# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.4782 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.155 0.111 0.047 0.106 0.101 0.097 0.125 0.094 0.077 0.055 0.032 2 P 0.234 0.165 0.056 0.132 0.098 0.079 0.097 0.061 0.041 0.024 0.012 3 Q 0.269 0.144 0.072 0.163 0.110 0.076 0.072 0.043 0.028 0.015 0.008 4 S 0.172 0.091 0.058 0.118 0.111 0.101 0.128 0.092 0.065 0.040 0.025 5 Y 0.059 0.081 0.050 0.158 0.147 0.126 0.151 0.100 0.068 0.040 0.020 6 F 0.027 0.026 0.025 0.049 0.063 0.105 0.186 0.145 0.163 0.136 0.076 7 N 0.138 0.180 0.149 0.228 0.136 0.064 0.051 0.027 0.015 0.008 0.004 8 A 0.202 0.157 0.110 0.175 0.113 0.073 0.081 0.045 0.024 0.014 0.006 9 A 0.179 0.109 0.060 0.129 0.112 0.100 0.130 0.079 0.052 0.033 0.017 10 A 0.273 0.218 0.103 0.157 0.090 0.053 0.050 0.029 0.015 0.009 0.004 11 K 0.132 0.148 0.122 0.188 0.130 0.095 0.088 0.050 0.026 0.016 0.007 12 R 0.141 0.123 0.101 0.149 0.120 0.103 0.111 0.069 0.042 0.029 0.012 13 Q 0.106 0.117 0.123 0.179 0.132 0.113 0.113 0.064 0.031 0.017 0.006 14 K 0.085 0.111 0.146 0.210 0.143 0.107 0.094 0.054 0.026 0.016 0.006 15 Y 0.033 0.022 0.035 0.051 0.062 0.120 0.203 0.150 0.150 0.118 0.057 16 A 0.093 0.153 0.151 0.250 0.152 0.073 0.059 0.036 0.018 0.010 0.005 17 M 0.024 0.025 0.042 0.053 0.066 0.098 0.176 0.154 0.151 0.129 0.081 18 K 0.088 0.158 0.105 0.201 0.159 0.103 0.089 0.049 0.026 0.015 0.007 19 P 0.323 0.130 0.077 0.127 0.096 0.071 0.080 0.050 0.026 0.013 0.007 20 G 0.392 0.145 0.064 0.126 0.084 0.053 0.061 0.035 0.020 0.012 0.007 21 L 0.046 0.057 0.024 0.059 0.068 0.101 0.186 0.133 0.146 0.112 0.069 22 S 0.198 0.286 0.110 0.176 0.109 0.049 0.038 0.018 0.009 0.004 0.002 23 A 0.455 0.164 0.105 0.129 0.064 0.033 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 24 L 0.268 0.108 0.072 0.147 0.107 0.086 0.101 0.057 0.028 0.018 0.009 25 E 0.071 0.207 0.099 0.211 0.145 0.086 0.082 0.053 0.025 0.015 0.005 26 K 0.017 0.028 0.050 0.087 0.125 0.173 0.221 0.145 0.080 0.054 0.018 27 N 0.092 0.077 0.325 0.203 0.108 0.080 0.063 0.029 0.012 0.007 0.002 28 A 0.023 0.047 0.160 0.205 0.152 0.162 0.156 0.057 0.023 0.010 0.004 29 V 0.002 0.004 0.012 0.011 0.021 0.026 0.073 0.112 0.220 0.237 0.282 30 I 0.001 0.002 0.010 0.016 0.046 0.075 0.180 0.172 0.200 0.185 0.111 31 K 0.009 0.030 0.449 0.213 0.132 0.078 0.051 0.019 0.011 0.006 0.003 32 A 0.004 0.008 0.077 0.072 0.116 0.145 0.290 0.155 0.072 0.039 0.022 33 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.018 0.055 0.092 0.247 0.275 0.291 34 Y 0.001 0.003 0.011 0.019 0.037 0.056 0.157 0.157 0.222 0.205 0.132 35 R 0.006 0.018 0.175 0.130 0.143 0.156 0.145 0.080 0.070 0.049 0.029 36 Q 0.008 0.009 0.048 0.043 0.088 0.103 0.232 0.225 0.111 0.083 0.051 37 