# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.6179 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.026 0.796 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.112 0.006 0.029 0.008 2 P 0.001 0.009 0.853 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.011 0.065 0.020 0.002 0.025 3 Q 0.001 0.014 0.286 0.011 0.138 0.086 0.001 0.001 0.014 0.154 0.274 0.013 0.008 4 S 0.003 0.020 0.274 0.010 0.249 0.156 0.002 0.002 0.029 0.086 0.114 0.016 0.038 5 Y 0.010 0.037 0.292 0.006 0.153 0.169 0.004 0.005 0.063 0.073 0.052 0.061 0.074 6 F 0.013 0.045 0.348 0.012 0.071 0.182 0.005 0.004 0.058 0.068 0.048 0.031 0.115 7 N 0.008 0.024 0.365 0.019 0.063 0.176 0.002 0.001 0.015 0.118 0.098 0.064 0.045 8 A 0.006 0.013 0.216 0.012 0.111 0.290 0.001 0.001 0.007 0.086 0.168 0.019 0.070 9 A 0.006 0.011 0.228 0.012 0.122 0.252 0.001 0.001 0.005 0.081 0.216 0.033 0.032 10 A 0.007 0.013 0.251 0.012 0.107 0.260 0.002 0.001 0.007 0.089 0.186 0.021 0.045 11 K 0.007 0.018 0.357 0.014 0.050 0.201 0.001 0.001 0.012 0.120 0.133 0.049 0.038 12 R 0.012 0.016 0.433 0.031 0.047 0.089 0.003 0.001 0.018 0.093 0.132 0.020 0.106 13 Q 0.018 0.020 0.365 0.037 0.026 0.061 0.004 0.002 0.047 0.110 0.055 0.207 0.047 14 K 0.038 0.018 0.249 0.013 0.023 0.042 0.012 0.007 0.101 0.040 0.035 0.033 0.390 15 Y 0.051 0.014 0.244 0.056 0.030 0.038 0.016 0.010 0.119 0.043 0.023 0.267 0.088 16 A 0.044 0.021 0.198 0.018 0.022 0.036 0.022 0.013 0.185 0.049 0.047 0.134 0.210 17 M 0.019 0.048 0.382 0.010 0.018 0.022 0.013 0.016 0.092 0.114 0.059 0.047 0.161 18 K 0.002 0.010 0.693 0.007 0.005 0.005 0.002 0.002 0.045 0.112 0.016 0.077 0.025 19 P 0.001 0.014 0.429 0.003 0.033 0.015 0.001 0.001 0.016 0.228 0.210 0.007 0.043 20 G 0.001 0.022 0.441 0.003 0.045 0.015 0.001 0.001 0.007 0.195 0.253 0.009 0.007 21 L 0.001 0.025 0.553 0.002 0.049 0.023 0.001 0.001 0.005 0.252 0.070 0.006 0.014 22 S 0.001 0.022 0.646 0.001 0.032 0.040 0.001 0.001 0.004 0.182 0.059 0.005 0.009 23 A 0.001 0.010 0.056 0.001 0.056 0.751 0.001 0.001 0.001 0.047 0.076 0.001 0.002 24 L 0.001 0.007 0.035 0.001 0.037 0.817 0.001 0.001 0.001 0.020 0.081 0.001 0.001 25 E 0.001 0.002 0.035 0.001 0.028 0.912 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.001 0.002 26 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 38 F 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.900 0.001 0.001 0.001 0.020 0.055 0.002 0.002 39 E 0.001 0.002 0.085 0.001 0.011 0.586 0.001 0.001 0.001 0.053 0.253 0.003 0.005 40 R 0.001 0.002 0.058 0.002 0.021 0.656 0.001 0.001 0.001 0.060 0.195 0.002 0.002 41 D 0.001 0.003 0.089 0.002 0.033 0.651 0.001 0.001 0.003 0.080 0.124 0.008 0.007 42 I 0.004 0.008 0.154 0.002 0.054 0.593 0.001 0.001 0.004 0.049 0.082 0.007 0.041 43 T 0.008 0.013 0.203 0.008 0.043 0.564 0.001 0.001 0.007 0.042 0.043 0.047 0.020 44 K 0.008 0.011 0.129 0.005 0.047 0.629 0.001 0.001 0.004 0.031 0.072 0.013 0.049 45 A 0.006 0.007 0.089 0.009 0.062 0.653 0.001 0.001 0.003 0.029 0.106 0.018 0.019 46 Y 0.005 0.005 0.068 0.005 0.057 0.623 0.001 0.001 0.002 0.041 0.157 0.010 0.027 47 S 0.006 0.006 0.142 0.008 0.054 0.432 0.001 0.001 0.002 0.080 0.211 0.024 0.034 48 Q 0.009 0.007 0.202 0.008 0.046 0.360 0.001 0.001 0.005 0.091 0.182 0.039 0.050 49 S 0.010 0.013 0.229 0.007 0.033 0.317 0.001 0.001 0.008 0.095 0.175 0.041 0.071 50 I 0.014 0.014 0.279 0.007 0.030 0.398 0.002 0.001 0.011 0.065 0.068 0.028 