# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.539 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.193 0.113 0.129 0.127 0.135 0.107 0.073 0.052 0.033 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 2 P 0.246 0.135 0.116 0.129 0.129 0.086 0.058 0.042 0.026 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 3 Q 0.214 0.148 0.148 0.138 0.121 0.080 0.060 0.039 0.024 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 4 S 0.151 0.080 0.086 0.121 0.136 0.139 0.101 0.076 0.047 0.033 0.018 0.007 0.003 0.001 5 Y 0.111 0.096 0.104 0.149 0.155 0.126 0.102 0.069 0.043 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 6 F 0.116 0.075 0.084 0.125 0.138 0.141 0.111 0.089 0.054 0.037 0.021 0.008 0.003 0.001 7 N 0.293 0.183 0.154 0.133 0.095 0.059 0.038 0.020 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 8 A 0.311 0.148 0.143 0.129 0.110 0.065 0.039 0.023 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 9 A 0.295 0.145 0.133 0.148 0.119 0.071 0.043 0.021 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 10 A 0.471 0.192 0.140 0.084 0.055 0.027 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.364 0.150 0.139 0.124 0.109 0.056 0.027 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 12 R 0.310 0.155 0.148 0.135 0.122 0.057 0.033 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.262 0.119 0.105 0.142 0.134 0.094 0.055 0.045 0.020 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 14 K 0.164 0.113 0.123 0.152 0.159 0.099 0.071 0.054 0.033 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 15 Y 0.092 0.042 0.051 0.101 0.126 0.156 0.119 0.133 0.068 0.068 0.028 0.011 0.005 0.001 16 A 0.178 0.153 0.143 0.151 0.127 0.081 0.063 0.042 0.029 0.014 0.010 0.005 0.001 0.001 17 M 0.067 0.039 0.055 0.092 0.118 0.165 0.134 0.124 0.079 0.074 0.035 0.012 0.005 0.002 18 K 0.158 0.134 0.149 0.149 0.148 0.100 0.066 0.040 0.028 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 19 P 0.205 0.115 0.123 0.150 0.126 0.105 0.068 0.046 0.027 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 20 G 0.230 0.147 0.126 0.141 0.142 0.091 0.054 0.032 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 21 L 0.157 0.123 0.132 0.196 0.154 0.096 0.063 0.037 0.022 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 22 S 0.504 0.228 0.132 0.067 0.034 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.459 0.192 0.163 0.085 0.058 0.024 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.400 0.190 0.117 0.126 0.088 0.044 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.354 0.234 0.149 0.110 0.082 0.039 0.016 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.113 0.085 0.100 0.200 0.214 0.138 0.068 0.043 0.025 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 27 N 0.271 0.226 0.171 0.140 0.096 0.055 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.127 0.146 0.161 0.190 0.165 0.108 0.052 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 29 V 0.013 0.011 0.020 0.061 0.108 0.177 0.248 0.255 0.076 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 30 I 0.017 0.022 0.055 0.093 0.168 0.251 0.206 0.100 0.053 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 31 K 0.211 0.253 0.215 0.126 0.106 0.044 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.044 0.064 0.117 0.169 0.173 0.173 0.152 0.076 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 33 A 0.009 0.008 0.020 0.053 0.106 0.170 0.282 0.231 0.087 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 34 Y 0.025 0.043 0.068 0.122 0.187 0.196 0.182 0.097 0.053 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 35 R 0.146 0.215 0.213 0.152 0.129 0.069 0.034 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.078 0.075 0.120 0.175 0.179 0.158 0.106 0.060 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 37 I 0.035 0.028 0.051 0.129 0.207 0.183 0.159 0.100 0.069 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 38 F 0.102 0.069 0.083 0.145 0.147 0.160 0.130 0.080 0.046 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 39 E 0.358 0.201 0.156 0.117 0.073 0.045 0.026 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 40 R 0.260 0.140 0.147 0.148 0.134 0.082 0.040 0.018 0.015 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 41 D 0.424 0.198 0.127 0.089 0.074 0.043 0.021 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 42 I 0.124 0.085 0.096 0.144 0.173 0.142 0.098 0.061 0.040 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 43 T 0.234 0.123 0.120 0.145 0.132 0.098 0.068 0.038 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 44 K 0.348 0.177 0.162 0.108 0.086 0.050 0.032 0.016 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 45 A 0.185 0.080 0.095 0.124 0.152 0.134 0.098 0.058 0.036 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 46 Y 0.189 0.137 0.141 0.168 0.148 0.090 0.058 0.034 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 47 S 0.348 0.154 0.134 0.120 0.094 0.063 0.036 0.022 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.445 0.180 0.124 0.099 0.071 0.038 0.019 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 