# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.6782 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.017 0.028 0.041 0.029 0.130 0.061 0.622 2 P 0.135 0.047 0.027 0.017 0.030 0.096 0.057 0.591 3 Q 0.054 0.039 0.034 0.021 0.033 0.114 0.076 0.628 4 S 0.026 0.065 0.056 0.045 0.070 0.117 0.056 0.565 5 Y 0.072 0.131 0.056 0.058 0.109 0.092 0.076 0.406 6 F 0.124 0.140 0.039 0.057 0.065 0.083 0.104 0.388 7 N 0.180 0.194 0.023 0.039 0.058 0.062 0.116 0.327 8 A 0.249 0.152 0.019 0.020 0.038 0.070 0.080 0.372 9 A 0.151 0.122 0.019 0.029 0.046 0.079 0.118 0.437 10 A 0.114 0.087 0.016 0.026 0.049 0.100 0.068 0.539 11 K 0.131 0.111 0.013 0.031 0.049 0.084 0.067 0.513 12 R 0.072 0.046 0.020 0.044 0.058 0.116 0.055 0.589 13 Q 0.090 0.077 0.043 0.066 0.117 0.093 0.094 0.420 14 K 0.063 0.031 0.054 0.068 0.123 0.090 0.072 0.500 15 Y 0.074 0.012 0.100 0.099 0.170 0.084 0.070 0.391 16 A 0.007 0.005 0.106 0.085 0.154 0.115 0.033 0.494 17 M 0.031 0.014 0.098 0.046 0.077 0.090 0.020 0.625 18 K 0.315 0.044 0.029 0.038 0.034 0.077 0.137 0.326 19 P 0.046 0.019 0.023 0.014 0.014 0.113 0.032 0.739 20 G 0.075 0.076 0.015 0.008 0.019 0.102 0.045 0.660 21 L 0.088 0.172 0.017 0.012 0.012 0.112 0.062 0.524 22 S 0.096 0.624 0.003 0.004 0.005 0.030 0.044 0.193 23 A 0.112 0.383 0.006 0.003 0.004 0.053 0.246 0.193 24 L 0.018 0.666 0.006 0.006 0.005 0.041 0.080 0.177 25 E 0.036 0.877 0.002 0.001 0.002 0.008 0.037 0.037 26 K 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.013 27 N 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 28 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 29 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 30 I 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 31 K 0.002 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 32 A 0.004 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.006 33 A 0.005 0.951 0.004 0.001 0.001 0.002 0.029 0.006 34 Y 0.005 0.930 0.005 0.002 0.002 0.004 0.042 0.010 35 R 0.017 0.770 0.013 0.007 0.005 0.012 0.130 0.045 36 Q 0.050 0.625 0.024 0.016 0.013 0.024 0.122 0.127 37 I 0.100 0.430 0.066 0.014 0.017 0.046 0.129 0.199 38 F 0.134 0.447 0.024 0.006 0.010 0.043 0.081 0.255 39 E 0.094 0.157 0.024 0.005 0.007 0.067 0.295 0.351 40 R 0.022 0.295 0.019 0.014 0.010 0.071 0.118 0.450 41 D 0.074 0.471 0.019 0.007 0.015 0.047 0.058 0.308 42 I 0.079 0.547 0.017 0.013 0.012 0.040 0.054 0.237 43 T 0.133 0.130 0.027 0.013 0.018 0.075 0.356 0.248 44 K 0.110 0.169 0.033 0.017 0.022 0.095 0.162 0.393 45 A 0.095 0.030 0.045 0.007 0.015 0.099 0.294 0.414 46 Y 0.057 0.194 0.012 0.018 0.010 0.103 0.080 0.524 47 S 0.168 0.122 0.012 0.003 0.006 0.093 0.169 0.427 48 Q 0.014 0.163 0.025 0.021 0.009 0.141 0.090 