# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.539 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.005 0.003 0.028 0.031 0.064 0.092 0.001 0.001 0.003 0.698 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.991 3 Q 0.006 0.001 0.001 0.007 0.006 0.013 0.080 0.001 0.001 0.001 0.887 4 S 0.157 0.010 0.001 0.031 0.023 0.036 0.115 0.001 0.001 0.007 0.621 5 Y 0.123 0.050 0.002 0.052 0.041 0.069 0.107 0.001 0.001 0.007 0.547 6 F 0.079 0.101 0.003 0.069 0.057 0.096 0.115 0.001 0.001 0.006 0.475 7 N 0.037 0.124 0.001 0.027 0.038 0.069 0.144 0.001 0.001 0.004 0.554 8 A 0.063 0.197 0.002 0.021 0.021 0.051 0.091 0.003 0.001 0.005 0.546 9 A 0.074 0.371 0.005 0.011 0.026 0.037 0.122 0.003 0.001 0.005 0.346 10 A 0.131 0.349 0.005 0.006 0.017 0.022 0.122 0.007 0.001 0.006 0.334 11 K 0.195 0.495 0.008 0.005 0.013 0.025 0.029 0.014 0.001 0.003 0.212 12 R 0.125 0.325 0.017 0.007 0.017 0.025 0.032 0.017 0.001 0.003 0.433 13 Q 0.128 0.323 0.026 0.015 0.057 0.058 0.048 0.013 0.001 0.004 0.328 14 K 0.076 0.142 0.010 0.017 0.023 0.028 0.039 0.009 0.001 0.002 0.655 15 Y 0.089 0.226 0.007 0.049 0.132 0.139 0.050 0.005 0.001 0.002 0.300 16 A 0.091 0.139 0.005 0.078 0.081 0.119 0.056 0.008 0.001 0.004 0.419 17 M 0.082 0.084 0.008 0.076 0.059 0.115 0.048 0.008 0.001 0.003 0.516 18 K 0.116 0.040 0.007 0.093 0.076 0.094 0.099 0.005 0.001 0.004 0.466 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.993 20 G 0.027 0.006 0.003 0.037 0.041 0.117 0.103 0.001 0.001 0.002 0.662 21 L 0.496 0.010 0.004 0.025 0.010 0.019 0.052 0.001 0.001 0.005 0.378 22 S 0.039 0.020 0.003 0.018 0.013 0.023 0.343 0.001 0.001 0.006 0.536 23 A 0.059 0.024 0.002 0.024 0.005 0.014 0.087 0.001 0.001 0.013 0.772 24 L 0.020 0.049 0.002 0.006 0.003 0.006 0.370 0.001 0.001 0.005 0.539 25 E 0.082 0.076 0.002 0.003 0.002 0.003 0.644 0.001 0.001 0.010 0.177 26 K 0.084 0.709 0.004 0.003 0.001 0.004 0.023 0.003 0.001 0.002 0.167 27 N 0.014 0.813 0.006 0.002 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.136 28 A 0.018 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.124 29 V 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 30 I 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 31 K 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 32 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 33 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 34 Y 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 36 Q 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 37 I 0.029 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.006 38 F 0.032 0.903 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.017 39 E 0.056 0.794 0.026 0.007 0.002 0.002 0.004 0.035 0.001 0.001 0.074 40 R 0.105 0.584 0.035 0.009 0.002 0.002 0.014 0.054 0.001 0.001 0.192 41 D 0.289 0.354 0.062 0.017 0.004 0.005 0.062 0.032 0.001 0.003 0.173 42 I 0.218 0.250 0.130 0.031 0.007 0.010 0.051 0.013 0.001 0.006 0.283 43 T 0.065 0.195 0.093 0.052 0.025 0.036 0.212 0.006 0.001 0.007 0.310 44 K 0.053 0.127 0.010 0.040 0.017 0.027 0.101 0.005 0.001 0.004 0.615 45 A 0.049 0.300 0.006 0.036 0.035 0.072 0.110 0.006 0.001 0.003 0.383 46 Y 0.079 0.346 0.007 0.025 0.029 0.047 0.170 0.007 0.001 0.004 0.287 47 S 0.110 0.455 0.006 0.018 0.022 0.040 0.054 0.010 0.001 0.004 0.280 48 Q 0.131 0.353 0.014 0.015 0.018 0.031 0.060 0.009 0.001 0.008 0.362 49 S 0.170 0.262 0.036 0.017 0.011 0.016 0.131 0.012 0.001 0.006 0.339 50 I 0.180 0.361 0.026 0.022 0.017 0.033 0.061 0.009 0.001 0.005 0.287 51 S 0.051 0.451 0.015 0.019 0.017 0.026 0.060 0.006 0.001 0.003 0.352 