# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.4782 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.004 0.004 0.022 0.015 0.030 0.038 0.001 0.001 0.002 0.864 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 Q 0.011 0.002 0.001 0.033 0.034 0.100 0.062 0.001 0.001 0.004 0.753 4 S 0.185 0.008 0.002 0.062 0.031 0.044 0.068 0.001 0.001 0.003 0.596 5 Y 0.166 0.034 0.002 0.100 0.069 0.117 0.070 0.001 0.001 0.004 0.439 6 F 0.099 0.057 0.006 0.134 0.087 0.138 0.090 0.001 0.001 0.005 0.384 7 N 0.041 0.057 0.002 0.070 0.078 0.108 0.117 0.002 0.001 0.004 0.521 8 A 0.042 0.050 0.004 0.040 0.027 0.055 0.089 0.002 0.001 0.005 0.686 9 A 0.062 0.080 0.002 0.031 0.025 0.050 0.189 0.005 0.001 0.006 0.548 10 A 0.157 0.102 0.004 0.020 0.019 0.041 0.152 0.007 0.001 0.011 0.487 11 K 0.218 0.197 0.007 0.020 0.019 0.038 0.099 0.010 0.001 0.008 0.385 12 R 0.199 0.146 0.020 0.022 0.024 0.038 0.046 0.010 0.001 0.008 0.487 13 Q 0.145 0.121 0.037 0.048 0.060 0.073 0.081 0.007 0.001 0.009 0.420 14 K 0.044 0.058 0.016 0.041 0.040 0.063 0.047 0.003 0.001 0.003 0.683 15 Y 0.057 0.080 0.007 0.105 0.165 0.198 0.046 0.002 0.001 0.005 0.334 16 A 0.064 0.070 0.007 0.108 0.108 0.157 0.064 0.006 0.001 0.005 0.411 17 M 0.099 0.067 0.010 0.106 0.083 0.157 0.054 0.005 0.001 0.004 0.415 18 K 0.056 0.043 0.005 0.093 0.080 0.160 0.097 0.003 0.001 0.004 0.461 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 20 G 0.029 0.008 0.001 0.033 0.035 0.126 0.124 0.001 0.001 0.007 0.636 21 L 0.453 0.017 0.017 0.032 0.013 0.030 0.071 0.001 0.001 0.007 0.358 22 S 0.099 0.045 0.003 0.015 0.030 0.039 0.235 0.001 0.001 0.004 0.530 23 A 0.069 0.036 0.005 0.011 0.007 0.015 0.075 0.001 0.001 0.005 0.776 24 L 0.031 0.109 0.001 0.006 0.007 0.011 0.294 0.002 0.001 0.003 0.536 25 E 0.145 0.093 0.003 0.005 0.002 0.006 0.378 0.003 0.001 0.006 0.359 26 K 0.067 0.606 0.003 0.004 0.003 0.006 0.075 0.002 0.001 0.002 0.232 27 N 0.033 0.711 0.003 0.002 0.005 0.007 0.052 0.002 0.001 0.001 0.183 28 A 0.013 0.812 0.002 0.001 0.002 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.142 29 V 0.006 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.059 30 I 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 31 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 32 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 33 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 34 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 35 R 0.007 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 36 Q 0.035 0.939 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 37 I 0.011 0.952 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 38 F 0.022 0.875 0.009 0.002 0.003 0.004 0.005 0.012 0.001 0.001 0.069 39 E 0.053 0.781 0.010 0.003 0.003 0.005 0.017 0.024 0.001 0.001 0.103 40 R 0.133 0.629 0.014 0.004 0.005 0.007 0.021 0.038 0.001 0.002 0.147 41 D 0.290 0.317 0.037 0.005 0.003 0.005 0.029 0.027 0.001 0.005 0.282 42 I 0.105 0.391 0.138 0.015 0.011 0.014 0.070 0.016 0.001 0.004 0.237 43 T 0.104 0.253 0.025 0.029 0.039 0.051 0.100 0.011 0.001 0.006 0.382 44 K 0.072 0.197 0.021 0.032 0.021 0.033 0.058 0.006 0.001 0.003 0.555 45 A 0.064 0.291 0.007 0.039 0.049 0.081 0.098 0.005 0.001 0.004 0.361 46 Y 0.122 0.309 0.008 0.030 0.023 0.050 0.111 0.010 0.001 0.006 0.331 47 S 0.096 0.462 0.004 0.021 0.023 0.038 0.068 0.013 0.001 0.005 0.270 48 Q 0.200 0.275 0.022 0.020 0.016 0.024 0.056 0.011 0.001 0.008 0.368 49 S 0.105 0.205 0.018 0.020 0.011 0.022 0.187 0.014 0.001 0.007 0.410 50 I 