# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.4782 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.628 0.205 0.091 0.051 0.020 0.005 0.001 2 P 0.631 0.221 0.086 0.044 0.014 0.003 0.001 3 Q 0.597 0.254 0.097 0.039 0.010 0.003 0.001 4 S 0.358 0.263 0.192 0.131 0.044 0.012 0.001 5 Y 0.201 0.232 0.239 0.187 0.106 0.034 0.002 6 F 0.151 0.148 0.205 0.238 0.188 0.067 0.003 7 N 0.384 0.340 0.159 0.076 0.033 0.007 0.001 8 A 0.389 0.291 0.170 0.102 0.038 0.009 0.001 9 A 0.405 0.253 0.174 0.115 0.044 0.009 0.001 10 A 0.577 0.274 0.093 0.040 0.014 0.003 0.001 11 K 0.466 0.280 0.144 0.077 0.027 0.006 0.001 12 R 0.409 0.284 0.174 0.092 0.033 0.008 0.001 13 Q 0.265 0.274 0.222 0.158 0.063 0.016 0.001 14 K 0.210 0.281 0.243 0.170 0.073 0.022 0.001 15 Y 0.098 0.130 0.214 0.273 0.209 0.072 0.004 16 A 0.209 0.319 0.234 0.147 0.067 0.023 0.001 17 M 0.094 0.107 0.161 0.259 0.254 0.117 0.009 18 K 0.263 0.300 0.218 0.138 0.062 0.018 0.001 19 P 0.420 0.309 0.149 0.082 0.031 0.009 0.001 20 G 0.331 0.281 0.196 0.124 0.053 0.014 0.001 21 L 0.181 0.158 0.224 0.241 0.151 0.042 0.002 22 S 0.417 0.347 0.139 0.061 0.029 0.007 0.001 23 A 0.486 0.328 0.119 0.049 0.015 0.003 0.001 24 L 0.347 0.286 0.197 0.116 0.046 0.007 0.001 25 E 0.296 0.326 0.204 0.119 0.045 0.009 0.001 26 K 0.077 0.153 0.285 0.314 0.131 0.037 0.002 27 N 0.216 0.346 0.224 0.143 0.055 0.016 0.001 28 A 0.044 0.147 0.268 0.322 0.160 0.056 0.003 29 V 0.015 0.025 0.058 0.132 0.276 0.380 0.114 30 I 0.008 0.020 0.041 0.110 0.244 0.425 0.153 31 K 0.027 0.105 0.208 0.289 0.215 0.130 0.027 32 A 0.010 0.043 0.094 0.166 0.269 0.307 0.111 33 A 0.002 0.005 0.014 0.040 0.130 0.454 0.355 34 Y 0.002 0.008 0.019 0.055 0.212 0.434 0.269 35 R 0.012 0.067 0.129 0.211 0.253 0.230 0.098 36 Q 0.006 0.017 0.044 0.133 0.331 0.369 0.100 37 I 0.007 0.022 0.041 0.087 0.239 0.461 0.143 38 F 0.021 0.047 0.104 0.213 0.331 0.235 0.051 39 E 0.170 0.332 0.262 0.164 0.049 0.021 0.003 40 R 0.192 0.211 0.269 0.216 0.079 0.030 0.003 41 D 0.280 0.243 0.190 0.165 0.081 0.037 0.004 42 I 0.157 0.143 0.169 0.218 0.196 0.106 0.011 43 T 0.288 0.243 0.169 0.143 0.103 0.048 0.006 44 K 0.290 0.315 0.199 0.116 0.055 0.022 0.003 45 A 0.170 0.147 0.160 0.211 0.192 0.103 0.018 46 Y 0.216 0.233 0.217 0.176 0.103 0.049 0.007 47 S 0.349 0.238 0.171 0.133 0.071 0.033 0.005 48 Q 0.404 0.278 0.147 0.097 0.051 0.020 0.003 49 S 0.196 