# TARGET T0557 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 155 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.002 0.007 0.035 0.022 0.009 0.920 2 R 0.026 0.023 0.013 0.235 0.030 0.034 0.639 3 S 0.013 0.012 0.014 0.554 0.066 0.046 0.296 4 A 0.004 0.001 0.007 0.882 0.021 0.024 0.060 5 T 0.004 0.001 0.003 0.939 0.016 0.011 0.027 6 D 0.002 0.001 0.001 0.968 0.008 0.006 0.015 7 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.005 0.006 8 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.005 0.004 9 D 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.008 0.004 10 E 0.001 0.001 0.001 0.975 0.003 0.012 0.008 11 L 0.001 0.001 0.003 0.961 0.005 0.020 0.009 12 N 0.001 0.001 0.006 0.919 0.008 0.055 0.010 13 A 0.001 0.001 0.008 0.734 0.017 0.221 0.019 14 V 0.001 0.001 0.007 0.374 0.076 0.463 0.077 15 D 0.004 0.004 0.013 0.119 0.229 0.261 0.370 16 E 0.014 0.010 0.035 0.084 0.255 0.161 0.441 17 S 0.052 0.016 0.068 0.144 0.193 0.170 0.357 18 A 0.105 0.015 0.052 0.212 0.176 0.085 0.356 19 R 0.170 0.020 0.026 0.284 0.097 0.044 0.359 20 I 0.222 0.011 0.029 0.475 0.058 0.049 0.155 21 E 0.287 0.014 0.030 0.435 0.039 0.047 0.148 22 A 0.261 0.015 0.043 0.405 0.040 0.040 0.195 23 K 0.208 0.016 0.057 0.438 0.057 0.061 0.163 24 R 0.114 0.020 0.063 0.430 0.102 0.123 0.148 25 A 0.059 0.013 0.077 0.241 0.127 0.208 0.276 26 S 0.015 0.004 0.060 0.090 0.165 0.517 0.150 27 D 0.011 0.008 0.061 0.042 0.219 0.442 0.217 28 M 0.026 0.019 0.015 0.033 0.313 0.039 0.555 29 G 0.020 0.011 0.033 0.036 0.102 0.073 0.725 30 K 0.009 0.006 0.199 0.169 0.129 0.386 0.101 31 S 0.027 0.015 0.245 0.132 0.111 0.316 0.153 32 V 0.047 0.008 0.276 0.411 0.053 0.106 0.099 33 M 0.196 0.024 0.105 0.378 0.040 0.092 0.165 34 E 0.143 0.010 0.098 0.458 0.077 0.067 0.148 35 T 0.294 0.012 0.040 0.469 0.036 0.064 0.086 36 V 0.265 0.008 0.034 0.521 0.032 0.059 0.081 37 I 0.295 0.005 0.025 0.516 0.032 0.055 0.072 38 A 0.297 0.005 0.028 0.530 0.025 0.056 0.058 39 F 0.402 0.024 0.035 0.325 0.031 0.107 0.076 40 A 0.243 0.024 0.035 0.206 0.093 0.181 0.218 41 N 0.180 0.031 0.040 0.072 0.227 0.134 0.315 42 E 0.104 0.012 0.037 0.012 0.175 0.080 0.580 43 P 0.021 0.011 0.095 0.005 0.119 0.656 0.093 44 G 0.010 0.017 0.065 0.003 0.153 0.630 0.123 45 L 0.015 0.014 0.133 0.002 0.171 0.142 0.524 46 D 0.011 0.006 0.060 0.004 0.263 0.567 0.089 47 G 0.053 0.017 0.058 0.003 0.195 0.564 0.111 48 G 0.271 0.025 0.010 0.002 0.113 0.025 0.554 49 Y 0.803 0.016 0.002 0.001 0.042 0.010 0.127 50 L 0.958 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.026 51 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 52 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 53 G 0.942 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.047 54 V 0.858 0.007 0.001 0.001 0.020 0.002 0.111 55 D 0.701 0.015 0.003 0.003 0.025 0.010 0.244 56 W 0.338 0.018 0.038 0.014 0.092 0.256 0.245 57 A 0.095 0.008 0.045 0.009 0.203 0.544 0.095 58 I 0.030 0.003 0.028 0.006 0.330 0.538 0.065 59 N 0.088 0.005 0.016 0.003 0.303 0.330 0.255 60 D 0.623 0.042 0.004 0.002 0.049 0.021 0.259 61 K 0.813 0.026 0.001 0.001 0.018 0.005 0.136 62 G 0.784 0.014 0.003 0.002 0.031 0.010 0.156 63 D 0.635 0.024 0.007 0.005 0.044 0.015 0.270 64 T 0.452 0.020 0.015 0.009 0.099 0.043 0.362 65 V 0.306 0.022 0.028 0.018 0.160 0.096 0.371 66 Y 0.167 0.035 0.032 0.027 0.130 0.069 0.541 67 R 0.093 0.024 0.040 0.040 0.180 0.099 0.524 68 P 0.049 0.013 0.060 0.078 0.209 0.223 0.367 69 V 0.018 0.011 0.056 0.096 0.243 0.143 0.432 70 G 0.013 0.009 0.037 0.118 0.183 0.091 0.549 71 L 0.011 0.006 0.065 0.424 0.109 0.159 0.225 72 P 0.011 0.008 0.060 0.495 0.097 0.142 