# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.6782 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.013 0.002 0.021 0.023 0.022 0.125 0.005 0.001 0.048 0.668 2 P 0.085 0.030 0.001 0.021 0.022 0.025 0.125 0.004 0.001 0.036 0.650 3 Q 0.055 0.042 0.001 0.033 0.025 0.044 0.094 0.004 0.001 0.054 0.647 4 S 0.041 0.100 0.002 0.051 0.049 0.065 0.106 0.005 0.001 0.052 0.530 5 Y 0.054 0.211 0.003 0.040 0.049 0.074 0.083 0.007 0.001 0.053 0.425 6 F 0.095 0.264 0.004 0.025 0.052 0.051 0.070 0.011 0.002 0.065 0.360 7 N 0.144 0.372 0.006 0.014 0.040 0.043 0.045 0.012 0.003 0.050 0.273 8 A 0.182 0.273 0.006 0.009 0.024 0.029 0.050 0.013 0.003 0.065 0.344 9 A 0.158 0.188 0.012 0.013 0.027 0.038 0.074 0.012 0.005 0.081 0.390 10 A 0.092 0.134 0.008 0.013 0.025 0.032 0.091 0.009 0.003 0.056 0.537 11 K 0.091 0.117 0.006 0.014 0.028 0.043 0.101 0.011 0.003 0.057 0.530 12 R 0.071 0.074 0.005 0.018 0.044 0.048 0.097 0.007 0.002 0.060 0.574 13 Q 0.086 0.054 0.007 0.033 0.061 0.089 0.114 0.010 0.002 0.067 0.477 14 K 0.092 0.021 0.002 0.029 0.049 0.082 0.092 0.008 0.001 0.049 0.575 15 Y 0.056 0.008 0.001 0.074 0.068 0.091 0.110 0.003 0.001 0.056 0.532 16 A 0.008 0.006 0.002 0.067 0.052 0.079 0.125 0.001 0.001 0.023 0.636 17 M 0.027 0.013 0.001 0.036 0.045 0.054 0.110 0.005 0.001 0.028 0.680 18 K 0.336 0.012 0.001 0.044 0.035 0.045 0.082 0.012 0.001 0.081 0.351 19 P 0.044 0.016 0.001 0.027 0.011 0.011 0.139 0.001 0.001 0.025 0.725 20 G 0.044 0.073 0.001 0.025 0.007 0.015 0.110 0.004 0.001 0.026 0.696 21 L 0.098 0.236 0.001 0.009 0.007 0.008 0.054 0.012 0.001 0.037 0.536 22 S 0.104 0.662 0.001 0.004 0.005 0.004 0.018 0.006 0.001 0.035 0.160 23 A 0.059 0.401 0.001 0.004 0.006 0.007 0.041 0.006 0.001 0.211 0.263 24 L 0.018 0.782 0.004 0.002 0.004 0.003 0.017 0.003 0.002 0.074 0.091 25 E 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.017 26 K 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 27 N 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 28 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 29 V 0.001 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 30 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 31 K 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 32 A 0.001 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.005 33 A 0.004 0.962 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.004 34 Y 0.017 0.897 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.030 0.025 35 R 0.021 0.777 0.022 0.004 0.002 0.003 0.018 0.006 0.014 0.054 0.079 36 Q 0.053 0.550 0.024 0.007 0.004 0.008 0.036 0.011 0.022 0.117 0.169 37 I 0.115 0.299 0.034 0.009 0.007 0.006 0.043 0.021 0.030 0.139 0.297 38 F 0.163 0.293 0.017 0.011 0.005 