# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.4755 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.225 0.190 0.071 0.176 0.034 0.027 0.045 0.036 0.072 0.037 2 P 0.085 0.257 0.149 0.046 0.184 0.034 0.031 0.074 0.056 0.050 0.035 3 Q 0.085 0.101 0.043 0.019 0.114 0.027 0.058 0.160 0.180 0.163 0.050 4 S 0.071 0.162 0.063 0.014 0.163 0.021 0.052 0.211 0.111 0.093 0.038 5 Y 0.150 0.129 0.039 0.011 0.228 0.013 0.029 0.160 0.072 0.104 0.064 6 F 0.101 0.212 0.073 0.024 0.208 0.031 0.034 0.133 0.070 0.067 0.046 7 N 0.089 0.172 0.111 0.034 0.164 0.035 0.039 0.173 0.072 0.071 0.042 8 A 0.043 0.066 0.031 0.014 0.075 0.016 0.044 0.366 0.210 0.110 0.025 9 A 0.050 0.110 0.049 0.017 0.101 0.020 0.048 0.339 0.145 0.095 0.024 10 A 0.065 0.092 0.047 0.018 0.110 0.021 0.041 0.298 0.134 0.132 0.042 11 K 0.079 0.161 0.063 0.016 0.160 0.018 0.047 0.237 0.097 0.086 0.035 12 R 0.142 0.150 0.044 0.012 0.195 0.018 0.034 0.188 0.085 0.074 0.057 13 Q 0.102 0.198 0.054 0.009 0.283 0.019 0.041 0.166 0.064 0.041 0.025 14 K 0.242 0.100 0.016 0.006 0.327 0.011 0.032 0.131 0.061 0.030 0.044 15 Y 0.158 0.172 0.037 0.012 0.373 0.024 0.029 0.072 0.038 0.035 0.050 16 A 0.183 0.152 0.033 0.011 0.375 0.015 0.044 0.065 0.024 0.049 0.049 17 M 0.159 0.194 0.064 0.015 0.254 0.012 0.021 0.051 0.043 0.097 0.090 18 K 0.099 0.277 0.218 0.034 0.245 0.020 0.019 0.030 0.017 0.017 0.025 19 P 0.038 0.216 0.096 0.052 0.083 0.060 0.104 0.151 0.133 0.041 0.027 20 G 0.074 0.095 0.086 0.055 0.089 0.026 0.046 0.090 0.063 0.288 0.086 21 L 0.051 0.224 0.088 0.029 0.127 0.023 0.032 0.115 0.096 0.165 0.049 22 S 0.048 0.359 0.204 0.019 0.132 0.012 0.013 0.103 0.039 0.041 0.028 23 A 0.008 0.016 0.006 0.002 0.014 0.005 0.014 0.631 0.255 0.040 0.008 24 L 0.003 0.014 0.008 0.001 0.006 0.003 0.013 0.843 0.090 0.016 0.003 25 E 0.004 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.881 0.055 0.035 0.005 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.036 0.002 0.001 27 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.040 0.001 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.948 0.027 0.002 0.001 37 I 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.042 0.834 0.088 0.017 0.004 38 F 0.013 0.023 0.010 0.009 0.018 0.011 0.047 0.651 0.142 0.060 0.017 39 E 0.011 0.019 0.011 0.014 0.012 0.016 0.074 0.630 0.135 0.063 0.015 40 R 0.032 0.076 0.036 0.011 0.063 0.014 0.055 0.353 0.124 0.198 0.039 41 D 0.102 0.089 0.026 0.006 0.147 0.010 0.029 0.335 0.099 0.095 0.061 42 I 0.078 0.070 0.015 0.005 0.115 0.009 0.023 0.464 0.140 0.052 0.030 43 T 0.072 0.099 0.029 0.008 0.139 0.015 0.041 0.433 0.101 0.037 0.025 44 K 0.076 0.073 0.023 0.007 0.107 0.018 0.040 0.436 0.124 0.062 0.035 45 A 0.057 0.074 0.033 0.013 0.097 0.019 0.056 0.431 0.121 0.073 0.027 46 Y 0.043 0.075 0.035 0.017 0.073 0.027 0.063 0.385 0.131 0.121 0.029 47 S 0.059 0.123 0.053 0.017 0.114 0.016 0.035 0.336 0.117 0.093 0.036 48 Q 0.035 0.100 0.047 0.011 0.066 0.020 0.043 0.407 0.140 0.102 0.030 49 S 0.056 0.131 0.042 0.008 0.110 0.008 0.027 0.410 0.096 0.083 0.030 50 I 0.081 0.060 0.013 0.006 0.098 0.009 0.015 0.495 0.134 0.051 0.037 51 S 0.018 0.050 0.022 0.006 0.044 0.019 0.038 0.684 0.084 0.025 0.010 52 Y 0.044 0.053 0.019 0.004 0.057 0.005 0.016 0.649 0.078 0.059 0.016 53 L 0.011 0.010 0.003 0.001 0.015 0.002 0.005 0.810 0.125 0.014 0.004 54 E 0.005 