# TARGET T0557 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 876 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.465 0.265 0.142 0.083 0.034 0.010 0.001 2 R 0.412 0.248 0.159 0.110 0.054 0.016 0.001 3 S 0.458 0.250 0.141 0.096 0.042 0.012 0.001 4 A 0.567 0.246 0.110 0.053 0.019 0.004 0.001 5 T 0.462 0.274 0.172 0.072 0.018 0.002 0.001 6 D 0.605 0.301 0.075 0.016 0.003 0.001 0.001 7 L 0.225 0.243 0.256 0.205 0.063 0.008 0.001 8 L 0.103 0.100 0.187 0.321 0.244 0.045 0.001 9 D 0.495 0.350 0.120 0.031 0.004 0.001 0.001 10 E 0.459 0.336 0.144 0.049 0.010 0.001 0.001 11 L 0.086 0.134 0.224 0.313 0.201 0.042 0.001 12 N 0.164 0.251 0.269 0.209 0.088 0.017 0.001 13 A 0.658 0.215 0.074 0.036 0.013 0.003 0.001 14 V 0.431 0.270 0.166 0.087 0.035 0.010 0.001 15 D 0.579 0.264 0.086 0.046 0.017 0.007 0.001 16 E 0.210 0.184 0.194 0.212 0.145 0.051 0.005 17 S 0.265 0.209 0.199 0.168 0.112 0.042 0.005 18 A 0.319 0.327 0.194 0.107 0.038 0.013 0.002 19 R 0.163 0.235 0.243 0.205 0.114 0.036 0.004 20 I 0.055 0.084 0.157 0.270 0.272 0.141 0.020 21 E 0.120 0.221 0.234 0.220 0.136 0.061 0.009 22 A 0.102 0.148 0.195 0.255 0.200 0.090 0.010 23 K 0.076 0.160 0.233 0.291 0.187 0.050 0.003 24 R 0.263 0.295 0.233 0.139 0.057 0.011 0.001 25 A 0.434 0.337 0.158 0.056 0.013 0.002 0.001 26 S 0.569 0.275 0.104 0.040 0.010 0.001 0.001 27 D 0.689 0.194 0.064 0.036 0.013 0.003 0.001 28 M 0.423 0.282 0.173 0.091 0.026 0.004 0.001 29 G 0.337 0.324 0.198 0.108 0.029 0.004 0.001 30 K 0.385 0.332 0.185 0.074 0.021 0.003 0.001 31 S 0.154 0.439 0.281 0.095 0.027 0.004 0.001 32 V 0.005 0.019 0.066 0.269 0.452 0.180 0.007 33 M 0.003 0.028 0.099 0.270 0.374 0.206 0.020 34 E 0.002 0.016 0.050 0.162 0.326 0.374 0.070 35 T 0.001 0.002 0.011 0.067 0.231 0.455 0.234 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.254 0.723 37 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.164 0.817 38 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.198 0.772 39 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.255 0.714 40 A 0.001 0.001 0.005 0.027 0.127 0.445 0.394 41 N 0.001 0.005 0.023 0.102 0.298 0.444 0.127 42 E 0.016 0.092 0.175 0.247 0.278 0.161 0.030 43 P 0.039 0.169 0.251 0.272 0.179 0.082 0.008 44 G 0.128 0.227 0.242 0.227 0.133 0.040 0.003 45 L 0.110 0.152 0.222 0.261 0.186 0.063 0.007 46 D 0.372 0.322 0.159 0.093 0.041 0.012 0.002 47 G 0.090 0.252 0.282 0.219 0.107 0.041 0.011 48 G 0.004 0.025 0.071 0.199 0.330 0.313 0.059 49 Y 0.001 0.005 0.029 0.127 0.338 0.367 0.134 50 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.401 0.550 51 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.051 0.343 0.595 52 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.288 0.669 53 G 0.001 0.005 0.019 0.077 0.208 0.383 0.309 54 V 0.001 0.008 0.031 0.125 0.307 0.404 0.124 55 D 0.047 0.225 0.264 0.223 0.140 0.082 0.019 56 W 0.039 0.113 0.238 0.332 0.225 0.050 0.002 57 A 0.478 0.322 0.134 0.050 0.013 0.002 0.001 58 I 0.391 0.302 0.187 0.092 0.026 0.003 0.001 59 N 0.525 0.284 0.130 0.049 0.011 0.001 0.001 60 D 0.770 0.175 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 61 K 0.797 0.152 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 62 G 0.629 0.230 0.094 0.039 0.008 0.001 0.001 63 D 0.574 0.305 0.089 0.026 0.005 0.001 0.001 64 T 0.108 0.177 0.289 0.285 0.119 0.022 0.001 65 V 0.079 0.287 0.340 0.206 0.072 0.016 0.001 66 Y 0.023 0.038 0.093 0.231 0.375 0.218 0.022 67 R 0.046 0.117 0.205 0.303 0.231 0.087 0.010 68 P 0.034 0.095 0.165 0.235 0.245 0.193 0.033 69 V 0.024 0.055 0.125 0.288 0.330 0.165 0.014 70 G 0.148 0.295 0.274 0.169 0.082 