001 0.056 0.001 0.001 72 P 0.148 0.010 0.685 0.047 0.001 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 73 D 0.003 0.164 0.356 0.004 0.035 0.137 0.003 0.001 0.298 0.001 0.001 74 P 0.954 0.002 0.015 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 D 0.902 0.002 0.010 0.073 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 76 K 0.948 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.959 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.985 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.958 0.001 0.003 0.029 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 L 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.973 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 C 0.960 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.958 0.002 0.005 0.027 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.692 0.004 0.010 0.286 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 M 0.439 0.013 0.039 0.389 0.005 0.017 0.074 0.010 0.015 0.001 0.001 89 L 0.098 0.282 0.340 0.161 0.019 0.050 0.012 0.003 0.035 0.001 0.001 90 N 0.062 0.166 0.172 0.143 0.026 0.119 0.243 0.005 0.060 0.004 0.001 91 V 0.028 0.511 0.351 0.009 0.047 0.015 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 92 A 0.031 0.149 0.670 0.007 0.002 0.111 0.002 0.001 0.023 0.001 0.004 93 L 0.040 0.426 0.415 0.019 0.023 0.054 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 94 R 0.007 0.386 0.183 0.002 0.027 0.039 0.014 0.001 0.341 0.001 0.001 95 P 0.064 0.021 0.844 0.008 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 96 E 0.027 0.501 0.256 0.032 0.091 0.058 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 97 M 0.010 0.636 0.260 0.009 0.058 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 98 Q 0.004 0.743 0.127 0.005 0.051 0.024 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 99 L 0.004 0.338 0.581 0.001 0.011 0.052 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 100 E 0.013 0.803 0.083 0.009 0.039 0.020 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 101 Q 0.010 0.279 0.657 0.003 0.012 0.031 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 102 V 0.062 0.559 0.115 0.074 0.029 0.028 0.009 0.002 0.121 0.001 0.001 103 G 0.008 0.009 0.063 0.013 0.031 0.003 0.565 0.036 0.007 0.266 0.001 104 G 0.005 0.001 0.014 0.012 0.015 0.001 0.063 0.806 0.001 0.082 0.001 105 K 0.019 0.406 0.461 0.029 0.055 0.012 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 106 T 0.006 0.350 0.577 0.006 0.009 0.039 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 107 L 0.001 0.841 0.123 0.001 0.020 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 L 0.001 0.791 0.165 0.002 0.014 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 109 V 0.001 0.846 0.128 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 110 V 0.001 0.890 0.064 0.001 0.016 0.012 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 111 Y 0.001 0.596 0.333 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 112 V 0.002 0.517 0.279 0.001 0.005 0.060 0.001 0.001 0.134 0.001 0.001 113 P 0.012 0.027 0.912 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 114 E 0.282 0.084 0.448 0.099 0.010 0.046 0.006 0.002 0.011 0.001 0.012 115 A 0.219 0.144 0.267 0.064 0.200 0.013 0.014 0.020 0.010 0.048 0.001 116 D 0.102 0.102 0.499 0.094 0.059 0.078 0.012 0.005 0.041 0.005 0.003 117 V 0.692 0.066 0.069 0.114 0.012 0.016 0.012 0.006 0.011 0.002 0.001 118 T 0.375 0.098 0.094 0.374 0.011 0.018 0.016 0.003 0.008 0.002 0.001 119 H 0.103 0.140 0.160 0.267 0.044 0.034 0.180 0.020 0.047 0.004 0.001 120 K 0.008 0.398 0.416 0.001 0.011 0.022 0.008 0.001 0.136 0.001 0.001 121 P 0.016 0.008 0.940 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 122 I 0.069 0.626 0.173 0.029 0.045 0.033 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 123 Y 0.020 0.586 0.284 0.007 0.044 0.036 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 124 K 0.028 0.666 0.175 0.029 0.046 0.024 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 125 K 0.045 0.312 0.500 0.022 0.057 0.032 0.008 0.003 0.017 0.003 0.001 126 A 0.169 0.417 0.168 0.050 0.058 0.041 0.013 0.012 0.061 0.010 0.001 127 T 0.085 0.105 0.189 0.337 0.021 0.028 0.188 0.003 0.038 0.005 0.001 128 G 0.012 0.002 0.048 0.013 0.017 0.002 0.067 0.555 0.001 0.284 0.001 129 L 0.018 0.388 0.508 0.002 0.013 0.009 0.002 0.001 0.060 0.001 0.001 130 P 0.030 0.003 0.893 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 131 G 0.025 0.021 0.116 0.032 0.100 0.003 0.087 0.562 0.001 0.054 0.001 132 G 0.054 0.107 0.228 0.040 0.327 0.005 0.038 0.102 0.004 0.094 0.001 133 A 0.011 0.607 0.245 0.021 0.097 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 134 Y 0.005 0.757 0.107 0.007 0.102 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 135 R 0.002 0.887 0.047 0.002 0.045 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 136 R 0.006 0.527 0.374 0.001 0.012 0.058 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 137 I 0.041 0.615 0.174 0.053 0.034 0.032 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 138 G 0.013 0.083 0.134 0.010 0.485 0.006 0.030 0.056 0.008 0.175 0.001 139 S 0.207 0.165 0.281 0.158 0.123 0.020 0.008 0.012 0.009 0.016 0.002 140 S 0.325 0.145 0.138 0.234 0.107 0.008 0.009 0.008 0.005 0.022 0.001 141 D 0.135 0.211 0.185 0.260 0.107 0.035 0.029 0.007 0.026 0.004 0.001 142 Q 0.046 0.558 0.233 0.020 0.051 0.019 0.007 0.001 0.064 0.001 0.001 143 R 0.103 0.147 0.648 0.016 0.005 0.057 0.003 0.001 0.016 0.001 0.004 144 C 0.144 0.300 0.288 0.095 0.043 0.070 0.015 0.004 0.039 0.002 0.002 145 V 0.116 0.388 0.238 0.082 0.088 0.034 0.013 0.004 0.030 0.006 0.001