S 0.200 0.158 0.144 0.164 0.143 0.083 0.049 0.029 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 50 I 0.042 0.042 0.066 0.123 0.198 0.206 0.143 0.088 0.050 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 51 S 0.232 0.145 0.157 0.154 0.125 0.078 0.050 0.027 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.226 0.147 0.153 0.142 0.116 0.085 0.052 0.036 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 53 L 0.030 0.023 0.030 0.075 0.136 0.155 0.140 0.183 0.131 0.057 0.024 0.010 0.004 0.001 54 E 0.031 0.068 0.095 0.197 0.173 0.141 0.113 0.089 0.048 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 55 S 0.506 0.240 0.114 0.056 0.035 0.023 0.012 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.081 0.108 0.183 0.210 0.198 0.102 0.067 0.029 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 57 V 0.026 0.021 0.047 0.108 0.195 0.208 0.174 0.130 0.058 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 58 R 0.216 0.178 0.195 0.176 0.121 0.059 0.030 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.623 0.160 0.092 0.057 0.035 0.017 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 G 0.333 0.211 0.133 0.140 0.102 0.046 0.018 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.331 0.226 0.163 0.116 0.083 0.044 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.253 0.112 0.092 0.141 0.156 0.121 0.064 0.032 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 63 S 0.190 0.169 0.172 0.165 0.121 0.090 0.056 0.022 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 64 M 0.033 0.021 0.037 0.076 0.159 0.219 0.173 0.114 0.107 0.043 0.013 0.004 0.001 0.001 65 K 0.138 0.180 0.202 0.188 0.150 0.077 0.039 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 66 E 0.383 0.289 0.178 0.068 0.047 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 F 0.019 0.022 0.043 0.123 0.170 0.195 0.209 0.179 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 68 V 0.012 0.015 0.038 0.094 0.182 0.198 0.222 0.127 0.079 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 69 R 0.194 0.233 0.200 0.154 0.112 0.051 0.028 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.201 0.230 0.198 0.150 0.098 0.065 0.031 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.023 0.020 0.049 0.139 0.235 0.188 0.163 0.113 0.045 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 72 A 0.050 0.049 0.074 0.139 0.196 0.200 0.148 0.077 0.044 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 73 K 0.231 0.184 0.145 0.180 0.119 0.077 0.030 0.014 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 74 S 0.238 0.159 0.134 0.170 0.129 0.082 0.041 0.019 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 75 P 0.375 0.246 0.149 0.113 0.067 0.030 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.338 0.183 0.174 0.116 0.087 0.054 0.025 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.167 0.083 0.112 0.160 0.185 0.129 0.084 0.045 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 78 R 0.349 0.214 0.138 0.128 0.082 0.042 0.024 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 79 K 0.528 0.259 0.117 0.049 0.026 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.274 0.172 0.169 0.141 0.111 0.067 0.033 0.017 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 81 F 0.118 0.062 0.078 0.116 0.183 0.165 0.114 0.079 0.050 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 82 F 0.110 0.077 0.078 0.149 0.170 0.154 0.103 0.070 0.041 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 83 E 0.363 0.198 0.146 0.111 0.072 0.043 0.029 0.016 0.011 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 84 P 0.195 0.118 0.142 0.141 0.138 0.106 0.067 0.035 0.028 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 85 F 0.139 0.100 0.102 0.132 0.152 0.139 0.093 0.061 0.043 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 86 I 0.133 0.091 0.101 0.136 0.141 0.134 0.103 0.071 0.042 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 87 N 0.139 0.100 0.108 0.134 0.147 0.123 0.094 0.064 0.047 0.022 0.015 0.006 0.002 0.001 88 S 0.092 0.069 0.082 0.113 0.140 0.140 0.120 0.081 0.073 0.040 0.026 0.015 0.007 0.003 89 R 0.125 0.085 0.101 0.123 0.116 0.123 0.125 0.089 0.055 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 90 A 0.050 0.029 0.039 0.062 0.115 0.152 0.145 0.145 0.109 0.068 0.042 0.025 0.014 0.005 91 L 0.039 0.020 0.033 0.053 0.089 0.151 0.186 0.140 0.121 0.071 0.050 0.026 0.015 0.005 92 E 0.077 0.096 0.132 0.173 0.209 0.127 0.086 0.043 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 93 L 0.063 0.070 0.092 0.141 0.175 0.150 0.113 0.094 0.050 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 94 A 0.028 0.027 0.043 0.110 0.140 0.175 0.210 0.185 0.051 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 95 F 0.032 0.032 0.059 0.100 0.156 0.178 0.183 0.123 0.084 0.037 0.009 0.004 0.001 0.001 96 R 0.182 0.177 0.173 0.157 0.137 0.076 0.042 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 97 H 0.170 0.147 0.149 0.159 0.130 0.103 0.064 0.031 0.022 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 98 I 0.070 0.039 0.059 0.118 0.161 0.166 0.139 0.113 