# TARGET T0557 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.107 0.032 0.011 0.108 0.011 0.026 0.387 0.113 0.114 0.034 2 R 0.058 0.097 0.030 0.006 0.114 0.013 0.041 0.396 0.108 0.090 0.047 3 S 0.038 0.196 0.107 0.008 0.085 0.007 0.022 0.301 0.108 0.101 0.027 4 A 0.032 0.199 0.095 0.005 0.071 0.002 0.007 0.396 0.091 0.085 0.017 5 T 0.002 0.017 0.005 0.001 0.007 0.002 0.006 0.781 0.166 0.010 0.002 6 D 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.895 0.071 0.014 0.002 7 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.895 0.061 0.037 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.910 0.084 0.004 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.917 0.073 0.002 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.915 0.056 0.014 0.001 11 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.864 0.099 0.019 0.001 12 N 0.005 0.011 0.005 0.001 0.004 0.002 0.022 0.705 0.191 0.049 0.006 13 A 0.008 0.012 0.005 0.002 0.010 0.008 0.092 0.592 0.147 0.118 0.007 14 V 0.006 0.716 0.150 0.004 0.105 0.002 0.003 0.006 0.002 0.004 0.002 15 D 0.173 0.021 0.030 0.018 0.040 0.007 0.010 0.045 0.026 0.212 0.418 16 E 0.079 0.120 0.035 0.024 0.116 0.035 0.082 0.297 0.099 0.081 0.029 17 S 0.051 0.324 0.080 0.033 0.206 0.017 0.013 0.124 0.053 0.071 0.028 18 A 0.060 0.072 0.023 0.019 0.098 0.022 0.034 0.405 0.127 0.107 0.034 19 R 0.153 0.126 0.032 0.007 0.345 0.008 0.025 0.206 0.031 0.035 0.033 20 I 0.227 0.088 0.018 0.007 0.291 0.006 0.009 0.223 0.040 0.040 0.052 21 E 0.200 0.080 0.018 0.005 0.264 0.009 0.021 0.290 0.034 0.031 0.049 22 A 0.157 0.124 0.027 0.007 0.246 0.005 0.015 0.252 0.061 0.061 0.045 23 K 0.097 0.144 0.039 0.006 0.214 0.017 0.061 0.320 0.056 0.025 0.021 24 R 0.097 0.177 0.110 0.017 0.144 0.010 0.038 0.231 0.072 0.057 0.046 25 A 0.109 0.079 0.040 0.022 0.120 0.023 0.041 0.261 0.160 0.085 0.060 26 S 0.011 0.211 0.094 0.039 0.039 0.076 0.102 0.309 0.102 0.013 0.005 27 D 0.039 0.022 0.011 0.010 0.029 0.013 0.080 0.166 0.113 0.424 0.094 28 M 0.056 0.313 0.231 0.030 0.095 0.018 0.043 0.062 0.041 0.079 0.031 29 G 0.051 0.079 0.066 0.080 0.070 0.044 0.020 0.276 0.144 0.093 0.079 30 K 0.012 0.066 0.018 0.010 0.033 0.041 0.068 0.521 0.186 0.036 0.008 31 S 0.042 0.027 0.015 0.005 0.049 0.006 0.038 0.576 0.118 0.105 0.019 32 V 0.009 0.006 0.003 0.001 0.012 0.003 0.009 0.743 0.175 0.036 0.003 33 M 0.007 0.009 0.002 0.001 0.020 0.001 0.006 0.836 0.109 0.006 0.003 34 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.950 0.026 0.001 0.001 35 T 0.014 0.010 0.002 0.002 0.045 0.003 0.021 0.852 0.040 0.008 0.002 36 V 0.062 0.010 0.001 0.001 0.076 0.002 0.009 0.792 0.038 0.005 0.005 37 I 0.047 0.025 0.002 0.002 0.092 0.004 0.016 0.685 0.091 0.025 0.011 38 A 0.044 0.028 0.003 0.002 0.063 0.007 0.065 0.668 0.071 0.034 0.015 39 F 0.063 0.042 0.011 0.009 0.064 0.014 0.113 0.361 0.136 0.153 0.035 40 A 0.038 0.130 0.050 0.031 0.100 0.040 0.097 0.298 0.119 0.076 0.022 41 N 0.045 0.089 0.053 0.054 0.065 0.056 0.065 0.126 0.118 0.282 0.048 42 E 0.059 0.242 0.183 0.040 0.175 0.020 0.034 0.089 0.079 0.050 0.028 43 P 0.012 0.125 0.130 0.062 0.045 0.086 0.081 0.221 0.178 0.050 0.009 44 G 0.035 0.037 0.031 0.052 0.022 0.041 0.129 0.148 0.122 0.285 0.098 45 L 0.134 0.106 0.096 0.045 0.129 0.043 0.045 0.060 0.074 0.128 0.142 46 D 0.003 0.048 0.052 0.086 0.014 0.161 0.411 0.135 0.061 0.024 0.003 47 G 0.053 0.041 0.044 0.040 0.035 0.008 0.006 0.013 0.041 0.532 0.187 48 G 0.195 0.174 0.046 0.045 0.403 0.015 0.005 0.005 0.007 0.041 0.063 49 Y 0.081 0.109 0.006 0.001 0.797 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 