# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25.4782 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.275 0.138 0.135 0.145 0.119 0.084 0.051 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 2 P 0.341 0.148 0.127 0.119 0.104 0.069 0.047 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.362 0.184 0.118 0.110 0.088 0.055 0.035 0.022 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 4 S 0.205 0.101 0.117 0.139 0.141 0.112 0.073 0.050 0.033 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 5 Y 0.123 0.090 0.119 0.160 0.163 0.131 0.093 0.060 0.031 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 6 F 0.117 0.083 0.112 0.138 0.161 0.141 0.097 0.071 0.039 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 7 N 0.282 0.186 0.149 0.133 0.101 0.066 0.041 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 8 A 0.334 0.195 0.140 0.118 0.087 0.054 0.036 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 A 0.310 0.153 0.141 0.143 0.113 0.068 0.041 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.501 0.210 0.118 0.078 0.046 0.022 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.388 0.198 0.141 0.112 0.075 0.042 0.024 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.335 0.207 0.141 0.123 0.085 0.049 0.033 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.209 0.140 0.149 0.146 0.131 0.096 0.064 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 14 K 0.147 0.120 0.125 0.149 0.157 0.116 0.080 0.051 0.030 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 15 Y 0.073 0.047 0.067 0.088 0.145 0.143 0.128 0.121 0.077 0.054 0.031 0.017 0.008 0.002 16 A 0.170 0.137 0.129 0.161 0.133 0.089 0.066 0.047 0.035 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 17 M 0.075 0.040 0.061 0.088 0.131 0.140 0.121 0.120 0.089 0.065 0.037 0.022 0.009 0.004 18 K 0.126 0.112 0.115 0.152 0.144 0.119 0.097 0.062 0.036 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 19 P 0.239 0.144 0.135 0.126 0.114 0.084 0.054 0.039 0.032 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 20 G 0.222 0.158 0.130 0.144 0.127 0.088 0.063 0.032 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 21 L 0.160 0.108 0.147 0.159 0.159 0.116 0.081 0.035 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 22 S 0.486 0.212 0.114 0.082 0.054 0.025 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.535 0.226 0.102 0.060 0.039 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.315 0.162 0.159 0.159 0.098 0.058 0.030 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.437 0.222 0.126 0.086 0.059 0.028 0.026 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.109 0.099 0.128 0.193 0.179 0.152 0.071 0.038 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 27 N 0.257 0.243 0.186 0.128 0.083 0.054 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.162 0.168 0.175 0.143 0.127 0.106 0.059 0.037 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 29 V 0.028 0.019 0.026 0.061 0.127 0.199 0.199 0.196 0.096 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 30 I 0.029 0.031 0.039 0.086 0.143 0.182 0.207 0.162 0.077 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 31 K 0.209 0.207 0.210 0.161 0.094 0.055 0.038 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.087 0.076 0.128 0.187 0.190 0.153 0.091 0.052 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 33 A 0.020 0.012 0.020 0.048 0.091 0.191 0.241 0.225 0.100 0.033 0.012 0.005 0.002 0.001 34 Y 0.045 0.051 0.063 0.108 0.166 0.182 0.171 0.123 0.057 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 35 R 0.170 0.173 0.194 0.164 0.136 0.078 0.044 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.114 0.077 0.132 0.193 0.190 0.134 0.076 0.043 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 37 I 0.050 0.031 0.063 0.124 0.185 0.203 0.148 0.105 0.056 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 38 F 0.098 0.088 0.095 0.133 0.173 0.165 0.121 0.072 0.034 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 39 E 0.369 0.203 0.146 0.108 0.069 0.044 0.039 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.307 0.181 0.177 0.142 0.087 0.049 0.031 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.333 0.164 0.131 0.122 0.120 0.059 0.037 0.015 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 42 I 0.115 0.072 0.117 0.153 0.171 0.159 0.099 0.061 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 43 T 0.241 0.131 0.116 0.126 0.134 0.099 0.070 0.040 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 44 K 0.264 0.163 0.133 0.132 0.118 0.072 0.045 0.032 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 45 A 0.138 0.074 0.093 0.119 0.163 0.139 0.093 0.070 0.051 0.030 0.016 0.009 0.004 0.001 46 Y 0.163 0.132 0.142 0.169 0.146 0.104 0.065 0.039 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 47 S 0.346 0.156 0.115 0.114 0.099 0.065 0.043 0.024 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 48 Q 0.351 0.188 0.135 0.116 0.082 0.055 0.035 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 S 0.227 0.152 0.143 0.145 0.131 0.085 0.056 0.029 