# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.4782 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.366 0.219 0.028 0.185 0.013 0.012 0.026 0.019 0.034 0.025 2 P 0.072 0.237 0.114 0.035 0.149 0.029 0.051 0.134 0.103 0.042 0.033 3 Q 0.089 0.114 0.057 0.024 0.137 0.023 0.043 0.166 0.161 0.137 0.050 4 S 0.086 0.222 0.060 0.011 0.236 0.015 0.033 0.146 0.082 0.074 0.035 5 Y 0.185 0.111 0.034 0.009 0.269 0.011 0.030 0.120 0.054 0.104 0.072 6 F 0.103 0.251 0.093 0.027 0.215 0.029 0.029 0.099 0.043 0.067 0.044 7 N 0.083 0.212 0.131 0.044 0.156 0.029 0.039 0.135 0.067 0.063 0.040 8 A 0.057 0.083 0.049 0.022 0.082 0.021 0.043 0.257 0.212 0.137 0.038 9 A 0.049 0.139 0.069 0.021 0.103 0.021 0.060 0.237 0.173 0.098 0.031 10 A 0.073 0.078 0.041 0.019 0.098 0.024 0.066 0.206 0.143 0.198 0.053 11 K 0.089 0.240 0.102 0.020 0.201 0.016 0.032 0.113 0.066 0.083 0.038 12 R 0.127 0.123 0.060 0.030 0.169 0.033 0.050 0.141 0.088 0.118 0.062 13 Q 0.087 0.308 0.110 0.017 0.223 0.016 0.027 0.092 0.047 0.045 0.029 14 K 0.233 0.092 0.021 0.008 0.278 0.012 0.034 0.106 0.074 0.079 0.063 15 Y 0.111 0.252 0.071 0.014 0.310 0.020 0.025 0.072 0.044 0.042 0.039 16 A 0.194 0.136 0.033 0.007 0.409 0.009 0.022 0.059 0.028 0.045 0.056 17 M 0.214 0.140 0.049 0.010 0.295 0.013 0.027 0.039 0.028 0.108 0.077 18 K 0.054 0.390 0.253 0.037 0.169 0.016 0.011 0.020 0.012 0.017 0.022 19 P 0.040 0.225 0.088 0.049 0.076 0.061 0.120 0.137 0.130 0.048 0.025 20 G 0.044 0.114 0.146 0.050 0.079 0.017 0.024 0.098 0.080 0.274 0.075 21 L 0.052 0.234 0.077 0.018 0.114 0.024 0.040 0.157 0.099 0.147 0.039 22 S 0.018 0.467 0.275 0.018 0.073 0.006 0.009 0.066 0.036 0.020 0.011 23 A 0.007 0.008 0.003 0.001 0.007 0.002 0.008 0.615 0.327 0.019 0.004 24 L 0.002 0.010 0.004 0.001 0.006 0.002 0.011 0.816 0.128 0.019 0.002 25 E 0.005 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.860 0.073 0.041 0.004 26 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.949 0.038 0.005 0.001 27 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.054 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.009 0.004 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.027 0.008 0.001 33 A 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.871 0.092 0.010 0.004 34 Y 0.008 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.024 0.826 0.118 0.008 0.004 35 R 0.009 0.015 0.003 0.001 0.016 0.003 0.017 0.840 0.083 0.011 0.002 36 Q 0.043 0.054 0.007 0.001 0.086 0.002 0.028 0.687 0.052 0.033 0.007 37 I 0.096 0.071 0.013 0.002 0.112 0.005 0.029 0.516 0.056 0.070 0.030 38 F 0.050 0.107 0.042 0.043 0.077 0.047 0.073 0.385 0.080 0.063 0.034 39 E 0.038 0.049 0.039 0.073 0.050 0.042 0.075 0.367 0.132 0.108 0.027 40 R 0.022 0.050 0.058 0.046 0.043 0.026 0.049 0.316 0.200 0.165 0.025 41 D 0.074 0.100 0.036 0.007 0.129 0.009 0.045 0.272 0.160 0.128 0.040 42 I 0.149 0.118 0.022 0.006 0.198 0.012 0.041 0.216 0.114 0.076 0.050 43 T 0.108 0.204 0.049 0.016 0.238 0.025 0.038 0.189 0.058 0.041 0.034 44 K 0.151 0.092 0.029 0.010 0.199 0.014 0.033 0.264 0.082 0.075 0.051 45 A 0.086 0.121 0.049 0.012 0.147 0.016 0.043 0.315 0.088 0.081 0.042 46 Y 0.085 0.111 0.040 0.017 0.131 0.024 0.046 0.297 0.093 0.117 0.041 47 S 0.068 0.119 0.053 0.019 0.117 0.016 0.028 0.326 0.133 0.086 0.035 48 Q 0.026 0.050 0.025 0.011 0.043 0.017 0.048 0.492 0.202 0.066 0.020 49 S 0.059 0.088 0.029 0.006 0.090 0.010 0.042 0.376 0.136 0.129 0.034 50 I 0.104 0.077 0.018 0.006 0.120 0.009 0.026 0.404 0.111 0.082 0.044 51 S 0.035 0.134 0.048 0.020 0.083 0.034 0.051 0.451 0.078 