52 Y 0.038 0.353 0.008 0.012 0.015 0.026 0.087 0.006 0.001 0.004 0.450 53 L 0.044 0.609 0.007 0.011 0.014 0.027 0.048 0.006 0.001 0.002 0.233 54 E 0.040 0.720 0.004 0.007 0.011 0.020 0.038 0.003 0.001 0.001 0.156 55 S 0.022 0.840 0.002 0.003 0.006 0.008 0.011 0.003 0.001 0.001 0.103 56 Q 0.052 0.867 0.002 0.003 0.006 0.007 0.009 0.007 0.001 0.001 0.045 57 V 0.039 0.885 0.004 0.006 0.020 0.008 0.004 0.010 0.001 0.001 0.022 58 R 0.081 0.764 0.006 0.007 0.015 0.018 0.016 0.033 0.001 0.001 0.060 59 N 0.214 0.492 0.014 0.007 0.008 0.013 0.044 0.090 0.001 0.004 0.115 60 G 0.470 0.138 0.026 0.017 0.017 0.019 0.011 0.103 0.001 0.044 0.154 61 D 0.088 0.005 0.659 0.007 0.002 0.002 0.097 0.008 0.001 0.001 0.131 62 I 0.160 0.011 0.134 0.075 0.062 0.048 0.148 0.001 0.001 0.004 0.356 63 S 0.006 0.007 0.004 0.025 0.025 0.065 0.396 0.001 0.001 0.001 0.470 64 M 0.012 0.026 0.001 0.089 0.020 0.120 0.075 0.001 0.001 0.002 0.654 65 K 0.001 0.060 0.001 0.009 0.005 0.015 0.428 0.001 0.001 0.003 0.478 66 E 0.026 0.091 0.001 0.001 0.001 0.002 0.751 0.001 0.001 0.005 0.124 67 F 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 68 V 0.002 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 69 R 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 R 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 71 L 0.092 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.008 72 A 0.042 0.918 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.006 73 K 0.153 0.536 0.098 0.002 0.001 0.001 0.004 0.152 0.001 0.001 0.053 74 S 0.177 0.556 0.121 0.014 0.001 0.001 0.007 0.059 0.001 0.001 0.063 75 P 0.002 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.975 76 L 0.004 0.010 0.129 0.004 0.001 0.001 0.475 0.001 0.001 0.003 0.373 77 Y 0.209 0.071 0.006 0.011 0.001 0.003 0.399 0.002 0.001 0.007 0.292 78 R 0.043 0.820 0.002 0.011 0.002 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.108 79 K 0.018 0.799 0.003 0.010 0.004 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.148 80 Q 0.207 0.636 0.002 0.009 0.005 0.004 0.014 0.016 0.001 0.002 0.106 81 F 0.293 0.545 0.006 0.003 0.003 0.006 0.006 0.028 0.001 0.001 0.109 82 F 0.158 0.386 0.114 0.030 0.009 0.021 0.036 0.026 0.001 0.002 0.218 83 E 0.085 0.203 0.043 0.064 0.047 0.044 0.066 0.016 0.001 0.002 0.430 84 P 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.983 85 F 0.054 0.059 0.011 0.070 0.038 0.103 0.133 0.004 0.001 0.002 0.525 86 I 0.181 0.066 0.006 0.042 0.020 0.027 0.098 0.002 0.001 0.008 0.550 87 N 0.056 0.071 0.004 0.025 0.016 0.030 0.125 0.002 0.001 0.006 0.664 88 S 0.130 0.121 0.007 0.030 0.009 0.021 0.150 0.002 0.001 0.007 0.525 89 R 0.098 0.264 0.004 0.024 0.028 0.029 0.200 0.002 0.001 0.008 0.343 90 A 0.033 0.304 0.011 0.013 0.013 0.017 0.208 0.002 0.001 0.003 0.397 91 L 0.019 0.735 0.004 0.017 0.016 0.035 0.032 0.001 0.001 0.001 0.139 92 E 0.009 0.849 0.001 0.005 0.009 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.089 93 L 0.006 0.935 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.042 94 A 0.010 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.044 95 F 0.015 0.950 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.026 96 R 0.008 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 97 H 0.018 0.948 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.018 98 I 0.091 0.850 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.019 99 L 0.150 0.704 0.012 0.008 0.005 0.005 0.004 0.051 0.001 0.001 0.060 100 G 0.230 0.224 0.096 0.017 0.006 0.013 0.010 0.139 0.001 0.005 0.260 101 R 0.199 0.065 0.373 0.043 0.010 0.015 