0.030 0.003 71 L 0.094 0.161 0.252 0.299 0.156 0.037 0.002 72 P 0.543 0.282 0.103 0.047 0.020 0.004 0.001 73 D 0.434 0.312 0.172 0.065 0.015 0.002 0.001 74 P 0.284 0.320 0.209 0.132 0.045 0.010 0.001 75 D 0.635 0.253 0.076 0.026 0.008 0.002 0.001 76 K 0.405 0.353 0.155 0.064 0.020 0.004 0.001 77 V 0.025 0.074 0.177 0.369 0.285 0.069 0.002 78 Q 0.051 0.220 0.311 0.277 0.116 0.024 0.001 79 R 0.372 0.436 0.154 0.032 0.005 0.001 0.001 80 D 0.079 0.258 0.363 0.226 0.065 0.008 0.001 81 L 0.007 0.008 0.025 0.145 0.442 0.360 0.014 82 A 0.019 0.115 0.309 0.370 0.154 0.033 0.001 83 S 0.237 0.514 0.184 0.052 0.010 0.002 0.001 84 Q 0.027 0.106 0.264 0.373 0.188 0.040 0.001 85 C 0.013 0.020 0.054 0.182 0.415 0.302 0.015 86 A 0.136 0.303 0.319 0.184 0.051 0.007 0.001 87 S 0.433 0.415 0.114 0.031 0.006 0.001 0.001 88 M 0.117 0.220 0.274 0.246 0.113 0.027 0.002 89 L 0.053 0.098 0.189 0.320 0.250 0.084 0.005 90 N 0.272 0.402 0.209 0.084 0.026 0.006 0.001 91 V 0.063 0.092 0.154 0.278 0.274 0.124 0.013 92 A 0.087 0.239 0.256 0.207 0.131 0.069 0.011 93 L 0.021 0.041 0.092 0.227 0.338 0.247 0.035 94 R 0.066 0.204 0.283 0.237 0.136 0.062 0.012 95 P 0.029 0.054 0.095 0.207 0.315 0.260 0.040 96 E 0.096 0.241 0.267 0.210 0.115 0.058 0.013 97 M 0.026 0.054 0.119 0.263 0.340 0.181 0.017 98 Q 0.124 0.250 0.269 0.206 0.106 0.040 0.005 99 L 0.089 0.217 0.255 0.235 0.150 0.050 0.004 100 E 0.188 0.309 0.265 0.160 0.063 0.014 0.001 101 Q 0.231 0.405 0.229 0.103 0.028 0.005 0.001 102 V 0.105 0.150 0.265 0.311 0.148 0.020 0.001 103 G 0.685 0.237 0.059 0.016 0.003 0.001 0.001 104 G 0.608 0.291 0.081 0.018 0.002 0.001 0.001 105 K 0.043 0.175 0.315 0.317 0.132 0.018 0.001 106 T 0.022 0.131 0.262 0.311 0.211 0.060 0.003 107 L 0.001 0.006 0.029 0.106 0.313 0.461 0.085 108 L 0.001 0.001 0.005 0.024 0.147 0.609 0.214 109 V 0.001 0.004 0.031 0.130 0.283 0.380 0.173 110 V 0.001 0.001 0.001 0.011 0.095 0.550 0.342 111 Y 0.001 0.024 0.111 0.302 0.318 0.217 0.027 112 V 0.001 0.013 0.051 0.190 0.415 0.302 0.028 113 P 0.054 0.262 0.354 0.227 0.081 0.019 0.002 114 E 0.322 0.371 0.179 0.089 0.031 0.008 0.001 115 A 0.217 0.231 0.257 0.196 0.082 0.015 0.001 116 D 0.585 0.282 0.092 0.031 0.009 0.002 0.001 117 V 0.288 0.274 0.246 0.141 0.044 0.006 0.001 118 T 0.421 0.324 0.159 0.071 0.021 0.005 0.001 119 H 0.191 0.281 0.237 0.169 0.090 0.028 0.003 120 K 0.034 0.103 0.214 0.298 0.233 0.105 0.012 121 P 0.011 0.040 0.084 0.173 0.295 0.334 0.062 122 I 0.006 0.027 0.074 0.205 0.343 0.293 0.053 123 Y 0.015 0.064 0.148 0.278 0.300 0.173 0.023 124 K 0.063 0.222 0.304 0.259 0.121 0.028 0.002 125 K 0.271 0.311 0.230 0.132 0.045 0.011 0.001 126 A 0.482 0.264 0.140 0.079 0.028 0.006 0.001 127 T 0.764 0.162 0.046 0.020 0.007 0.001 0.001 128 G 0.697 0.192 0.069 0.032 0.009 0.002 0.001 129 L 0.515 0.263 0.134 0.067 0.018 0.003 0.001 130 P 0.560 0.264 0.116 0.046 0.012 0.002 0.001 131 G 0.467 0.293 0.153 0.065 0.019 0.003 0.001 132 G 0.098 0.200 0.290 0.254 0.124 0.032 0.002 133 A 0.039 0.091 0.152 0.241 0.288 0.173 0.015 134 Y 0.017 0.035 0.075 0.184 0.355 0.291 0.043 135 R 0.014 0.056 0.138 0.274 0.290 0.205 0.022 136 R 0.013 0.037 0.074 0.196 0.354 0.297 0.030 137 I 0.044 0.118 0.225 0.285 0.210 0.104 0.015 138 G 0.254 0.281 0.206 0.144 0.076 0.032 0.007 139 S 0.597 0.234 0.095 0.048 0.018 0.007 0.002 140 S 0.440 0.238 0.158 0.107 0.044 0.012 0.001 141 D 0.475 0.263 0.144 0.077 0.029 0.010 0.001 142 Q 0.407 0.277 0.168 0.098 0.041 0.009 0.001 143 R 0.365 0.330 0.183 0.082 0.030 0.008 0.001 144 C 0.251 0.183 0.185 0.204 0.129 0.044 0.005 145 V 0.369 0.217 0.166 0.131 0.074 0.037 0.007