50 L 0.208 0.040 0.001 0.001 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 51 L 0.440 0.015 0.002 0.002 0.482 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 52 L 0.142 0.064 0.031 0.063 0.229 0.058 0.111 0.043 0.013 0.088 0.157 53 G 0.195 0.121 0.079 0.019 0.187 0.006 0.003 0.005 0.007 0.194 0.184 54 V 0.118 0.300 0.076 0.012 0.336 0.009 0.010 0.015 0.029 0.042 0.053 55 D 0.221 0.147 0.076 0.009 0.396 0.008 0.013 0.015 0.017 0.036 0.063 56 W 0.179 0.164 0.042 0.011 0.223 0.012 0.023 0.082 0.128 0.083 0.053 57 A 0.067 0.140 0.074 0.043 0.139 0.053 0.077 0.158 0.090 0.123 0.035 58 I 0.066 0.136 0.052 0.040 0.125 0.038 0.070 0.143 0.131 0.153 0.047 59 N 0.056 0.121 0.192 0.075 0.088 0.043 0.045 0.134 0.092 0.106 0.049 60 D 0.085 0.107 0.090 0.030 0.114 0.031 0.066 0.201 0.111 0.116 0.049 61 K 0.038 0.206 0.106 0.105 0.075 0.071 0.145 0.103 0.058 0.064 0.030 62 G 0.031 0.041 0.057 0.118 0.030 0.049 0.024 0.040 0.069 0.443 0.098 63 D 0.128 0.148 0.046 0.020 0.253 0.019 0.052 0.054 0.066 0.158 0.056 64 T 0.266 0.121 0.021 0.004 0.389 0.003 0.004 0.018 0.027 0.060 0.087 65 V 0.102 0.270 0.056 0.006 0.489 0.007 0.016 0.020 0.013 0.011 0.011 66 Y 0.407 0.082 0.022 0.004 0.356 0.004 0.006 0.007 0.006 0.023 0.082 67 R 0.086 0.297 0.183 0.032 0.285 0.015 0.024 0.035 0.009 0.009 0.023 68 P 0.192 0.198 0.095 0.015 0.244 0.015 0.019 0.054 0.046 0.055 0.068 69 V 0.052 0.194 0.098 0.062 0.153 0.048 0.115 0.103 0.099 0.049 0.027 70 G 0.099 0.083 0.102 0.057 0.107 0.023 0.013 0.061 0.075 0.283 0.095 71 L 0.043 0.368 0.114 0.012 0.205 0.008 0.024 0.113 0.059 0.043 0.013 72 P 0.020 0.150 0.173 0.052 0.068 0.112 0.193 0.097 0.050 0.066 0.018 73 D 0.363 0.087 0.041 0.001 0.397 0.001 0.002 0.008 0.003 0.005 0.093 74 P 0.005 0.021 0.005 0.001 0.014 0.001 0.002 0.556 0.364 0.028 0.004 75 D 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.005 0.023 0.802 0.121 0.028 0.003 76 K 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.873 0.065 0.039 0.003 77 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.039 0.015 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.027 0.002 0.001 79 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.970 0.015 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.014 0.011 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.031 0.009 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.010 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.973 0.019 0.002 0.001 85 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.087 0.016 0.001 86 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.782 0.183 0.009 0.001 87 S 0.001 0.012 0.009 0.006 0.005 0.008 0.135 0.630 0.135 0.056 0.002 88 M 0.012 0.015 0.006 0.004 0.017 0.017 0.161 0.410 0.157 0.190 0.012 89 L 0.147 0.179 0.041 0.012 0.211 0.012 0.028 0.098 0.067 0.124 0.081 90 N 0.157 0.110 0.052 0.028 0.201 0.028 0.037 0.094 0.083 0.131 0.078 91 V 0.048 0.392 0.154 0.006 0.232 0.003 0.009 0.065 0.050 0.027 0.014 92 A 0.102 0.289 0.089 0.004 0.296 0.007 0.025 0.079 0.042 0.043 0.024 93 L 0.143 0.269 0.094 0.006 0.340 0.007 0.023 0.027 0.020 0.034 0.038 94 R 0.153 0.229 0.132 0.017 0.342 0.011 0.023 0.027 0.012 0.013 0.041 95 P 0.137 0.292 0.058 0.004 0.351 0.006 0.010 0.032 0.038 0.037 0.035 96 E 0.251 0.134 0.024 0.003 0.454 0.004 0.021 0.011 0.014 0.044 0.038 97 M 0.438 0.064 0.006 0.001 0.410 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 0.063 98 Q 0.107 0.225 0.052 0.003 0.591 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 0.009 99 L 0.587 0.023 0.003 0.001 0.268 0.002 