# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.4782 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.023 0.002 0.036 0.045 0.039 0.154 0.005 0.001 0.080 0.533 2 P 0.083 0.115 0.002 0.024 0.016 0.028 0.115 0.010 0.001 0.040 0.567 3 Q 0.053 0.045 0.002 0.041 0.028 0.059 0.113 0.005 0.001 0.131 0.521 4 S 0.021 0.091 0.002 0.070 0.042 0.078 0.105 0.003 0.001 0.054 0.534 5 Y 0.037 0.182 0.003 0.063 0.056 0.095 0.070 0.007 0.001 0.079 0.408 6 F 0.062 0.164 0.007 0.028 0.046 0.054 0.086 0.012 0.002 0.073 0.466 7 N 0.150 0.255 0.006 0.023 0.041 0.056 0.064 0.009 0.002 0.085 0.309 8 A 0.118 0.171 0.007 0.012 0.014 0.027 0.067 0.013 0.003 0.052 0.517 9 A 0.154 0.121 0.010 0.015 0.027 0.042 0.116 0.011 0.003 0.091 0.411 10 A 0.123 0.104 0.010 0.009 0.016 0.031 0.077 0.011 0.004 0.044 0.572 11 K 0.092 0.110 0.006 0.016 0.037 0.058 0.093 0.007 0.001 0.047 0.534 12 R 0.065 0.072 0.006 0.013 0.024 0.049 0.077 0.006 0.002 0.042 0.644 13 Q 0.075 0.052 0.005 0.041 0.108 0.142 0.092 0.004 0.001 0.048 0.432 14 K 0.040 0.024 0.003 0.052 0.050 0.131 0.082 0.005 0.001 0.045 0.567 15 Y 0.041 0.006 0.001 0.095 0.129 0.137 0.107 0.001 0.001 0.053 0.429 16 A 0.006 0.005 0.001 0.154 0.102 0.157 0.083 0.001 0.001 0.037 0.454 17 M 0.024 0.012 0.001 0.104 0.058 0.060 0.095 0.003 0.001 0.034 0.610 18 K 0.211 0.020 0.003 0.085 0.046 0.036 0.092 0.009 0.001 0.122 0.378 19 P 0.026 0.029 0.001 0.037 0.018 0.021 0.125 0.003 0.001 0.043 0.697 20 G 0.049 0.094 0.002 0.030 0.010 0.020 0.098 0.006 0.001 0.045 0.645 21 L 0.075 0.195 0.003 0.011 0.007 0.010 0.101 0.011 0.001 0.064 0.522 22 S 0.102 0.560 0.003 0.004 0.003 0.004 0.040 0.012 0.002 0.049 0.221 23 A 0.076 0.466 0.010 0.004 0.003 0.004 0.032 0.007 0.002 0.199 0.195 24 L 0.042 0.760 0.004 0.003 0.002 0.004 0.025 0.005 0.001 0.045 0.110 25 E 0.020 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.014 0.041 26 K 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.018 27 N 0.001 0.932 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.044 0.016 28 A 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 29 V 0.002 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.004 30 I 0.004 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 31 K 0.004 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.006 32 A 0.006 0.911 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.061 0.011 33 A 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 34 Y 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 35 R 0.015 0.921 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.027 0.024 36 Q 0.051 0.717 0.026 0.004 0.009 0.017 0.015 0.007 0.004 0.091 0.056 37 I 0.130 0.387 0.031 0.013 0.011 0.019 0.038 0.014 0.009 0.162 