0.177 0.152 0.037 0.023 0.029 0.065 0.111 0.007 0.001 0.009 0.390 51 S 0.072 0.220 0.010 0.022 0.032 0.046 0.097 0.003 0.001 0.006 0.491 52 Y 0.046 0.199 0.020 0.020 0.021 0.034 0.115 0.003 0.001 0.005 0.537 53 L 0.062 0.375 0.010 0.042 0.027 0.076 0.087 0.004 0.001 0.003 0.313 54 E 0.061 0.457 0.004 0.026 0.031 0.066 0.122 0.006 0.001 0.003 0.223 55 S 0.062 0.683 0.003 0.009 0.037 0.030 0.028 0.004 0.001 0.002 0.142 56 Q 0.095 0.673 0.002 0.005 0.043 0.048 0.013 0.007 0.001 0.002 0.111 57 V 0.043 0.792 0.005 0.006 0.039 0.040 0.012 0.007 0.001 0.002 0.055 58 R 0.054 0.546 0.006 0.011 0.045 0.083 0.082 0.030 0.001 0.002 0.141 59 N 0.134 0.339 0.016 0.015 0.028 0.060 0.028 0.043 0.001 0.017 0.319 60 G 0.401 0.039 0.053 0.011 0.017 0.012 0.039 0.020 0.001 0.026 0.381 61 D 0.322 0.009 0.284 0.008 0.004 0.005 0.154 0.002 0.001 0.027 0.186 62 I 0.044 0.018 0.059 0.071 0.071 0.088 0.235 0.001 0.001 0.011 0.403 63 S 0.007 0.009 0.001 0.017 0.069 0.166 0.209 0.001 0.001 0.007 0.515 64 M 0.007 0.015 0.002 0.015 0.016 0.042 0.074 0.001 0.001 0.001 0.830 65 K 0.002 0.036 0.001 0.005 0.015 0.036 0.438 0.001 0.001 0.001 0.467 66 E 0.016 0.067 0.001 0.002 0.004 0.006 0.581 0.001 0.001 0.002 0.322 67 F 0.009 0.914 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.065 68 V 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 69 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 R 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.013 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 73 K 0.053 0.771 0.061 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.001 0.001 0.049 74 S 0.146 0.592 0.034 0.002 0.004 0.003 0.008 0.120 0.001 0.001 0.090 75 P 0.005 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.956 76 L 0.006 0.067 0.007 0.002 0.001 0.002 0.657 0.005 0.001 0.001 0.253 77 Y 0.501 0.210 0.003 0.005 0.004 0.010 0.098 0.007 0.001 0.007 0.154 78 R 0.092 0.815 0.002 0.003 0.006 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.062 79 K 0.072 0.673 0.024 0.007 0.017 0.015 0.014 0.005 0.001 0.001 0.171 80 Q 0.134 0.561 0.011 0.014 0.027 0.024 0.019 0.010 0.001 0.002 0.198 81 F 0.177 0.393 0.011 0.022 0.030 0.038 0.023 0.034 0.001 0.003 0.268 82 F 0.161 0.220 0.065 0.040 0.050 0.104 0.034 0.039 0.001 0.006 0.281 83 E 0.056 0.084 0.039 0.049 0.066 0.082 0.064 0.008 0.001 0.003 0.548 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 85 F 0.036 0.010 0.002 0.042 0.044 0.132 0.103 0.002 0.001 0.007 0.621 86 I 0.190 0.022 0.007 0.042 0.027 0.039 0.098 0.002 0.001 0.007 0.568 87 N 0.053 0.025 0.002 0.024 0.019 0.038 0.086 0.001 0.001 0.003 0.750 88 S 0.072 0.027 0.005 0.026 0.020 0.033 0.101 0.001 0.001 0.010 0.705 89 R 0.101 0.039 0.004 0.033 0.032 0.030 0.310 0.001 0.001 0.007 0.443 90 A 0.013 0.059 0.004 0.024 0.013 0.020 0.202 0.001 0.001 0.003 0.661 91 L 0.028 0.229 0.004 0.120 0.104 0.183 0.059 0.001 0.001 0.004 0.269 92 E 0.007 0.628 0.002 0.030 0.039 0.052 0.055 0.001 0.001 0.002 0.185 93 L 0.015 0.769 0.001 0.020 0.048 0.038 0.013 0.001 0.001 0.001 0.095 94 A 0.005 0.915 0.001 0.003 0.009 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.049 95 F 0.014 0.924 0.003 0.003 0.007 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.031 96 R 0.045 0.869 0.003 0.004 0.005 0.012 0.006 0.006 0.001 0.001 0.050 97 H 0.038 0.863 0.005 0.003 0.004 0.005 0.008 0.012 0.001 0.001 0.059 98 I 0.122 0.757 0.007 0.002 0.002 0.003 0.008 0.030 0.001 0.001 0.068 99 L 0.124 0.734 0.020 0.007 0.004 0.005 0.006 0.047 0.001 0.001 