# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.539 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.026 0.002 0.027 0.025 0.025 0.157 0.007 0.001 0.077 0.554 2 P 0.084 0.055 0.001 0.029 0.016 0.028 0.136 0.007 0.001 0.055 0.588 3 Q 0.044 0.055 0.001 0.031 0.022 0.050 0.137 0.004 0.001 0.080 0.576 4 S 0.026 0.078 0.002 0.057 0.055 0.078 0.126 0.003 0.001 0.056 0.518 5 Y 0.060 0.144 0.004 0.062 0.065 0.089 0.098 0.008 0.001 0.034 0.435 6 F 0.101 0.170 0.007 0.048 0.047 0.053 0.081 0.010 0.002 0.037 0.446 7 N 0.182 0.256 0.006 0.029 0.029 0.043 0.065 0.015 0.002 0.035 0.337 8 A 0.203 0.154 0.004 0.021 0.015 0.027 0.075 0.009 0.001 0.039 0.450 9 A 0.114 0.141 0.009 0.026 0.032 0.041 0.092 0.009 0.002 0.047 0.487 10 A 0.121 0.082 0.004 0.021 0.022 0.031 0.088 0.006 0.001 0.041 0.582 11 K 0.110 0.123 0.005 0.022 0.043 0.054 0.096 0.011 0.001 0.043 0.492 12 R 0.077 0.075 0.004 0.024 0.030 0.044 0.087 0.008 0.002 0.032 0.616 13 Q 0.105 0.058 0.011 0.039 0.057 0.093 0.090 0.010 0.003 0.056 0.478 14 K 0.067 0.022 0.002 0.045 0.051 0.128 0.087 0.008 0.001 0.062 0.527 15 Y 0.040 0.006 0.002 0.066 0.092 0.101 0.090 0.002 0.001 0.064 0.535 16 A 0.006 0.005 0.001 0.087 0.075 0.157 0.092 0.001 0.001 0.038 0.537 17 M 0.012 0.007 0.001 0.053 0.045 0.054 0.081 0.002 0.001 0.030 0.714 18 K 0.233 0.027 0.002 0.038 0.070 0.053 0.084 0.010 0.001 0.091 0.392 19 P 0.026 0.021 0.001 0.028 0.011 0.018 0.105 0.002 0.001 0.032 0.756 20 G 0.074 0.090 0.002 0.027 0.010 0.020 0.118 0.005 0.001 0.032 0.621 21 L 0.079 0.175 0.003 0.014 0.027 0.015 0.094 0.011 0.001 0.049 0.533 22 S 0.117 0.579 0.002 0.006 0.005 0.006 0.039 0.012 0.001 0.032 0.201 23 A 0.081 0.429 0.002 0.007 0.008 0.011 0.044 0.004 0.001 0.210 0.203 24 L 0.016 0.704 0.004 0.006 0.006 0.007 0.036 0.002 0.001 0.050 0.169 25 E 0.023 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.023 0.040 26 K 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 27 N 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 28 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 29 V 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 30 I 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 31 K 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.005 32 A 0.003 0.933 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.041 0.011 33 A 0.010 0.882 0.004 0.003 0.003 0.003 0.013 0.004 0.001 0.056 0.022 34 Y 0.012 0.875 0.003 0.006 0.002 0.009 0.013 0.004 0.001 0.035 0.040 35 R 0.020 0.660 0.005 0.011 0.009 0.015 0.028 0.003 0.002 0.090 0.157 36 Q 0.057 0.471 0.031 0.027 0.017 0.023 0.060 0.008 0.005 0.103 0.198 37 I 0.102 0.230 0.030 0.020 0.014 0.018 0.083 0.016 0.006 0.151 0.328 38 F 0.230 0.157 0.009 0.011 0.007 0.010 