0.004 0.001 0.002 0.012 0.097 100 E 0.046 0.456 0.060 0.006 0.411 0.008 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 101 Q 0.557 0.042 0.014 0.001 0.295 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.077 102 V 0.015 0.005 0.013 0.526 0.007 0.358 0.027 0.019 0.013 0.008 0.009 103 G 0.001 0.004 0.018 0.799 0.001 0.092 0.060 0.022 0.004 0.001 0.001 104 G 0.004 0.006 0.017 0.041 0.002 0.008 0.003 0.009 0.026 0.822 0.063 105 K 0.014 0.670 0.063 0.001 0.233 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.002 106 T 0.468 0.024 0.003 0.001 0.456 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.039 107 L 0.194 0.100 0.010 0.004 0.677 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 108 L 0.141 0.043 0.002 0.001 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 109 V 0.319 0.036 0.003 0.001 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 110 V 0.141 0.116 0.005 0.001 0.712 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 111 Y 0.401 0.056 0.010 0.001 0.423 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.099 112 V 0.025 0.362 0.395 0.063 0.114 0.008 0.006 0.009 0.005 0.006 0.007 113 P 0.010 0.472 0.318 0.038 0.085 0.014 0.022 0.027 0.009 0.003 0.002 114 E 0.097 0.121 0.050 0.009 0.111 0.018 0.054 0.135 0.205 0.123 0.077 115 A 0.021 0.259 0.234 0.066 0.086 0.060 0.045 0.073 0.065 0.071 0.022 116 D 0.144 0.225 0.093 0.015 0.277 0.007 0.019 0.068 0.050 0.065 0.038 117 V 0.025 0.039 0.017 0.005 0.033 0.015 0.029 0.258 0.438 0.124 0.017 118 T 0.028 0.113 0.048 0.026 0.080 0.030 0.134 0.261 0.133 0.121 0.026 119 H 0.104 0.074 0.056 0.014 0.087 0.007 0.015 0.029 0.054 0.450 0.110 120 K 0.014 0.540 0.309 0.003 0.122 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 121 P 0.335 0.136 0.021 0.001 0.433 0.001 0.004 0.007 0.005 0.007 0.049 122 I 0.171 0.220 0.053 0.007 0.450 0.015 0.024 0.019 0.010 0.010 0.020 123 Y 0.156 0.243 0.029 0.001 0.530 0.001 0.004 0.008 0.003 0.005 0.020 124 K 0.143 0.214 0.031 0.004 0.513 0.007 0.008 0.021 0.009 0.025 0.025 125 K 0.140 0.223 0.200 0.012 0.211 0.005 0.023 0.095 0.031 0.022 0.039 126 A 0.029 0.053 0.062 0.083 0.043 0.084 0.131 0.300 0.138 0.055 0.022 127 T 0.002 0.533 0.258 0.112 0.037 0.016 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 128 G 0.022 0.004 0.010 0.022 0.005 0.009 0.003 0.006 0.015 0.564 0.340 129 L 0.020 0.382 0.435 0.014 0.125 0.005 0.005 0.005 0.002 0.003 0.004 130 P 0.029 0.081 0.055 0.077 0.062 0.192 0.359 0.103 0.022 0.010 0.011 131 G 0.029 0.042 0.073 0.213 0.022 0.046 0.026 0.016 0.047 0.401 0.085 132 G 0.084 0.178 0.160 0.105 0.201 0.045 0.012 0.018 0.030 0.117 0.052 133 A 0.187 0.171 0.024 0.003 0.534 0.003 0.006 0.012 0.011 0.017 0.032 134 Y 0.275 0.133 0.021 0.003 0.511 0.004 0.007 0.005 0.003 0.008 0.031 135 R 0.215 0.168 0.023 0.003 0.537 0.004 0.007 0.008 0.003 0.008 0.023 136 R 0.381 0.096 0.042 0.005 0.369 0.006 0.007 0.008 0.004 0.015 0.068 137 I 0.142 0.135 0.049 0.081 0.178 0.120 0.076 0.047 0.030 0.067 0.075 138 G 0.046 0.106 0.170 0.300 0.077 0.060 0.022 0.030 0.035 0.109 0.045 139 S 0.085 0.105 0.092 0.072 0.141 0.028 0.025 0.102 0.129 0.162 0.059 140 S 0.013 0.061 0.024 0.023 0.037 0.041 0.128 0.341 0.247 0.073 0.011 141 D 0.087 0.037 0.020 0.008 0.076 0.007 0.021 0.055 0.105 0.473 0.109 142 Q 0.056 0.417 0.164 0.007 0.249 0.004 0.008 0.043 0.025 0.018 0.011 143 R 0.257 0.142 0.035 0.004 0.351 0.005 0.016 0.050 0.024 0.029 0.085 144 C 0.221 0.162 0.046 0.013 0.307 0.016 0.026 0.060 0.042 0.044 0.063 145 V 0.105 0.272 0.096 0.019 0.290 0.016 0.021 0.067 0.034 0.045 0.036