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 50 I 0.095 0.062 0.086 0.131 0.200 0.161 0.107 0.078 0.043 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 51 S 0.215 0.143 0.127 0.147 0.136 0.098 0.056 0.036 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.265 0.131 0.119 0.123 0.107 0.088 0.060 0.046 0.029 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 53 L 0.090 0.045 0.058 0.098 0.153 0.154 0.130 0.110 0.073 0.044 0.024 0.013 0.005 0.002 54 E 0.086 0.073 0.098 0.157 0.187 0.147 0.089 0.074 0.045 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 55 S 0.319 0.134 0.106 0.106 0.099 0.083 0.056 0.039 0.026 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 56 Q 0.198 0.194 0.167 0.168 0.110 0.073 0.042 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 57 V 0.087 0.039 0.063 0.106 0.186 0.180 0.126 0.101 0.066 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 58 R 0.244 0.162 0.168 0.185 0.105 0.069 0.039 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.506 0.178 0.111 0.077 0.050 0.030 0.028 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 G 0.339 0.169 0.140 0.127 0.093 0.065 0.037 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.313 0.256 0.161 0.103 0.083 0.037 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.192 0.057 0.069 0.098 0.170 0.151 0.111 0.086 0.040 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 63 S 0.158 0.128 0.151 0.186 0.166 0.095 0.063 0.031 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 64 M 0.046 0.022 0.027 0.072 0.135 0.154 0.161 0.165 0.119 0.068 0.022 0.006 0.002 0.001 65 K 0.095 0.136 0.170 0.250 0.149 0.123 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 66 E 0.394 0.256 0.172 0.071 0.037 0.031 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 F 0.022 0.024 0.041 0.093 0.177 0.223 0.169 0.159 0.062 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 68 V 0.031 0.024 0.027 0.061 0.121 0.194 0.227 0.191 0.086 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 69 R 0.106 0.187 0.216 0.208 0.127 0.080 0.045 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.198 0.175 0.199 0.178 0.125 0.067 0.034 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.031 0.019 0.042 0.092 0.185 0.228 0.196 0.125 0.055 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 72 A 0.087 0.054 0.071 0.113 0.170 0.179 0.131 0.116 0.057 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 73 K 0.143 0.168 0.172 0.178 0.146 0.092 0.061 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.154 0.123 0.158 0.189 0.176 0.102 0.052 0.023 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 P 0.295 0.264 0.188 0.114 0.073 0.035 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.196 0.128 0.150 0.162 0.163 0.107 0.046 0.027 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.105 0.077 0.099 0.144 0.200 0.169 0.117 0.056 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 78 R 0.212 0.179 0.150 0.172 0.127 0.077 0.045 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 79 K 0.517 0.247 0.116 0.057 0.028 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.231 0.169 0.171 0.151 0.129 0.071 0.041 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 81 F 0.098 0.052 0.089 0.123 0.187 0.168 0.124 0.087 0.040 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 82 F 0.160 0.096 0.088 0.122 0.167 0.128 0.100 0.070 0.036 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 83 E 0.372 0.193 0.137 0.111 0.068 0.044 0.034 0.018 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 84 P 0.180 0.085 0.100 0.138 0.165 0.121 0.081 0.055 0.036 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 85 F 0.137 0.078 0.095 0.120 0.151 0.144 0.110 0.075 0.040 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 86 I 0.141 0.078 0.082 0.114 0.147 0.133 0.103 0.089 0.052 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 87 N 0.142 0.100 0.101 0.132 0.140 0.127 0.091 0.069 0.046 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 88 S 0.125 0.067 0.078 0.108 0.152 0.137 0.117 0.086 0.060 0.034 0.020 0.010 0.004 0.002 89 R 0.122 0.100 0.111 0.142 0.151 0.132 0.099 0.066 0.038 0.021 0.011 0.004 0.003 0.001 90 A 0.089 0.043 0.048 0.077 0.107 0.152 0.159 0.144 0.092 0.048 0.025 0.010 0.005 0.002 91 L 0.040 0.031 0.033 0.055 0.098 0.148 0.213 0.163 0.105 0.064 0.031 0.012 0.005 0.002 92 E 0.145 0.108 0.154 0.170 0.151 0.114 0.072 0.044 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 93 L 0.122 0.074 0.091 0.134 0.171 0.146 0.110 0.075 0.039 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 94 A 0.031 0.029 0.048 0.105 0.143 0.213 0.177 0.155 0.062 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 95 F 0.037 0.040 0.056 0.103 0.145 0.186 0.182 0.136 0.072 0.029 0.010 0.003 0.001 0.001 96 R 0.153 0.187 0.200 0.161 0.122 0.084 0.052 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 97 H 0.115 0.087 0.140 0.169 0.161 0.139 0.093 0.049 0.024 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 98 I 0.051 0.027 0.047 0.080 0.142 0.172 0.171 0.149 0.090 0.040 0.018 