# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4755 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.027 0.794 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.114 0.006 0.029 0.007 2 P 0.001 0.009 0.861 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.011 0.061 0.017 0.002 0.024 3 Q 0.001 0.014 0.278 0.011 0.150 0.096 0.001 0.001 0.013 0.147 0.270 0.012 0.008 4 S 0.003 0.019 0.254 0.009 0.264 0.169 0.002 0.002 0.027 0.081 0.120 0.015 0.034 5 Y 0.010 0.036 0.281 0.006 0.167 0.184 0.004 0.004 0.058 0.073 0.055 0.055 0.069 6 F 0.012 0.044 0.343 0.012 0.075 0.198 0.005 0.004 0.054 0.069 0.051 0.029 0.106 7 N 0.008 0.023 0.358 0.018 0.065 0.187 0.002 0.001 0.014 0.118 0.102 0.061 0.042 8 A 0.006 0.013 0.208 0.011 0.114 0.303 0.001 0.001 0.006 0.083 0.170 0.018 0.067 9 A 0.006 0.011 0.230 0.011 0.120 0.256 0.001 0.001 0.005 0.081 0.215 0.033 0.031 10 A 0.007 0.013 0.256 0.012 0.104 0.262 0.002 0.001 0.007 0.089 0.182 0.021 0.045 11 K 0.007 0.018 0.359 0.014 0.048 0.203 0.001 0.001 0.012 0.121 0.134 0.047 0.036 12 R 0.011 0.015 0.434 0.031 0.046 0.089 0.003 0.001 0.018 0.095 0.136 0.019 0.102 13 Q 0.018 0.020 0.372 0.036 0.026 0.062 0.004 0.002 0.048 0.109 0.054 0.202 0.048 14 K 0.038 0.018 0.249 0.012 0.023 0.043 0.013 0.007 0.103 0.039 0.034 0.034 0.387 15 Y 0.051 0.014 0.246 0.056 0.031 0.039 0.016 0.010 0.119 0.043 0.024 0.262 0.089 16 A 0.043 0.021 0.200 0.018 0.023 0.037 0.022 0.013 0.183 0.050 0.048 0.133 0.208 17 M 0.019 0.047 0.384 0.010 0.019 0.022 0.012 0.016 0.091 0.115 0.060 0.046 0.159 18 K 0.002 0.010 0.692 0.007 0.005 0.005 0.002 0.002 0.044 0.112 0.016 0.077 0.025 19 P 0.001 0.014 0.428 0.003 0.034 0.016 0.001 0.001 0.016 0.226 0.211 0.007 0.043 20 G 0.001 0.022 0.442 0.003 0.045 0.016 0.001 0.001 0.007 0.195 0.251 0.010 0.007 21 L 0.001 0.025 0.561 0.002 0.049 0.023 0.001 0.001 0.005 0.247 0.067 0.006 0.014 22 S 0.001 0.022 0.649 0.001 0.031 0.039 0.001 0.001 0.004 0.181 0.058 0.005 0.009 23 A 0.001 0.010 0.058 0.001 0.056 0.746 0.001 0.001 0.001 0.048 0.077 0.001 0.002 24 L 0.001 0.007 0.036 0.001 0.038 0.812 0.001 0.001 0.001 0.020 0.083 0.001 0.001 25 E 0.001 0.002 0.037 0.001 0.029 0.908 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.001 0.002 26 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 38 F 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.895 0.001 0.001 0.001 0.021 0.057 0.002 0.002 39 E 0.001 0.002 0.073 0.002 0.014 0.562 0.001 0.001 0.001 0.045 0.292 0.003 0.005 40 R 0.001 0.002 0.074 0.003 0.021 0.522 0.001 0.001 0.001 0.084 0.285 0.004 0.004 41 D 0.002 0.005 0.184 0.003 0.027 0.435 0.001 0.001 0.006 0.151 0.156 0.016 0.015 42 I 0.007 0.013 0.312 0.005 0.038 0.332 0.001 0.001 0.011 0.082 0.095 0.013 0.090 43 T 0.015 0.018 0.371 0.016 0.023 0.232 0.003 0.001 0.023 0.065 0.033 0.167 0.034 44 K 0.026 0.017 0.193 0.008 0.037 0.337 0.005 0.002 0.023 0.036 0.056 0.027 0.233 45 A 0.023 0.016 0.195 0.039 0.056 0.375 0.004 0.002 0.014 0.052 0.087 0.090 0.047 46 Y 0.019 0.008 0.130 0.014 0.064 0.428 0.003 0.001 0.011 0.061 0.114 0.039 0.108 47 S 0.015 0.009 0.163 0.016 0.061 0.336 0.002 0.001 0.006 0.075 0.190 0.040 0.087 48 Q 0.016 0.007 0.176 0.016 0.055 0.274 0.002 0.001 0.007 0.095 0.205 0.082 0.063 49 S 0.018 0.014 0.230 0.008 0.036 0.258 0.002 0.001 0.009 0.097 0.144 0.052 0.133 50 I 0.022 0.016 0.273 0.009 0.031 