0.007 0.046 0.018 0.017 0.058 0.364 39 E 0.145 0.097 0.003 0.008 0.004 0.008 0.066 0.014 0.004 0.127 0.524 40 R 0.043 0.215 0.005 0.016 0.009 0.009 0.092 0.008 0.004 0.114 0.484 41 D 0.046 0.458 0.005 0.014 0.008 0.010 0.074 0.006 0.003 0.056 0.319 42 I 0.056 0.510 0.007 0.011 0.011 0.015 0.036 0.011 0.002 0.057 0.284 43 T 0.108 0.221 0.005 0.011 0.014 0.019 0.075 0.012 0.003 0.191 0.339 44 K 0.083 0.315 0.011 0.018 0.014 0.018 0.061 0.006 0.005 0.153 0.316 45 A 0.086 0.212 0.008 0.016 0.013 0.012 0.060 0.008 0.005 0.128 0.453 46 Y 0.078 0.216 0.008 0.016 0.014 0.017 0.068 0.011 0.004 0.112 0.456 47 S 0.085 0.155 0.002 0.011 0.008 0.013 0.102 0.005 0.001 0.177 0.441 48 Q 0.029 0.327 0.004 0.015 0.011 0.011 0.077 0.004 0.001 0.129 0.392 49 S 0.023 0.669 0.002 0.008 0.005 0.006 0.029 0.005 0.002 0.044 0.208 50 I 0.020 0.809 0.002 0.005 0.004 0.004 0.011 0.003 0.001 0.036 0.105 51 S 0.023 0.178 0.002 0.009 0.007 0.008 0.033 0.005 0.001 0.589 0.145 52 Y 0.014 0.724 0.010 0.005 0.003 0.003 0.019 0.003 0.004 0.161 0.054 53 L 0.044 0.888 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 0.005 0.003 0.016 0.027 54 E 0.064 0.750 0.005 0.007 0.005 0.009 0.010 0.006 0.002 0.048 0.095 55 S 0.048 0.129 0.017 0.026 0.024 0.053 0.061 0.006 0.007 0.383 0.246 56 Q 0.066 0.036 0.070 0.026 0.020 0.037 0.207 0.007 0.016 0.315 0.201 57 V 0.494 0.007 0.026 0.015 0.012 0.020 0.056 0.009 0.011 0.069 0.281 58 R 0.325 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.048 0.002 0.001 0.009 0.601 59 N 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.032 0.001 0.001 0.005 0.947 60 G 0.003 0.001 0.001 0.007 0.009 0.017 0.292 0.001 0.001 0.020 0.652 61 D 0.003 0.008 0.001 0.071 0.040 0.082 0.159 0.001 0.001 0.030 0.605 62 I 0.003 0.023 0.001 0.052 0.121 0.089 0.086 0.001 0.001 0.029 0.597 63 S 0.008 0.527 0.001 0.070 0.072 0.092 0.023 0.001 0.001 0.030 0.176 64 M 0.004 0.915 0.001 0.011 0.007 0.011 0.003 0.001 0.001 0.010 0.038 65 K 0.003 0.953 0.001 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 66 E 0.003 0.946 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.025 0.012 67 F 0.005 0.910 0.006 0.002 0.004 0.005 0.004 0.002 0.002 0.043 0.019 68 V 0.024 0.884 0.014 0.002 0.004 0.006 0.004 0.004 0.007 0.025 0.025 69 R 0.076 0.691 0.014 0.004 0.007 0.009 0.016 0.008 0.009 0.056 0.111 70 R 0.095 0.207 0.015 0.007 0.011 0.014 0.049 0.019 0.011 0.232 0.341 71 L 0.154 0.084 0.015 0.012 0.007 0.010 0.071 0.010 0.016 0.212 0.408 72 A 0.046 0.137 0.009 0.011 0.004 0.005 0.098 0.004 0.006 0.035 0.644 73 K 0.021 0.324 0.003 0.004 0.002 0.003 0.059 0.009 0.002 0.020 0.553 74 S 0.051 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.019 0.048 75 P 0.039 0.868 