0.009 0.004 0.001 99 L 0.085 0.068 0.084 0.117 0.164 0.156 0.126 0.099 0.053 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 100 G 0.157 0.115 0.132 0.132 0.128 0.115 0.094 0.060 0.031 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 101 R 0.146 0.114 0.137 0.155 0.160 0.109 0.074 0.048 0.028 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 102 G 0.239 0.181 0.143 0.142 0.116 0.077 0.048 0.025 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 103 P 0.168 0.092 0.125 0.142 0.158 0.140 0.093 0.046 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 104 S 0.327 0.172 0.140 0.137 0.104 0.057 0.037 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.553 0.179 0.096 0.072 0.048 0.023 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 R 0.497 0.171 0.121 0.106 0.054 0.029 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.665 0.164 0.080 0.042 0.024 0.012 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.162 0.109 0.165 0.197 0.166 0.110 0.045 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 109 V 0.123 0.081 0.109 0.171 0.199 0.149 0.086 0.044 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.351 0.186 0.147 0.126 0.075 0.056 0.032 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 111 K 0.345 0.200 0.156 0.106 0.075 0.050 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 112 Y 0.067 0.047 0.073 0.121 0.192 0.179 0.124 0.102 0.051 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 113 F 0.103 0.066 0.076 0.109 0.163 0.154 0.131 0.098 0.048 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 114 S 0.316 0.186 0.140 0.122 0.087 0.054 0.039 0.025 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 115 I 0.128 0.063 0.090 0.143 0.181 0.136 0.083 0.074 0.051 0.024 0.014 0.008 0.003 0.001 116 V 0.092 0.068 0.097 0.155 0.175 0.171 0.115 0.067 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 117 S 0.212 0.137 0.136 0.142 0.125 0.101 0.070 0.039 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 118 S 0.455 0.223 0.123 0.082 0.054 0.028 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 G 0.399 0.205 0.142 0.115 0.064 0.038 0.019 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.203 0.125 0.139 0.148 0.140 0.105 0.082 0.031 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 121 L 0.093 0.075 0.101 0.140 0.181 0.161 0.116 0.074 0.032 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 122 P 0.215 0.178 0.150 0.143 0.124 0.081 0.048 0.029 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 123 A 0.139 0.070 0.083 0.113 0.127 0.136 0.105 0.092 0.062 0.033 0.021 0.012 0.005 0.002 124 L 0.044 0.037 0.059 0.103 0.140 0.162 0.154 0.125 0.075 0.046 0.030 0.016 0.007 0.003 125 V 0.039 0.023 0.029 0.043 0.072 0.115 0.144 0.167 0.146 0.103 0.066 0.030 0.015 0.007 126 D 0.074 0.080 0.091 0.118 0.145 0.128 0.116 0.092 0.068 0.039 0.025 0.013 0.007 0.004 127 A 0.082 0.055 0.072 0.101 0.121 0.124 0.122 0.108 0.084 0.058 0.036 0.022 0.011 0.005 128 L 0.044 0.026 0.036 0.050 0.089 0.121 0.147 0.153 0.118 0.088 0.067 0.040 0.016 0.007 129 V 0.063 0.044 0.053 0.086 0.128 0.142 0.133 0.143 0.098 0.054 0.031 0.015 0.007 0.003 130 D 0.095 0.082 0.107 0.139 0.158 0.135 0.114 0.075 0.043 0.027 0.013 0.007 0.002 0.001 131 S 0.090 0.080 0.096 0.153 0.190 0.136 0.101 0.068 0.043 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 132 Q 0.347 0.181 0.149 0.120 0.082 0.053 0.033 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 133 E 0.224 0.117 0.151 0.167 0.135 0.098 0.046 0.028 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.131 0.079 0.103 0.145 0.172 0.153 0.112 0.057 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 135 A 0.249 0.152 0.144 0.158 0.119 0.085 0.047 0.023 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 136 D 0.609 0.194 0.097 0.046 0.024 0.013 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Y 0.195 0.103 0.139 0.175 0.167 0.112 0.052 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 138 F 0.094 0.061 0.095 0.148 0.197 0.176 0.121 0.063 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 139 G 0.288 0.164 0.147 0.130 0.104 0.070 0.052 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 140 E 0.434 0.196 0.116 0.099 0.063 0.038 0.025 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 141 E 0.266 0.159 0.135 0.131 0.115 0.076 0.059 0.027 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 142 T 0.098 0.054 0.087 0.114 0.155 0.151 0.124 0.093 0.056 0.032 0.017 0.010 0.005 0.002 143 V 0.104 0.072 0.089 0.123 0.155 0.138 0.111 0.096 0.051 0.032 0.016 0.007 0.004 0.001 144 P 0.186 0.094 0.100 0.117 0.126 0.105 0.076 0.073 0.054 0.035 0.020 0.009 0.004 0.002 145 Y 0.124 0.083 0.098 0.141 0.154 0.132 0.087 0.073 0.047 0.028 0.019 0.009 0.004 0.002 146 L 0.126 0.090 0.112 0.139 0.150 0.137 0.105 0.066 0.036 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 147 R 0.234 0.146 0.137 0.146 0.121 0.088 0.058 0.032 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 148 G 0.605 0.185 0.084 0.052 0.031 0.017 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001