I 0.004 0.007 0.017 0.020 0.028 0.054 0.116 0.136 0.225 0.252 0.140 38 F 0.004 0.005 0.011 0.020 0.039 0.065 0.184 0.164 0.217 0.175 0.115 39 E 0.075 0.140 0.261 0.234 0.110 0.072 0.054 0.023 0.017 0.010 0.004 40 R 0.073 0.074 0.133 0.168 0.148 0.128 0.150 0.070 0.032 0.015 0.009 41 D 0.175 0.154 0.085 0.136 0.101 0.087 0.106 0.074 0.040 0.027 0.016 42 I 0.028 0.031 0.029 0.065 0.083 0.109 0.175 0.153 0.139 0.105 0.083 43 T 0.126 0.097 0.118 0.135 0.121 0.101 0.117 0.076 0.051 0.035 0.021 44 K 0.094 0.094 0.132 0.208 0.156 0.107 0.106 0.050 0.029 0.015 0.008 45 A 0.061 0.038 0.043 0.057 0.068 0.087 0.153 0.134 0.145 0.121 0.094 46 Y 0.045 0.080 0.058 0.145 0.142 0.122 0.165 0.104 0.074 0.044 0.022 47 S 0.105 0.094 0.110 0.152 0.124 0.106 0.123 0.077 0.055 0.035 0.018 48 Q 0.223 0.128 0.145 0.181 0.114 0.071 0.067 0.035 0.019 0.011 0.006 49 S 0.084 0.124 0.095 0.178 0.131 0.106 0.127 0.075 0.042 0.025 0.011 50 I 0.026 0.031 0.035 0.058 0.071 0.102 0.173 0.149 0.159 0.126 0.070 51 S 0.102 0.132 0.168 0.201 0.129 0.094 0.084 0.043 0.025 0.014 0.007 52 Y 0.077 0.072 0.150 0.181 0.145 0.112 0.114 0.070 0.041 0.024 0.013 53 L 0.019 0.029 0.039 0.048 0.063 0.101 0.204 0.157 0.159 0.120 0.061 54 E 0.016 0.021 0.037 0.090 0.131 0.124 0.182 0.163 0.118 0.073 0.044 55 S 0.129 0.065 0.160 0.126 0.095 0.087 0.125 0.091 0.060 0.042 0.019 56 Q 0.026 0.047 0.083 0.201 0.200 0.138 0.165 0.075 0.039 0.016 0.009 57 V 0.007 0.004 0.009 0.009 0.016 0.016 0.063 0.133 0.187 0.258 0.298 58 R 0.023 0.152 0.185 0.264 0.173 0.087 0.060 0.027 0.016 0.010 0.004 59 N 0.172 0.186 0.148 0.176 0.120 0.071 0.060 0.033 0.018 0.011 0.006 60 G 0.541 0.125 0.044 0.083 0.056 0.041 0.053 0.031 0.014 0.007 0.004 61 D 0.292 0.255 0.070 0.168 0.081 0.050 0.047 0.019 0.011 0.005 0.003 62 I 0.037 0.016 0.019 0.027 0.039 0.070 0.125 0.121 0.183 0.181 0.182 63 S 0.078 0.304 0.122 0.257 0.141 0.047 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 64 M 0.005 0.007 0.012 0.016 0.029 0.041 0.105 0.141 0.224 0.213 0.207 65 K 0.078 0.072 0.096 0.220 0.200 0.138 0.100 0.050 0.026 0.013 0.007 66 E 0.041 0.056 0.126 0.212 0.151 0.140 0.149 0.071 0.031 0.016 0.007 67 F 0.002 0.004 0.013 0.019 0.040 0.053 0.123 0.163 0.206 0.205 0.171 68 V 0.001 0.002 0.004 0.008 0.018 0.033 0.104 0.122 0.250 0.286 0.173 69 R 0.010 0.033 0.277 0.241 0.167 0.114 0.078 0.037 0.025 0.013 0.005 70 R 0.010 0.027 0.136 0.156 0.157 0.165 0.210 0.084 0.032 0.015 0.007 71 L 0.001 0.001 0.006 0.007 0.013 0.023 0.062 0.113 0.202 0.257 0.315 72 A 0.007 0.005 0.013 0.019 0.040 0.067 0.147 0.141 0.210 0.204 0.146 73 K 0.008 0.074 0.229 0.192 0.163 0.112 0.107 0.048 0.035 0.022 0.010 74 S 0.007 0.017 0.040 0.048 0.086 0.145 0.258 0.151 