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.040 0.035 76 L 0.033 0.583 0.024 0.009 0.003 0.004 0.033 0.006 0.006 0.168 0.131 77 Y 0.143 0.442 0.077 0.011 0.005 0.009 0.032 0.017 0.029 0.087 0.149 78 R 0.258 0.221 0.029 0.013 0.013 0.015 0.045 0.025 0.014 0.051 0.317 79 K 0.117 0.087 0.006 0.023 0.026 0.035 0.069 0.016 0.004 0.054 0.563 80 Q 0.047 0.042 0.004 0.041 0.033 0.040 0.110 0.008 0.003 0.075 0.598 81 F 0.019 0.040 0.006 0.030 0.024 0.035 0.131 0.007 0.002 0.042 0.663 82 F 0.065 0.103 0.004 0.024 0.021 0.023 0.084 0.012 0.003 0.039 0.621 83 E 0.147 0.085 0.004 0.037 0.041 0.048 0.070 0.012 0.003 0.106 0.448 84 P 0.028 0.052 0.003 0.021 0.025 0.023 0.135 0.003 0.002 0.130 0.578 85 F 0.081 0.132 0.012 0.035 0.020 0.029 0.089 0.007 0.005 0.154 0.435 86 I 0.076 0.270 0.007 0.020 0.015 0.015 0.067 0.006 0.003 0.054 0.467 87 N 0.017 0.588 0.002 0.010 0.012 0.020 0.032 0.003 0.001 0.030 0.285 88 S 0.008 0.701 0.001 0.009 0.021 0.028 0.030 0.002 0.001 0.056 0.142 89 R 0.007 0.799 0.003 0.013 0.024 0.035 0.012 0.002 0.001 0.065 0.039 90 A 0.005 0.838 0.004 0.006 0.018 0.018 0.008 0.002 0.001 0.042 0.057 91 L 0.005 0.914 0.004 0.004 0.014 0.013 0.003 0.002 0.002 0.016 0.023 92 E 0.005 0.943 0.002 0.001 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.017 0.016 93 L 0.007 0.824 0.007 0.003 0.016 0.014 0.006 0.003 0.003 0.087 0.030 94 A 0.012 0.851 0.016 0.004 0.009 0.014 0.009 0.003 0.007 0.048 0.027 95 F 0.045 0.677 0.052 0.008 0.012 0.015 0.016 0.007 0.016 0.071 0.081 96 R 0.090 0.158 0.140 0.024 0.033 0.049 0.062 0.026 0.050 0.119 0.248 97 H 0.332 0.095 0.021 0.017 0.017 0.045 0.082 0.022 0.017 0.058 0.294 98 I 0.189 0.015 0.005 0.031 0.023 0.027 0.087 0.014 0.003 0.049 0.556 99 L 0.020 0.004 0.002 0.049 0.019 0.027 0.119 0.003 0.001 0.026 0.730 100 G 0.028 0.003 0.001 0.047 0.014 0.045 0.115 0.004 0.001 0.032 0.711 101 R 0.021 0.003 0.001 0.029 0.027 0.016 0.153 0.003 0.001 0.029 0.718 102 G 0.096 0.007 0.001 0.031 0.015 0.018 0.158 0.005 0.001 0.059 0.610 103 P 0.094 0.024 0.001 0.034 0.008 0.008 0.083 0.003 0.001 0.028 0.718 104 S 0.024 0.117 0.001 0.014 0.005 0.006 0.081 0.003 0.001 0.015 0.735 105 S 0.021 0.835 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 0.003 0.001 0.011 0.111 106 R 0.016 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.016 107 E 0.005 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.018 108 E 0.008 0.932 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.029 0.017 109 V 0.023 0.883 0.006 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.003 0.042 0.029 110 Q 0.042 0.474 0.005 0.002 0.007 0.008 0.020 0.005 0.004 0.338 0.096 111 K 0.006 0.881 0.003 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.042 