# TARGET T0557 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 155 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.005 0.009 0.130 0.213 0.630 2 R 0.032 0.024 0.010 0.325 0.097 0.512 3 S 0.038 0.029 0.011 0.527 0.051 0.344 4 A 0.006 0.001 0.008 0.941 0.012 0.032 5 T 0.003 0.001 0.004 0.972 0.009 0.013 6 D 0.002 0.001 0.004 0.974 0.010 0.009 7 L 0.002 0.001 0.002 0.976 0.010 0.009 8 L 0.002 0.001 0.001 0.977 0.012 0.008 9 D 0.002 0.001 0.001 0.973 0.016 0.007 10 E 0.001 0.001 0.001 0.973 0.015 0.009 11 L 0.001 0.001 0.003 0.951 0.024 0.020 12 N 0.001 0.001 0.009 0.901 0.047 0.041 13 A 0.003 0.002 0.012 0.666 0.169 0.148 14 V 0.006 0.002 0.015 0.342 0.264 0.372 15 D 0.011 0.004 0.013 0.063 0.380 0.529 16 E 0.062 0.014 0.033 0.055 0.472 0.365 17 S 0.150 0.016 0.031 0.025 0.416 0.363 18 A 0.380 0.017 0.019 0.010 0.281 0.293 19 R 0.644 0.004 0.007 0.007 0.094 0.243 20 I 0.873 0.007 0.003 0.009 0.026 0.082 21 E 0.917 0.005 0.002 0.011 0.019 0.046 22 A 0.885 0.005 0.005 0.020 0.034 0.052 23 K 0.778 0.007 0.009 0.022 0.090 0.095 24 R 0.440 0.010 0.027 0.034 0.303 0.186 25 A 0.105 0.010 0.028 0.025 0.549 0.283 26 S 0.024 0.005 0.020 0.012 0.688 0.251 27 D 0.012 0.008 0.021 0.010 0.669 0.279 28 M 0.022 0.028 0.015 0.022 0.464 0.449 29 G 0.016 0.013 0.025 0.124 0.301 0.522 30 K 0.008 0.003 0.085 0.663 0.119 0.122 31 S 0.028 0.009 0.089 0.708 0.084 0.081 32 V 0.017 0.002 0.041 0.911 0.017 0.012 33 M 0.017 0.001 0.015 0.945 0.012 0.009 34 E 0.023 0.001 0.008 0.944 0.014 0.011 35 T 0.028 0.001 0.004 0.942 0.013 0.012 36 V 0.023 0.001 0.003 0.950 0.012 0.011 37 I 0.021 0.002 0.006 0.938 0.018 0.016 38 A 0.046 0.002 0.013 0.838 0.041 0.061 39 F 0.098 0.029 0.018 0.682 0.069 0.105 40 A 0.074 0.076 0.019 0.565 0.062 0.203 41 N 0.021 0.024 0.018 0.098 0.285 0.555 42 E 0.006 0.010 0.068 0.029 0.748 0.139 43 P 0.003 0.002 0.077 0.010 0.850 0.057 44 G 0.004 0.008 0.047 0.007 0.887 0.046 45 L 0.035 0.055 0.021 0.005 0.636 0.248 46 D 0.091 0.041 0.008 0.001 0.254 0.604 47 G 0.257 0.021 0.011 0.001 0.287 0.422 48 G 0.622 0.009 0.006 0.002 0.130 0.231 49 Y 0.939 0.011 0.001 0.001 0.014 0.035 50 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 51 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 52 L 0.945 0.001 0.001 0.001 0.016 0.037 53 G 0.867 0.002 0.001 0.001 0.051 0.078 54 V 0.828 0.019 0.004 0.003 0.068 0.078 55 D 0.815 0.028 0.007 0.004 0.100 0.046 56 W 0.492 0.018 0.044 0.014 0.386 0.046 57 A 0.098 0.005 0.052 0.018 0.773 0.054 58 I 0.037 0.005 0.048 0.018 0.839 0.053 59 N 0.092 0.008 0.020 0.013 0.652 0.214 60 D 0.412 0.024 0.010 0.007 0.204 0.344 61 K 0.792 0.024 0.003 0.004 0.053 0.124 62 G 0.760 0.021 0.004 0.005 0.058 0.152 63 D 0.653 0.026 0.008 0.009 0.110 0.194 64 T 0.573 0.011 0.012 0.014 0.126 0.265 65 V 0.466 0.012 0.016 0.017 0.206 0.283 66 Y 0.302 0.025 0.024 0.023 0.271 0.355 67 R 0.161 0.019 0.031 0.031 0.328 0.430 68 P 0.072 0.013 0.061 0.053 0.408 0.393 69 V 0.027 0.013 0.033 0.055 0.414 0.457 70 G 0.018 0.008 0.028 0.087 0.384 0.475 71 L 0.010 0.005 0.082 0.373 0.341 0.189 72 P 0.009 0.006 0.084 0.515 