0.537 49 S 0.049 0.589 0.008 0.004 0.012 0.047 0.023 0.267 50 I 0.038 0.705 0.009 0.007 0.010 0.038 0.042 0.151 51 S 0.010 0.203 0.022 0.015 0.025 0.039 0.590 0.096 52 Y 0.007 0.650 0.026 0.027 0.028 0.021 0.183 0.057 53 L 0.061 0.691 0.036 0.018 0.019 0.015 0.103 0.058 54 E 0.069 0.462 0.019 0.075 0.027 0.033 0.102 0.212 55 S 0.122 0.100 0.034 0.029 0.064 0.072 0.150 0.430 56 Q 0.049 0.017 0.090 0.046 0.056 0.100 0.156 0.485 57 V 0.265 0.003 0.026 0.024 0.025 0.064 0.061 0.532 58 R 0.488 0.003 0.008 0.004 0.006 0.046 0.016 0.430 59 N 0.008 0.001 0.010 0.001 0.002 0.126 0.009 0.844 60 G 0.002 0.003 0.026 0.005 0.010 0.175 0.017 0.762 61 D 0.008 0.032 0.045 0.050 0.042 0.154 0.036 0.635 62 I 0.003 0.025 0.033 0.039 0.017 0.085 0.015 0.783 63 S 0.007 0.804 0.048 0.016 0.014 0.006 0.085 0.020 64 M 0.018 0.940 0.003 0.002 0.002 0.001 0.029 0.006 65 K 0.004 0.938 0.005 0.006 0.002 0.001 0.039 0.005 66 E 0.006 0.957 0.002 0.002 0.006 0.001 0.017 0.008 67 F 0.012 0.948 0.003 0.003 0.004 0.001 0.023 0.005 68 V 0.017 0.919 0.004 0.007 0.003 0.004 0.033 0.012 69 R 0.095 0.734 0.006 0.005 0.008 0.008 0.091 0.053 70 R 0.101 0.645 0.011 0.006 0.008 0.020 0.076 0.133 71 L 0.153 0.105 0.045 0.015 0.017 0.097 0.286 0.283 72 A 0.014 0.126 0.057 0.012 0.019 0.175 0.077 0.521 73 K 0.025 0.494 0.009 0.002 0.003 0.055 0.019 0.394 74 S 0.056 0.853 0.001 0.001 0.001 0.010 0.045 0.033 75 P 0.018 0.819 0.003 0.001 0.001 0.014 0.056 0.089 76 L 0.059 0.628 0.016 0.001 0.004 0.019 0.098 0.175 77 Y 0.126 0.554 0.039 0.007 0.005 0.030 0.112 0.126 78 R 0.212 0.216 0.032 0.012 0.014 0.064 0.128 0.321 79 K 0.107 0.093 0.012 0.009 0.017 0.066 0.056 0.640 80 Q 0.056 0.039 0.041 0.013 0.042 0.105 0.068 0.637 81 F 0.017 0.031 0.092 0.032 0.045 0.169 0.055 0.559 82 F 0.072 0.044 0.033 0.019 0.025 0.129 0.042 0.636 83 E 0.196 0.068 0.025 0.018 0.015 0.104 0.127 0.447 84 P 0.036 0.036 0.031 0.007 0.009 0.125 0.085 0.672 85 F 0.090 0.118 0.032 0.009 0.010 0.111 0.095 0.534 86 I 0.099 0.255 0.019 0.007 0.010 0.088 0.063 0.460 87 N 0.025 0.561 0.012 0.006 0.010 0.053 0.049 0.284 88 S 0.020 0.599 0.007 0.009 0.014 0.041 0.143 0.169 89 R 0.005 0.807 0.011 0.038 0.015 0.013 0.072 0.039 90 A 0.028 0.854 0.012 0.005 0.024 0.006 0.036 0.034 91 L 0.006 0.858 0.013 0.021 0.013 0.005 0.066 0.017 92 E 0.018 0.758 0.019 0.018 0.039 0.009 0.110 0.028 93 L 0.017 0.775 0.019 0.024 0.026 0.008 0.086 0.044 94 A 0.020 0.811 0.016 0.014 0.019 0.009 0.059 0.052 95 F 0.062 0.676 0.029 0.020 0.016 0.020 0.122 0.056 96 R 0.099 0.199 0.038 0.041 0.025 0.056 0.279 0.263 97 H 0.219 0.068 0.034 0.026 0.031 0.072 0.086 0.464 98 I 0.315 0.032 0.043 0.014 0.033 0.061 0.061 0.441 99 L 0.029 0.004 0.066 0.014 0.028 