# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.4782 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.018 0.013 0.022 0.025 0.137 0.042 0.703 2 P 0.112 0.082 0.016 0.023 0.031 0.110 0.076 0.551 3 Q 0.081 0.067 0.026 0.034 0.063 0.111 0.086 0.532 4 S 0.041 0.095 0.048 0.067 0.091 0.103 0.060 0.495 5 Y 0.055 0.137 0.056 0.058 0.103 0.091 0.072 0.429 6 F 0.081 0.138 0.057 0.047 0.056 0.093 0.081 0.446 7 N 0.169 0.177 0.036 0.031 0.040 0.076 0.089 0.382 8 A 0.179 0.126 0.017 0.013 0.020 0.070 0.069 0.506 9 A 0.118 0.068 0.017 0.018 0.021 0.102 0.058 0.599 10 A 0.061 0.057 0.012 0.011 0.018 0.098 0.044 0.698 11 K 0.082 0.064 0.016 0.020 0.031 0.098 0.067 0.621 12 R 0.060 0.062 0.021 0.025 0.036 0.101 0.050 0.644 13 Q 0.070 0.050 0.048 0.054 0.079 0.108 0.066 0.527 14 K 0.057 0.025 0.064 0.037 0.079 0.087 0.076 0.576 15 Y 0.071 0.017 0.087 0.069 0.081 0.111 0.061 0.503 16 A 0.020 0.009 0.126 0.062 0.114 0.099 0.050 0.521 17 M 0.040 0.011 0.051 0.027 0.041 0.105 0.033 0.692 18 K 0.240 0.025 0.043 0.025 0.032 0.098 0.129 0.410 19 P 0.031 0.023 0.023 0.012 0.020 0.122 0.028 0.741 20 G 0.040 0.066 0.020 0.015 0.022 0.122 0.056 0.660 21 L 0.033 0.174 0.018 0.017 0.017 0.117 0.091 0.533 22 S 0.073 0.716 0.003 0.003 0.003 0.025 0.075 0.104 23 A 0.056 0.688 0.003 0.002 0.003 0.020 0.139 0.087 24 L 0.007 0.912 0.002 0.001 0.001 0.008 0.033 0.036 25 E 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 26 K 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 27 N 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 28 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 31 K 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 32 A 0.015 0.840 0.008 0.003 0.003 0.006 0.091 0.034 33 A 0.015 0.846 0.010 0.003 0.003 0.010 0.073 0.039 34 Y 0.028 0.757 0.013 0.005 0.010 0.017 0.074 0.098 35 R 0.031 0.630 0.028 0.010 0.016 0.027 0.072 0.185 36 Q 0.061 0.288 0.089 0.038 0.054 0.070 0.109 0.291 37 I 0.080 0.095 0.087 0.028 0.032 0.089 0.142 0.447 38 F 0.289 0.126 0.031 0.010 0.016 0.075 0.090 0.364 39 E 0.122 0.082 0.013 0.004 0.008 0.083 0.094 0.594 40 R 0.042 0.090 0.015 0.007 0.010 0.115 0.074 0.647 41 D 0.052 0.257 0.025 0.026 0.038 0.104 0.065 0.432 42 I 0.075 0.236 0.029 0.028 0.045 0.080 0.088 0.419 43 T 0.081 0.155 0.050 0.053 0.092 0.082 0.181 0.306 44 K 0.071 0.102 0.053 0.041 0.064 0.090 0.165 0.414 45 A 0.100 0.071 0.085 0.040 0.049 0.097 0.204 0.353 46 Y 0.120 0.098 0.042 0.029 0.046 0.093 0.096 0.476 47 S 0.134 0.075 0.020 0.013 0.021 0.086 0.112 0.539 48 Q 0.042 0.120 0.030 0.022 0.029 0.122 0.107 0.528 49 S 0.034 0.450 0.013 0.012 0.019 0.070 0.046 0.356 50 I 0.034 0.606 0.012 0.012 0.017 