0.231 0.194 0.184 0.122 0.064 0.009 50 I 0.126 0.117 0.161 0.224 0.217 0.133 0.022 51 S 0.291 0.295 0.185 0.118 0.071 0.035 0.005 52 Y 0.219 0.214 0.208 0.187 0.108 0.053 0.011 53 L 0.086 0.092 0.116 0.183 0.265 0.216 0.042 54 E 0.124 0.170 0.177 0.206 0.190 0.117 0.017 55 S 0.206 0.222 0.193 0.165 0.140 0.068 0.007 56 Q 0.178 0.299 0.276 0.169 0.059 0.018 0.001 57 V 0.109 0.102 0.199 0.282 0.223 0.080 0.004 58 R 0.438 0.306 0.149 0.074 0.028 0.006 0.001 59 N 0.700 0.230 0.049 0.017 0.004 0.001 0.001 60 G 0.627 0.261 0.068 0.032 0.009 0.002 0.001 61 D 0.412 0.408 0.124 0.042 0.012 0.003 0.001 62 I 0.066 0.079 0.208 0.329 0.253 0.061 0.004 63 S 0.147 0.316 0.288 0.155 0.075 0.018 0.002 64 M 0.029 0.051 0.086 0.162 0.271 0.335 0.066 65 K 0.054 0.153 0.242 0.275 0.193 0.077 0.007 66 E 0.090 0.218 0.231 0.238 0.143 0.069 0.010 67 F 0.014 0.023 0.063 0.155 0.265 0.331 0.149 68 V 0.011 0.021 0.036 0.092 0.219 0.424 0.196 69 R 0.038 0.125 0.252 0.279 0.175 0.108 0.024 70 R 0.064 0.177 0.212 0.233 0.186 0.110 0.018 71 L 0.028 0.046 0.091 0.203 0.255 0.314 0.063 72 A 0.038 0.061 0.116 0.234 0.310 0.204 0.037 73 K 0.106 0.216 0.267 0.215 0.126 0.061 0.010 74 S 0.136 0.151 0.169 0.224 0.209 0.100 0.011 75 P 0.356 0.416 0.133 0.059 0.028 0.007 0.001 76 L 0.148 0.249 0.228 0.226 0.115 0.031 0.003 77 Y 0.051 0.076 0.131 0.211 0.337 0.175 0.018 78 R 0.090 0.210 0.277 0.265 0.115 0.039 0.003 79 K 0.234 0.315 0.248 0.141 0.048 0.014 0.001 80 Q 0.093 0.207 0.291 0.277 0.101 0.028 0.002 81 F 0.040 0.050 0.076 0.182 0.323 0.292 0.038 82 F 0.059 0.091 0.148 0.270 0.247 0.159 0.025 83 E 0.193 0.287 0.262 0.161 0.062 0.031 0.005 84 P 0.143 0.192 0.204 0.225 0.145 0.076 0.015 85 F 0.100 0.108 0.131 0.195 0.232 0.186 0.050 86 I 0.095 0.119 0.159 0.199 0.216 0.159 0.053 87 N 0.105 0.165 0.173 0.191 0.153 0.139 0.074 88 S 0.068 0.083 0.112 0.170 0.252 0.226 0.089 89 R 0.058 0.118 0.162 0.195 0.220 0.175 0.073 90 A 0.030 0.031 0.048 0.099 0.153 0.328 0.311 91 L 0.013 0.012 0.015 0.039 0.091 0.344 0.488 92 E 0.041 0.074 0.115 0.180 0.191 0.234 0.165 93 L 0.022 0.041 0.072 0.134 0.236 0.297 0.198 94 A 0.018 0.042 0.060 0.110 0.185 0.355 0.230 95 F 0.019 0.040 0.079 0.164 0.260 0.296 0.141 96 R 0.075 0.161 0.200 0.208 0.179 0.130 0.047 97 H 0.044 0.076 0.136 0.230 0.239 0.202 0.073 98 I 0.026 0.023 0.029 0.077 0.163 0.412 0.269 99 L 0.069 0.074 0.090 0.166 