0.086 51 S 0.019 0.012 0.320 0.016 0.017 0.344 0.002 0.001 0.013 0.070 0.033 0.097 0.058 52 Y 0.018 0.007 0.223 0.006 0.017 0.509 0.002 0.001 0.008 0.028 0.019 0.026 0.137 53 L 0.007 0.001 0.036 0.004 0.023 0.885 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.014 0.014 54 E 0.009 0.001 0.010 0.003 0.044 0.901 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.009 0.011 55 S 0.014 0.001 0.010 0.002 0.037 0.883 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.010 0.017 56 Q 0.010 0.002 0.012 0.001 0.015 0.892 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.005 0.012 57 V 0.008 0.004 0.050 0.001 0.022 0.785 0.001 0.001 0.001 0.010 0.099 0.008 0.011 58 R 0.003 0.002 0.055 0.003 0.042 0.464 0.001 0.001 0.001 0.035 0.370 0.011 0.015 59 N 0.001 0.001 0.030 0.002 0.009 0.028 0.001 0.001 0.001 0.084 0.839 0.002 0.005 60 G 0.001 0.001 0.068 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.271 0.640 0.007 0.001 61 D 0.004 0.022 0.551 0.002 0.004 0.027 0.001 0.001 0.017 0.152 0.166 0.011 0.044 62 I 0.009 0.043 0.563 0.001 0.002 0.062 0.004 0.003 0.093 0.073 0.013 0.061 0.072 63 S 0.011 0.036 0.480 0.023 0.002 0.143 0.005 0.005 0.040 0.071 0.007 0.073 0.105 64 M 0.008 0.003 0.026 0.003 0.005 0.884 0.005 0.002 0.009 0.006 0.003 0.006 0.039 65 K 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 73 K 0.001 0.001 0.022 0.001 0.004 0.861 0.001 0.001 0.001 0.022 0.087 0.001 0.002 74 S 0.001 0.001 0.136 0.001 0.004 0.726 0.001 0.001 0.001 0.076 0.053 0.002 0.001 75 P 0.001 0.001 0.020 0.001 0.015 0.899 0.001 0.001 0.001 0.010 0.054 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 0.920 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.031 0.934 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.002 78 R 0.002 0.001 0.007 0.001 0.035 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.003 79 K 0.006 0.001 0.008 0.003 0.070 0.858 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.004 0.005 80 Q 0.007 0.002 0.015 0.005 0.057 0.755 0.001 0.001 0.002 0.014 0.125 0.004 0.013 81 F 0.010 0.004 0.065 0.005 0.033 0.594 0.001 0.001 0.005 0.039 0.208 0.017 0.019 82 F 0.013 0.009 0.189 0.006 0.032 0.443 0.002 0.001 0.008 0.083 0.141 0.019 0.053 83 E 0.007 0.011 0.268 0.006 0.024 0.303 0.001 0.001 0.012 0.163 0.084 0.098 0.024 84 P 0.003 0.012 0.156 0.002 0.038 0.411 0.001 0.001 0.008 0.114 0.198 0.007 0.049 85 F 0.002 0.014 0.189 0.006 0.054 0.395 0.001 0.001 0.006 0.121 0.186 0.015 0.010 86 I 0.002 0.010 0.267 0.005 0.053 0.379 0.001 0.001 0.006 0.120 0.121 0.009 0.025 87 N 0.001 0.007 0.108 0.005 0.038 0.658 0.001 0.001 0.003 0.060 0.103 0.007 0.010 88 S 0.001 0.001 0.013 0.001 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.001 0.002 89 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 95 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 98 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.018 0.003 0.018 0.471 0.001 0.001 0.002 0.040 0.441 0.003 0.002 100 G 0.001 0.003 0.098 0.001 0.007 0.031 0.001 0.001 0.005 0.094 0.756 0.002 0.002 101 R 0.001 0.020 0.692 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.017 0.200 0.037 0.006 0.008 102 G 0.001 0.009 0.780 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 0.166 0.014 0.003 0.007 103 P 0.001 0.019 0.629 0.001 0.029 0.011 0.001 0.001 0.008 0.135 0.160 0.001 0.006 104 S 0.001 0.019 0.526 0.001 0.029 0.016 0.001 0.001 0.005 0.267 