0.050 0.030 0.001 0.003 0.212 102 G 0.020 0.009 0.014 0.027 0.011 0.007 0.082 0.008 0.001 0.001 0.822 103 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.964 104 S 0.041 0.008 0.004 0.058 0.026 0.053 0.257 0.001 0.001 0.005 0.548 105 S 0.101 0.010 0.002 0.015 0.005 0.011 0.251 0.001 0.001 0.012 0.591 106 R 0.025 0.010 0.001 0.012 0.002 0.007 0.069 0.001 0.001 0.007 0.866 107 E 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.530 0.001 0.001 0.003 0.451 108 E 0.070 0.090 0.001 0.002 0.001 0.003 0.586 0.001 0.001 0.006 0.241 109 V 0.031 0.882 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.075 110 Q 0.003 0.952 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 111 K 0.006 0.957 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 112 Y 0.030 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.021 113 F 0.030 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 114 S 0.017 0.931 0.007 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.031 115 I 0.014 0.923 0.007 0.003 0.003 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.037 116 V 0.013 0.932 0.004 0.007 0.006 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.026 117 S 0.016 0.897 0.003 0.006 0.023 0.011 0.008 0.006 0.001 0.001 0.031 118 S 0.073 0.739 0.005 0.008 0.012 0.014 0.020 0.025 0.001 0.001 0.103 119 G 0.344 0.330 0.014 0.006 0.003 0.007 0.023 0.056 0.001 0.009 0.209 120 G 0.419 0.059 0.308 0.008 0.001 0.003 0.053 0.022 0.001 0.007 0.120 121 L 0.080 0.054 0.324 0.023 0.007 0.008 0.190 0.004 0.001 0.002 0.307 122 P 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.982 123 A 0.013 0.070 0.003 0.021 0.014 0.031 0.146 0.001 0.001 0.002 0.699 124 L 0.043 0.478 0.002 0.020 0.033 0.026 0.069 0.002 0.001 0.003 0.323 125 V 0.035 0.698 0.001 0.016 0.010 0.044 0.007 0.002 0.001 0.001 0.185 126 D 0.033 0.850 0.001 0.010 0.014 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.071 127 A 0.102 0.771 0.002 0.012 0.016 0.008 0.008 0.011 0.001 0.001 0.069 128 L 0.219 0.618 0.008 0.008 0.005 0.009 0.007 0.051 0.001 0.001 0.075 129 V 0.195 0.535 0.042 0.056 0.018 0.019 0.019 0.030 0.001 0.001 0.084 130 D 0.058 0.267 0.114 0.019 0.017 0.022 0.093 0.036 0.001 0.002 0.374 131 S 0.056 0.095 0.021 0.043 0.011 0.047 0.037 0.008 0.001 0.007 0.675 132 Q 0.005 0.015 0.005 0.004 0.001 0.003 0.278 0.001 0.001 0.007 0.681 133 E 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.745 0.001 0.001 0.005 0.217 134 Y 0.185 0.496 0.005 0.004 0.002 0.006 0.117 0.003 0.001 0.004 0.179 135 A 0.021 0.910 0.002 0.003 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.052 136 D 0.017 0.909 0.003 0.003 0.008 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.047 137 Y 0.154 0.759 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.031 0.001 0.001 0.042 138 F 0.183 0.647 0.005 0.002 0.004 0.008 0.004 0.066 0.001 0.001 0.080 139 G 0.257 0.207 0.070 0.011 0.010 0.018 0.021 0.066 0.001 0.007 0.334 140 E 0.117 0.061 0.136 0.022 0.015 0.017 0.129 0.013 0.001 0.004 0.486 141 E 0.064 0.036 0.011 0.033 0.022 0.025 0.107 0.007 0.001 0.007 0.688 142 T 0.095 0.024 0.019 0.039 0.016 0.050 0.101 0.003 0.001 0.003 0.650 143 V 0.083 0.019 0.008 0.110 0.107 0.108 0.116 0.001 0.001 0.002 0.446 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.990 145 Y 0.008 0.007 0.001 0.041 0.174 0.417 0.025 0.001 0.001 0.001 0.328 146 L 0.041 0.039 0.001 0.048 0.157 0.131 0.083 0.001 0.001 0.003 0.498 147 R 0.090 0.036 0.001 0.024 0.109 0.181 0.063 0.001 0.001 0.004 0.491 148 G 0.127 0.041 0.001 0.028 0.067 0.114 0.082 0.002 0.001 0.005 0.532