0.045 0.021 52 Y 0.068 0.105 0.025 0.005 0.100 0.006 0.017 0.492 0.060 0.087 0.035 53 L 0.047 0.027 0.005 0.001 0.051 0.003 0.018 0.635 0.161 0.028 0.024 54 E 0.021 0.015 0.006 0.004 0.027 0.016 0.052 0.680 0.147 0.022 0.011 55 S 0.017 0.053 0.009 0.001 0.036 0.003 0.017 0.723 0.111 0.024 0.005 56 Q 0.021 0.037 0.005 0.001 0.045 0.002 0.037 0.702 0.101 0.043 0.007 57 V 0.081 0.046 0.026 0.002 0.066 0.004 0.045 0.575 0.074 0.059 0.022 58 R 0.018 0.033 0.062 0.147 0.018 0.188 0.109 0.304 0.048 0.053 0.019 59 N 0.008 0.447 0.171 0.152 0.028 0.055 0.085 0.031 0.008 0.010 0.004 60 G 0.010 0.006 0.011 0.040 0.007 0.015 0.007 0.013 0.038 0.696 0.157 61 D 0.047 0.454 0.092 0.007 0.236 0.005 0.011 0.038 0.032 0.044 0.034 62 I 0.255 0.181 0.017 0.003 0.479 0.005 0.010 0.015 0.005 0.012 0.018 63 S 0.021 0.668 0.166 0.005 0.104 0.003 0.003 0.012 0.004 0.003 0.011 64 M 0.059 0.012 0.002 0.001 0.033 0.002 0.008 0.649 0.197 0.011 0.027 65 K 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.004 0.006 0.903 0.065 0.003 0.001 66 E 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.968 0.012 0.006 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.017 0.004 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.049 0.006 0.001 71 L 0.002 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.833 0.102 0.036 0.002 72 A 0.008 0.016 0.006 0.001 0.011 0.002 0.025 0.794 0.096 0.033 0.007 73 K 0.019 0.035 0.018 0.010 0.021 0.016 0.096 0.371 0.097 0.297 0.021 74 S 0.005 0.484 0.406 0.005 0.034 0.001 0.002 0.044 0.011 0.005 0.002 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.679 0.312 0.002 0.001 76 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.827 0.118 0.035 0.001 77 Y 0.013 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.825 0.077 0.038 0.005 78 R 0.006 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.014 0.842 0.098 0.022 0.004 79 K 0.010 0.012 0.004 0.002 0.013 0.004 0.025 0.747 0.157 0.024 0.003 80 Q 0.014 0.037 0.013 0.003 0.027 0.005 0.059 0.590 0.168 0.073 0.011 81 F 0.070 0.068 0.023 0.003 0.084 0.006 0.048 0.377 0.132 0.146 0.041 82 F 0.081 0.128 0.045 0.014 0.122 0.023 0.066 0.213 0.104 0.153 0.051 83 E 0.087 0.226 0.123 0.024 0.194 0.018 0.042 0.143 0.066 0.050 0.026 84 P 0.064 0.091 0.045 0.013 0.110 0.021 0.083 0.256 0.178 0.109 0.029 85 F 0.111 0.123 0.072 0.022 0.183 0.018 0.038 0.147 0.101 0.133 0.053 86 I 0.050 0.170 0.067 0.018 0.116 0.030 0.066 0.269 0.116 0.068 0.030 87 N 0.058 0.070 0.045 0.021 0.084 0.018 0.035 0.289 0.115 0.194 0.070 88 S 0.079 0.060 0.018 0.005 0.102 0.007 0.019 0.450 0.185 0.040 0.036 89 R 0.014 0.037 0.011 0.003 0.032 0.011 0.019 0.774 0.075 0.016 0.007 90 A 0.025 0.016 0.001 0.001 0.027 0.001 0.003 0.869 0.029 0.021 0.007 91 L 0.023 0.015 0.001 0.001 0.031 0.001 0.003 0.873 0.043 0.006 0.004 92 E 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.968 0.013 0.003 0.001 93 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.961 0.026 0.003 0.001 94 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.958 0.023 0.008 0.001 95 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.906 0.070 0.008 0.001 96 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.035 0.796 0.142 0.010 0.001 97 H 0.014 0.032 0.014 0.002 0.022 0.003 0.054 0.696 0.118 0.039 0.005 98 I 0.046 0.057 0.027 0.006 0.055 0.012 0.102 0.395 0.148 0.117 0.034 99 L 0.050 0.231 0.083 0.050 0.091 0.061 0.111 0.115 0.062 0.106 0.041 100 G 0.058 0.071 0.079 0.109 0.075 0.039 0.036 0.050 0.043 0.328 0.112 101 R 0.070 0.256 0.203 0.038 0.179 0.017 0.029 