0.359 0.002 0.001 0.009 0.064 0.061 0.048 0.105 51 S 0.027 0.012 0.271 0.018 0.019 0.354 0.002 0.001 0.010 0.069 0.039 0.102 0.078 52 Y 0.021 0.007 0.206 0.007 0.018 0.513 0.002 0.001 0.006 0.029 0.020 0.028 0.144 53 L 0.009 0.001 0.037 0.005 0.024 0.876 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.016 0.016 54 E 0.011 0.001 0.010 0.003 0.043 0.898 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.010 0.012 55 S 0.015 0.001 0.010 0.002 0.035 0.885 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.010 0.017 56 Q 0.010 0.002 0.011 0.001 0.015 0.893 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.005 0.012 57 V 0.008 0.004 0.047 0.001 0.022 0.791 0.001 0.001 0.001 0.009 0.097 0.008 0.012 58 R 0.003 0.002 0.054 0.003 0.041 0.467 0.001 0.001 0.001 0.035 0.368 0.012 0.015 59 N 0.001 0.001 0.030 0.002 0.009 0.028 0.001 0.001 0.001 0.083 0.840 0.002 0.005 60 G 0.001 0.001 0.068 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.269 0.642 0.007 0.001 61 D 0.004 0.022 0.550 0.002 0.004 0.027 0.001 0.001 0.017 0.152 0.166 0.011 0.044 62 I 0.009 0.042 0.565 0.001 0.002 0.062 0.004 0.003 0.092 0.073 0.013 0.061 0.071 63 S 0.011 0.035 0.482 0.022 0.002 0.143 0.005 0.005 0.040 0.071 0.007 0.072 0.104 64 M 0.008 0.003 0.026 0.003 0.005 0.886 0.005 0.002 0.009 0.006 0.003 0.006 0.038 65 K 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 73 K 0.001 0.001 0.022 0.001 0.004 0.862 0.001 0.001 0.001 0.022 0.087 0.001 0.002 74 S 0.001 0.001 0.137 0.001 0.004 0.724 0.001 0.001 0.001 0.077 0.053 0.002 0.001 75 P 0.001 0.001 0.020 0.001 0.016 0.896 0.001 0.001 0.001 0.010 0.056 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 0.918 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.032 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.002 78 R 0.002 0.001 0.007 0.001 0.036 0.928 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.003 79 K 0.006 0.002 0.009 0.004 0.072 0.852 0.001 0.001 0.001 0.005 0.039 0.004 0.006 80 Q 0.008 0.002 0.016 0.005 0.059 0.745 0.001 0.001 0.002 0.015 0.130 0.004 0.013 81 F 0.011 0.004 0.067 0.005 0.034 0.584 0.001 0.001 0.006 0.040 0.211 0.018 0.020 82 F 0.014 0.009 0.195 0.006 0.032 0.435 0.002 0.001 0.009 0.084 0.138 0.020 0.056 83 E 0.007 0.011 0.270 0.006 0.023 0.295 0.001 0.001 0.012 0.163 0.083 0.102 0.025 84 P 0.003 0.013 0.159 0.002 0.038 0.405 0.001 0.001 0.008 0.115 0.196 0.007 0.052 85 F 0.002 0.015 0.195 0.006 0.055 0.384 0.001 0.001 0.007 0.123 0.186 0.015 0.011 86 I 0.002 0.010 0.270 0.005 0.054 0.369 0.001 0.001 0.007 0.121 0.124 0.010 0.027 87 N 0.001 0.008 0.112 0.005 0.039 0.641 0.001 0.001 0.003 0.063 0.108 0.007 0.011 88 S 0.001 0.001 0.015 0.001 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.001 0.002 89 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 95 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 98 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.018 0.003 0.019 0.471 0.001 0.001 0.002 0.040 0.440 0.003 0.002 100 G 0.001 0.003 0.098 0.001 0.007 0.031 0.001 0.001 0.005 0.093 0.756 0.002 0.002 101 R 0.001 0.021 0.691 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.017 0.201 0.037 0.006 0.008 102 G 0.001 0.008 0.786 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 0.163 0.013 0.003 0.006 103 P 0.001 0.019 0.605 0.001 0.034 0.012 0.001 0.001 0.007 0.135 0.179 0.001 0.007 