# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.539 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.025 0.022 0.038 0.030 0.134 0.071 0.601 2 P 0.196 0.095 0.017 0.019 0.033 0.095 0.075 0.470 3 Q 0.050 0.062 0.029 0.019 0.045 0.100 0.096 0.599 4 S 0.028 0.115 0.077 0.043 0.073 0.116 0.066 0.482 5 Y 0.057 0.180 0.077 0.058 0.070 0.089 0.074 0.395 6 F 0.054 0.193 0.071 0.041 0.043 0.088 0.058 0.453 7 N 0.127 0.317 0.045 0.024 0.031 0.058 0.124 0.275 8 A 0.126 0.246 0.026 0.018 0.019 0.070 0.112 0.383 9 A 0.090 0.173 0.025 0.021 0.029 0.083 0.107 0.473 10 A 0.083 0.137 0.019 0.019 0.026 0.088 0.081 0.547 11 K 0.100 0.158 0.014 0.022 0.036 0.081 0.066 0.523 12 R 0.073 0.077 0.019 0.026 0.044 0.095 0.069 0.598 13 Q 0.046 0.061 0.028 0.059 0.091 0.100 0.069 0.545 14 K 0.046 0.025 0.041 0.061 0.115 0.099 0.050 0.563 15 Y 0.074 0.020 0.042 0.084 0.092 0.114 0.052 0.522 16 A 0.012 0.009 0.063 0.091 0.163 0.113 0.053 0.497 17 M 0.034 0.006 0.024 0.029 0.053 0.091 0.022 0.741 18 K 0.239 0.017 0.031 0.098 0.069 0.090 0.121 0.335 19 P 0.030 0.017 0.013 0.014 0.023 0.112 0.024 0.767 20 G 0.048 0.047 0.013 0.014 0.028 0.119 0.022 0.710 21 L 0.052 0.089 0.013 0.016 0.012 0.097 0.032 0.688 22 S 0.166 0.572 0.004 0.004 0.004 0.032 0.059 0.160 23 A 0.087 0.519 0.007 0.004 0.005 0.037 0.129 0.212 24 L 0.022 0.685 0.004 0.004 0.005 0.037 0.076 0.167 25 E 0.010 0.920 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.031 26 K 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 27 N 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 28 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 29 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 30 I 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 31 K 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 32 A 0.001 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.002 33 A 0.002 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 34 Y 0.018 0.894 0.007 0.001 0.001 0.004 0.059 0.017 35 R 0.029 0.757 0.013 0.004 0.002 0.014 0.084 0.097 36 Q 0.098 0.497 0.034 0.007 0.005 0.045 0.088 0.226 37 I 0.178 0.201 0.038 0.008 0.006 0.099 0.088 0.381 38 F 0.174 0.103 0.014 0.003 0.004 0.072 0.062 0.569 39 E 0.061 0.067 0.009 0.003 0.004 0.066 0.145 0.644 40 R 0.033 0.207 0.011 0.006 0.007 0.091 0.065 0.581 41 D 0.062 0.337 0.016 0.012 0.016 0.083 0.041 0.433 42 I 0.077 0.333 0.022 0.012 0.013 0.079 0.038 0.426 43 T 0.079 0.246 0.042 0.020 0.026 0.064 0.213 0.311 44 K 0.091 0.231 0.030 0.015 0.017 0.089 0.198 0.330 45 A 0.084 0.187 0.034 0.018 0.021 0.082 0.231 0.344 46 Y 0.086 0.195 0.018 0.013 0.023 0.080 0.105 0.481 47 S 0.082 0.156 0.014 0.010 0.021 0.073 0.190 0.454 48 Q 0.026 0.276 0.020 