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.831 0.130 0.010 0.002 55 S 0.006 0.014 0.006 0.001 0.016 0.002 0.014 0.834 0.093 0.012 0.002 56 Q 0.015 0.011 0.003 0.001 0.020 0.005 0.043 0.776 0.086 0.032 0.007 57 V 0.035 0.037 0.018 0.005 0.033 0.005 0.027 0.559 0.232 0.036 0.012 58 R 0.008 0.010 0.013 0.015 0.009 0.067 0.204 0.490 0.107 0.056 0.018 59 N 0.016 0.473 0.184 0.071 0.047 0.025 0.104 0.032 0.019 0.023 0.006 60 G 0.015 0.008 0.016 0.059 0.011 0.030 0.012 0.032 0.040 0.590 0.188 61 D 0.054 0.412 0.073 0.012 0.193 0.006 0.038 0.061 0.035 0.078 0.037 62 I 0.155 0.250 0.039 0.002 0.469 0.006 0.007 0.028 0.009 0.009 0.026 63 S 0.055 0.535 0.098 0.005 0.185 0.004 0.007 0.078 0.008 0.007 0.016 64 M 0.081 0.030 0.004 0.001 0.047 0.001 0.001 0.737 0.075 0.008 0.015 65 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.958 0.035 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.974 0.019 0.002 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.034 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.952 0.035 0.001 0.001 71 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.794 0.136 0.024 0.003 72 A 0.005 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.032 0.730 0.178 0.031 0.005 73 K 0.010 0.024 0.008 0.003 0.009 0.011 0.119 0.205 0.160 0.435 0.016 74 S 0.029 0.357 0.284 0.002 0.204 0.001 0.003 0.085 0.024 0.006 0.004 75 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.618 0.343 0.011 0.001 76 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.761 0.149 0.049 0.003 77 Y 0.029 0.013 0.002 0.002 0.022 0.003 0.009 0.627 0.144 0.118 0.032 78 R 0.010 0.017 0.006 0.002 0.018 0.004 0.012 0.750 0.143 0.032 0.005 79 K 0.011 0.021 0.006 0.001 0.025 0.006 0.027 0.718 0.155 0.025 0.005 80 Q 0.028 0.050 0.024 0.006 0.058 0.015 0.105 0.519 0.127 0.058 0.012 81 F 0.097 0.066 0.018 0.007 0.115 0.009 0.049 0.337 0.110 0.135 0.054 82 F 0.089 0.148 0.050 0.019 0.150 0.020 0.039 0.176 0.106 0.134 0.069 83 E 0.071 0.277 0.163 0.022 0.206 0.022 0.037 0.109 0.042 0.030 0.021 84 P 0.066 0.150 0.052 0.017 0.110 0.023 0.079 0.238 0.146 0.079 0.041 85 F 0.110 0.087 0.045 0.025 0.138 0.027 0.050 0.218 0.116 0.126 0.058 86 I 0.043 0.171 0.081 0.027 0.094 0.036 0.045 0.300 0.107 0.067 0.028 87 N 0.055 0.070 0.042 0.017 0.058 0.020 0.039 0.372 0.104 0.175 0.048 88 S 0.046 0.089 0.029 0.006 0.079 0.010 0.012 0.541 0.111 0.053 0.023 89 R 0.010 0.038 0.010 0.002 0.023 0.008 0.018 0.808 0.063 0.015 0.005 90 A 0.019 0.012 0.002 0.001 0.026 0.001 0.003 0.898 0.032 0.004 0.003 91 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.965 0.025 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.019 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.018 0.001 0.001 95 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.059 0.001 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.923 0.064 0.001 0.001 97 H 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.860 0.080 0.010 0.001 98 I 0.025 0.009 0.005 0.003 0.017 0.007 0.089 0.631 0.140 0.054 0.021 99 L 0.023 0.113 0.047 0.036 0.037 0.051 0.184 0.269 0.130 0.089 0.020 100 G 0.035 0.041 0.041 0.070 0.032 0.028 0.069 0.133 0.088 0.344 0.119 101 R 0.037 0.185 0.144 0.045 0.098 0.016 0.042 0.073 0.127 0.192 0.044 102 G 0.059 0.296 0.183 0.033 0.137 0.030 0.043 0.061 0.059 0.052 0.045 103 P 0.093 0.145 0.065 0.023 0.118 0.017 0.049 0.116 0.112 0.170 0.093 104 S 0.029 0.207 