0.079 0.036 0.013 0.005 0.002 0.001 99 L 0.073 0.054 0.068 0.106 0.140 0.149 0.148 0.115 0.075 0.032 0.019 0.012 0.005 0.002 100 G 0.127 0.086 0.081 0.115 0.121 0.120 0.105 0.103 0.066 0.036 0.023 0.010 0.005 0.002 101 R 0.128 0.112 0.124 0.149 0.140 0.124 0.090 0.044 0.037 0.023 0.020 0.007 0.003 0.001 102 G 0.199 0.114 0.134 0.138 0.145 0.115 0.069 0.030 0.028 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 103 P 0.185 0.095 0.093 0.126 0.153 0.127 0.086 0.056 0.044 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 104 S 0.215 0.152 0.137 0.188 0.127 0.080 0.050 0.022 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 105 S 0.466 0.191 0.143 0.082 0.055 0.028 0.017 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 106 R 0.400 0.179 0.171 0.107 0.076 0.035 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.603 0.183 0.093 0.055 0.035 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.166 0.122 0.124 0.180 0.206 0.094 0.048 0.036 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 109 V 0.099 0.066 0.091 0.159 0.188 0.153 0.108 0.074 0.038 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.261 0.147 0.163 0.146 0.122 0.079 0.039 0.021 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 111 K 0.317 0.181 0.147 0.136 0.101 0.054 0.029 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 112 Y 0.040 0.037 0.051 0.118 0.174 0.185 0.155 0.125 0.068 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 113 F 0.037 0.041 0.067 0.110 0.147 0.185 0.172 0.132 0.057 0.028 0.016 0.005 0.002 0.001 114 S 0.258 0.210 0.171 0.124 0.095 0.058 0.037 0.022 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 115 I 0.097 0.073 0.104 0.150 0.173 0.156 0.104 0.066 0.037 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 116 V 0.063 0.048 0.070 0.128 0.177 0.168 0.147 0.097 0.061 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 117 S 0.135 0.111 0.115 0.167 0.139 0.134 0.095 0.046 0.030 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 118 S 0.408 0.216 0.154 0.091 0.059 0.034 0.018 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 119 G 0.336 0.187 0.155 0.123 0.088 0.053 0.028 0.013 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 120 G 0.236 0.149 0.127 0.117 0.124 0.098 0.067 0.043 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 121 L 0.075 0.065 0.088 0.145 0.197 0.169 0.113 0.072 0.037 0.024 0.010 0.003 0.002 0.001 122 P 0.261 0.183 0.168 0.132 0.105 0.063 0.040 0.020 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 123 A 0.147 0.084 0.109 0.133 0.140 0.130 0.092 0.059 0.045 0.031 0.016 0.007 0.003 0.002 124 L 0.061 0.061 0.068 0.124 0.151 0.139 0.146 0.131 0.061 0.028 0.016 0.009 0.003 0.002 125 V 0.025 0.023 0.037 0.058 0.096 0.148 0.163 0.168 0.101 0.078 0.056 0.030 0.015 0.004 126 D 0.098 0.089 0.114 0.137 0.140 0.111 0.112 0.071 0.053 0.030 0.021 0.013 0.005 0.004 127 A 0.058 0.042 0.068 0.096 0.131 0.146 0.119 0.091 0.089 0.071 0.049 0.024 0.010 0.007 128 L 0.033 0.023 0.031 0.069 0.121 0.139 0.132 0.156 0.129 0.084 0.040 0.025 0.013 0.005 129 V 0.047 0.040 0.046 0.108 0.129 0.156 0.148 0.116 0.087 0.059 0.033 0.018 0.008 0.003 130 D 0.115 0.100 0.120 0.161 0.157 0.126 0.088 0.049 0.046 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 131 S 0.124 0.106 0.125 0.161 0.162 0.140 0.079 0.037 0.034 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 132 Q 0.414 0.232 0.145 0.088 0.062 0.029 0.014 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.263 0.187 0.165 0.150 0.111 0.058 0.031 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.147 0.091 0.103 0.143 0.175 0.149 0.088 0.046 0.041 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 135 A 0.271 0.175 0.163 0.164 0.110 0.054 0.031 0.015 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 136 D 0.661 0.215 0.082 0.024 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Y 0.193 0.131 0.144 0.141 0.169 0.104 0.055 0.032 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 138 F 0.119 0.085 0.120 0.147 0.176 0.139 0.110 0.063 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 139 G 0.451 0.175 0.114 0.084 0.071 0.047 0.025 0.014 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 140 E 0.289 0.142 0.132 0.144 0.121 0.072 0.041 0.021 0.016 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 141 E 0.295 0.178 0.140 0.120 0.100 0.064 0.041 0.023 0.019 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 142 T 0.136 0.078 0.091 0.106 0.130 0.140 0.109 0.084 0.053 0.036 0.024 0.009 0.004 0.002 143 V 0.105 0.073 0.082 0.121 0.145 0.136 0.110 0.082 0.056 0.038 0.029 0.015 0.005 0.003 144 P 0.132 0.059 0.063 0.088 0.103 0.118 0.107 0.090 0.081 0.065 0.048 0.030 0.011 0.005 145 Y 0.107 0.074 0.077 0.113 0.120 0.113 0.109 0.106 0.076 0.048 0.030 0.018 0.007 0.003 146 L 0.121 0.071 0.076 0.103 0.110 0.127 0.108 0.089 0.076 0.054 0.036 0.019 0.008 0.003 147 R 0.176 0.115 0.128 0.132 0.126 0.103 0.078 0.048 0.038 0.026 0.017 0.008 0.003 0.001 148 G 0.303 0.140 0.134 0.106 0.095 0.076 0.053 0.033 0.026 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001