0.052 100 G 0.220 0.349 0.052 0.023 0.011 0.015 0.027 0.102 0.001 0.003 0.198 101 R 0.138 0.125 0.347 0.030 0.011 0.019 0.030 0.021 0.001 0.005 0.273 102 G 0.043 0.039 0.025 0.045 0.017 0.017 0.150 0.007 0.001 0.003 0.653 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 104 S 0.037 0.022 0.003 0.032 0.012 0.028 0.249 0.001 0.001 0.005 0.610 105 S 0.129 0.018 0.002 0.006 0.002 0.003 0.206 0.001 0.001 0.004 0.629 106 R 0.045 0.043 0.002 0.005 0.002 0.002 0.053 0.001 0.001 0.002 0.846 107 E 0.007 0.087 0.001 0.002 0.001 0.002 0.345 0.001 0.001 0.001 0.554 108 E 0.078 0.107 0.001 0.001 0.001 0.002 0.652 0.001 0.001 0.002 0.153 109 V 0.021 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 110 Q 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 111 K 0.007 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.035 112 Y 0.019 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 113 F 0.019 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.014 114 S 0.015 0.908 0.026 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.036 115 I 0.008 0.958 0.008 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 116 V 0.011 0.957 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 117 S 0.013 0.935 0.002 0.003 0.004 0.006 0.005 0.009 0.001 0.001 0.022 118 S 0.045 0.805 0.004 0.005 0.003 0.006 0.009 0.032 0.001 0.001 0.088 119 G 0.325 0.242 0.015 0.008 0.004 0.006 0.028 0.126 0.001 0.007 0.239 120 G 0.375 0.039 0.285 0.005 0.002 0.002 0.060 0.013 0.001 0.012 0.206 121 L 0.034 0.045 0.251 0.023 0.011 0.015 0.205 0.002 0.001 0.004 0.409 122 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 123 A 0.022 0.038 0.002 0.061 0.046 0.067 0.136 0.001 0.001 0.005 0.622 124 L 0.095 0.240 0.004 0.080 0.039 0.048 0.141 0.001 0.001 0.004 0.348 125 V 0.095 0.377 0.004 0.134 0.056 0.104 0.036 0.001 0.001 0.002 0.191 126 D 0.018 0.639 0.002 0.089 0.035 0.052 0.019 0.002 0.001 0.002 0.142 127 A 0.041 0.610 0.004 0.051 0.030 0.028 0.064 0.010 0.001 0.002 0.160 128 L 0.250 0.481 0.003 0.057 0.017 0.040 0.029 0.017 0.001 0.003 0.104 129 V 0.135 0.477 0.049 0.105 0.027 0.046 0.036 0.016 0.001 0.007 0.101 130 D 0.063 0.210 0.041 0.030 0.019 0.032 0.093 0.015 0.001 0.004 0.494 131 S 0.063 0.154 0.076 0.036 0.012 0.032 0.096 0.012 0.001 0.010 0.509 132 Q 0.012 0.059 0.003 0.005 0.003 0.002 0.230 0.001 0.001 0.003 0.684 133 E 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.822 0.001 0.001 0.001 0.154 134 Y 0.262 0.343 0.003 0.006 0.003 0.004 0.282 0.003 0.001 0.006 0.089 135 A 0.030 0.935 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 136 D 0.021 0.865 0.003 0.002 0.002 0.002 0.013 0.006 0.001 0.001 0.086 137 Y 0.172 0.698 0.006 0.002 0.001 0.002 0.013 0.039 0.001 0.001 0.066 138 F 0.295 0.548 0.006 0.003 0.002 0.003 0.005 0.094 0.001 0.002 0.042 139 G 0.250 0.211 0.098 0.009 0.012 0.016 0.045 0.135 0.001 0.003 0.222 140 E 0.036 0.046 0.305 0.017 0.010 0.011 0.019 0.006 0.001 0.002 0.547 141 E 0.028 0.028 0.006 0.038 0.022 0.021 0.237 0.007 0.001 0.005 0.607 142 T 0.240 0.019 0.009 0.030 0.012 0.027 0.255 0.015 0.001 0.023 0.369 143 V 0.241 0.086 0.013 0.154 0.101 0.091 0.058 0.001 0.001 0.003 0.252 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 145 Y 0.019 0.004 0.001 0.111 0.116 0.300 0.055 0.001 0.001 0.004 0.390 146 L 0.085 0.018 0.002 0.062 0.078 0.121 0.079 0.001 0.001 0.005 0.550 147 R 0.075 0.019 0.002 0.035 0.079 0.116 0.106 0.002 0.001 0.006 0.560 148 G 0.112 0.013 0.003 0.026 0.032 0.045 0.087 0.002 0.001 0.015 0.666