0.126 0.075 0.049 75 P 0.644 0.119 0.077 0.078 0.032 0.019 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 76 L 0.120 0.068 0.093 0.160 0.138 0.118 0.158 0.075 0.037 0.020 0.012 77 Y 0.007 0.017 0.028 0.041 0.059 0.078 0.131 0.144 0.187 0.188 0.119 78 R 0.010 0.021 0.045 0.078 0.109 0.168 0.275 0.133 0.086 0.058 0.017 79 K 0.021 0.066 0.589 0.193 0.065 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 80 Q 0.028 0.041 0.125 0.168 0.153 0.175 0.175 0.081 0.030 0.016 0.007 81 F 0.018 0.017 0.024 0.032 0.036 0.054 0.123 0.160 0.206 0.198 0.133 82 F 0.025 0.029 0.043 0.060 0.082 0.121 0.203 0.144 0.133 0.102 0.057 83 E 0.107 0.127 0.306 0.210 0.113 0.052 0.039 0.021 0.013 0.007 0.004 84 P 0.155 0.077 0.076 0.107 0.106 0.111 0.177 0.095 0.051 0.028 0.016 85 F 0.064 0.058 0.036 0.080 0.083 0.102 0.164 0.138 0.125 0.089 0.059 86 I 0.064 0.064 0.042 0.094 0.101 0.104 0.154 0.132 0.113 0.080 0.053 87 N 0.082 0.084 0.086 0.161 0.146 0.102 0.125 0.085 0.062 0.040 0.026 88 S 0.039 0.033 0.043 0.074 0.086 0.104 0.177 0.136 0.137 0.105 0.066 89 R 0.027 0.049 0.057 0.148 0.148 0.135 0.176 0.113 0.079 0.045 0.024 90 A 0.010 0.016 0.028 0.054 0.070 0.072 0.140 0.151 0.180 0.157 0.123 91 L 0.001 0.003 0.007 0.012 0.021 0.038 0.086 0.112 0.226 0.253 0.241 92 E 0.008 0.015 0.050 0.091 0.137 0.151 0.202 0.120 0.109 0.071 0.044 93 L 0.005 0.007 0.043 0.042 0.064 0.087 0.173 0.158 0.167 0.154 0.101 94 A 0.002 0.005 0.018 0.030 0.050 0.077 0.161 0.144 0.213 0.187 0.112 95 F 0.002 0.004 0.009 0.016 0.023 0.042 0.119 0.129 0.253 0.259 0.144 96 R 0.009 0.038 0.130 0.178 0.153 0.144 0.133 0.079 0.066 0.041 0.027 97 H 0.011 0.017 0.058 0.077 0.111 0.126 0.205 0.176 0.098 0.075 0.046 98 I 0.003 0.006 0.012 0.013 0.017 0.038 0.076 0.102 0.212 0.280 0.240 99 L 0.010 0.013 0.015 0.038 0.066 0.080 0.156 0.164 0.188 0.141 0.129 100 G 0.171 0.080 0.087 0.122 0.092 0.073 0.105 0.076 0.085 0.067 0.043 101 R 0.039 0.051 0.044 0.093 0.110 0.147 0.209 0.120 0.095 0.057 0.035 102 G 0.148 0.118 0.046 0.135 0.122 0.092 0.125 0.100 0.060 0.034 0.021 103 P 0.227 0.103 0.044 0.092 0.085 0.072 0.114 0.092 0.071 0.056 0.046 104 S 0.139 0.163 0.054 0.149 0.136 0.097 0.105 0.066 0.045 0.028 0.017 105 S 0.174 0.336 0.056 0.126 0.078 0.063 0.073 0.040 0.030 0.018 0.008 106 R 0.278 0.103 0.053 0.150 0.135 0.104 0.103 0.039 0.021 0.009 0.006 107 E 0.645 0.126 0.104 0.080 0.026 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 108 E 0.005 0.010 0.018 0.046 0.064 0.189 0.237 0.123 0.159 0.111 0.040 109 V 0.005 0.013 0.022 0.035 0.054 0.081 0.196 0.175 0.184 0.167 0.068 110 Q 0.009 0.031 0.382 0.229 0.140 0.104 0.058 0.026 0.012 0.007 0.002 111 K 0.018 0.059 0.478 0.205 0.110 0.062 0.040 0.019 