0.239 0.146 73 D 0.012 0.006 0.078 0.619 0.153 0.133 74 P 0.005 0.002 0.023 0.892 0.032 0.047 75 D 0.004 0.001 0.013 0.931 0.021 0.029 76 K 0.001 0.001 0.015 0.959 0.012 0.012 77 V 0.001 0.001 0.009 0.974 0.009 0.007 78 Q 0.001 0.001 0.008 0.970 0.014 0.008 79 R 0.001 0.001 0.006 0.957 0.020 0.017 80 D 0.001 0.001 0.006 0.930 0.028 0.034 81 L 0.001 0.002 0.005 0.920 0.030 0.041 82 A 0.002 0.002 0.011 0.887 0.050 0.049 83 S 0.004 0.002 0.015 0.747 0.111 0.121 84 Q 0.007 0.002 0.036 0.628 0.159 0.168 85 C 0.013 0.010 0.043 0.664 0.143 0.126 86 A 0.023 0.010 0.092 0.561 0.187 0.127 87 S 0.028 0.005 0.108 0.544 0.180 0.136 88 M 0.076 0.011 0.069 0.391 0.224 0.230 89 L 0.076 0.022 0.042 0.216 0.238 0.406 90 N 0.068 0.010 0.016 0.043 0.240 0.622 91 V 0.079 0.008 0.017 0.017 0.192 0.686 92 A 0.116 0.032 0.008 0.011 0.170 0.664 93 L 0.117 0.022 0.006 0.007 0.141 0.707 94 R 0.196 0.026 0.014 0.007 0.302 0.456 95 P 0.295 0.008 0.020 0.005 0.319 0.352 96 E 0.544 0.007 0.018 0.003 0.257 0.170 97 M 0.815 0.003 0.005 0.002 0.093 0.082 98 Q 0.928 0.003 0.002 0.001 0.024 0.041 99 L 0.958 0.003 0.002 0.001 0.014 0.022 100 E 0.960 0.001 0.002 0.001 0.018 0.017 101 Q 0.931 0.003 0.002 0.001 0.036 0.028 102 V 0.678 0.008 0.008 0.002 0.262 0.042 103 G 0.072 0.005 0.026 0.008 0.847 0.043 104 G 0.037 0.004 0.042 0.007 0.854 0.056 105 K 0.357 0.005 0.007 0.003 0.429 0.199 106 T 0.925 0.003 0.001 0.001 0.018 0.054 107 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 108 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 110 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 111 Y 0.929 0.001 0.001 0.001 0.008 0.062 112 V 0.502 0.012 0.001 0.001 0.069 0.416 113 P 0.122 0.011 0.005 0.001 0.278 0.582 114 E 0.017 0.010 0.088 0.006 0.529 0.350 115 A 0.019 0.030 0.065 0.006 0.580 0.300 116 D 0.021 0.019 0.050 0.005 0.800 0.105 117 V 0.013 0.004 0.224 0.013 0.650 0.095 118 T 0.018 0.005 0.199 0.011 0.680 0.087 119 H 0.083 0.008 0.252 0.012 0.514 0.131 120 K 0.336 0.007 0.013 0.006 0.263 0.375 121 P 0.372 0.006 0.009 0.004 0.137 0.472 122 I 0.929 0.007 0.001 0.001 0.018 0.044 123 Y 0.967 0.004 0.001 0.001 0.008 0.020 124 K 0.922 0.006 0.001 0.002 0.020 0.049 125 K 0.782 0.004 0.005 0.002 0.076 0.131 126 A 0.374 0.015 0.011 0.006 0.278 0.316 127 T 0.133 0.020 0.012 0.007 0.424 0.404 128 G 0.108 0.027 0.013 0.005 0.497 0.350 129 L 0.095 0.030 0.020 0.008 0.629 0.219 130 P 0.162 0.032 0.027 0.008 0.570 0.201 131 G 0.189 0.018 0.013 0.004 0.594 0.182 132 G 0.287 0.004 0.005 0.002 0.371 0.331 133 A 0.819 0.014 0.002 0.002 0.053 0.110 134 Y 0.926 0.009 0.002 0.002 0.020 0.041 135 R 0.946 0.004 0.002 0.002 0.016 0.031 136 R 0.926 0.008 0.002 0.002 0.024 0.038 137 I 0.713 0.015 0.003 0.003 0.096 0.170 138 G 0.108 0.013 0.007 0.007 0.689 0.175 139 S 0.010 0.003 0.017 0.010 0.890 0.069 140 S 0.015 0.010 0.041 0.015 0.843 0.076 141 D 0.066 0.041 0.053 0.022 0.686 0.132 142 Q 0.210 0.038 0.042 0.026 0.249 0.436 143 R 0.212 0.078 0.020 0.025 0.121 0.544 144 C 0.109 0.062 0.014 0.033 0.103 0.680 145 V 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 0.980