# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.539 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.005 0.036 0.027 0.044 0.061 0.004 0.778 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 Q 0.003 0.001 0.006 0.007 0.017 0.030 0.001 0.936 4 S 0.230 0.006 0.023 0.010 0.012 0.052 0.009 0.658 5 Y 0.295 0.015 0.040 0.018 0.028 0.090 0.007 0.507 6 F 0.126 0.049 0.100 0.042 0.065 0.089 0.004 0.525 7 N 0.036 0.079 0.049 0.035 0.064 0.125 0.006 0.606 8 A 0.055 0.074 0.021 0.015 0.040 0.082 0.007 0.705 9 A 0.100 0.153 0.015 0.015 0.033 0.178 0.014 0.492 10 A 0.164 0.178 0.012 0.014 0.020 0.180 0.030 0.403 11 K 0.195 0.322 0.018 0.015 0.019 0.066 0.029 0.336 12 R 0.135 0.227 0.026 0.019 0.027 0.062 0.027 0.478 13 Q 0.144 0.201 0.066 0.060 0.062 0.071 0.027 0.368 14 K 0.052 0.077 0.043 0.033 0.050 0.052 0.011 0.681 15 Y 0.089 0.102 0.128 0.130 0.161 0.058 0.013 0.319 16 A 0.085 0.067 0.107 0.112 0.143 0.069 0.019 0.399 17 M 0.092 0.055 0.148 0.065 0.132 0.044 0.030 0.434 18 K 0.081 0.027 0.148 0.111 0.118 0.067 0.008 0.440 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 20 G 0.020 0.004 0.022 0.022 0.059 0.104 0.006 0.762 21 L 0.480 0.005 0.033 0.006 0.009 0.067 0.009 0.391 22 S 0.114 0.014 0.016 0.011 0.018 0.246 0.005 0.576 23 A 0.049 0.014 0.008 0.002 0.012 0.052 0.001 0.862 24 L 0.020 0.036 0.004 0.002 0.005 0.250 0.002 0.681 25 E 0.038 0.063 0.001 0.001 0.002 0.684 0.004 0.207 26 K 0.052 0.819 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.111 27 N 0.010 0.893 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.077 28 A 0.009 0.930 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.049 29 V 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 30 I 0.003 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 31 K 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 32 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 34 Y 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 35 R 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 37 I 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 F 0.010 0.960 0.005 0.003 0.004 0.002 0.004 0.013 39 E 0.030 0.893 0.005 0.003 0.004 0.005 0.011 0.050 40 R 0.097 0.717 0.007 0.002 0.002 0.011 0.045 0.118 41 D 0.256 0.519 0.018 0.004 0.002 0.019 0.068 0.114 42 I 0.112 0.421 0.080 0.013 0.010 0.032 0.048 0.285 43 T 0.050 0.251 0.178 0.048 0.059 0.092 0.022 0.301 44 K 0.038 0.181 0.076 0.026 0.047 0.079 0.009 0.545 45 A 0.061 0.381 0.080 0.037 0.064 0.117 0.012 0.249 46 Y 0.097 0.326 0.069 0.023 0.036 0.132 0.020 0.296 47 S 0.103 0.417 0.038 0.023 0.028 0.057 0.021 0.315 48 Q 0.211 0.226 0.037 0.019 0.031 0.089 0.031 0.357 49 S 0.171 0.223 0.022 0.015 0.020 0.161 0.031 0.357 50 I 0.171 0.260 0.054 0.020 0.038 0.081 0.025 0.351 51 S 0.047 0.380 0.031 0.030 0.033 0.078 0.009 0.392 52 Y 0.047 0.241 0.026 0.022 0.048 0.108 0.012 0.496 53 L 0.050 0.614 0.019 0.027 0.053 0.058 0.006 0.172 54 E 0.057 0.574 0.016 0.024 0.064 0.107 0.012 0.148 55 S 0.053 0.737 0.006 0.026 0.023 0.031 0.011 0.113 56 Q 0.126 0.680 0.009 0.016 0.024 0.016 0.016 0.113 57 V 0.063 0.747 0.016 0.038 0.042 0.017 0.017 0.061 58 R 0.082 0.608 0.030 0.041 0.057 0.031 0.047 0.104 59 N 0.082 0.406 0.045 0.032 0.036 0.025 0.070 0.305 60 G 0.324 0.129 0.050 0.029 0.014 0.024 0.173 0.257 61 D 0.296 0.010 0.062 0.007 0.010 0.120 0.022 0.473 62 I 0.031 0.009 0.073 0.042 0.040 0.090 0.004 0.712 63 S 0.032 0.012 0.033 0.075 0.128 0.292 0.003 0.426 64 M 0.011 0.015 0.021 0.029 0.074 0.034 0.001 0.815 65 K 0.011 0.053 0.018 0.026 0.089 0.318 0.002 0.483 66 E 0.035 0.046 0.002 0.005 0.012 0.618 0.003 0.279 67 F 0.028 0.841 0.001 0.003 0.005 0.013 0.001 0.107 68 V 0.003 0.938 0.002 0.002 0.005 0.005 0.001 0.043 69 R 0.002 0.972 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 70 R 0.015 0.959 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.018 71 L 0.034 0.938 0.003 0.001 0.002 0.001 0.009 0.011 72 A 0.058 0.869 0.010 0.004 0.003 0.004 0.019 0.032 73 K 0.112 0.616 0.048 0.008 0.008 0.017 0.047 0.145 74 S 0.184 0.347 0.043 0.012 0.014 0.032 0.040 0.327 75 P 