0.021 0.025 0.107 0.098 0.427 49 S 0.030 0.568 0.011 0.011 0.021 0.057 0.037 0.264 50 I 0.033 0.678 0.011 0.011 0.013 0.044 0.023 0.187 51 S 0.022 0.423 0.024 0.019 0.027 0.045 0.257 0.184 52 Y 0.016 0.571 0.009 0.006 0.007 0.019 0.330 0.042 53 L 0.013 0.927 0.003 0.003 0.003 0.005 0.023 0.023 54 E 0.036 0.767 0.013 0.011 0.017 0.017 0.042 0.097 55 S 0.052 0.347 0.026 0.034 0.035 0.043 0.298 0.164 56 Q 0.062 0.106 0.057 0.044 0.059 0.079 0.388 0.205 57 V 0.309 0.017 0.031 0.023 0.030 0.078 0.139 0.374 58 R 0.506 0.006 0.004 0.007 0.008 0.043 0.026 0.399 59 N 0.013 0.002 0.002 0.002 0.006 0.058 0.005 0.911 60 G 0.006 0.007 0.011 0.007 0.031 0.118 0.010 0.810 61 D 0.012 0.038 0.029 0.093 0.093 0.130 0.034 0.572 62 I 0.007 0.102 0.040 0.092 0.043 0.066 0.030 0.619 63 S 0.009 0.868 0.013 0.028 0.018 0.007 0.023 0.034 64 M 0.007 0.959 0.003 0.002 0.003 0.002 0.013 0.010 65 K 0.005 0.931 0.007 0.005 0.003 0.001 0.042 0.006 66 E 0.004 0.921 0.010 0.006 0.005 0.002 0.044 0.007 67 F 0.020 0.928 0.010 0.002 0.003 0.003 0.027 0.007 68 V 0.127 0.592 0.044 0.015 0.015 0.013 0.151 0.043 69 R 0.134 0.222 0.017 0.017 0.014 0.041 0.104 0.451 70 R 0.097 0.063 0.016 0.009 0.013 0.070 0.104 0.627 71 L 0.081 0.051 0.023 0.015 0.016 0.198 0.096 0.520 72 A 0.013 0.043 0.015 0.014 0.021 0.158 0.036 0.701 73 K 0.017 0.149 0.005 0.004 0.005 0.074 0.020 0.727 74 S 0.075 0.861 0.002 0.002 0.002 0.010 0.026 0.023 75 P 0.039 0.882 0.005 0.002 0.002 0.013 0.015 0.042 76 L 0.064 0.633 0.028 0.006 0.011 0.032 0.100 0.126 77 Y 0.123 0.398 0.048 0.020 0.017 0.036 0.252 0.104 78 R 0.179 0.246 0.022 0.016 0.026 0.054 0.139 0.318 79 K 0.090 0.086 0.020 0.016 0.032 0.071 0.052 0.633 80 Q 0.027 0.029 0.017 0.037 0.050 0.120 0.043 0.678 81 F 0.011 0.017 0.025 0.054 0.101 0.140 0.059 0.594 82 F 0.064 0.025 0.020 0.040 0.059 0.117 0.063 0.612 83 E 0.224 0.043 0.019 0.069 0.047 0.081 0.181 0.335 84 P 0.039 0.046 0.016 0.017 0.030 0.096 0.072 0.684 85 F 0.060 0.063 0.023 0.019 0.041 0.123 0.071 0.601 86 I 0.067 0.196 0.028 0.034 0.030 0.097 0.061 0.487 87 N 0.039 0.632 0.006 0.010 0.020 0.033 0.030 0.230 88 S 0.010 0.784 0.010 0.008 0.017 0.021 0.032 0.117 89 R 0.002 0.880 0.009 0.026 0.025 0.008 0.026 0.024 90 A 0.003 0.903 0.011 0.007 0.010 0.004 0.046 0.017 91 L 0.002 0.900 0.005 0.010 0.007 0.001 0.069 0.004 92 E 0.009 0.729 0.016 0.011 0.019 0.005 0.200 0.012 93 L 0.013 0.682 0.013 0.017 0.018 0.009 0.226 0.022 94 A 0.011 0.845 0.021 0.014 0.020 0.008 0.046 0.035 95 F 0.054 0.520 0.054 0.023 0.040 0.042 0.103 0.163 96 R 0.046 0.138 0.119 0.072 0.042 0.090 0.225 0.268 97 H 0.294 0.041 0.088 0.024 0.026 0.112 0.083 0.332 98 I 0.293 0.010 0.066 0.015 0.018 0.135 0.070 0.394 99 L 0.025 