0.052 112 Y 0.004 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.023 113 F 0.022 0.423 0.004 0.004 0.005 0.012 0.016 0.007 0.002 0.437 0.067 114 S 0.016 0.235 0.008 0.013 0.009 0.013 0.040 0.003 0.003 0.578 0.082 115 I 0.033 0.189 0.042 0.053 0.027 0.021 0.063 0.004 0.014 0.396 0.159 116 V 0.130 0.068 0.112 0.046 0.026 0.030 0.064 0.017 0.049 0.169 0.289 117 S 0.366 0.027 0.007 0.010 0.007 0.014 0.042 0.014 0.006 0.030 0.476 118 S 0.126 0.009 0.001 0.011 0.005 0.008 0.093 0.004 0.002 0.033 0.707 119 G 0.009 0.021 0.001 0.013 0.004 0.006 0.211 0.001 0.001 0.014 0.719 120 G 0.020 0.250 0.002 0.008 0.004 0.008 0.078 0.008 0.001 0.020 0.601 121 L 0.078 0.716 0.001 0.004 0.007 0.005 0.026 0.010 0.001 0.030 0.121 122 P 0.018 0.790 0.002 0.007 0.007 0.008 0.016 0.002 0.001 0.057 0.092 123 A 0.014 0.712 0.008 0.020 0.013 0.018 0.019 0.003 0.002 0.106 0.085 124 L 0.024 0.766 0.018 0.012 0.012 0.018 0.014 0.008 0.006 0.058 0.064 125 V 0.076 0.692 0.014 0.012 0.019 0.021 0.014 0.013 0.006 0.047 0.086 126 D 0.058 0.504 0.012 0.018 0.027 0.034 0.040 0.012 0.006 0.088 0.200 127 A 0.051 0.237 0.023 0.033 0.043 0.044 0.058 0.018 0.009 0.147 0.335 128 L 0.104 0.107 0.023 0.040 0.022 0.035 0.096 0.020 0.016 0.146 0.391 129 V 0.055 0.158 0.023 0.039 0.016 0.015 0.111 0.011 0.011 0.038 0.523 130 D 0.050 0.242 0.005 0.014 0.008 0.011 0.086 0.022 0.004 0.032 0.527 131 S 0.088 0.799 0.002 0.003 0.002 0.002 0.012 0.011 0.002 0.016 0.065 132 Q 0.073 0.753 0.005 0.007 0.003 0.003 0.020 0.010 0.002 0.041 0.083 133 E 0.037 0.666 0.014 0.009 0.004 0.007 0.027 0.011 0.004 0.064 0.158 134 Y 0.175 0.425 0.040 0.014 0.007 0.012 0.036 0.030 0.017 0.091 0.153 135 A 0.162 0.161 0.057 0.027 0.033 0.026 0.067 0.033 0.021 0.084 0.330 136 D 0.182 0.126 0.008 0.020 0.020 0.032 0.073 0.022 0.007 0.052 0.456 137 Y 0.087 0.055 0.009 0.030 0.036 0.027 0.081 0.012 0.005 0.057 0.601 138 F 0.034 0.019 0.012 0.024 0.030 0.034 0.148 0.010 0.005 0.061 0.623 139 G 0.247 0.041 0.006 0.019 0.020 0.057 0.075 0.023 0.003 0.040 0.468 140 E 0.116 0.013 0.001 0.032 0.049 0.035 0.104 0.005 0.001 0.036 0.608 141 E 0.010 0.013 0.001 0.066 0.069 0.116 0.127 0.002 0.001 0.025 0.571 142 T 0.018 0.024 0.001 0.041 0.051 0.091 0.103 0.003 0.001 0.027 0.641 143 V 0.072 0.023 0.003 0.059 0.154 0.159 0.089 0.006 0.001 0.067 0.367 144 P 0.058 0.012 0.002 0.040 0.073 0.119 0.105 0.002 0.001 0.063 0.525 145 Y 0.077 0.007 0.001 0.039 0.054 0.094 0.064 0.002 0.001 0.049 0.612 146 L 0.063 0.003 0.001 0.034 0.045 0.064 0.092 0.002 0.001 0.032 0.664 147 R 0.014 0.003 0.001 0.022 0.030 0.055 0.089 0.001 0.001 0.019 0.768 148 G 0.012 0.004 0.001 0.016 0.044 0.072 0.121 0.001 0.001 0.021 0.709