104 S 0.001 0.019 0.499 0.001 0.031 0.016 0.001 0.001 0.005 0.275 0.147 0.004 0.001 105 S 0.001 0.009 0.723 0.001 0.018 0.028 0.001 0.001 0.002 0.190 0.024 0.001 0.004 106 R 0.001 0.001 0.026 0.001 0.025 0.925 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 107 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 109 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 111 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 112 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 116 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 117 S 0.001 0.001 0.013 0.001 0.048 0.856 0.001 0.001 0.001 0.009 0.067 0.002 0.002 118 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.106 0.502 0.001 0.001 0.001 0.041 0.321 0.002 0.003 119 G 0.001 0.002 0.030 0.001 0.049 0.161 0.001 0.001 0.001 0.063 0.690 0.001 0.002 120 G 0.001 0.012 0.353 0.001 0.013 0.085 0.001 0.001 0.007 0.296 0.224 0.003 0.004 121 L 0.001 0.008 0.741 0.001 0.006 0.084 0.001 0.001 0.010 0.124 0.019 0.003 0.003 122 P 0.001 0.006 0.137 0.006 0.058 0.633 0.001 0.001 0.010 0.063 0.075 0.003 0.007 123 A 0.002 0.002 0.014 0.005 0.056 0.849 0.002 0.006 0.011 0.021 0.024 0.003 0.005 124 L 0.008 0.001 0.006 0.005 0.056 0.854 0.009 0.018 0.018 0.005 0.007 0.002 0.010 125 V 0.013 0.002 0.011 0.006 0.053 0.798 0.011 0.047 0.034 0.004 0.009 0.004 0.008 126 D 0.010 0.001 0.012 0.015 0.065 0.789 0.004 0.023 0.013 0.008 0.053 0.003 0.005 127 A 0.006 0.002 0.023 0.002 0.050 0.649 0.002 0.003 0.013 0.025 0.216 0.003 0.004 128 L 0.007 0.004 0.053 0.003 0.092 0.643 0.002 0.002 0.016 0.038 0.128 0.002 0.010 129 V 0.005 0.017 0.206 0.002 0.018 0.450 0.001 0.002 0.023 0.158 0.088 0.021 0.009 130 D 0.001 0.014 0.407 0.001 0.006 0.221 0.001 0.001 0.009 0.225 0.097 0.003 0.015 131 S 0.001 0.002 0.263 0.001 0.009 0.569 0.001 0.001 0.001 0.107 0.048 0.001 0.001 132 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.062 0.906 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 0.887 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.006 0.001 0.059 0.914 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 135 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 0.909 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 136 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.083 0.827 0.001 0.001 0.001 0.004 0.076 0.001 0.001 137 Y 0.001 0.002 0.015 0.001 0.123 0.684 0.001 0.001 0.001 0.019 0.148 0.001 0.006 138 F 0.003 0.006 0.071 0.004 0.035 0.256 0.001 0.001 0.002 0.112 0.495 0.005 0.011 139 G 0.002 0.006 0.470 0.002 0.014 0.039 0.001 0.001 0.004 0.138 0.297 0.013 0.013 140 E 0.004 0.007 0.532 0.007 0.050 0.071 0.001 0.001 0.008 0.101 0.180 0.014 0.026 141 E 0.006 0.011 0.229 0.007 0.052 0.089 0.002 0.001 0.028 0.219 0.248 0.080 0.028 142 T 0.013 0.021 0.365 0.011 0.052 0.064 0.004 0.003 0.021 0.114 0.132 0.010 0.190 143 V 0.013 0.013 0.343 0.016 0.007 0.014 0.002 0.001 0.032 0.099 0.015 0.426 0.018 144 P 0.026 0.023 0.326 0.008 0.013 0.020 0.006 0.002 0.027 0.034 0.022 0.023 0.472 145 Y 0.037 0.034 0.322 0.022 0.044 0.045 0.006 0.003 0.030 0.054 0.041 0.290 0.074 146 L 0.052 0.018 0.298 0.022 0.047 0.045 0.008 0.002 0.030 0.055 0.054 0.077 0.294 147 R 0.024 0.025 0.338 0.015 0.045 0.032 0.004 0.001 0.012 0.102 0.164 0.099 0.139 148 G 0.009 0.014 0.452 0.013 0.016 0.013 0.002 0.001 0.008 0.203 0.127 0.076 0.066