0.033 0.044 0.099 0.033 102 G 0.035 0.385 0.250 0.027 0.120 0.015 0.028 0.032 0.052 0.036 0.018 103 P 0.084 0.178 0.109 0.017 0.156 0.014 0.042 0.139 0.146 0.079 0.036 104 S 0.022 0.247 0.152 0.035 0.065 0.031 0.049 0.181 0.103 0.093 0.021 105 S 0.025 0.326 0.206 0.013 0.070 0.005 0.010 0.175 0.094 0.055 0.021 106 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.752 0.217 0.010 0.003 107 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.905 0.075 0.005 0.001 108 E 0.004 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.929 0.021 0.030 0.001 109 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.932 0.050 0.009 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.913 0.079 0.002 0.001 111 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.047 0.007 0.001 112 Y 0.004 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.010 0.888 0.051 0.028 0.004 113 F 0.015 0.018 0.004 0.001 0.016 0.003 0.011 0.809 0.103 0.012 0.008 114 S 0.011 0.012 0.002 0.001 0.013 0.002 0.009 0.880 0.052 0.015 0.003 115 I 0.017 0.027 0.002 0.001 0.029 0.001 0.009 0.842 0.045 0.024 0.003 116 V 0.018 0.026 0.006 0.002 0.032 0.004 0.031 0.779 0.072 0.023 0.008 117 S 0.029 0.017 0.022 0.010 0.025 0.015 0.052 0.676 0.104 0.035 0.016 118 S 0.012 0.089 0.063 0.075 0.022 0.110 0.175 0.320 0.067 0.054 0.012 119 G 0.019 0.200 0.139 0.153 0.034 0.049 0.077 0.068 0.033 0.175 0.055 120 G 0.029 0.052 0.046 0.056 0.031 0.017 0.010 0.032 0.035 0.496 0.197 121 L 0.028 0.567 0.191 0.012 0.100 0.005 0.008 0.041 0.022 0.011 0.013 122 P 0.036 0.061 0.022 0.012 0.041 0.013 0.034 0.549 0.188 0.022 0.023 123 A 0.019 0.078 0.017 0.003 0.038 0.006 0.014 0.717 0.082 0.021 0.006 124 L 0.027 0.026 0.001 0.001 0.035 0.001 0.005 0.810 0.036 0.050 0.008 125 V 0.017 0.012 0.002 0.001 0.018 0.002 0.005 0.794 0.123 0.017 0.010 126 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.772 0.195 0.005 0.001 127 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.802 0.153 0.024 0.001 128 L 0.007 0.014 0.002 0.001 0.009 0.001 0.032 0.710 0.149 0.071 0.004 129 V 0.019 0.052 0.021 0.005 0.036 0.009 0.046 0.655 0.098 0.045 0.014 130 D 0.039 0.071 0.029 0.010 0.047 0.016 0.046 0.335 0.073 0.299 0.033 131 S 0.018 0.338 0.213 0.006 0.077 0.001 0.003 0.264 0.048 0.022 0.011 132 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.823 0.172 0.001 0.001 133 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.933 0.040 0.017 0.001 134 Y 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.853 0.106 0.024 0.002 135 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.845 0.143 0.006 0.001 136 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.723 0.241 0.004 0.001 137 Y 0.005 0.011 0.009 0.001 0.006 0.002 0.295 0.488 0.104 0.077 0.003 138 F 0.030 0.474 0.170 0.014 0.071 0.018 0.023 0.059 0.020 0.097 0.026 139 G 0.095 0.071 0.067 0.069 0.078 0.027 0.017 0.076 0.061 0.272 0.167 140 E 0.056 0.124 0.070 0.020 0.116 0.019 0.064 0.213 0.200 0.093 0.025 141 E 0.058 0.137 0.059 0.017 0.155 0.017 0.078 0.169 0.116 0.143 0.052 142 T 0.292 0.078 0.021 0.005 0.284 0.010 0.028 0.061 0.049 0.101 0.072 143 V 0.056 0.374 0.170 0.033 0.193 0.032 0.027 0.047 0.022 0.022 0.025 144 P 0.186 0.179 0.055 0.009 0.407 0.008 0.017 0.060 0.032 0.023 0.024 145 Y 0.173 0.157 0.037 0.004 0.370 0.005 0.021 0.091 0.058 0.045 0.040 146 L 0.188 0.104 0.042 0.020 0.227 0.029 0.047 0.113 0.046 0.091 0.093 147 R 0.050 0.204 0.097 0.153 0.090 0.116 0.112 0.062 0.034 0.048 0.033 148 G 0.052 0.063 0.109 0.210 0.067 0.053 0.031 0.053 0.051 0.238 0.074