0.004 0.041 0.007 0.019 0.142 0.045 0.717 100 G 0.017 0.003 0.032 0.010 0.025 0.124 0.030 0.758 101 R 0.020 0.005 0.031 0.029 0.032 0.189 0.054 0.639 102 G 0.114 0.029 0.027 0.012 0.018 0.204 0.077 0.519 103 P 0.123 0.058 0.009 0.006 0.010 0.162 0.029 0.604 104 S 0.028 0.092 0.006 0.003 0.004 0.092 0.024 0.752 105 S 0.046 0.858 0.001 0.001 0.001 0.012 0.026 0.056 106 R 0.021 0.909 0.002 0.001 0.001 0.008 0.032 0.026 107 E 0.006 0.946 0.002 0.002 0.002 0.005 0.016 0.022 108 E 0.013 0.925 0.004 0.002 0.003 0.005 0.030 0.018 109 V 0.032 0.844 0.005 0.003 0.005 0.011 0.073 0.027 110 Q 0.022 0.465 0.011 0.006 0.008 0.017 0.398 0.072 111 K 0.007 0.791 0.003 0.004 0.006 0.015 0.091 0.082 112 Y 0.014 0.871 0.004 0.002 0.006 0.014 0.036 0.053 113 F 0.026 0.560 0.014 0.016 0.020 0.036 0.245 0.084 114 S 0.015 0.151 0.034 0.020 0.025 0.030 0.641 0.084 115 I 0.066 0.181 0.056 0.028 0.034 0.065 0.394 0.176 116 V 0.241 0.054 0.145 0.026 0.027 0.099 0.127 0.281 117 S 0.368 0.011 0.013 0.004 0.006 0.054 0.127 0.417 118 S 0.028 0.008 0.005 0.001 0.002 0.061 0.086 0.808 119 G 0.003 0.012 0.010 0.003 0.006 0.228 0.020 0.718 120 G 0.022 0.134 0.018 0.006 0.006 0.119 0.045 0.651 121 L 0.133 0.672 0.004 0.006 0.004 0.020 0.081 0.081 122 P 0.045 0.699 0.022 0.002 0.004 0.019 0.105 0.103 123 A 0.010 0.610 0.081 0.013 0.017 0.029 0.160 0.079 124 L 0.010 0.544 0.210 0.009 0.012 0.023 0.125 0.067 125 V 0.054 0.464 0.182 0.015 0.014 0.033 0.170 0.067 126 D 0.063 0.295 0.182 0.009 0.014 0.045 0.229 0.163 127 A 0.057 0.209 0.200 0.009 0.017 0.055 0.236 0.218 128 L 0.042 0.163 0.087 0.013 0.017 0.117 0.116 0.444 129 V 0.022 0.121 0.094 0.023 0.019 0.120 0.063 0.538 130 D 0.026 0.516 0.016 0.004 0.007 0.064 0.042 0.325 131 S 0.045 0.870 0.003 0.001 0.001 0.015 0.023 0.043 132 Q 0.023 0.860 0.006 0.002 0.002 0.016 0.031 0.059 133 E 0.045 0.774 0.016 0.005 0.006 0.017 0.062 0.075 134 Y 0.223 0.475 0.033 0.009 0.010 0.031 0.139 0.080 135 A 0.207 0.212 0.034 0.015 0.019 0.057 0.158 0.298 136 D 0.179 0.067 0.013 0.009 0.013 0.068 0.037 0.614 137 Y 0.026 0.014 0.010 0.008 0.013 0.104 0.031 0.793 138 F 0.031 0.011 0.024 0.015 0.030 0.156 0.070 0.663 139 G 0.234 0.023 0.016 0.026 0.046 0.090 0.120 0.446 140 E 0.037 0.012 0.015 0.029 0.036 0.112 0.038 0.722 141 E 0.008 0.011 0.056 0.046 0.129 0.134 0.031 0.584 142 T 0.024 0.014 0.038 0.050 0.076 0.093 0.039 0.667 143 V 0.085 0.023 0.089 0.173 0.117 0.084 0.073 0.356 144 P 0.040 0.015 0.072 0.068 0.140 0.073 0.079 0.513 145 Y 0.067 0.009 0.050 0.166 0.208 0.080 0.079 0.341 146 L 0.038 0.004 0.032 0.095 0.118 0.078 0.044 0.592 147 R 0.021 0.004 0.014 0.061 0.112 0.092 0.028 0.668 148 G 0.030 0.005 0.014 0.053 0.100 0.087 0.030 0.682