0.037 0.066 0.216 51 S 0.018 0.542 0.018 0.023 0.037 0.035 0.168 0.157 52 Y 0.028 0.618 0.013 0.016 0.027 0.028 0.155 0.114 53 L 0.034 0.801 0.010 0.014 0.021 0.013 0.045 0.061 54 E 0.032 0.695 0.007 0.017 0.035 0.018 0.070 0.126 55 S 0.032 0.095 0.059 0.054 0.065 0.046 0.465 0.182 56 Q 0.033 0.006 0.144 0.093 0.106 0.051 0.391 0.176 57 V 0.523 0.002 0.016 0.026 0.017 0.043 0.076 0.297 58 R 0.267 0.002 0.007 0.007 0.007 0.056 0.020 0.635 59 N 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.003 0.916 60 G 0.034 0.005 0.024 0.022 0.050 0.104 0.020 0.742 61 D 0.006 0.007 0.031 0.098 0.132 0.066 0.027 0.633 62 I 0.010 0.054 0.057 0.073 0.036 0.073 0.071 0.625 63 S 0.007 0.652 0.027 0.035 0.052 0.036 0.041 0.150 64 M 0.005 0.916 0.006 0.004 0.007 0.005 0.019 0.038 65 K 0.005 0.923 0.003 0.009 0.011 0.003 0.028 0.017 66 E 0.004 0.931 0.006 0.005 0.008 0.004 0.025 0.017 67 F 0.009 0.925 0.010 0.002 0.005 0.004 0.027 0.019 68 V 0.017 0.917 0.007 0.004 0.006 0.004 0.020 0.025 69 R 0.053 0.697 0.018 0.009 0.016 0.021 0.066 0.120 70 R 0.142 0.163 0.057 0.015 0.024 0.053 0.310 0.235 71 L 0.078 0.081 0.055 0.023 0.022 0.104 0.251 0.385 72 A 0.014 0.106 0.031 0.012 0.019 0.156 0.043 0.619 73 K 0.010 0.292 0.012 0.005 0.009 0.065 0.029 0.578 74 S 0.082 0.776 0.002 0.002 0.002 0.012 0.079 0.045 75 P 0.050 0.804 0.004 0.002 0.003 0.016 0.071 0.051 76 L 0.051 0.630 0.016 0.005 0.009 0.031 0.140 0.118 77 Y 0.100 0.522 0.049 0.007 0.013 0.033 0.164 0.113 78 R 0.216 0.295 0.037 0.013 0.022 0.048 0.116 0.252 79 K 0.155 0.096 0.025 0.021 0.033 0.078 0.083 0.507 80 Q 0.045 0.055 0.037 0.023 0.033 0.136 0.075 0.596 81 F 0.025 0.059 0.045 0.025 0.037 0.144 0.076 0.588 82 F 0.065 0.063 0.036 0.021 0.027 0.111 0.078 0.599 83 E 0.162 0.068 0.033 0.015 0.019 0.086 0.191 0.426 84 P 0.062 0.055 0.043 0.013 0.018 0.126 0.116 0.567 85 F 0.068 0.118 0.036 0.015 0.021 0.116 0.098 0.529 86 I 0.033 0.333 0.024 0.013 0.015 0.106 0.071 0.405 87 N 0.021 0.626 0.013 0.009 0.024 0.039 0.085 0.185 88 S 0.010 0.792 0.009 0.010 0.024 0.021 0.035 0.098 89 R 0.003 0.888 0.008 0.015 0.033 0.005 0.019 0.028 90 A 0.002 0.913 0.006 0.008 0.016 0.003 0.027 0.025 91 L 0.002 0.932 0.005 0.010 0.016 0.002 0.020 0.012 92 E 0.006 0.890 0.009 0.016 0.017 0.003 0.037 0.022 93 L 0.013 0.826 0.018 0.025 0.031 0.006 0.044 0.036 94 A 0.015 0.856 0.017 0.012 0.017 0.007 0.034 0.042 95 F 0.053 0.692 0.027 0.018 0.030 0.018 0.058 0.104 96 R 0.081 0.211 0.141 0.030 0.031 0.058 0.200 0.248 97 H 0.259 0.121 0.065 0.039 0.054 0.073 0.068 0.320 98 I 0.189 0.024 0.032 0.022 0.038 0.089 0.072 0.534 99 L 0.034 0.009 0.018 0.014 0.026 0.159 0.032 0.708 100 G 0.023 0.008 