0.075 0.010 0.002 0.062 0.426 39 E 0.052 0.064 0.002 0.011 0.004 0.011 0.097 0.003 0.001 0.107 0.650 40 R 0.028 0.115 0.004 0.015 0.009 0.015 0.110 0.003 0.001 0.058 0.642 41 D 0.064 0.286 0.006 0.016 0.024 0.023 0.081 0.013 0.001 0.047 0.440 42 I 0.074 0.316 0.004 0.021 0.014 0.022 0.075 0.013 0.001 0.039 0.422 43 T 0.069 0.221 0.006 0.031 0.027 0.043 0.067 0.008 0.002 0.206 0.321 44 K 0.065 0.157 0.007 0.046 0.025 0.042 0.109 0.005 0.002 0.202 0.341 45 A 0.063 0.132 0.010 0.035 0.025 0.031 0.097 0.009 0.002 0.219 0.376 46 Y 0.074 0.258 0.006 0.024 0.021 0.032 0.083 0.009 0.002 0.081 0.408 47 S 0.069 0.158 0.002 0.011 0.012 0.021 0.078 0.005 0.001 0.229 0.414 48 Q 0.026 0.316 0.006 0.024 0.020 0.026 0.105 0.004 0.001 0.110 0.362 49 S 0.027 0.646 0.003 0.007 0.009 0.009 0.033 0.009 0.001 0.048 0.208 50 I 0.021 0.841 0.001 0.003 0.005 0.006 0.016 0.005 0.001 0.015 0.088 51 S 0.010 0.294 0.002 0.007 0.008 0.016 0.022 0.001 0.001 0.551 0.089 52 Y 0.008 0.546 0.005 0.006 0.005 0.007 0.025 0.002 0.001 0.347 0.047 53 L 0.044 0.874 0.003 0.001 0.004 0.002 0.007 0.019 0.001 0.019 0.028 54 E 0.030 0.845 0.004 0.003 0.004 0.008 0.012 0.007 0.001 0.013 0.073 55 S 0.030 0.298 0.007 0.011 0.007 0.027 0.034 0.003 0.006 0.392 0.185 56 Q 0.058 0.028 0.174 0.007 0.012 0.012 0.063 0.008 0.103 0.430 0.105 57 V 0.515 0.011 0.006 0.008 0.006 0.007 0.052 0.011 0.003 0.033 0.347 58 R 0.188 0.005 0.002 0.009 0.004 0.007 0.069 0.003 0.001 0.020 0.692 59 N 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.106 0.001 0.001 0.005 0.873 60 G 0.015 0.018 0.001 0.020 0.018 0.048 0.153 0.002 0.001 0.041 0.685 61 D 0.009 0.032 0.001 0.024 0.107 0.114 0.094 0.001 0.001 0.027 0.592 62 I 0.004 0.079 0.001 0.178 0.106 0.098 0.076 0.001 0.001 0.017 0.439 63 S 0.009 0.773 0.001 0.017 0.037 0.029 0.013 0.002 0.001 0.041 0.079 64 M 0.009 0.943 0.001 0.005 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.013 0.017 65 K 0.010 0.874 0.001 0.005 0.008 0.009 0.008 0.001 0.001 0.053 0.031 66 E 0.007 0.859 0.001 0.007 0.007 0.020 0.008 0.001 0.001 0.046 0.044 67 F 0.018 0.864 0.007 0.004 0.010 0.004 0.009 0.005 0.001 0.048 0.032 68 V 0.060 0.797 0.009 0.005 0.005 0.008 0.012 0.021 0.002 0.047 0.034 69 R 0.065 0.700 0.012 0.004 0.003 0.005 0.023 0.009 0.003 0.043 0.132 70 R 0.209 0.315 0.023 0.010 0.008 0.013 0.049 0.012 0.001 0.104 0.255 71 L 0.105 0.049 0.017 0.012 0.005 0.009 0.137 0.008 0.001 0.241 0.416 72 A 0.009 0.053 0.009 0.031 0.011 0.023 0.278 0.003 0.002 0.076 0.506 73 K 0.010 0.275 0.004 0.006 0.005 0.004 0.051 0.004 0.001 0.023 0.618 74 S 0.075 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.001 0.020 0.025 75 P 0.047 0.845 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.012 