0.002 0.020 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.965 76 L 0.013 0.102 0.008 0.005 0.010 0.348 0.005 0.509 77 Y 0.126 0.271 0.012 0.005 0.010 0.250 0.014 0.312 78 R 0.046 0.826 0.004 0.003 0.007 0.016 0.003 0.095 79 K 0.014 0.889 0.008 0.005 0.004 0.009 0.004 0.067 80 Q 0.089 0.718 0.016 0.017 0.011 0.012 0.034 0.103 81 F 0.180 0.547 0.022 0.023 0.029 0.012 0.042 0.144 82 F 0.100 0.320 0.154 0.070 0.124 0.031 0.039 0.161 83 E 0.048 0.130 0.068 0.086 0.074 0.054 0.012 0.527 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 85 F 0.060 0.053 0.055 0.047 0.082 0.147 0.019 0.538 86 I 0.139 0.071 0.047 0.028 0.020 0.076 0.018 0.601 87 N 0.050 0.075 0.031 0.028 0.035 0.077 0.012 0.693 88 S 0.124 0.063 0.030 0.018 0.029 0.134 0.010 0.592 89 R 0.149 0.155 0.039 0.033 0.034 0.208 0.009 0.372 90 A 0.035 0.220 0.036 0.038 0.053 0.136 0.005 0.477 91 L 0.012 0.704 0.026 0.060 0.077 0.029 0.003 0.088 92 E 0.008 0.825 0.015 0.022 0.045 0.016 0.002 0.067 93 L 0.005 0.927 0.004 0.013 0.016 0.005 0.002 0.028 94 A 0.013 0.931 0.003 0.006 0.009 0.006 0.005 0.028 95 F 0.037 0.886 0.005 0.005 0.012 0.005 0.010 0.040 96 R 0.011 0.950 0.004 0.003 0.004 0.002 0.004 0.022 97 H 0.059 0.811 0.006 0.004 0.005 0.008 0.039 0.068 98 I 0.095 0.801 0.017 0.005 0.004 0.006 0.028 0.043 99 L 0.057 0.728 0.060 0.017 0.014 0.011 0.033 0.078 100 G 0.216 0.229 0.097 0.017 0.021 0.031 0.112 0.277 101 R 0.156 0.136 0.309 0.020 0.023 0.038 0.045 0.273 102 G 0.013 0.018 0.029 0.010 0.011 0.041 0.003 0.874 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 S 0.024 0.003 0.027 0.011 0.020 0.288 0.004 0.623 105 S 0.224 0.005 0.011 0.003 0.004 0.277 0.006 0.470 106 R 0.040 0.017 0.005 0.001 0.008 0.036 0.001 0.891 107 E 0.014 0.015 0.002 0.001 0.002 0.235 0.001 0.730 108 E 0.015 0.036 0.001 0.001 0.001 0.778 0.001 0.168 109 V 0.016 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 110 Q 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 111 K 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 112 Y 0.019 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 113 F 0.009 0.971 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.009 114 S 0.004 0.964 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 0.017 115 I 0.012 0.929 0.008 0.004 0.006 0.004 0.004 0.033 116 V 0.008 0.964 0.005 0.004 0.005 0.002 0.003 0.010 117 S 0.015 0.938 0.007 0.005 0.005 0.003 0.008 0.019 118 S 0.097 0.755 0.017 0.007 0.007 0.009 0.040 0.068 119 G 0.431 0.241 0.013 0.007 0.005 0.014 0.111 0.178 120 G 0.431 0.090 0.039 0.006 0.004 0.033 0.120 0.277 121 L 0.109 0.083 0.172 0.020 0.027 0.114 0.018 0.458 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 123 A 0.011 0.061 0.018 0.015 0.032 0.195 0.002 0.665 124 L 0.092 0.399 0.033 0.015 0.017 0.085 0.008 0.350 125 V 0.032 0.714 0.029 0.012 0.025 0.026 0.005 0.157 126 D 0.007 0.930 0.008 0.008 0.009 0.004 0.001 0.033 127 A 0.041 0.873 0.018 0.008 0.010 0.010 0.011 0.030 128 L 0.158 0.748 0.013 0.008 0.010 0.010 0.025 0.027 129 V 0.142 0.579 0.122 0.023 0.016 0.016 0.035 0.066 130 D 0.081 0.508 0.069 0.024 0.020 0.050 0.031 0.218 131 S 0.125 0.190 0.130 0.013 0.039 0.035 0.044 0.426 132 Q 0.023 0.046 0.022 0.003 0.013 0.300 0.009 0.584 133 E 0.033 0.036 0.003 0.001 0.003 0.548 0.006 0.370 134 Y 0.052 0.532 0.005 0.002 0.006 0.164 0.004 0.235 135 A 0.017 0.868 0.002 0.002 0.004 0.008 0.003 0.096 136 D 0.081 0.708 0.004 0.005 0.006 0.011 0.022 0.163 137 Y 0.264 0.537 0.021 0.012 0.012 0.011 0.044 0.101 138 F 0.189 0.472 0.020 0.035 0.039 0.019 0.049 0.176 139 G 0.111 0.163 0.111 0.071 0.078 0.048 0.064 0.355 140 E 0.088 0.057 0.099 0.049 0.051 0.106 0.016 0.534 141 E 0.041 0.042 0.087 0.052 0.057 0.110 0.018 0.592 142 T 0.077 0.024 0.051 0.024 0.046 0.080 0.018 0.680 143 V 0.051 0.020 0.250 0.239 0.119 0.058 0.007 0.257 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 145 Y 0.006 0.005 0.078 0.121 0.406 0.058 0.002 0.323 146 L 0.089 0.025 0.056 0.100 0.122 0.085 0.007 0.516 147 R 0.072 0.030 0.064 0.108 0.167 0.076 0.011 0.471 148 G 0.103 0.025 0.041 0.057 0.075 0.070 0.010 0.619