0.186 38 F 0.262 0.310 0.012 0.015 0.011 0.011 0.053 0.014 0.003 0.058 0.251 39 E 0.057 0.067 0.011 0.012 0.009 0.016 0.082 0.004 0.003 0.274 0.466 40 R 0.042 0.179 0.008 0.028 0.012 0.016 0.109 0.007 0.002 0.068 0.527 41 D 0.064 0.418 0.004 0.011 0.016 0.017 0.061 0.012 0.001 0.052 0.344 42 I 0.073 0.334 0.004 0.011 0.013 0.020 0.063 0.020 0.003 0.052 0.405 43 T 0.090 0.211 0.008 0.018 0.027 0.049 0.065 0.006 0.002 0.170 0.355 44 K 0.048 0.083 0.008 0.043 0.023 0.044 0.090 0.007 0.003 0.143 0.509 45 A 0.128 0.072 0.013 0.036 0.028 0.030 0.122 0.007 0.003 0.188 0.372 46 Y 0.098 0.097 0.006 0.022 0.018 0.028 0.101 0.009 0.002 0.068 0.551 47 S 0.109 0.080 0.004 0.017 0.006 0.013 0.094 0.004 0.001 0.100 0.572 48 Q 0.018 0.114 0.003 0.021 0.020 0.030 0.138 0.003 0.001 0.056 0.598 49 S 0.025 0.479 0.002 0.012 0.010 0.022 0.058 0.004 0.001 0.058 0.330 50 I 0.045 0.614 0.001 0.009 0.010 0.015 0.039 0.004 0.001 0.058 0.206 51 S 0.013 0.344 0.002 0.025 0.020 0.036 0.044 0.002 0.001 0.340 0.175 52 Y 0.007 0.337 0.005 0.030 0.017 0.045 0.034 0.004 0.001 0.397 0.123 53 L 0.042 0.809 0.002 0.007 0.012 0.010 0.013 0.006 0.001 0.055 0.045 54 E 0.053 0.737 0.004 0.003 0.013 0.015 0.011 0.006 0.001 0.089 0.067 55 S 0.052 0.343 0.028 0.008 0.012 0.045 0.052 0.008 0.008 0.233 0.211 56 Q 0.140 0.075 0.102 0.015 0.029 0.062 0.076 0.015 0.022 0.245 0.220 57 V 0.330 0.013 0.033 0.012 0.035 0.043 0.085 0.010 0.009 0.135 0.293 58 R 0.102 0.009 0.002 0.008 0.020 0.036 0.109 0.002 0.001 0.027 0.685 59 N 0.011 0.004 0.001 0.006 0.004 0.009 0.086 0.001 0.001 0.021 0.857 60 G 0.008 0.013 0.001 0.044 0.040 0.041 0.182 0.001 0.001 0.051 0.619 61 D 0.009 0.095 0.001 0.080 0.087 0.075 0.098 0.001 0.001 0.081 0.472 62 I 0.003 0.105 0.001 0.074 0.144 0.123 0.068 0.001 0.001 0.053 0.430 63 S 0.004 0.734 0.001 0.035 0.015 0.033 0.008 0.001 0.001 0.102 0.067 64 M 0.003 0.916 0.001 0.004 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.038 0.025 65 K 0.004 0.513 0.002 0.006 0.016 0.020 0.004 0.001 0.001 0.423 0.011 66 E 0.005 0.894 0.001 0.004 0.002 0.006 0.004 0.002 0.001 0.071 0.011 67 F 0.010 0.864 0.007 0.001 0.005 0.007 0.005 0.009 0.002 0.075 0.015 68 V 0.040 0.879 0.021 0.002 0.004 0.005 0.002 0.010 0.002 0.023 0.012 69 R 0.085 0.629 0.013 0.002 0.005 0.010 0.016 0.005 0.004 0.077 0.153 70 R 0.119 0.271 0.022 0.008 0.008 0.014 0.052 0.025 0.006 0.116 0.360 71 L 0.226 0.086 0.018 0.013 0.008 0.009 0.110 0.013 0.010 0.191 0.314 72 A 0.007 0.042 0.003 0.009 0.007 0.006 0.124 0.002 0.001 0.037 0.761 73 K 0.025 0.457 0.002 0.002 0.001 0.002 0.040 0.006 0.001 0.030 0.434 74 S 0.125 0.766 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.001 0.027 0.051 75 P 0.040 0.796 