0.129 0.004 0.002 105 S 0.001 0.009 0.720 0.001 0.018 0.031 0.001 0.001 0.002 0.188 0.025 0.001 0.004 106 R 0.001 0.001 0.024 0.001 0.025 0.928 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 107 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 109 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 111 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 112 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 113 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 116 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 117 S 0.001 0.001 0.012 0.001 0.047 0.860 0.001 0.001 0.001 0.009 0.066 0.001 0.002 118 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.106 0.506 0.001 0.001 0.001 0.040 0.319 0.002 0.003 119 G 0.001 0.002 0.029 0.001 0.048 0.161 0.001 0.001 0.001 0.062 0.693 0.001 0.002 120 G 0.001 0.012 0.355 0.001 0.013 0.084 0.001 0.001 0.007 0.296 0.223 0.003 0.004 121 L 0.001 0.008 0.745 0.001 0.006 0.083 0.001 0.001 0.010 0.122 0.018 0.003 0.003 122 P 0.001 0.006 0.136 0.006 0.061 0.632 0.001 0.001 0.010 0.063 0.075 0.002 0.007 123 A 0.002 0.002 0.014 0.005 0.059 0.847 0.002 0.006 0.011 0.021 0.025 0.003 0.005 124 L 0.007 0.001 0.007 0.005 0.058 0.852 0.009 0.018 0.018 0.005 0.007 0.002 0.010 125 V 0.012 0.002 0.011 0.006 0.055 0.796 0.011 0.047 0.034 0.004 0.009 0.004 0.007 126 D 0.009 0.001 0.012 0.015 0.066 0.785 0.004 0.023 0.013 0.008 0.054 0.003 0.005 127 A 0.006 0.002 0.023 0.002 0.050 0.647 0.002 0.003 0.014 0.026 0.217 0.003 0.004 128 L 0.007 0.004 0.053 0.003 0.088 0.644 0.002 0.002 0.017 0.039 0.127 0.002 0.010 129 V 0.006 0.018 0.208 0.002 0.017 0.446 0.002 0.002 0.025 0.159 0.086 0.022 0.009 130 D 0.001 0.014 0.418 0.001 0.006 0.219 0.001 0.001 0.010 0.217 0.093 0.003 0.016 131 S 0.001 0.002 0.257 0.001 0.009 0.575 0.001 0.001 0.001 0.105 0.048 0.001 0.001 132 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.068 0.896 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 133 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.092 0.881 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.060 0.912 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 135 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 0.903 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.001 0.001 136 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.085 0.824 0.001 0.001 0.001 0.004 0.075 0.001 0.001 137 Y 0.001 0.002 0.016 0.001 0.121 0.681 0.001 0.001 0.001 0.020 0.148 0.001 0.006 138 F 0.003 0.006 0.073 0.004 0.036 0.256 0.001 0.001 0.002 0.110 0.493 0.005 0.011 139 G 0.002 0.006 0.462 0.003 0.015 0.041 0.001 0.001 0.005 0.139 0.298 0.014 0.015 140 E 0.004 0.008 0.538 0.008 0.049 0.072 0.001 0.001 0.008 0.101 0.170 0.015 0.027 141 E 0.007 0.011 0.232 0.007 0.050 0.088 0.002 0.001 0.028 0.214 0.242 0.087 0.030 142 T 0.013 0.021 0.364 0.011 0.051 0.063 0.004 0.003 0.021 0.113 0.129 0.010 0.197 143 V 0.013 0.013 0.338 0.016 0.006 0.014 0.002 0.001 0.032 0.100 0.016 0.431 0.018 144 P 0.025 0.023 0.324 0.007 0.012 0.020 0.006 0.002 0.027 0.034 0.021 0.022 0.477 145 Y 0.036 0.033 0.325 0.022 0.044 0.043 0.006 0.003 0.030 0.054 0.041 0.291 0.073 146 L 0.050 0.018 0.302 0.022 0.047 0.044 0.008 0.002 0.030 0.055 0.054 0.076 0.291 147 R 0.024 0.026 0.344 0.014 0.046 0.032 0.004 0.001 0.012 0.102 0.160 0.097 0.138 148 G 0.009 0.015 0.457 0.013 0.016 0.013 0.002 0.001 0.008 0.200 0.122 0.077 0.067