0.006 0.003 0.001 112 Y 0.006 0.008 0.018 0.036 0.056 0.074 0.171 0.235 0.177 0.139 0.080 113 F 0.008 0.007 0.013 0.019 0.035 0.073 0.177 0.179 0.202 0.185 0.103 114 S 0.034 0.068 0.414 0.246 0.131 0.051 0.031 0.013 0.006 0.003 0.002 115 I 0.022 0.014 0.066 0.050 0.083 0.131 0.237 0.149 0.112 0.087 0.050 116 V 0.012 0.021 0.022 0.045 0.058 0.087 0.169 0.150 0.192 0.154 0.089 117 S 0.021 0.029 0.034 0.063 0.077 0.118 0.230 0.144 0.136 0.099 0.049 118 S 0.103 0.178 0.236 0.225 0.120 0.063 0.039 0.017 0.010 0.006 0.003 119 G 0.341 0.168 0.077 0.144 0.094 0.060 0.062 0.031 0.013 0.006 0.004 120 G 0.335 0.163 0.033 0.086 0.060 0.050 0.068 0.060 0.059 0.050 0.035 121 L 0.017 0.029 0.013 0.047 0.070 0.115 0.188 0.153 0.156 0.123 0.087 122 P 0.178 0.176 0.174 0.219 0.127 0.062 0.032 0.016 0.008 0.005 0.003 123 A 0.060 0.036 0.057 0.091 0.097 0.162 0.214 0.121 0.083 0.052 0.027 124 L 0.016 0.033 0.027 0.095 0.106 0.114 0.191 0.147 0.132 0.087 0.051 125 V 0.002 0.003 0.004 0.009 0.017 0.027 0.079 0.116 0.228 0.266 0.251 126 D 0.022 0.061 0.175 0.246 0.202 0.118 0.072 0.044 0.030 0.019 0.010 127 A 0.025 0.032 0.060 0.112 0.121 0.130 0.214 0.147 0.082 0.053 0.024 128 L 0.006 0.008 0.011 0.028 0.042 0.067 0.121 0.142 0.191 0.200 0.183 129 V 0.012 0.007 0.009 0.016 0.034 0.053 0.119 0.138 0.226 0.203 0.182 130 D 0.031 0.213 0.156 0.201 0.139 0.081 0.079 0.040 0.030 0.021 0.009 131 S 0.013 0.026 0.025 0.060 0.099 0.159 0.264 0.130 0.122 0.063 0.040 132 Q 0.898 0.054 0.018 0.018 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.057 0.063 0.065 0.184 0.155 0.161 0.180 0.072 0.037 0.018 0.009 134 Y 0.004 0.010 0.015 0.024 0.035 0.047 0.092 0.140 0.223 0.240 0.170 135 A 0.009 0.016 0.029 0.067 0.104 0.183 0.294 0.142 0.085 0.056 0.015 136 D 0.018 0.071 0.668 0.175 0.043 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 137 Y 0.028 0.019 0.037 0.078 0.112 0.176 0.271 0.160 0.063 0.040 0.016 138 F 0.020 0.027 0.019 0.033 0.035 0.056 0.114 0.151 0.219 0.190 0.136 139 G 0.165 0.116 0.077 0.113 0.113 0.087 0.137 0.083 0.054 0.035 0.020 140 E 0.212 0.142 0.223 0.195 0.095 0.050 0.039 0.019 0.013 0.008 0.004 141 E 0.303 0.169 0.075 0.126 0.086 0.071 0.087 0.041 0.024 0.012 0.006 142 T 0.076 0.071 0.030 0.080 0.074 0.093 0.139 0.132 0.134 0.104 0.065 143 V 0.034 0.037 0.023 0.066 0.079 0.122 0.169 0.149 0.146 0.109 0.066 144 P 0.092 0.101 0.095 0.145 0.114 0.088 0.103 0.090 0.078 0.056 0.038 145 Y 0.047 0.029 0.033 0.082 0.110 0.106 0.176 0.170 0.122 0.077 0.050 146 L 0.107 0.107 0.061 0.119 0.099 0.087 0.132 0.104 0.088 0.061 0.035 147 R 0.086 0.087 0.054 0.150 0.150 0.105 0.142 0.101 0.066 0.036 0.023 148 G 0.505 0.160 0.057 0.091 0.055 0.034 0.041 0.024 0.016 0.010 0.005