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.012 0.003 0.024 0.102 76 L 0.102 0.508 0.028 0.008 0.003 0.011 0.035 0.020 0.010 0.094 0.180 77 Y 0.183 0.254 0.040 0.021 0.007 0.015 0.048 0.023 0.016 0.113 0.280 78 R 0.382 0.203 0.012 0.009 0.008 0.010 0.038 0.016 0.004 0.034 0.283 79 K 0.119 0.072 0.007 0.008 0.009 0.018 0.086 0.009 0.003 0.060 0.610 80 Q 0.039 0.024 0.005 0.018 0.015 0.031 0.150 0.003 0.002 0.069 0.646 81 F 0.017 0.016 0.003 0.034 0.044 0.068 0.160 0.002 0.001 0.056 0.596 82 F 0.034 0.019 0.001 0.021 0.035 0.037 0.126 0.003 0.001 0.035 0.688 83 E 0.144 0.032 0.004 0.031 0.041 0.049 0.103 0.006 0.002 0.110 0.478 84 P 0.032 0.021 0.004 0.023 0.015 0.025 0.124 0.003 0.001 0.067 0.686 85 F 0.108 0.044 0.005 0.046 0.028 0.045 0.108 0.004 0.001 0.081 0.532 86 I 0.108 0.118 0.002 0.030 0.018 0.027 0.097 0.006 0.001 0.061 0.532 87 N 0.027 0.318 0.002 0.019 0.020 0.041 0.075 0.003 0.001 0.056 0.439 88 S 0.009 0.576 0.001 0.010 0.029 0.042 0.035 0.001 0.001 0.044 0.251 89 R 0.004 0.735 0.001 0.020 0.057 0.103 0.011 0.001 0.001 0.032 0.037 90 A 0.004 0.849 0.001 0.007 0.016 0.049 0.005 0.001 0.001 0.032 0.036 91 L 0.008 0.808 0.001 0.019 0.067 0.046 0.005 0.002 0.001 0.022 0.021 92 E 0.009 0.629 0.003 0.008 0.064 0.155 0.006 0.002 0.001 0.089 0.034 93 L 0.037 0.585 0.008 0.015 0.046 0.055 0.017 0.003 0.001 0.185 0.047 94 A 0.031 0.813 0.009 0.004 0.030 0.040 0.008 0.007 0.002 0.014 0.041 95 F 0.160 0.676 0.007 0.005 0.013 0.031 0.011 0.020 0.003 0.012 0.061 96 R 0.123 0.107 0.098 0.013 0.050 0.101 0.042 0.023 0.037 0.057 0.349 97 H 0.262 0.028 0.019 0.021 0.091 0.115 0.050 0.007 0.004 0.046 0.358 98 I 0.220 0.017 0.005 0.032 0.047 0.042 0.072 0.008 0.002 0.040 0.515 99 L 0.019 0.004 0.001 0.023 0.038 0.035 0.145 0.001 0.001 0.025 0.707 100 G 0.005 0.003 0.001 0.035 0.021 0.046 0.125 0.001 0.001 0.023 0.740 101 R 0.011 0.004 0.001 0.040 0.024 0.019 0.122 0.001 0.001 0.044 0.735 102 G 0.144 0.038 0.001 0.058 0.020 0.015 0.107 0.011 0.001 0.087 0.515 103 P 0.034 0.037 0.001 0.013 0.004 0.005 0.120 0.003 0.001 0.047 0.738 104 S 0.013 0.157 0.001 0.033 0.002 0.005 0.079 0.003 0.001 0.066 0.639 105 S 0.021 0.858 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.017 0.085 106 R 0.025 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.030 0.018 107 E 0.006 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.018 108 E 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.033 0.011 109 V 0.016 0.932 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.027 0.009 110 Q 0.048 0.538 0.008 0.001 0.002 0.003 0.010 0.004 0.002 0.339 0.046 111 K 0.010 0.794 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.109 0.068 112 Y 0.004 0.910 