0.207 0.254 0.140 100 G 0.154 0.145 0.106 0.142 0.171 0.191 0.091 101 R 0.122 0.146 0.157 0.182 0.183 0.162 0.047 102 G 0.106 0.157 0.171 0.231 0.185 0.127 0.022 103 P 0.202 0.199 0.205 0.180 0.141 0.066 0.008 104 S 0.398 0.255 0.148 0.118 0.058 0.020 0.003 105 S 0.566 0.241 0.107 0.050 0.025 0.010 0.001 106 R 0.358 0.234 0.201 0.146 0.047 0.013 0.001 107 E 0.547 0.337 0.077 0.027 0.010 0.002 0.001 108 E 0.092 0.159 0.194 0.278 0.195 0.075 0.007 109 V 0.051 0.105 0.169 0.244 0.277 0.144 0.010 110 Q 0.104 0.209 0.307 0.255 0.092 0.030 0.002 111 K 0.173 0.296 0.274 0.170 0.066 0.018 0.002 112 Y 0.038 0.074 0.127 0.265 0.286 0.186 0.024 113 F 0.032 0.063 0.108 0.216 0.321 0.235 0.025 114 S 0.108 0.323 0.299 0.175 0.067 0.027 0.002 115 I 0.041 0.080 0.154 0.286 0.284 0.139 0.016 116 V 0.048 0.083 0.136 0.219 0.292 0.198 0.024 117 S 0.097 0.168 0.221 0.265 0.171 0.070 0.007 118 S 0.396 0.374 0.147 0.058 0.020 0.005 0.001 119 G 0.254 0.323 0.229 0.146 0.038 0.010 0.001 120 G 0.141 0.177 0.185 0.216 0.193 0.079 0.008 121 L 0.052 0.094 0.196 0.299 0.241 0.108 0.010 122 P 0.218 0.344 0.245 0.122 0.049 0.020 0.002 123 A 0.085 0.149 0.193 0.252 0.210 0.097 0.014 124 L 0.028 0.064 0.125 0.239 0.257 0.224 0.063 125 V 0.016 0.024 0.036 0.082 0.201 0.448 0.192 126 D 0.056 0.150 0.222 0.265 0.173 0.108 0.025 127 A 0.043 0.099 0.133 0.214 0.260 0.203 0.049 128 L 0.019 0.034 0.071 0.144 0.220 0.378 0.134 129 V 0.032 0.053 0.098 0.201 0.300 0.248 0.069 130 D 0.149 0.253 0.235 0.169 0.111 0.065 0.018 131 S 0.130 0.138 0.153 0.228 0.205 0.127 0.021 132 Q 0.394 0.355 0.129 0.069 0.037 0.014 0.002 133 E 0.157 0.216 0.198 0.217 0.146 0.058 0.007 134 Y 0.079 0.113 0.155 0.203 0.259 0.164 0.026 135 A 0.140 0.184 0.250 0.251 0.126 0.045 0.004 136 D 0.357 0.361 0.178 0.074 0.023 0.006 0.001 137 Y 0.118 0.166 0.230 0.276 0.149 0.058 0.004 138 F 0.114 0.077 0.132 0.267 0.245 0.148 0.017 139 G 0.386 0.287 0.152 0.107 0.049 0.018 0.002 140 E 0.530 0.307 0.103 0.041 0.014 0.004 0.001 141 E 0.365 0.327 0.160 0.102 0.034 0.011 0.001 142 T 0.169 0.185 0.196 0.217 0.152 0.070 0.010 143 V 0.136 0.116 0.145 0.209 0.232 0.142 0.021 144 P 0.198 0.226 0.226 0.170 0.113 0.060 0.008 145 Y 0.179 0.156 0.187 0.230 0.154 0.082 0.011 146 L 0.366 0.241 0.169 0.118 0.071 0.031 0.004 147 R 0.479 0.212 0.137 0.105 0.045 0.018 0.002 148 G 0.783 0.161 0.032 0.014 0.007 0.003 0.001