# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.4782 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.314 0.379 0.005 0.037 0.014 0.006 0.001 0.223 0.003 0.001 2 P 0.206 0.005 0.687 0.012 0.003 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 3 Q 0.329 0.216 0.216 0.119 0.050 0.029 0.011 0.008 0.019 0.001 0.001 4 S 0.293 0.274 0.224 0.082 0.070 0.026 0.009 0.002 0.018 0.002 0.001 5 Y 0.235 0.339 0.175 0.110 0.069 0.033 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 6 F 0.277 0.318 0.192 0.080 0.057 0.036 0.009 0.001 0.028 0.002 0.001 7 N 0.273 0.172 0.275 0.099 0.062 0.054 0.023 0.002 0.032 0.006 0.002 8 A 0.508 0.086 0.185 0.116 0.039 0.024 0.016 0.003 0.016 0.005 0.002 9 A 0.567 0.071 0.174 0.112 0.023 0.019 0.013 0.002 0.014 0.003 0.001 10 A 0.544 0.078 0.172 0.132 0.018 0.019 0.018 0.002 0.012 0.002 0.001 11 K 0.322 0.158 0.250 0.147 0.029 0.033 0.029 0.003 0.026 0.002 0.001 12 R 0.286 0.150 0.358 0.097 0.030 0.033 0.020 0.002 0.021 0.002 0.002 13 Q 0.213 0.306 0.317 0.051 0.038 0.029 0.011 0.001 0.030 0.001 0.001 14 K 0.268 0.196 0.388 0.054 0.027 0.043 0.006 0.001 0.012 0.001 0.005 15 Y 0.162 0.475 0.182 0.073 0.054 0.022 0.006 0.002 0.022 0.001 0.001 16 A 0.142 0.403 0.269 0.053 0.060 0.037 0.010 0.001 0.024 0.001 0.002 17 M 0.150 0.360 0.281 0.085 0.046 0.044 0.010 0.002 0.019 0.002 0.002 18 K 0.019 0.345 0.309 0.006 0.036 0.014 0.005 0.001 0.262 0.004 0.001 19 P 0.153 0.003 0.761 0.017 0.003 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.046 20 G 0.050 0.014 0.083 0.051 0.050 0.024 0.043 0.602 0.004 0.079 0.001 21 L 0.167 0.180 0.468 0.101 0.033 0.030 0.004 0.002 0.011 0.003 0.002 22 S 0.193 0.134 0.402 0.073 0.046 0.088 0.016 0.002 0.036 0.009 0.001 23 A 0.859 0.010 0.068 0.030 0.007 0.015 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 24 L 0.938 0.004 0.013 0.033 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.914 0.009 0.012 0.051 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 26 K 0.985 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.961 0.004 0.006 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.945 0.006 0.008 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 F 0.706 0.015 0.023 0.217 0.009 0.007 0.016 0.001 0.006 0.001 0.001 39 E 0.533 0.017 0.060 0.205 0.014 0.018 0.129 0.014 0.007 0.005 0.001 40 R 0.525 0.046 0.087 0.237 0.018 0.015 0.052 0.009 0.007 0.004 0.001 41 D 0.318 0.083 0.166 0.275 0.026 0.043 0.064 0.005 0.016 0.003 0.001 42 I 0.326 0.266 0.199 0.111 0.031 0.025 0.022 0.002 0.016 0.001 0.001 43 T 0.264 0.296 0.234 0.065 0.051 0.049 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 44 K 0.353 0.271 0.232 0.049 0.033 0.033 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 45 A 0.388 0.197 0.228 0.073 0.043 0.037 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 46 Y 0.402 0.221 0.155 0.114 0.046 0.023 0.013 0.002 0.022 0.002 0.001 47 S 0.376 0.111 0.178 0.110 0.081 0.042 0.060 0.009 0.023 0.009 0.001 48 Q 0.593 0.105 0.124 0.101 0.034 0.014 0.013 0.002 0.010 0.002 0.001 49 S 0.517 0.131 0.136 0.119 0.038 0.027 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 50 I 0.524 0.189 0.166 0.053 0.023 0.023 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 51 S 0.643 0.145 0.104 0.050 0.023 0.019 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 52 Y 0.527 0.153 0.129 0.055 0.066 0.033 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 53 L 0.800 0.064 0.081 0.027 0.009 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 54 E 0.928 0.021 0.020 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 55 S 0.886 0.032 0.013 0.040 0.017 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 56 Q 0.811 0.049 0.034 0.065 0.020 0.007 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 57 V 0.726 0.101 0.081 0.062 0.009 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 58 R 0.749 0.080 0.057 0.072 0.011 0.010 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 59 N 0.164 0.017 0.106 0.436 0.013 0.011 0.232 0.009 0.006 0.006 0.001 60 G 0.038 0.005 0.017 0.025 0.019 0.003 0.207 0.625 0.001 0.060 0.001 61 D 0.118 0.187 0.453 0.123 0.038 0.037 0.027 0.003 0.013 0.001 0.001 62 I 0.083 0.439 0.396 0.018 0.018 0.026 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 63 S 0.062 0.277 0.440 0.026 0.056 0.123 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 64 M 0.741 0.127 0.074 0.016 0.020 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 65 K 0.958 0.013 0.016 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.974 0.003 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 F 0.983 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.993 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.984 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.921 0.006 0.004 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 A 0.832 0.018 0.039 0.068 0.017 0.008 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 73 K 0.381 0.064 0.141 0.351 0.009 0.037 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 74 S 0.320 0.064 0.361 0.019 0.036 0.064 0.026 0.002 0.098 0.011 0.001 75 P 0.993 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.965 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.882 0.007 0.006 0.098 