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.045 0.029 113 F 0.008 0.635 0.004 0.002 0.005 0.005 0.011 0.002 0.001 0.292 0.036 114 S 0.014 0.312 0.006 0.005 0.006 0.015 0.031 0.002 0.002 0.513 0.095 115 I 0.035 0.120 0.072 0.029 0.026 0.027 0.040 0.011 0.011 0.506 0.124 116 V 0.323 0.033 0.135 0.019 0.019 0.019 0.037 0.019 0.021 0.251 0.124 117 S 0.506 0.008 0.003 0.004 0.004 0.007 0.045 0.002 0.001 0.039 0.382 118 S 0.083 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.062 0.001 0.001 0.017 0.827 119 G 0.003 0.004 0.001 0.011 0.003 0.006 0.192 0.001 0.001 0.011 0.769 120 G 0.012 0.030 0.001 0.007 0.006 0.005 0.081 0.001 0.001 0.018 0.838 121 L 0.108 0.284 0.001 0.021 0.068 0.036 0.065 0.008 0.001 0.039 0.369 122 P 0.026 0.248 0.001 0.026 0.016 0.043 0.060 0.003 0.001 0.301 0.274 123 A 0.019 0.262 0.003 0.136 0.042 0.114 0.059 0.004 0.001 0.154 0.205 124 L 0.030 0.274 0.006 0.077 0.080 0.224 0.034 0.005 0.001 0.110 0.159 125 V 0.106 0.234 0.007 0.069 0.096 0.133 0.040 0.016 0.003 0.085 0.211 126 D 0.117 0.169 0.011 0.032 0.104 0.142 0.051 0.011 0.004 0.117 0.242 127 A 0.088 0.086 0.007 0.069 0.042 0.100 0.079 0.016 0.003 0.108 0.403 128 L 0.067 0.031 0.007 0.096 0.038 0.044 0.128 0.005 0.002 0.172 0.409 129 V 0.010 0.037 0.003 0.086 0.037 0.031 0.144 0.002 0.001 0.052 0.597 130 D 0.027 0.430 0.002 0.019 0.005 0.006 0.056 0.015 0.001 0.054 0.385 131 S 0.081 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.001 0.027 0.054 132 Q 0.024 0.772 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.127 0.052 133 E 0.016 0.897 0.004 0.002 0.001 0.002 0.009 0.010 0.002 0.025 0.034 134 Y 0.129 0.630 0.014 0.003 0.001 0.003 0.014 0.086 0.018 0.056 0.046 135 A 0.322 0.273 0.075 0.004 0.004 0.005 0.021 0.066 0.042 0.066 0.122 136 D 0.182 0.145 0.019 0.002 0.010 0.019 0.047 0.005 0.005 0.068 0.499 137 Y 0.092 0.087 0.015 0.007 0.006 0.009 0.107 0.009 0.005 0.060 0.604 138 F 0.117 0.023 0.052 0.007 0.012 0.015 0.190 0.017 0.026 0.119 0.422 139 G 0.201 0.011 0.006 0.014 0.013 0.018 0.114 0.010 0.005 0.039 0.568 140 E 0.081 0.003 0.001 0.007 0.009 0.011 0.083 0.002 0.001 0.021 0.780 141 E 0.002 0.001 0.001 0.020 0.048 0.084 0.189 0.001 0.001 0.020 0.634 142 T 0.005 0.003 0.001 0.021 0.019 0.051 0.116 0.001 0.001 0.026 0.758 143 V 0.012 0.004 0.001 0.054 0.195 0.146 0.120 0.001 0.001 0.035 0.433 144 P 0.035 0.008 0.002 0.099 0.056 0.112 0.075 0.004 0.001 0.069 0.539 145 Y 0.035 0.002 0.001 0.042 0.104 0.156 0.109 0.001 0.001 0.045 0.504 146 L 0.086 0.003 0.001 0.105 0.035 0.071 0.075 0.001 0.001 0.036 0.587 147 R 0.051 0.003 0.001 0.040 0.024 0.029 0.090 0.001 0.001 0.026 0.736 148 G 0.038 0.004 0.001 0.022 0.021 0.023 0.097 0.001 0.001 0.022 0.770