0.135 0.044 0.069 0.051 0.078 0.111 0.091 0.151 0.035 105 S 0.043 0.450 0.311 0.006 0.125 0.003 0.002 0.022 0.008 0.017 0.015 106 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.598 0.354 0.022 0.002 107 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.884 0.091 0.007 0.001 108 E 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.910 0.049 0.023 0.003 109 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.939 0.047 0.005 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.079 0.002 0.001 111 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.946 0.033 0.005 0.001 112 Y 0.005 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.012 0.918 0.042 0.009 0.003 113 F 0.005 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.862 0.107 0.007 0.002 114 S 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.877 0.083 0.006 0.002 115 I 0.017 0.016 0.005 0.001 0.027 0.004 0.043 0.802 0.069 0.010 0.005 116 V 0.036 0.038 0.011 0.005 0.049 0.012 0.085 0.601 0.101 0.041 0.019 117 S 0.023 0.027 0.027 0.013 0.025 0.014 0.053 0.496 0.202 0.087 0.033 118 S 0.009 0.054 0.051 0.031 0.019 0.049 0.220 0.369 0.138 0.048 0.011 119 G 0.018 0.138 0.121 0.067 0.031 0.046 0.107 0.081 0.052 0.299 0.040 120 G 0.051 0.109 0.099 0.044 0.054 0.012 0.011 0.056 0.042 0.398 0.125 121 L 0.044 0.309 0.106 0.013 0.117 0.008 0.008 0.245 0.090 0.037 0.023 122 P 0.015 0.029 0.009 0.004 0.022 0.012 0.019 0.629 0.230 0.023 0.009 123 A 0.011 0.018 0.009 0.002 0.021 0.004 0.013 0.791 0.108 0.019 0.005 124 L 0.017 0.012 0.002 0.001 0.019 0.001 0.005 0.853 0.060 0.024 0.007 125 V 0.008 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.860 0.104 0.006 0.003 126 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.879 0.094 0.005 0.001 127 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.829 0.134 0.009 0.001 128 L 0.013 0.006 0.002 0.001 0.011 0.003 0.036 0.698 0.159 0.057 0.012 129 V 0.016 0.079 0.019 0.004 0.047 0.010 0.073 0.569 0.129 0.041 0.011 130 D 0.032 0.086 0.047 0.015 0.036 0.024 0.081 0.130 0.081 0.412 0.057 131 S 0.037 0.380 0.196 0.003 0.216 0.001 0.002 0.108 0.041 0.010 0.005 132 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.641 0.323 0.009 0.001 133 E 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.016 0.802 0.131 0.034 0.002 134 Y 0.018 0.008 0.001 0.001 0.012 0.002 0.007 0.661 0.162 0.106 0.021 135 A 0.006 0.008 0.003 0.001 0.011 0.005 0.012 0.713 0.204 0.033 0.004 136 D 0.005 0.014 0.006 0.001 0.011 0.006 0.040 0.723 0.148 0.042 0.003 137 Y 0.026 0.026 0.021 0.006 0.036 0.014 0.118 0.419 0.128 0.186 0.021 138 F 0.042 0.433 0.144 0.029 0.118 0.017 0.038 0.057 0.029 0.070 0.024 139 G 0.061 0.074 0.072 0.082 0.064 0.032 0.028 0.156 0.088 0.207 0.136 140 E 0.031 0.183 0.073 0.019 0.106 0.017 0.044 0.245 0.180 0.082 0.019 141 E 0.074 0.095 0.030 0.012 0.154 0.021 0.056 0.263 0.129 0.119 0.047 142 T 0.117 0.093 0.041 0.014 0.195 0.011 0.027 0.191 0.125 0.129 0.056 143 V 0.073 0.367 0.147 0.009 0.225 0.010 0.014 0.087 0.031 0.017 0.018 144 P 0.151 0.247 0.054 0.007 0.293 0.011 0.027 0.099 0.043 0.027 0.042 145 Y 0.166 0.143 0.049 0.012 0.228 0.017 0.040 0.144 0.075 0.063 0.063 146 L 0.151 0.128 0.058 0.027 0.206 0.038 0.075 0.156 0.050 0.054 0.055 147 R 0.063 0.154 0.099 0.125 0.104 0.093 0.112 0.095 0.051 0.071 0.032 148 G 0.062 0.096 0.142 0.231 0.083 0.056 0.035 0.077 0.050 0.116 0.052