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 R 0.973 0.006 0.008 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.967 0.005 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.926 0.010 0.007 0.046 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 81 F 0.723 0.039 0.033 0.178 0.008 0.006 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 82 F 0.615 0.089 0.072 0.158 0.013 0.014 0.026 0.001 0.010 0.001 0.001 83 E 0.138 0.192 0.383 0.024 0.033 0.021 0.012 0.001 0.194 0.003 0.001 84 P 0.577 0.003 0.354 0.034 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 85 F 0.280 0.121 0.162 0.268 0.034 0.065 0.023 0.018 0.026 0.002 0.001 86 I 0.358 0.170 0.274 0.112 0.026 0.028 0.014 0.002 0.012 0.002 0.001 87 N 0.371 0.055 0.151 0.177 0.048 0.091 0.077 0.007 0.017 0.006 0.001 88 S 0.637 0.099 0.098 0.103 0.028 0.017 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 89 R 0.809 0.069 0.054 0.027 0.018 0.014 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 90 A 0.876 0.065 0.032 0.007 0.005 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 L 0.957 0.032 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.984 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.986 0.006 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.987 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 F 0.981 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.975 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 H 0.887 0.014 0.010 0.071 0.008 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 98 I 0.865 0.021 0.022 0.069 0.006 0.005 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 99 L 0.351 0.038 0.066 0.491 0.008 0.006 0.029 0.001 0.008 0.001 0.001 100 G 0.099 0.015 0.074 0.048 0.057 0.013 0.238 0.287 0.006 0.163 0.001 101 R 0.105 0.140 0.419 0.236 0.026 0.035 0.022 0.003 0.010 0.002 0.002 102 G 0.027 0.111 0.390 0.011 0.108 0.024 0.026 0.019 0.143 0.140 0.001 103 P 0.328 0.009 0.548 0.027 0.006 0.031 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 104 S 0.291 0.138 0.248 0.199 0.044 0.050 0.009 0.005 0.012 0.002 0.001 105 S 0.233 0.080 0.332 0.075 0.079 0.091 0.026 0.005 0.054 0.023 0.001 106 R 0.947 0.002 0.027 0.014 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.983 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.976 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.993 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 K 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 Y 0.971 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 F 0.982 0.004 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 S 0.972 0.009 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 I 0.940 0.026 0.008 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 116 V 0.897 0.041 0.016 0.029 0.007 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 117 S 0.838 0.025 0.032 0.065 0.017 0.007 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 118 S 0.553 0.031 0.055 0.283 0.014 0.008 0.033 0.002 0.017 0.002 0.001 119 G 0.123 0.007 0.111 0.184 0.019 0.010 0.307 0.145 0.002 0.091 0.001 120 G 0.028 0.003 0.039 0.029 0.021 0.010 0.072 0.594 0.001 0.203 0.001 121 L 0.173 0.096 0.633 0.015 0.017 0.023 0.005 0.001 0.032 0.006 0.001 122 P 0.904 0.002 0.079 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 123 A 0.900 0.010 0.014 0.040 0.023 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 124 L 0.909 0.027 0.019 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 125 V 0.922 0.035 0.020 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 126 D 0.928 0.010 0.014 0.026 0.011 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 127 A 0.839 0.016 0.009 0.112 0.011 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 128 L 0.551 0.036 0.053 0.303 0.012 0.015 0.016 0.001 0.013 0.001 0.001 129 V 0.415 0.203 0.135 0.169 0.012 0.023 0.021 0.001 0.019 0.001 0.001 130 D 0.090 0.053 0.360 0.157 0.030 0.218 0.055 0.002 0.028 0.006 0.001 131 S 0.535 0.042 0.230 0.065 0.019 0.049 0.008 0.001 0.043 0.006 0.001 132 Q 0.991 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.980 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.939 0.007 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.984 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 D 0.967 0.004 0.002 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Y 0.900 0.005 0.007 0.070 0.007 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 138 F 0.247 0.019 0.080 0.601 0.006 0.005 0.031 0.002 0.008 0.002 0.001 139 G 0.088 0.006 0.045 0.021 0.018 0.008 0.233 0.380 0.003 0.199 0.001 140 E 0.528 0.058 0.209 0.169 0.012 0.012 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 141 E 0.290 0.081 0.157 0.316 0.035 0.049 0.048 0.005 0.014 0.004 0.001 142 T 0.227 0.219 0.190 0.214 0.047 0.048 0.027 0.004 0.018 0.002 0.002 143 V 0.061 0.442 0.304 0.010 0.044 0.013 0.007 0.001 0.115 0.002 0.001 144 P 0.188 0.015 0.687 0.015 0.003 0.033 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 145 Y 0.202 0.255 0.307 0.085 0.057 0.041 0.009 0.006 0.036 0.002 0.001 146 L 0.137 0.278 0.408 0.054 0.033 0.043 0.006 0.001 0.036 0.001 0.003 147 R 0.110 0.277 0.377 0.112 0.040 0.021 0.033 0.002 0.024 0.002 0.002 148 G 0.026 0.026 0.072 0.019 0.137 0.014 0.042 0.328 0.007 0.329 0.001