0.001 0.028 0.049 76 L 0.031 0.709 0.014 0.003 0.004 0.009 0.021 0.004 0.002 0.062 0.140 77 Y 0.144 0.398 0.029 0.019 0.010 0.026 0.042 0.032 0.011 0.079 0.210 78 R 0.298 0.187 0.024 0.022 0.020 0.035 0.053 0.030 0.009 0.094 0.228 79 K 0.079 0.042 0.003 0.017 0.021 0.030 0.054 0.004 0.001 0.040 0.709 80 Q 0.030 0.016 0.003 0.046 0.023 0.048 0.128 0.002 0.001 0.049 0.655 81 F 0.014 0.019 0.004 0.052 0.038 0.092 0.153 0.005 0.001 0.089 0.534 82 F 0.040 0.033 0.003 0.025 0.046 0.041 0.111 0.007 0.001 0.051 0.643 83 E 0.123 0.045 0.003 0.035 0.045 0.042 0.101 0.007 0.001 0.137 0.463 84 P 0.029 0.033 0.002 0.034 0.016 0.034 0.139 0.003 0.001 0.163 0.547 85 F 0.029 0.118 0.003 0.037 0.018 0.041 0.124 0.003 0.001 0.071 0.553 86 I 0.074 0.423 0.002 0.012 0.020 0.016 0.069 0.006 0.001 0.096 0.282 87 N 0.016 0.813 0.001 0.003 0.004 0.007 0.023 0.004 0.001 0.026 0.103 88 S 0.007 0.881 0.001 0.003 0.004 0.007 0.012 0.001 0.001 0.024 0.061 89 R 0.003 0.934 0.001 0.005 0.006 0.013 0.006 0.001 0.001 0.010 0.022 90 A 0.006 0.899 0.001 0.004 0.006 0.007 0.010 0.001 0.001 0.036 0.029 91 L 0.005 0.941 0.001 0.005 0.003 0.007 0.005 0.002 0.001 0.020 0.011 92 E 0.016 0.844 0.002 0.005 0.005 0.009 0.007 0.002 0.001 0.084 0.026 93 L 0.016 0.771 0.011 0.004 0.010 0.006 0.014 0.002 0.001 0.097 0.067 94 A 0.038 0.747 0.012 0.009 0.008 0.009 0.027 0.014 0.001 0.053 0.083 95 F 0.093 0.577 0.009 0.015 0.005 0.016 0.044 0.014 0.005 0.072 0.151 96 R 0.072 0.199 0.077 0.023 0.022 0.025 0.068 0.013 0.039 0.080 0.381 97 H 0.459 0.032 0.006 0.025 0.009 0.020 0.072 0.009 0.002 0.038 0.328 98 I 0.160 0.013 0.006 0.035 0.016 0.035 0.113 0.012 0.002 0.064 0.543 99 L 0.018 0.003 0.001 0.061 0.013 0.033 0.139 0.001 0.001 0.024 0.707 100 G 0.009 0.003 0.001 0.031 0.011 0.040 0.119 0.001 0.001 0.045 0.740 101 R 0.010 0.005 0.001 0.026 0.032 0.024 0.139 0.001 0.001 0.045 0.715 102 G 0.180 0.024 0.001 0.052 0.007 0.010 0.099 0.005 0.001 0.072 0.551 103 P 0.076 0.045 0.001 0.017 0.003 0.008 0.132 0.003 0.001 0.028 0.687 104 S 0.009 0.092 0.001 0.007 0.003 0.003 0.070 0.001 0.001 0.023 0.792 105 S 0.023 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.016 0.039 106 R 0.021 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.053 0.022 107 E 0.006 0.902 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.036 0.040 108 E 0.015 0.926 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.021 0.026 109 V 0.016 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.032 0.011 110 Q 0.011 0.535 0.004 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.393 0.039 111 K 0.004 0.887 0.004 0.002 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.045 0.040 112 Y 0.017 0.875 0.005 0.001 0.002 