0.126 0.040 0.693 100 G 0.015 0.005 0.085 0.016 0.036 0.183 0.034 0.626 101 R 0.011 0.004 0.053 0.012 0.015 0.161 0.039 0.704 102 G 0.074 0.021 0.022 0.010 0.007 0.129 0.044 0.693 103 P 0.093 0.041 0.007 0.003 0.003 0.118 0.048 0.688 104 S 0.014 0.166 0.014 0.002 0.003 0.087 0.037 0.677 105 S 0.014 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.029 106 R 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.011 107 E 0.003 0.934 0.001 0.002 0.001 0.002 0.043 0.013 108 E 0.010 0.931 0.002 0.001 0.003 0.002 0.037 0.014 109 V 0.020 0.912 0.003 0.001 0.002 0.002 0.053 0.007 110 Q 0.013 0.515 0.010 0.006 0.004 0.013 0.397 0.042 111 K 0.007 0.870 0.003 0.002 0.004 0.009 0.039 0.065 112 Y 0.019 0.889 0.007 0.002 0.004 0.009 0.034 0.035 113 F 0.018 0.534 0.024 0.012 0.010 0.043 0.233 0.126 114 S 0.018 0.259 0.035 0.014 0.013 0.055 0.447 0.158 115 I 0.041 0.157 0.179 0.027 0.015 0.069 0.330 0.182 116 V 0.159 0.055 0.161 0.018 0.006 0.066 0.272 0.264 117 S 0.336 0.033 0.008 0.002 0.001 0.050 0.022 0.547 118 S 0.116 0.017 0.015 0.001 0.002 0.112 0.029 0.708 119 G 0.003 0.016 0.009 0.001 0.002 0.142 0.010 0.817 120 G 0.023 0.370 0.005 0.002 0.004 0.084 0.027 0.484 121 L 0.020 0.892 0.002 0.003 0.002 0.010 0.026 0.044 122 P 0.019 0.705 0.016 0.005 0.005 0.012 0.176 0.061 123 A 0.007 0.832 0.022 0.008 0.010 0.007 0.055 0.059 124 L 0.059 0.771 0.072 0.005 0.013 0.005 0.054 0.022 125 V 0.065 0.667 0.030 0.043 0.016 0.018 0.085 0.076 126 D 0.223 0.482 0.023 0.009 0.023 0.024 0.070 0.146 127 A 0.219 0.327 0.049 0.012 0.022 0.040 0.071 0.260 128 L 0.121 0.024 0.065 0.016 0.024 0.141 0.145 0.465 129 V 0.007 0.036 0.063 0.013 0.026 0.222 0.055 0.576 130 D 0.015 0.228 0.023 0.002 0.006 0.084 0.025 0.615 131 S 0.061 0.853 0.001 0.001 0.001 0.010 0.040 0.033 132 Q 0.018 0.843 0.002 0.001 0.001 0.013 0.051 0.071 133 E 0.046 0.737 0.011 0.001 0.002 0.012 0.077 0.115 134 Y 0.158 0.538 0.033 0.003 0.004 0.024 0.156 0.084 135 A 0.126 0.229 0.043 0.014 0.018 0.076 0.192 0.302 136 D 0.110 0.064 0.007 0.007 0.019 0.082 0.044 0.666 137 Y 0.076 0.064 0.025 0.017 0.048 0.118 0.054 0.600 138 F 0.041 0.016 0.071 0.028 0.045 0.150 0.083 0.566 139 G 0.257 0.029 0.021 0.029 0.032 0.092 0.083 0.458 140 E 0.103 0.008 0.032 0.018 0.034 0.121 0.045 0.639 141 E 0.011 0.006 0.045 0.032 0.055 0.124 0.022 0.703 142 T 0.021 0.006 0.022 0.038 0.073 0.117 0.027 0.697 143 V 0.027 0.009 0.054 0.219 0.171 0.083 0.038 0.398 144 P 0.036 0.004 0.058 0.099 0.183 0.067 0.040 0.513 145 Y 0.076 0.004 0.040 0.179 0.179 0.061 0.059 0.402 146 L 0.105 0.002 0.033 0.075 0.161 0.074 0.029 0.521 147 R 0.029 0.003 0.028 0.081 0.141 0.079 0.016 0.624 148 G 0.021 0.002 0.007 0.040 0.066 0.093 0.016 0.754