0.186 73 D 0.009 0.007 0.039 0.631 0.073 0.057 0.184 74 P 0.004 0.002 0.013 0.871 0.022 0.022 0.065 75 D 0.003 0.001 0.007 0.931 0.012 0.016 0.029 76 K 0.002 0.001 0.005 0.952 0.008 0.014 0.018 77 V 0.001 0.001 0.003 0.963 0.007 0.013 0.013 78 Q 0.001 0.001 0.002 0.969 0.005 0.014 0.008 79 R 0.001 0.001 0.003 0.948 0.008 0.030 0.009 80 D 0.001 0.001 0.005 0.925 0.009 0.042 0.017 81 L 0.001 0.003 0.010 0.862 0.018 0.068 0.037 82 A 0.002 0.002 0.019 0.704 0.029 0.202 0.042 83 S 0.003 0.002 0.026 0.509 0.055 0.315 0.090 84 Q 0.005 0.005 0.047 0.472 0.122 0.163 0.186 85 C 0.011 0.008 0.106 0.451 0.091 0.134 0.199 86 A 0.017 0.008 0.169 0.398 0.090 0.171 0.147 87 S 0.029 0.009 0.140 0.318 0.121 0.244 0.139 88 M 0.052 0.011 0.065 0.224 0.145 0.316 0.187 89 L 0.082 0.022 0.023 0.118 0.195 0.118 0.442 90 N 0.062 0.020 0.013 0.022 0.137 0.038 0.709 91 V 0.082 0.014 0.062 0.031 0.135 0.121 0.555 92 A 0.122 0.011 0.064 0.020 0.120 0.151 0.513 93 L 0.150 0.048 0.052 0.015 0.121 0.042 0.572 94 R 0.170 0.022 0.029 0.006 0.104 0.026 0.643 95 P 0.216 0.010 0.038 0.005 0.147 0.105 0.479 96 E 0.411 0.005 0.021 0.001 0.190 0.078 0.294 97 M 0.713 0.012 0.004 0.001 0.035 0.006 0.229 98 Q 0.935 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.053 99 L 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 100 E 0.969 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 101 Q 0.848 0.007 0.002 0.001 0.005 0.004 0.134 102 V 0.623 0.005 0.018 0.001 0.055 0.148 0.150 103 G 0.011 0.001 0.012 0.001 0.048 0.923 0.004 104 G 0.009 0.001 0.006 0.001 0.132 0.840 0.012 105 K 0.456 0.006 0.001 0.001 0.059 0.020 0.459 106 T 0.899 0.009 0.001 0.001 0.010 0.002 0.080 107 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 108 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 109 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 110 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 111 Y 0.893 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.097 112 V 0.692 0.013 0.001 0.001 0.036 0.003 0.255 113 P 0.252 0.022 0.008 0.001 0.132 0.031 0.554 114 E 0.084 0.010 0.017 0.002 0.222 0.141 0.524 115 A 0.046 0.036 0.010 0.001 0.209 0.037 0.660 116 D 0.025 0.037 0.017 0.002 0.170 0.026 0.723 117 V 0.009 0.009 0.277 0.014 0.134 0.341 0.217 118 T 0.009 0.009 0.213 0.011 0.140 0.444 0.174 119 H 0.019 0.022 0.098 0.015 0.406 0.147 0.293 120 K 0.028 0.007 0.006 0.008 0.623 0.021 0.307 121 P 0.153 0.025 0.005 0.007 0.112 0.029 0.668 122 I 0.707 0.057 0.005 0.007 0.028 0.011 0.185 123 Y 0.835 0.038 0.004 0.006 0.015 0.006 0.097 124 K 0.679 0.030 0.008 0.008 0.026 0.019 0.229 125 K 0.442 0.017 0.012 0.008 0.111 0.100 0.309 126 A 0.237 0.020 0.020 0.010 0.271 0.171 0.271 127 T 0.113 0.019 0.023 0.007 0.380 0.180 0.278 128 G 0.087 0.021 0.042 0.010 0.339 0.196 0.305 129 L 0.076 0.032 0.062 0.008 0.208 0.171 0.443 130 P 0.073 0.028 0.072 0.009 0.269 0.376 0.173 131 G 0.073 0.010 0.053 0.007 0.240 0.484 0.135 132 G 0.177 0.013 0.037 0.006 0.183 0.167 0.417 133 A 0.581 0.016 0.012 0.004 0.077 0.026 0.283 134 Y 0.861 0.022 0.005 0.004 0.018 0.007 0.083 135 R 0.897 0.015 0.003 0.006 0.011 0.003 0.065 136 R 0.817 0.030 0.003 0.006 0.014 0.005 0.125 137 I 0.463 0.013 0.008 0.011 0.067 0.060 0.379 138 G 0.136 0.015 0.012 0.010 0.287 0.302 0.239 139 S 0.040 0.006 0.023 0.011 0.390 0.322 0.208 140 S 0.044 0.010 0.026 0.012 0.446 0.203 0.260 141 D 0.072 0.022 0.025 0.015 0.246 0.089 0.531 142 Q 0.206 0.066 0.031 0.038 0.219 0.058 0.383 143 R 0.258 0.055 0.023 0.051 0.089 0.063 0.462 144 C 0.082 0.027 0.011 0.024 0.031 0.040 0.785 145 V 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.985