0.003 0.012 0.022 0.001 0.030 0.032 113 F 0.015 0.659 0.008 0.012 0.006 0.023 0.027 0.006 0.002 0.160 0.082 114 S 0.017 0.182 0.004 0.010 0.007 0.012 0.058 0.003 0.002 0.567 0.137 115 I 0.043 0.141 0.094 0.036 0.018 0.020 0.103 0.022 0.042 0.265 0.216 116 V 0.221 0.062 0.060 0.021 0.015 0.023 0.088 0.027 0.031 0.120 0.333 117 S 0.462 0.018 0.002 0.005 0.003 0.006 0.045 0.006 0.001 0.024 0.429 118 S 0.039 0.009 0.001 0.009 0.001 0.003 0.077 0.001 0.001 0.018 0.842 119 G 0.005 0.017 0.001 0.013 0.003 0.007 0.122 0.001 0.001 0.011 0.821 120 G 0.017 0.202 0.001 0.005 0.012 0.006 0.082 0.002 0.001 0.039 0.633 121 L 0.050 0.841 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.009 0.001 0.018 0.057 122 P 0.028 0.842 0.001 0.004 0.002 0.004 0.014 0.003 0.001 0.056 0.045 123 A 0.014 0.885 0.003 0.006 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.021 0.049 124 L 0.064 0.782 0.011 0.018 0.006 0.009 0.018 0.011 0.001 0.027 0.053 125 V 0.103 0.674 0.009 0.031 0.007 0.020 0.028 0.014 0.003 0.045 0.066 126 D 0.088 0.492 0.006 0.020 0.015 0.018 0.048 0.007 0.002 0.049 0.255 127 A 0.077 0.225 0.010 0.075 0.011 0.038 0.078 0.006 0.002 0.115 0.362 128 L 0.075 0.069 0.006 0.036 0.014 0.024 0.131 0.006 0.001 0.255 0.383 129 V 0.023 0.071 0.005 0.041 0.024 0.025 0.174 0.003 0.001 0.042 0.591 130 D 0.027 0.349 0.003 0.012 0.006 0.006 0.060 0.006 0.001 0.035 0.496 131 S 0.077 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.001 0.025 0.037 132 Q 0.043 0.823 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 0.007 0.001 0.039 0.063 133 E 0.040 0.761 0.010 0.003 0.005 0.009 0.016 0.005 0.001 0.039 0.110 134 Y 0.155 0.498 0.028 0.007 0.007 0.013 0.036 0.038 0.008 0.062 0.148 135 A 0.205 0.107 0.085 0.014 0.020 0.028 0.075 0.023 0.048 0.167 0.228 136 D 0.199 0.027 0.002 0.009 0.012 0.026 0.062 0.004 0.002 0.030 0.628 137 Y 0.033 0.011 0.003 0.019 0.012 0.023 0.115 0.002 0.001 0.026 0.755 138 F 0.041 0.006 0.007 0.030 0.022 0.041 0.205 0.003 0.001 0.052 0.592 139 G 0.046 0.009 0.002 0.017 0.020 0.043 0.127 0.004 0.001 0.048 0.683 140 E 0.038 0.005 0.001 0.019 0.028 0.030 0.117 0.002 0.001 0.035 0.724 141 E 0.010 0.009 0.001 0.106 0.064 0.132 0.114 0.002 0.001 0.044 0.518 142 T 0.013 0.014 0.001 0.067 0.048 0.128 0.080 0.003 0.001 0.044 0.601 143 V 0.017 0.010 0.003 0.137 0.208 0.156 0.060 0.004 0.001 0.050 0.353 144 P 0.033 0.009 0.002 0.085 0.134 0.198 0.062 0.003 0.001 0.068 0.403 145 Y 0.052 0.006 0.002 0.079 0.091 0.137 0.085 0.003 0.001 0.064 0.480 146 L 0.037 0.006 0.002 0.072 0.064 0.106 0.102 0.003 0.001 0.050 0.558 147 R 0.041 0.009 0.001 0.029 0.038 0.062 0.108 0.003 0.001 0.041 0.667 148 G 0.042 0.013 0.001 0.025 0.047 0.046 0.106 0.004 0.001 0.047 0.669