0.015 0.015 0.033 0.122 0.037 0.747 101 R 0.063 0.010 0.018 0.027 0.032 0.142 0.063 0.644 102 G 0.094 0.013 0.022 0.016 0.025 0.121 0.048 0.661 103 P 0.105 0.027 0.010 0.007 0.012 0.112 0.052 0.675 104 S 0.023 0.072 0.016 0.007 0.012 0.145 0.039 0.687 105 S 0.041 0.734 0.002 0.002 0.002 0.024 0.056 0.139 106 R 0.036 0.870 0.001 0.001 0.002 0.010 0.038 0.042 107 E 0.011 0.881 0.002 0.003 0.003 0.009 0.052 0.039 108 E 0.008 0.891 0.003 0.002 0.004 0.005 0.065 0.023 109 V 0.013 0.912 0.002 0.002 0.002 0.003 0.046 0.020 110 Q 0.026 0.452 0.007 0.004 0.005 0.011 0.439 0.056 111 K 0.009 0.726 0.006 0.003 0.005 0.017 0.138 0.096 112 Y 0.005 0.937 0.002 0.002 0.003 0.003 0.021 0.026 113 F 0.013 0.223 0.018 0.005 0.004 0.009 0.704 0.024 114 S 0.012 0.084 0.017 0.004 0.004 0.013 0.832 0.034 115 I 0.042 0.092 0.155 0.015 0.013 0.037 0.537 0.108 116 V 0.212 0.028 0.344 0.018 0.013 0.055 0.177 0.153 117 S 0.428 0.008 0.012 0.006 0.009 0.057 0.027 0.455 118 S 0.030 0.004 0.004 0.001 0.002 0.084 0.011 0.864 119 G 0.006 0.011 0.007 0.004 0.007 0.194 0.013 0.758 120 G 0.026 0.154 0.012 0.009 0.014 0.086 0.052 0.647 121 L 0.065 0.446 0.011 0.018 0.017 0.057 0.059 0.327 122 P 0.059 0.478 0.038 0.014 0.028 0.041 0.082 0.261 123 A 0.032 0.595 0.047 0.018 0.041 0.042 0.044 0.182 124 L 0.041 0.475 0.126 0.020 0.035 0.039 0.074 0.190 125 V 0.111 0.375 0.077 0.021 0.029 0.043 0.118 0.225 126 D 0.167 0.152 0.063 0.019 0.034 0.086 0.178 0.300 127 A 0.088 0.058 0.074 0.025 0.036 0.126 0.120 0.473 128 L 0.054 0.030 0.065 0.018 0.023 0.138 0.098 0.575 129 V 0.010 0.039 0.039 0.019 0.025 0.202 0.046 0.621 130 D 0.015 0.256 0.020 0.005 0.012 0.095 0.036 0.561 131 S 0.155 0.761 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 0.029 132 Q 0.082 0.756 0.006 0.002 0.002 0.021 0.060 0.072 133 E 0.052 0.643 0.013 0.004 0.007 0.035 0.112 0.134 134 Y 0.144 0.438 0.031 0.005 0.011 0.039 0.220 0.112 135 A 0.179 0.112 0.080 0.019 0.020 0.076 0.303 0.211 136 D 0.179 0.061 0.028 0.030 0.041 0.092 0.056 0.513 137 Y 0.085 0.025 0.028 0.015 0.025 0.113 0.043 0.665 138 F 0.045 0.013 0.047 0.016 0.018 0.222 0.083 0.556 139 G 0.113 0.030 0.017 0.011 0.024 0.120 0.075 0.610 140 E 0.101 0.022 0.014 0.015 0.019 0.116 0.046 0.667 141 E 0.017 0.018 0.074 0.061 0.120 0.138 0.047 0.525 142 T 0.026 0.040 0.052 0.050 0.125 0.092 0.061 0.554 143 V 0.044 0.032 0.077 0.142 0.168 0.087 0.066 0.384 144 P 0.035 0.008 0.138 0.130 0.159 0.071 0.093 0.367 145 Y 0.094 0.002 0.062 0.109 0.181 0.069 0.053 0.429 146 L 0.162 0.001 0.033 0.047 0.062 0.087 0.044 0.564 147 R 0.033 0.001 0.015 0.014 0.027 0.126 0.020 0.764 148 G 0.019 0.002 0.018 0.011 0.032 0.101 0.031 0.787